การออกกฎกระทรวงโดยไม่ผ่านความเห็นชอบของคณะรัฐมนตรี (ครม.) จะชอบด้วยกฎหมายหรือไม่?
ไม่ เหตุผล:

1. กฎกระทรวงเป็นกฎหมาย
ตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาคดีปกครอง มาตรา 7 วรรคหนึ่ง บัญญัติว่า "กฎหมาย" หมายความว่า กฎหมายรัฐธรรมนูญ พระราชบัญญัติ พระราชกำหนด พระราชกฤษฎีกา กฎกระทรวง ระเบียบ ข้อบังคับ ประกาศ หรือหนังสืออื่นใดที่ออกตามกฎหมาย

2. กฎหมายต้องตราขึ้นโดยชอบด้วยวิธีการ
รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2560 มาตรา 77 บัญญัติว่า "การออกกฎหมายต้องตราขึ้นโดยชอบด้วยวิธีการตามบทบัญญัติแห่งรัฐธรรมนูญนี้และกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญ"

3. พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2534 กำหนดวิธีการออกกฎกระทรวง
มาตรา 87 วรรคหนึ่ง ของพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2534 บัญญัติว่า "กฎกระทรวงออกโดยรัฐมนตรีว่าการกระทรวงที่รับผิดชอบเสนอต่อคณะรัฐมนตรีเพื่อพิจารณาอนุมัติ"

4. การออกกฎกระทรวงโดยไม่ผ่าน ครม. เป็นการฝ่าฝืนวิธีการ
จากข้อ 2 และ 3 จะเห็นได้ว่า การออกกฎกระทรวงต้องผ่านความเห็นชอบของ ครม. เสียก่อน

5. ผลของการออกกฎกระทรวงโดยไม่ผ่าน ครม.

5.1 กฎกระทรวงนั้น ไม่มีผลบังคับใช้

5.2 บุคคลที่ได้รับผลกระทบจากกฎกระทรวง สามารถฟ้องร้องต่อศาลปกครองเพื่อขอให้เพิกถอนกฎกระทรวงนั้นได้

สรุป:
การออกกฎกระทรวงโดยไม่ผ่าน ครม. เป็นการฝ่าฝืนวิธีการที่กำหนดไว้ในกฎหมาย  ส่งผลให้กฎกระทรวงนั้นไม่มีผลบังคับใช้ และบุคคลที่ได้รับผลกระทบสามารถฟ้องร้องต่อศาลปกครองเพื่อขอให้เพิกถอนได้
กฎหมายปกครองว่าด้วยความรับผิดทางละเมิดของเจ้าหน้าที่