Systeme de connaissance expert dedie a la recherche translationnelle dans les maladies rares
Environ 6000 a 8000 maladies rares differentes existent aujourd'hui, affectant environ 6 a 8% de la population mondiale. La grande majorite d'entre elles correspond a des maladies genetiques, pour lesquelles il n'existe pas de traitement curatif. La revolution genomique a augmente l'espoir d'obtenir des traitements specifiques du defaut genetique pour de nombreuses maladies. Dans ces conditions, le traitement et l'analyse des donnees ne sont pas triviaux et s'eloignent de la simple routine.Cette these rapporte la creation de Saut d'exon, capables d'aider les chercheurs et les cliniciens a identifier les mutations responsables de certaines maladies et developper de nouvelles strategies therapeutiques. Ainsi, les systemes Human Splicing Finder et UMD Predictor permettent respectivement de predire l'effet d'une mutation sur l'epissage et la fonction de la proteine. Ils ont ete valides grace a des jeux de donnees de reference et/ou issus de la litterature, et peuvent aider les cliniciens a annoter correctement les variations de signification inconnue. De plus, cette these propose deux outils a visees therapeutiques Skip E, un outil d'identification des AON candidats a la therapie par saut d'exon, et NR Analyser, un systeme de prediction des codons de terminaison prematures candidats a la therapie par translecture des codons stop.Ces differents systemes s'integrent dans un projet plus global dedie a la recherche translationnelle. Par ces deux volets, predictif et therapeutique, cette these s'inscrit dans une strategie de recherche en adequation avec les objectifs du Consortium International pour la Recherche contre les Maladies Rares, l'IRDiRC.