text: Например, если матрица похожести задается таблицей то выравнивание: GTTAC‒‒ G‒‒ACGT со штрафом за разрыв d = − 5 {\displaystyle d=-5} будет иметь следующую оценку: S ( G , G ) + 2 × d + S ( A , A ) + S ( C , C ) + 2 × d {\displaystyle S(G,\;G)+2\times d+S(A,\;A)+S(C,\;C)+2\times d} = 7 + ( 2 × − 5 ) + 10 + 9 + ( 2 × − 5 ) = 6. {\displaystyle =7+(2\times -5)+10+9+(2\times -5)=6.} Для нахождения выравнивания с наивысшей оценкой назначается двумерный массив (или матрица) F {\displaystyle F} , содержащая столько же строк, сколько символов в последовательности A {\displaystyle A} , и столько же столбцов, сколько символов в последовательности B {\displaystyle B} .