دعا البابا فرانسيس كافة قادة وزعماء الدول الإسلامية إلى إدانة الإرهاب بشكل واضح.
ونبه إلى إن ذلك يساعد على محاربة الصورة النمطية التي تربط بين الإسلام والإرهاب. وقال البابا فرانسيس - في تصريحات صحفية عن متن طائرته لدى عودته من تركيا - إنه قدم مقترحا بهذا الصدد خلال مباحثات خاصة عقدها الجمعة مع الرئيس التركي رجب طيب أردوغان. وأضاف البابا "قلت للرئيس إنه سيكون جميلا لو تحدث كافة قادة الدول الإسلامية بمختلف أنحاء العالم، سواء القيادات السياسية أو الدينية أو الأكاديمية، صراحة وانتقدوا ذلك". وأعرب البابا عن تفهمه لشعور المسلمين بالإهانة بسبب الصورة النمطية التي تربط بين الإسلام والإرهاب. مواضيع قد تهمك نهاية وانتقد البابا فرانسيس من يقولون إن "جميع المسلمين إرهابيون". وكان مسؤولون في الكنيسة الكاثوليكية قد دعوا من قبل قيادات إسلامية إلى الحديث صراحة لانتقاد تنظيم الدولة الإسلامية. وخلال زيارته لتركيا، وجه البابا أكثر من مرة انتقادات لتنظيم الدولة الإسلامية، داعياً "لوقف اضطهاد المسيحيين في الشرق الوسط". وقال البابا في بيان مشترك مع الزعيم الروحي للمسيحيين الارثودكس البطريرك بارثولوميو إنه " لا يمكن لتنظيم الدولة الاسلامية أن يجعلوا الشرق الاوسط خالياً من المسيحيين". وأضاف البيان " نعبر عن قلقنا المشترك مما يجري في العراق وسوريا وفي منطقة الشرق الأوسط بأكملها"، مشيراً إلى أن "العديد من أخواننا وأخواتنا يتعرضون للاضطهاد، كما أنهم أجبروا على ترك منازلهم، كما فقدت قيمة الانسان، وسهلت التضحية بحياته". ويعد البطريرك بارثولوميو، الزعيم الروحي للمسيحيين الارثودكس البالغ عددهم  مليون شخصاً . وكانت تعرف مدينة اسطنبول، عاصمة تركيا، قديماً بأنها عاصمة المسيحيين الارثودكس حتى الحكم العثماني في . ولم يبق في تركيا إلا  الف مسيحي فيما الأغلبية الساحقة للسكان البالغ عددهم  مليون نسمة هم مسلمون. وطالب الحبر الأعظم والبطريرك بارثولوميو بإحلال السلام في أوكرانيا، ودعوا الاطراف المتصارعة الى الحوار من أجل انهاء الصراع الدائر هناك وللسماح للأوكرانيين للعيش بسلام. وأدى الصراع الدائر في أوكرانيا الى إبراز الاختلافات بشكل كبير بين المجتمعات الكاثوليكية و الاردثودكسية. وكان البابا زار المسجد الازرق السبت، الذي يعد واحداً من أبرز المعالم العمارنية للحقبة العثمانية، كما زار آيا صوفيا، الذي كان من أهم الكاتدرائيات الارثودكسية المسيحية لمدة الف عام، ثم أضحى مسجداً لمدة  قرون خلال الحكم العثماني، ليصبح الآن متحفاً. انتقد البابا فرانسيس تنظيم الدولة الإسلامية أكثر من مرة خلال زيارته تركيا.