كُشف النقاب عن وجود صلة لوزارة الدفاع الأمريكية (البنتاغون) بمراكز اعتقال وتعذيب في عام  يعتقد أنها كانت من الأسباب التي هيأت لحرب طائفية واسعة النطاق في العراق.
فقد كلفت الوزارة خبيرا أمريكيا كان له دور في ما يسمى بـ "الحروب القذرة" في منطقة أمريكا الوسطى، وأوكلت له مهمة الإشراف على الوحدات الخاصة في العراق التي أسست مراكز اعتقال وتعذيب سرية لانتزاع اعترافات المتمردين السنة. جاءت هذه المعلومات في فيلم وثائقي أعدته بي بي سي العربية وصحيفة الغارديان البريطانية التي كشفت عن علاقة الجنرال ديفيد بتريوس القائد العام السابق للقوات الأمريكية في العراق مع الكولونيل الأمريكي المتقاعد، جيمس ستيل، في تشكيل وحدات خاصة تتهم بتعذيب السجناء. جيمس ستيل خدم في أمريكا الوسطى ويعرف بالخبير في "الحروب القذرة" ويعود تاريخ الأحداث إلى الفترة الأولى التي كان فيها بتريوس في العراق بعد احتلاله سنة  حيث كان قائدا للفرقة  المحمولة جوا وقد خدم هناك ما بين عامي  و قبل أن يعينه جورج بوش قائدا عاما للقوات الأمريكية في العراق سنة . وتبدأ قصة الوحدات الخاصة عندما استدعت وزارة الدفاع الأمريكية الكولونيل المتقاعد جيمس ستيل الذي كان في الثامنة والخمسين من عمره آنذاك لتكليفه بتشكيل وحدات شبه عسكرية في العراق مهمتها مطاردة المتمردين، والإشراف على تلك الوحدات. مواضيع قد تهمك نهاية أقبية سرية وقد أنشئت في هذا الإطار مراكز اعتقال وتعذيب سرية لانتزاع اعترافات المتمردين. واستخدمت أساليب تعذيب وحشية خلال فترة الاحتلال الامريكي للعراق. وعين البنتاغون الكولونيل المتقاعد جيمس كوفمان كمستشار خاص ثان للعمل مع ستيل في مراكز الاعتقال التي أنفقت عليها ملايين الدولارات. ستيل وكوفمان عينا للعمل معا في مراكز الاعتقال وكانت مهمة كوفمان إرسال التقارير مباشرة إلى الجنرال بيتريوس، الذي انتدب إلى العراق سنة  من أجل الإشراف على تنظيم وتدريب قوات الأمن العراقية الجديدة. أما ستيل الذي كان يخدم في العراق بين  و قبل أن يعود إليه سنة  فقد كان يرسل تقاريره مباشرة إلى رامسفيلد. ولأول مرة يربط شهود أمريكيون وعراقيون ظهروا في الفيلم الوثائقي الذي أعدته بي بي سي عربي وصحيفة الغارديان بين وزارة الدفاع الأمريكية وانتهاكات حقوق الإنسان بعد حديثهم عن ضلوع ستيل وكوفمان في تلك الانتهاكات التي ارتكبتها الوحدات الخاصة. وكان كوفمان قد وصف نفسه في مقابلة مع صحيفة (ستارز أند سترايبس) بأنه "عين بتريوس وأذنه على الأرض في العراق". وقال الضابط العراقي السابق منتظر السامرائي الذي عمل مع ستيل و كوفمان لمدة عام إن الرجلين "عملا يدا بيد" وإنهما "كانا على دراية بكل حالات التعذيب". ويضيف انهما كانا ملتصقين ببعضهما و"لم أرهما مفترقين عن بعضهما خلال الأربعين أو الخمسين مرة التي قابلتهما فيها داخل مراكز الاعتقال". ولا يوجد دليل على أن ستيل وكوفمان كانا يقومان بتعذيب السجناء، لكنهما في بعض الاحيان كانا موجودين في مراكز الاعتقال التي وقع فيها التعذيب. لجان استجواب أنفقت ملايين الدولارات على مراكز الاعتقال التي عرفت حالات تعذيب. وفي وصفه لتلك المراكز وما يحدث فيها قال السامرائي : "كان لكل مركز اعتقال لجنة استجواب خاصة، ويعمل في كل مركز رجل مخابرات واحد وثمانية محققين". وكانت هذه اللجان " تستخدم كل أنواع التعذيب لاستنطاق المعتقلين وأخذ اعترافاتهم مثل التعذيب بالكهرباء والتعليق واستخدام مواد حارقة وقلع أظافر المعتقل أو ضربه على أماكن حساسة من جسده." وتخلص الشهادات التي تضمنها الفيلم الوثائقي إلى أن محصلة تشكيل القوة شبه العسكرية في العراق وتسليحها كان إطلاق العنان لقوة فتاكة ساعدت في إشعال الحرب الأهلية التي أودت بحياة عشرات الآلاف من الضحايا. ففي ذروة الصراع الطائفي كانت هناك ثلاثة آلاف جثة تظهر كل شهر في شوارع العراق.