اتهمت منظمة هيومان رايتس ووتش قوات الأمن، التابعة لكل من السلطة الفلسطينية وحركة حماس، باستخدام التعذيب الممنهج والتهديد والاعتقالات العشوائية، ضد منتقديها ومعارضيها.
وقال تقرير صدر حديثا للمنظمة، ومقرها نيويورك، إن ممارسات السلطة الفلسطنية في الضفة الغربية وحركة حماس في قطاع غزة، ضد من يعتقلونهم من المعارضين، قد ترقى لجرائم ضد الإنسانية. وتوصل التقرير، الذي استغرق عامين واعتمد على مقابلات مع نحو  شخصا، إلى أن الفصيلين المتنافسين يستهدفان بشكل خاص الأشخاص التابعين للفصيل المنافس. ورفضت السلطة الفلسطينية ما جاء في التقرير، متهمة منظمة هيومان رايتس ووتش بالاصطفاف مع الحكومة الأمريكية، بينما لم تعلق حماس على التقرير. وقال هيثم عرار، رئيس قسم حقوق الإنسان في وزارة الداخلية التابعة للسلطة الفلسطينية "التقرير يخلط السياسة بحقوق الإنسان، ويتوافق مع صفقة القرن التي تخطط لها واشنطن، ومع هدف تقويض السلطة الفلسطينية". ودعت المنظمة الدولية الدول، التي تقدم مساعدات إلى حماس أو السلطة الفلسطينية، إلى وقف التمويل مؤقتا عن الوحدات أو الوكالات التي تنفذ تلك الانتهاكات. وقال عمر شاكر، مدير المنظمة لشؤون فلسطين وإسرائيل، إن تصرفات الفصيلين الفلسطينين قد ترقى لجرائم حرب، يمكن أن تخضع للتحقيق في المحكمة الجنائية الدولية. وأضاف في تصريحات لوكالة الأنباء الفرنسية: "كل من السلطة الفلسطينية في الضفة الغربية، وحماس في قطاع غزة، تعتقل بشكل ممنهج وعشوائي معارضيها، وتعذبهم في المعتقلات". واعتبر شاكر أن التقرير يقوض مصداقية الانتقادات الفلسطينية، للانتهاكات الإسرائيلية لحقوق الفلسطينيين. وقال: "لدينا قيادة فلسطينية تلف العالم، وتتحدث عن حقوق الفلسطينيين، وفي نفس الوقت توجه آلة القمع لسحق المعارضين". والآراضي الفلسطينية مقسمة بين إداريتين متنافستين منذ عام ، هما: السلطة الفلسطينة في الضفة الغربية، وحركة حماس في قطاع غزة. وقال التقرير إن الطرق، التي تستخدمها السلطة الفلسطينية في التعذيب، تتضمن الضرب والصعق الكهربائي، ووضع المعتقلين تحت ضغوط.. وذكر التقرير أنه في إحدى الحالات، ربطت قوات الأمن السلطة حبلا حول العضو الذكري لأحد المعتقلين، لمدة ثماني ساعات، مما أدى لاحتباس الدم به وتحوله للون الأزرق. ويذكر التقرير رواية سامي الساعي، وهو صحفي اعتقلته السلطة الفلسطينية عام ، للاشتباه في ارتباطه بحركة حماس. وتعرض سامي، البالغ من العمر  عاما، للضرب وتعليقه من السقف، فضلا عن تهديده بعائلته. وفي النهاية أقر سامي بعدة تهم منها "التسبب في نزاع طائفي"، واعتقل لمدة ثلاثة أشهر. وفي غزة أيضا، أشار التقرير إلى أن حماس تضرب المعتقلين، وتتنتهك حقوقهم بشكل ممنهج. وقال دبلوماسي غربي إن التقرير مزعج، لكنه لم يشر إلى أي تحرك قد يتخذ حيال ذلك. وكانت إدارة الرئيس الأمريكي، دونالد ترامب، قد أوقفت مساعدات مالية للسلطة الفسطينية، بقيمة  مليون دولار، لكنها لا تزال تقدم نحو  مليون دولار سنويا، كمساعدات مالية مقابل التنسيق الأمني مع إسرائيل.