Bioinformatic analysis of the genomes of epidemic pseudomonas aeruginosa. (Analyse bioinformatique des genomes d'une souche epidemique de pseudomonas aeruginosa)
Le Pseudomonas aeruginosa est un pathogene nosocomial majeur. Le clone ST235 est le plus prevalent des clones internationaux dits a hautris que. Ce clone est tres frequemment multi resistant aux antibiotiques, ce qui complique la prise en charge des infections dont il est a l'origine.Malgre son importance clinique, la base moleculaire Du succes du clone ST235 n'est pas comprise.Dans ce travail, nous avons cherche a comprendre l'origine spacio temporelle de ce clone et les bases moleculaires de son succes. A l'aide d'outils bio informatiques existants ,nous avons trouve que le clone ST235 a emerge en Europe en 1984 et que tous les isolates ST235 produisent l'exotoxine ExoU. Nous avons egalement identifie 22 genes Contigus specifiques de ce clone et impliques dans l'efflux transmembranaire, dans le traitement de l'ADN et dans la transformation bacterienne. Cette combinaison unique de genes a pu contribuer a la gravite des infections dues a ce clone et a sa capacite a acquerir des genes de resistance aux antibiotiques. Ainsi, la diffusion mondiale de ce clone a probablement ete favorisee par l'utilisation extensive des fluoroquinolones, puis il est de venu localement resistant aux amino glycosides, aux b lactamines, et aux carbapenemes par mutation et acquisition d'elements de resistance. Nous avons majoritairement utilise des outils existants,mais avons decouvert que les programmes de detection des sequences d'insertions (IS, ayant un role important dans l'evolution des genomes bacteriens) ne sont pas adaptes aux donnees dont nous disposions. Nous avons ainsi mis au point un outil (appele panISa) qui detecte de facon precise et sensible les IS a partir de donnees brutes de sequencage de genomes bacteriens.