1860'ernes debat om tro og viden
Religionskritikken, det naturvidenskabelige verdensbillede, positivismen og kvindeemancipationen, som var hovedpunkterne i Brandes' første forelæsninger, var allerede introduceret i kulturdebatten i tiårene før.
Inden for lægevidenskaben arbejdede man uafhængigt af metafysiske spekulationer med præcise og systematiske fysiologiske iagttagelser. Koleraepidemien i 1853 havde understreget sammenhængen mellem miljø og sundhed, og lægerne Emil Hornemann og Carl Emil Fenger satte sig i spidsen for Lægeforeningens oprettelse i København af det første sociale boligbyggeri, der skulle forbedre almindelige menneskers livsvilkår (Brumleby på Østerbro i København).
Offentlighedens interesse for naturvidenskab var stor. I 1859 indviedes Zoologisk Have. I 1870 opførtes pragtbygningen i Krystalgade til Zoologisk Museum, og i 1874 åbnede den nye Botaniske Have med palmehuset. Naturhistorikeren Japetus Steenstrup var blandt de idérige initiativtagere. Han havde et bredt kontaktnet blandt europæiske naturforskere og brevvekslede med Darwin. Skønt han ikke kunne tilslutte sig udviklingslæren, inddrog han den i sine forelæsninger. Rasmus Nielsen nævnte også tidligt Darwin i sine filosofiske forelæsninger 1860-61, og ideerne blev diskuteret blandt naturforskerne, før J.P. Jacobsen publicerede sin artikel „Darwins Theori“ i Nyt Dansk Maanedsskrift januar og februar 1871 og oversatte Menneskets Afstamning og Parrings-valget (1871, da. 1874).
Rasmus Nielsen havde efterfulgt Poul Martin Møller som professor i filosofi og var en stærk fortaler for naturvidenskabens frie udfoldelse. Han havde tilsluttet sig Kierkegaards modstand mod teologiens forsøg på at rationalisere troen og rettet et kraftigt angreb på Martensen, der i Den christelige Dogmatik (1849) udviklede en videnskabelig teologi, som troen skulle underlægges. Inspireret af Kierkegaard hævdede Nielsen i Evangelietroen og Theologien (1850), at det guddommelige ikke kan begribes rationelt, fordi troen er et eksistentielt forhold mellem den enkelte og Gud. Truslen mod kristendommen kom ikke fra naturvidenskaben, mente Nielsen, men fra den spekulative teologi. Dermed havde han rejst den første strid om tro og viden.
Den anden strid, som blev 1860'ernes vigtigste filosofiske debat, blev rejst af næste generation imod Rasmus Nielsen. I forlængelse af sine tidligere synspunkter hævdede Nielsen i Grundideernes Logik (1864-66), at det religiøse og det naturvidenskabelige livssyn bygger på forskellige principper, som ikke kan forenes rationelt. Troens område er subjektiviteten, mens videns område er objektiviteten. Det er den enkeltes psykiske og eksistentielle opgave at forene de to områder i en samlet personlighed. I den første debat havde han afgrænset tro fra viden for at naturvidenskaben kunne undslippe teologiens herredømme. Nu blev han angrebet af en yngre generation for at overlade troen et område friholdt for videnskabelig kritik.
Georg Brandes, der netop var blevet magister i æstetik, blev opbragt over Rasmus Nielsens synspunkter. Han bad sine ældre venner og vejledere, filosofferne Gabriel Sibbern og Hans Brøchner, og sin studiekammerat, teologen A.C. Larsen, om at svare. Brøchner måtte af personlige grunde vente med at svare, men Larsen udgav Samvittighed og Videnskab (1865), hvori han pointerede, at tro og viden ikke kan adskilles i personligheden. Den subjektive religiøse bevidsthed er troens udgangspunkt, og den subjektive sansning er naturvidenskabens udgangspunkt, men de vekselvirker med hinanden i den enkelte personlighed, ellers er der slet ikke tale om en sammenhængende personlighed og subjektivitet.
Gabriel Sibbern ville ikke stå offentligt frem, men udgav under pseudonym det satiriske skrift Et Træk af Abracadabradyrkelsen og Dobbeltgængeriet i Danmark (1866). Desuden støttede han Brandes, der, selv om han ikke var filosof, svarede med sin første bogudgivelse, Dualismen i vor nyeste Philosophie (1866). Brandes angreb især Nielsens spaltede subjekt, som måtte betyde, at der under navnet professor Nielsen gemte sig to personer, „ikke blot to Personer, men to Personer, der høre hver til sin med den anden absolut uensartede Verden“. En mand med så selvmodsigende grundsætninger kan ikke eksistere: „Den absolute Uensartethed er den absolute Dualisme; men den absolute Dualisme er en Maskeradespøg“. Hele teorien bestod kun i, mente Brandes, at Nielsen tog „Kierkegaards „Øieblikket“ i den ene Haand, Ørsteds „Aanden i Naturen“ i den anden, klappede dem sammen og indbandt dem i Eet“.
Dermed pegede han også på, at det var Kierkegaards trosbegreb, der havde sat trosspørgsmålet på spidsen. I H.C. Ørsteds romantiske verdensbillede var der ingen modsætning mellem tro og viden, han betragtede naturlovene som Guds skaberværk, men Kierkegaards kompromisløse trosopfattelse, som dels krævede et inderligt forhold til Gud, dels springet ud i troen på Kristus som den paradoksale forening af det timelige og det evige, samt Martensens deraf afledte forsøg på at rationalisere religiøsiteten, havde splittet den harmoniske helhed.
Brøchner lukkede debatten med Problemet om Tro og Viden (1868). Rasmus Nielsens forsøg på at dele sol og vind lige havde lidt skibbrud. De yngre filosoffer lagde både Kierkegaard og den Hegelinspirerede idealisme bag sig. Brandes oversatte Stuart Mills Kvindernes Underkuelse (1869, da. s.å.) og skrev disputats om Taine. Harald Høffding, som var et år yngre end Brandes og under fejden havde støttet Rasmus Nielsen med bogen Philosophie og Theologie (1866), udsendte få år efter de første introduktioner til positivismen, Philosophien i Tydskland efter Hegel (1872) og Den engelske Philosophie i vor Tid (1874).
Værket Dansk litteraturs historie i fem bind udkom i årene 2006-2009. Teksten ovenfor er kapitlet 1860'ernes debat om tro og viden.