இரண்டு மூலக்கூறுகள் ஒரே அணுக்களின் தொகுப்புகளைக் கொண்டிருக்கலாம், ஆனால் வெவ்வேறு பண்புகளைக் கொண்டிருக்கலாம்.
ஒரு மூலக்கூறின் ஐசோமர் (/aːsːmːr/; கிரேக்க மொழியில் இருந்து, ஐசோமெரெஸ்; ஐசோஸ் = "சமம்", மெரோஸ் = "பகுதி") ஒவ்வொரு தனிமத்தின் அணுக்களும் ஒரே எண்ணிக்கையைக் கொண்டுள்ளன, ஆனால் அணுக்களின் வேறுபட்ட அமைப்பைக் கொண்டுள்ளது. இது மற்ற மூலக்கூறுகளைப் போலவே அதே மூலக்கூறு சூத்திரத்தைக் கொண்டுள்ளது, ஆனால் வேறுபட்ட வேதியியல் கட்டமைப்பைக் கொண்டுள்ளது. ஐசோமர்கள் ஒரே செயல்பாட்டுக் குழுக்களைக் கொண்டிருக்காவிட்டால், ஒத்த பண்புகளைப் பகிர்ந்து கொள்ள வேண்டிய அவசியமில்லை. ஐசோமெரிஸத்தின் இரண்டு முக்கிய வடிவங்கள் உள்ளன (/aːsːmːrːzːm, aːsː-): கட்டமைப்பு ஐசோமெரிசம் (அல்லது அரசியலமைப்பு ஐசோமெரிசம்) மற்றும் ஸ்டீரியோஐசோமெரிசம் (அல்லது இடஞ்சார்ந்த ஐசோமெரிசம்).