Genotype and subgenotype of swine HEV
目的 调查猪HEV的基因型和亚型.方法 收集新疆南部和广西柳州地区3月龄以下猪粪便标本134份,用巢式逆转录聚合酶链反应法(RT-nPCR)检测戊型肝炎病毒核糖核酸(HEVRNA),对RT-nPCR阳性扩增产物进行克隆测序,用Vector NTI Suite 9.0和TreeView软件与目前新的分型方法所选参考序列进行核苷酸序列相似性比较和生物进化树分析.结果 新疆和广西猪粪便标本的HEV RNA阳性率分别为3.64%(2/55)和3.80%(3/79),命名为XJ3-2、XJ3-6、GX3-1、GX5-2和GX6-3.5株猪HEV的开放阅读框架1(ORF1)的部分核苷酸序列与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型HEV的相似性分别为74%～77%、76%～77%、73%～81%和82%～98%.同时对开放阅读框架2(ORF2)部分核苷酸序列进行了分析,GX3-1和GX6-3与Ⅳb亚型相似性最高,为88%～95%.GX5-2、XJ3-2和XJ3-6与Ⅳa亚型相似性最高,为90%～96%.结论 新疆和广西5株猪HEV均属于基因型Ⅳ,新疆2株为Ⅳa亚型,广西1株为Ⅳa,另2株为Ⅳb亚型.未检测到HEV基因Ⅰ型和Ⅲ型。