Solo un 30%, de las 1.800 hectáreas que constituyen el Complejo Arqueológico de Choquequirao ha sido rescatado; el sitio ha sido convencionalmente dividido, por los arqueólogos, en varios sectores, siendo actualmente 12 los que están parcialmente restaurados y abiertos al público.
Otros sectores, más alejados y cubiertos por la vegetación, aún no han sido investigados, lo que actualmente es un reto para los arqueólogos encargados.
Choquequirao presenta una distribución urbanística típica de los pueblos inca, con un sector alto “hanan” y una parte baja “hurin”.
Desde la parte alta, como columna vertebral, baja el canal principal de agua que abastecía al pueblo, organizando la disposición de los edificios.
Sus múltiples edificaciones, templos, almacenes, lugares para reuniones, habitaciones, plazas, piletas, graderías, se adaptan a la topografía del terreno y la arquitectura se adapta a la naturaleza: muros que se alinean con los perfiles de los cerros, ventanas que hacen de marco a las cumbres, Choquequirao es rico de detalles encantadores.
A diferencia de Machu Picchu, las construcciones de Choquequirao han sido realizadas usando piedra laja local, unida con argamasa de barro.
El emplazamiento de Choquequirao cuenta con un imponente sistema de andenes, parte con uso de contención y parte con uso agrícola, construidas en ambas laderas que bajan hacia el cañón del Río Apurímac, en los lados este y oeste del Complejo principal.
En los muros que forman las andenerías del lado oeste (sector llamado Llamayoc) existen 23 mosaicos pétreos representantes figuras conocidas como “llamas del sol”: un detalle único hasta ahora descubierto en el mundo inca.
Todo culmina en el “ushnu”, la plataforma ceremonial y de observación astronómica, desde donde se domina al mundo; el Río Apurímac 1600 m. más abajo, las cumbres de los cerros y sus nevados 2000 m. más arriba, los cerros más bajos, los altiplanos, las valles.