2006 சாம்பியன்ஸ் லீக் இறுதிப் போட்டியில் மெஸ்ஸி விளையாடினார்
பார்சிலோனா 4-2-3-1 வடிவத்தில் வரிசைப்படுத்தப்படும் என்று எதிர்பார்க்கப்பட்டது, ரொனால்டினோ, லுடோவிக் கியுலி மற்றும் டெகோ ஆகியோர் சாமுவேல் எட்டோவை ஆதரிப்பார்கள், அவர் மட்டுமே ஸ்ட்ரைக்கராக நியமிக்கப்படுவார். இறுதிப் போட்டிக்கு லியோனல் மெஸ்ஸி செல்வதன் உடற்தகுதி குறித்து அவர்களுக்கு சந்தேகம் இருந்தது. செல்சியாவுடனான போட்டியின் இரண்டாவது கட்டத்தில் அவர் ஒரு தொடையைத் தசை இழுத்தார், இறுதிப் போட்டிக்கான 22 பேர் கொண்ட அணியில் அவர் சேர்க்கப்பட்டாலும், அவர் விளையாடவில்லை. பார்சிலோனா பயிற்சியாளர் ஃபிராங்க் ரிஜ்கார்ட் அவரைத் தேர்ந்தெடுப்பதா என்று தீர்மானிப்பதற்கு முன்பு தாமதமாக வெளியேறுவதாகக் கூறினார். அணியில் சேர்க்கப்பட்ட போதிலும் மெஸ்ஸி இறுதிப் போட்டியில் இடம்பெறவில்லை. அர்செனல் 4-5-1 வடிவத்தில் வரிசைப்படுத்தப்படும் என்று எதிர்பார்க்கப்பட்டது, தியரி ஹென்றி மட்டுமே ஸ்ட்ரைக்கராக இருந்தார். ஜோஸ் அன்டோனியோ ரேயஸ் மிட்பீல்டின் இடதுபுறத்தில் ராபர்ட் பிரஸ் இடம்பிடித்தாரா என்பது குறித்து நிறைய விவாதங்கள் நடந்தன. இந்த போட்டிக்கு முன்பு பிரியல் வில்லர்ஸ் அடுத்த சீசனில் சேர ஒப்புக்கொண்டார் என்று அறிவிக்கப்பட்டது.