Hjem til klassikerne
Trods Gjellerups tilslutning til den frie tanke og moderne prosaformer var Germanernes Lærling også første skridt på hans vej bort fra det moderne gennembruds program. Mens Schandorph med sin tilslutning til gennembrudsideerne afviklede en tillært idealisme og fandt tilbage til den folkelighed, han kendte fra sit barndomsmiljø, gjorde Gjellerup den modsatte bevægelse. Ved faderens tidlige død kom han i huset hos sin mors fætter, præsten Johannes Fibiger, der skrev en lang række dramaer og fortællinger med bibelske og religionshistoriske motiver. Han voksede således op i et overordentlig litterært hjem, hvor den klassiske litteratur og den romantiske idealisme var i højsædet.Gjellerups tilslutning til det moderne gennembrud var et forsøg på at frigøre sig fra dette liv i bøgernes verden.
I studietiden blev han optaget af Brandes' kamp for realismen og naturalismen og overbevist fritænker. Alligevel tog han teologisk embedseksamen i 1878, men ikke for at blive præst. Han ville være digter og skrive poesi i de klassiske genrer. Læserne foretrak imidlertid prosafortællinger, så efter En Idealist udsendte han endnu en nutidsskildring, „Det unge Danmark“ (1879), og den historiske fortælling Antigonos (1880), som var tilegnet Edv. Brandes. Han havde tidligt sendt sine manuskripter både til Georg og Edvard Brandes, som vejledte hans forfatterskab. Hans første digtsamling, Rødtjørn (1881), var tilegnet Georg Brandes og indeholdt det storslåede hyldestdigt „Ave“, der beskriver hans oplevelse af Brandes på katederet:
Dér stod du sirlig i den sorte Kjole med snehvid Halsklud, paaklædt som til Dans, en revolutionær Carmagnole som den, du spilled op til hertillands, saa alt, hvad der var Ungdom i herhjemme sprang op med et ved Klangen af din Stemme og næsten dansed sig fra Sind og Sans, mens bag af Dansen gik den gamle Skole; 
Han er selv kommet sent med i bevægelsen, men indrullerer sig med hud og hår i fremskridtshæren:
Som Livets Skat jeg Skæbnen bad at skænke mig et Navn forhadt af deres Had, som hade dig, men elsket af den samme Slægt, der har dit Ry i Varetægt, den Slægt, hvis Fødder staa paa Fremtidsmaalets Vej.
Digtsamlingen havde været undervejs i nogle år. Brandes havde rettet den igennem, tilføjet enkelte strofer og fundet titlen i det indledende digt som erstatning for Gjellerups „Tidselblomster“, der virkede mere forargelig.
Samtidig fik Gjellerup universitetets guldmedalje for en afhandling om den darwinistiske arvelighedsteoris betydning for moralen, og ved Darwins død i 1882 udsendte han digtet Aander og Tider. Et Rekviem over Charles Darwin. Han var med i foreningen „Bogstaveligheden“, som blev dannet i 1880 og omfattede alle gennembruddets hovednavne, og Brandes havde ham med på listen over de forfattere, der skulle portrætteres i Det moderne Gjennembruds Mænd.
Gjellerups næste roman, Romulus (1883), fortsatte imidlertid, hvor Germanernes Lærling sluttede. Den foregår i den noble københavnske middelklasse og er uden politisk tendens. Den handler om hesten Romulus, der mishandles til døde af en sadistisk berider, og om en ung mands kærlighed til den kvinde, der forsøger at redde dyret. Brandes skrev en rosende anmeldelse i Morgenbladet, men kritiserede sammenhængen mellem heste- og kærlighedshistorien, idet han læste hesten som symbol på en social uret, som romanen undlader at udfolde for i stedet at indsnævre perspektivet til kærlighedshistorien. Desuden kritiserede han den lange forhistorie og de vidtløftige dialoger. Gjellerup svarede samme sted, at hans teknik ikke afveg fra de franske forfatteres, og i et privat brev til Brandes, at hesten ikke symboliserede sociale problemer, og at romanen ikke indeholdt nogen social indignation. I øvrigt forkortede han teksten efter Brandes' anvisninger til den tyske udgave og de senere danske.
Gjellerup skrev Romulus i Venezia under sin store udlandsrejse til Tyskland, Italien, Grækenland og Tyrkiet. Da han vendte hjem ved årsskiftet 1883-84, var forholdet til Brandes ødelagt. Drachmann havde netop erklæret Brandes åben krig med „Ostende-Brügge“. Han havde „om-krystalliseret“ sig, skrev han til Gjellerup. Sammen med grundtvigianerne ville han skabe en ny bevægelse, der skulle gøre op med „det naturalistiske Hovmod, den franske Gøren-Kaal-paa-Idealerne, den udanske, hjemløse, rodløse Opposition“.
Gjellerup afslog dog at tilslutte sig Drachmanns nye „danske Bevægelse“. Han udsendte to bøger med indtryk fra sin rejse. I sidste kapitel i den anden, Vandreaaret. Skildringer og Betragtninger (1885), gjorde han op med både Brandes, som ikke havde taget ham med i Det moderne Gjennembruds Mænd, men i stedet forsøgt „at gøre Broderen til dansk Digter“, og Drachmanns „Voldsomhed og injurierende Tone“ over for Brandes. Gjellerup medgav, at problemdigtningen havde skabt gavnligt røre i åndslivet, men han kritiserede den for at have hæmmet diskussionen af litteraturens kunstneriske indhold. Realismen er en agtværdig kunstretning, men den må indordne sig som et stofligt element i en idealistisk kunst. Det havde været Brandes' hensigt at forene realismen og idealismen i en „human Naturalisme“, mente Gjellerup. Brandes havde defineret naturalismen som det at tage sit standpunkt „indenfor Alnaturen“. Det var den naturalisme, Gjellerup havde tilsluttet sig, der vel kunne „udelukke en religiøs, men ikke en humanistisk Idealisme.“ Brandes' nyligt publicerede artikel om Arne Garborg i Tilskueren (januar 1885) viste imidlertid, at naturalismen havde en tendens til at udelukke de „ideale Elementer“, som Gjellerup interesserede sig for, og i stedet fremstille „det brutaleste Driftsliv og de mest egoistiske Motiver som det rent menneskelige“.
Medvirkende til Gjellerups brud med Brandes var hans forelskelse i Eugenia Bendix, der var gift med Brandes' fætter, cellisten Fritz Bendix. Hun forlod sin mand i 1884 og tog ophold hos Gjellerups plejeforældre, indtil parret efter separationstiden kunne gifte sig i 1887. Hun var fra Dresden, og der slog de sig ned 1887-89 og igen fra 1892. Gjellerup skrev efterhånden på tysk og opfattede sig som tysk forfatter. Han udgav en lang række værker i mange genrer. Han var dybt optaget af Nietzsches og Schopenhauers filosofi, skrev i 1890 en monografi om Wagner og brugte selv Nibelungenstoffet og den ældre edda i sine historiske og mytologiske dramaer, der senere også blev præget af buddhisme og indisk tænkning. I 1889 var han kommet på Finansloven, men da hans mytologiske digtning ikke vandt større interesse, måtte han jævnligt skrive de samtidsfortællinger, som læserne foretrak, herunder romanerne Minna (1889) og Møllen (1896). Den sidste er filmatiseret flere gange. I 1917 modtog han sammen med Henrik Pontoppidan Nobelprisen som den første danske forfatter.
Værket Dansk litteraturs historie i fem bind udkom i årene 2006-2009. Teksten ovenfor er kapitlet Hjem til klassikerne.