Diversite des populations d'Escherichia coli et leurs variations au cours du temps au sein du microbiote intestinal
Resume Escherichia coli est la bacterie aero anaerobie facultative commensale de l'intestin de l'Homme et des autres mammiferes la plus abondante. Il s'agit egalement du premier agent responsable d'infections extra intestinales. Depuis les annees 2000, on la retrouve au premier rang des especes cles impliquees dans l'emergence et la diffusion des resistances acquises aux antibiotiques, servant entre autre de vecteur aux genes codant pour les b lactamases a spectre etendu de type CTX M. De par son spectre d'hotes tres large, E. coli est donc au centre d'un veritable enjeu de sante publique mondiale. Des lors, il est important d'etudier la structure genetique de la population d'E. coli dans le tube digestif, fruit de pressions de selection qui decoulent a la fois de son environnement immediat, et de celui de son hote. L'espece se decline en 7 groupes phylogenetiques principaux A, B1, B2, C, D, E et F. Les souches de ces groupes phylogenetiques ont des capacites de colonisation du tube digestif et de pathogenicites intestinales et extra intestinales differentes. Le caractere particulierement virulent des souches pathogenes du groupe B2 serait une consequence secondaire de leur aptitude a coloniser de maniere efficace le tube digestif d'un individu. Cette dualite entre commensalisme et pathogenese opportuniste fait de E. coli un parfait marqueur pour surveiller l'emergence au sein des flores commensales de souches potentielles virulentes et resistantes aux antibiotiques.