Un cop finalitzada la compilació, podeu instal·lar el nucli personalitzat com qualsevol altre paquet. Heu d'executar, com a superusuari, dpkg -i ../linux-image-3.16-subarquitectura_1.0.custom_s390x.deb. La part subarquitectura és una subarquitectura opcional en funció de les opcions del nucli seleccionades. L'ordre dpkg -i instal·larà el nucli, juntament amb d'altres fitxers de suport. Per exemple, s'instal·larà System.map (que serà d'ajuda en els problemes de depuració del nucli), i també s'instal·larà el fitxer /boot/config-3.16 que contindrà el conjunt d'opcions de configuració actuals. El paquet del nucli es prou intel·ligent per actualitzar automàticament el vostra carregador d'arrencada per utilitzar el nou nucli. Si heu creat un paquet amb mòduls, necessitareu instal·lar eixe paquet també.