ഒരു റെസ്ട്രക്ഷൻ എൻഡോന്യൂക്ലിയേസ് അംഗീകരിച്ച ഡിഎൻഎയുടെ ഒരു വിഭാഗമാണ്
ഒരു നിർദ്ദിഷ്ട ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് തിരിച്ചറിയുന്ന യൂബാക്ടീരിയയിൽ നിന്നും ആർക്കിയയിൽ നിന്നുമുള്ള എൻഡോന്യൂക്ലിയേസുകളാണ് റെസ്ട്രക്ഷൻ എൻസൈമുകൾ. ഒരു റെസ്ട്രക്ഷൻ എൻസൈമിൽ നിന്ന് പിളരുന്ന ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസിനെ റെസ്ട്രക്ഷൻ സൈറ്റ് എന്ന് വിളിക്കുന്നു. സാധാരണയായി, ഒരു റെസ്ട്രക്ഷൻ സൈറ്റ് നാല് മുതൽ ആറ് വരെ ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ നീളമുള്ള ഒരു പാലിൻഡ്രോമിക് സീക്വൻസ് ആയിരിക്കും. മിക്ക റെസ്ട്രക്ഷൻ എൻഡോന്യൂക്ലിയേസുകളും ഡിഎൻഎ സ്ട്രാൻഡിനെ അസമമായി പിളർത്തുന്നു, പൂരകമായ സിംഗിൾ-സ്ട്രാൻഡഡ് അറ്റങ്ങൾ അവശേഷിക്കുന്നു. ഈ അറ്റങ്ങൾക്ക് ഹൈബ്രിഡൈസേഷനിലൂടെ വീണ്ടും ബന്ധിപ്പിക്കാൻ കഴിയും, അവയെ "സ്റ്റിക്കി എൻഡ്സ്" എന്ന് വിളിക്കുന്നു. ഒരിക്കൽ ജോടിയാക്കിയാൽ, ശകലങ്ങളുടെ ഫോസ്ഫോഡീസ്റ്റർ ബോണ്ടുകൾ ഡിഎൻഎ ലിഗേസ് ഉപയോഗിച്ച് ചേരാം. അറിയപ്പെടുന്ന നൂറുകണക്കിന് റെസ്ട്രക്ഷൻ എൻഡോന്യൂക്ലിയേസുകൾ ഉണ്ട്, ഓരോന്നും വ്യത്യസ്ത റെസ്ട്രക്ഷൻ സൈറ്റിനെ ആക്രമിക്കുന്നു. ഡിഎൻഎയുടെ ഉത്ഭവം