അന്നാപോളിസ് എക്കാലത്തും അമേരിക്കൻ ഐക്യനാടുകളുടെ തലസ്ഥാനമായിരുന്നു
കോൺഫെഡറേഷൻ കോൺഗ്രസിൻ്റെ (മുൻ രണ്ടാം കോണ്ടിനെന്റൽ കോൺഗ്രസ്) ആസ്ഥാനമായും 1783-1784ൽ അമേരിക്കൻ ഐക്യനാടുകളുടെ താൽക്കാലിക ദേശീയ തലസ്ഥാനമായും ഈ നഗരം പ്രവർത്തിച്ചു. അക്കാലത്ത്, ജനറൽ ജോർജ്ജ് വാഷിംഗ്ടൺ പുതിയ മേരിലാൻഡ് സ്റ്റേറ്റ് ഹൌസിൽ കൂടിയ ബോഡിക്ക് മുന്നിൽ വന്ന് കോണ്ടിനെന്റൽ ആർമിയുടെ കമാൻഡർ എന്ന നിലയിൽ തന്റെ കമ്മീഷൻ രാജിവച്ചു. ഒരു മാസത്തിന് ശേഷം, കോൺഗ്രസ് 1783 ലെ പാരീസ് ഉടമ്പടി അംഗീകരിച്ചു, അമേരിക്കൻ വിപ്ലവ യുദ്ധം അവസാനിപ്പിച്ചു, ഗ്രേറ്റ് ബ്രിട്ടൻ അമേരിക്കൻ ഐക്യനാടുകളുടെ സ്വാതന്ത്ര്യം അംഗീകരിച്ചു. 1786 അന്നാപൊളിസ് കൺവെൻഷൻ നടന്ന സ്ഥലവും നഗരവും സംസ്ഥാന തലസ്ഥാനവുമായിരുന്നു, അത് അടുത്ത വർഷം ഫിലാഡൽഫിയയിൽ നടക്കാനിരിക്കുന്ന ഭരണഘടനാ കൺവെൻഷനിലേക്ക് പ്രതിനിധികളെ അയയ്ക്കാൻ സംസ്ഥാനങ്ങൾക്ക് ആഹ്വാനം ചെയ്തു. 220 വർഷത്തിന് ശേഷം 2007ൽ അന്നാപൊളിസ് സമാധാന സമ്മേളനം നടന്നു. അന്നാപൊളിസ് ആണ് 1696ൽ സ്ഥാപിതമായ സെന്റ് ജോൺസ് കോളേജും 1845ൽ സ്ഥാപിതമായ യുണൈറ്റഡ് സ്റ്റേറ്റ്സ് നേവൽ അക്കാദമിയും.