डी. एन. ए. चा एक विभाग आहे जो प्रतिबंध एंडोन्यूक्लीझद्वारे ओळखला जातो
निर्बंधित एंझाइम्स हे यूबॅक्टेरिया आणि आर्कियातील एंडोन्यूक्लियेसेस असतात जे विशिष्ट डीएनए अनुक्रम ओळखतात. निर्बंधित एंझाइमद्वारे विच्छेदनासाठी ओळखल्या जाणार्या न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमाला निर्बंधित स्थान म्हणतात. सामान्यतः, निर्बंधित स्थान सुमारे चार ते सहा न्यूक्लियोटाइड्सचा पॅलिंड्रोमिक अनुक्रम असेल. बहुतेक निर्बंधित एंडोन्यूक्लियेसेस डीएनए स्ट्रँडला असमानपणे विभाजित करतात, पूरक एकल-स्ट्रँडेड टोक सोडतात. हे टोक संकरणाद्वारे पुन्हा जोडले जाऊ शकतात आणि त्यांना "चिकट टोक" म्हणतात. एकदा जोडले गेल्यानंतर, तुकड्यांचे फॉस्फोडीस्टर बंध डीएनए लिगेसद्वारे जोडले जाऊ शकतात. शेकडो निर्बंधित एंडोन्यूक्लियेसेस आहेत, जे ओळखले जातात, प्रत्येक वेगळ्या निर्बंधित स्थानावर हल्ला करतात. डीएनएच्या उत्पत्तीची पर्वा न करता त्याच एंडोन्यूक्लियेसद्वारे विच्छेदित डीएनएचे तुकडे एकत्र जोडले जाऊ शकतात. अशा डीएनएला पुनर्संयोजित डीएनए म्हणतात; डीएनएच्या नवीन प्रकारात जोडले जाते. हे तीन प्रकार आहेत, जिवाणू संयुग्मांमध्ये वापरले जातात, जीवाणू संयुग्म प्रकार II मध्ये वापरले जातात.