Niels Lyhne
 Niels Lyhne er også en historisk roman, idet den foregår i generationen før Jacobsens egen. Niels, hvis livshistorie den fortæller, er født i 1828 og dør som frivillig soldat i 1864. Den historiske kulisse er imidlertid en anakronisme. Georg Brandes skrev efter læsningen 25.12.1880, at bogen virker som et tilbagedateret brev – når der står 1850'erne, tror man, det er en trykfejl for 1870'erne. Jacobsen lagde handlingen tilbage til tiden før det moderne gennembrud, for at vennerne ikke skulle betragte den som en kritik af de nye ideer. Det tog igen fire år at skrive bogen. For sit helbreds skyld tilbragte han størstedelen af årene 1877-79 dels i Montreux, dels i Italien, hvor han skrev halvdelen af bogen. Den sidste halvdel blev skrevet i Thisted i 1880.
Igen føres hovedpersonen igennem en allé af bipersoner, som Brandes skrev i Det moderne Gjennembruds Mænd. Stoffet samler sig i fire hovedgrupper, hvor en kvinde hver gang er den centrale biperson, den smukke døende Edele Lyhne, den frigjorte Tema Boye, den elskede Fennimore og Niels' unge hustru Gerda. I alle scenerne væves de tre hovedtemaer, fritænkeriet, fantasteriet og erotikken sammen på nye måder. Hele bogen indledes med to kapitler om Niels' forældre og afsluttes med et kapitel om hans død. Barndomsvennen Erik og en bekendt, doktor Hjerrild, er væsentlige bipersoner.
Niels stammer fra en herregård i Jylland, og fra fødslen strides forældrenes forskellige temperamenter, moderens sans for poesi og hang til drømmeri og faderens traditionsbundne realisme, om hans sind. Niels' virkelighedsopfattelse spaltes i en indre og en ydre verden med forskellige love. Da han bliver 12 år, ankommer huslæreren hr. Bigum og hans 26-årige faster Edele, som har overanstrengt sig i det københavnske selskabsliv. Bigum er romanens billede af en fantast. I verdens øjne er han en lavstammet fyrreårig teologisk kandidat, men selv er han forundret over „sin Sjæls vidunderlige Rigdom“. Eftersom ingen ser, hvad han rummer, foragter han „Menneskeheden“, men hans fantastiske selvovervurdering får sit knæk, da han forelsker sig i Edele og erkender, at selv om han lægger alle sin sjæls rigdomme for hendes fødder, vil hun ikke sige ja til hans frieri. Hun afviser ham, men hun forstår ham også, for hun lider selv af ulykkelig kærlighed til en skuespiller:
Man lukker sine Øjne i for det virkelige Liv, man vil ikke høre det Nej, det raaber imod Ens Ønsker, man vil glemme det dybe Svælg, som det viser En, at der er mellem Ens Længsel og det man længes for. Man vil have sin Drøm frem. Men Livet regner ikke med Drømme, der er ikke en eneste Hindring, der lader sig drømme ud af det Virkelige, og saa ligger man tilsidst der, jamrende ved Svælget, der ikke har forandret sig, men er som det altid var;
Niels og præstens Frithiof leger, at de er Holger Danske i kamp med de vilde saracenere, eller de bygger et Gurre nede ved fjorden og sidder som Valdemar sørgende ved en lille død fisk, der symboliserer Tove. Niels' barndom minder om Jacobsens egen. Han er på mange punkter et selvportræt. Ved Edeles ankomst er han blevet for stor til de gamle lege. Nu drømmer han i stedet over de bøger, han læser, og som han kan genfortælle for Frithiof. Hans driftsliv vågner ved synet af Edele liggende henslængt på en puf, klædt i en sigøjnerdragt, med bare ben og det udslåede hår flydende hen ad gulvtæppet. Hun er nu „et vidunderligt ophøjet Menneske, Guddommeliggjort ved en sælsom Skjønhedens Mystik.“ Scenen er en af de mange, der viser Jacobsens evne til med sprogets syntaks, rytme, billeder og klangfarve at skabe en stemning, der lader læseren ane personernes ubevidste følelser.
Tuberkulosen lægger Edele på dødslejet, men skønt Niels inderligt beder Gud om at lade hende leve, bønhøres han ikke, „og han trodsede og viste Gud ud af sit Hjærte“. Som erstatning for Edele får Niels sin slægtning, den jævnaldrende Erik i huset. Sammen med Frithiof udgør de et trekløver, der minder om personerne i Hans Egede Schacks Phantasterne. Erik skal være kunstner. Ved hans afrejse brænder Niels i en gestus sine legesager. Hans barndom er slut, han har set grænserne for både troen, drømmen og kærligheden.
Niels er blevet student og møder Tema Boye i det atelier, hvor Erik er i lære. Hun er en velstillet enke på 30 år, der har brudt med sin fine familie, levet i Italien med en elsker, som var „en bekjendt dygtig Kritiker“, røget opium og nu går ind for Shakespeare, „det Naturlige“ og alt det nye. Brødrene Brandes overvejede, om den 'dygtige kritiker' henviste til Georg Brandes, men Jacobsen fastholdt, at modellen var Brandes' forgænger P.L. Møller, at Edeles elskede var samme periodes store skuespiller Michael Wiehe, og at det nye opstod hos romantikkens første fritænkere, H.V. Kaalund (1818-85) og Kristian Arentzen (1823-99). Oplevelsen af 'det nye' har dog en så personlig karakter, at der ikke er tvivl om, at gruppen om fru Boye er tegnet efter kredsen om Brandes:
unge Folk, vordende Digtere, Malere, Skuespillere og Arkitekter, allesammen Kunstnere paa deres Ungdom mere end paa deres Talent, allesammen fulde af Haab, modige, kamplystne og saare lette at begejstre. Der var vel enkelte iblandt dem af disse stille Drømmere, der bræge vemodigen mod en svunden Tids svundne Idealer, men de fleste af dem var opfyldte af det, der den Gang var det Nye, drukne af det Nyes Theorier, vilde af det Nyes Kraft og blændede af dets Morgenklarhed. Nye var de, forbitret nye, nye indtil Overdrivelse, og det maaske ikke mindst, fordi der inderst inde var en sælsom, instinktstærk Længsel, der skulde overdøves, en Længsel, det Nye ikke kunde stille, verdensstort som det Nye var, Alt omfattende, Alting mægtigt, altoplysende.
Niels forelsker sig i fru Boye og føler samtidig sit digtertalent vokse, men hun ender med at søge tilbage til sin familie og opgive sine moderne synspunkter under henvisning til sit køn: „vi Fruentimmer, Niels, vi kan nok for en Tid rive os løs, naar der er Noget i vort Liv, der har lukket Øjnene op paa os for den Frihedstrang, vi alligevel har, men vi holder ikke ud, vi har nu en Gang en Passion i Blodet for det Korrekteste af det Korrekte“.
Niels rejser til Jylland med Erik, hvor de begge forelsker sig i Fenni-more. Hun bliver gift med Erik, men efter tre år er deres forhold slidt ned. Niels tager på besøg for at opmuntre vennen, men genopliver i stedet sin kærlighed til Fennimore, som hun nu gengælder. Fennimore er en moderne udgave af Marie Grubbe. Hun valgte Erik af en erotisk hengivenhed, hvoraf han kun nyder den kødelige del. Det symboliseres ved en kasseret afstøbning af hendes hånd, der holder et æg. Erik havde formet den i deres kærligheds første dage, men da Niels og Fennimore finder den, har Erik skåret ægget igennem og malet en gul blomme i det. Fennimore gentager en kritik af mændenes kvindesyn, som også Tema Boye havde udtrykt: „hvorfor skal I saa med den ene Haand kaste os op imod Stjærnerne, naar I dog med den anden maa trække os ned. Kan I ikke lade os gaa paa Jorden ved Siden af Jer, Menneske ved Menneske, og ikke det mindste mer“. Bagsiden af kvindeidealiseringen er foragten, når manden har taget hende i besiddelse. Fennimore føler, hun er blevet sin „Mands Skjøge (…) en Mands Kone“. Erik trøster sig med en flok drikkekammerater. Han vælter med sin vogn og dør, men det kaster kun Fennimore ud i selvbebrejdelser og vrede mod Niels.
Berøvet sine drømme og sin kærlighed har Niels kun ateismen tilbage. I et indskudt kapitel midt i bogen har Jacobsen ladet ham fremlægge sin ateistiske overbevisning over for vennen Hjerrild, der ligesom Niels spiser på restaurant juleaften. Tanken er, at med Gud forsvinder „det truende Spejderøje“ i himlen, jorden bliver menneskenes rette fædreland, som de nu kan bruge alle kræfter på at nyde og forbedre. Niels flytter hjem til sin herregård, gifter sig med den purunge Gerda og får en søn. Af kærlighed til Niels overtager Gerda hans ateisme, men den nye tro holder ikke, da hun ligger for døden. Hun beder ham hente en præst. Kort efter bliver sønnen syg, og Niels griber i fortvivlelse selv til bønnen. Sønnen dør, og Niels har mistet tilliden til sig selv og „sin Tro paa Menneskets Magt til at bære det Liv, det faar at leve“. Han melder sig frivilligt til hæren og såres dødeligt. Hjerrild, der arbejder på lazarettet, spørger, om han vil se en præst, men det afviser Niels. Han får næsten præg af Don Quijote, når han i febervildelse fabler om „sin Rustning og om, at han vilde dø staaende“. Det kaster et ironisk skær over hans ateisme som en trodsig modstand mod den virkelighed, der alligevel indhenter ham: „Og endelig døde han da Døden, den vanskelige Død“.
Bogen blev modtaget som stor sprogkunst, men indholdet forvirrede anmelderne. De konservative aviser overvejede, om bogen var en advarsel mod ateismen. Brødrene Brandes anmeldte den venskabeligt, men ærgrede sig indbyrdes over, at den var „lutter abstract Indvendighed“ på et tidspunkt, hvor de havde hårdt brug for førsteklassespassagerer i fremskridtstoget.
Mens „Mogens“ sluttede harmonisk, og Fru Marie Grubbe endte med resignation, dør Niels ribbet for alle illusioner. Jacobsen havde gjort et personligt regnskab op, som han skrev til Georg Brandes i 1878. I årene 1881-84 boede han i København og lagde planer for nye bøger. Han skrev et par noveller med italienske scenerier, „Pesten i Bergamo“ om middelalderens flagellanter og „Fra Skitsebogen“, der beskriver en italiensk villa og det proverbe med en samtale mellem to pager om lykken, som kunne udspille sig der. Sammen med „Mogens“ og to tidligere trykte noveller, „Et Skud i Taagen“ om et hævnmord og „To Verdener“, der foregår i Østrig og handler om en kvindes meningsløse selvmord, udkom de i Mogens og andre Noveller. Samlingens sidste novelle, „Fru Fønss“, er skrevet i en klarere, mindre malende prosa end han tidligere havde brugt. Den handler om en kvinde, der efter sin mands død, på trods af sine børns modstand, vælger at fortsætte livet med en ny mand, sin ungdoms elskede. Før sin død skriver hun et afskedsbrev til børnene, der peger på muligheden for, at livet på jorden kan række ud over døden i de efterladtes erindring.
Den, der skal dø, kjære Børn, er saa fattig; jeg er saa fattig, for hele denne dejlige Verden, som nu i saa mange Aar har været mit rige, velsignede Hjem, den skal tages fra mig, min Stol skal staa tom. Døren skal lukkes paa mig og jeg skal aldrig sætte min Fod der mere. Derfor ser jeg paa Alt med den Bøn i mit Øje, at det skal holde af mig, derfor kommer jeg og beder Jer elske mig med hele den Kjærlighed, I en Gang gav mig, for husk paa, det at mindes, det er al den Del i Menneskenes Verden, der fra nu af vil være min. Blot at mindes, slet ikke mer.
I juli 1884 rejste J.P. Jacobsen hjem til Thisted, hvor han døde 30. april 1885. Ønsket om at blive mindet er gået i opfyldelse for ham. Hans tre bøger blev alle klassikere i dansk litteratur.
Værket Dansk litteraturs historie i fem bind udkom i årene 2006-2009. Teksten ovenfor er kapitlet Niels Lyhne.