DETECCION Y SECUENCIACION DEL GENOMA DEL Potato Virus Y (PVY) QUE INFECTA PLANTAS DE TOMATE EN ANTIOQUIA, COLOMBIA
espanolEl Potato virus Y (PVY) es uno de los virus mas limitantes en cultivos de so lanaceas. En la region andina es frecuente encontrar cultivos mixtos de estas especies vegetales, lo cual facilita la inoculacion cruzada con este virus. Estudios recientes en el departamento de Antioquia, Colombia, han detectado altos niveles de incidencia y variacion genetica de PVY en papa y tomate de arbol. Con el fin de evaluar si esta situacion tambien ocurre en los cultivos de tomate de esta region, se realizo una secuenciacion de nueva generacion (NGS) del transcriptoma de tejido foliar de tomate, como base para la caracterizacion molecular del PVY en este hospedero. Se determino, ademas, su incidencia en tres lotes de cultivo con TAS ELISA y se confirmo su presencia por RT PCR en tiempo real (RT qPCR) El PVY fue detectado en el 13,3% de las 45 muestras foliares analizadas mediante TAS ELISA y se confirmo por RT qPCR con valores de ciclo umbral (Ct) de 14,31 a 33,8 y temperaturas de fusion (Tm) de 77,5 1,5 degC. Los analisis bioinformaticos identificaron la ocurrencia de dos variantes de PVY en proporciones de 3:2. Sus genomas tienen un tamano de 9726 nt y comparten 97,5 de identidad; codifican para una poliproteina de 3061 aminoacidos, con regiones no traducidas (UTR) 5' y 3' de 218 y 325 nt, respectivamente. Los analisis filogeneticos, tanto de la poliproteina como de la capside de ambas variantes, indican su afinidad con genotipos de PVY NTN y constituyen el primer reporte en America del genoma completo de este virus en el cultivo de tomate. EnglishPVY is one of the most limiting viruses in solanaceous plants. These crops are frequently planted together facilitating their cross inoculation with this virus. Recent studies in Antioquia, Colombia, detected high levels of incidence and genetic variability of PVY infecting potato and tamarillo. In this study, Next Generat ion Sequencing (NGS) transcriptom e analysis of tomato leaves was used to confirm the presence of PVY in tomato crops in that region; virus incidence was evaluated in three plots using TAS ELISA and further confirmed by real time RT PCR (RT qPCR) TAS ELISA of 45 leaf samples detected PVY in 13.3 of them; RT qPCR confirmed the serological results with thres hold cycle values in the 14.31 and 33.8 range and a Tm of 77.5 1.5 degC. Bioinformatic analysis confirmed the presence of two PVY variants (proportion 3:2) sharing 97.5 of sequence identity. Both genomes are 9726 nt in size and code for 3061 amino acids polyprotein flanked by 5 and 3 untranslated regions (UTR) of 218 and 325 nt. Phylogenetic analys is of both the sequences coding for the coat protein and the complete polyprotein suggest phylogenetic affinity with PVY NTN. To our knowledge, this is the first American report of a complete PVY genome naturally infecting tomato.