text: Пример извлечения картирований, перекрывающихся с основаниями 10-13 на хромосоме 1: samtools view sample_sorted.bam chr1:10-13 Чтобы записать извлеченные картирования в файл, требуется указать формат выходного файла (опция -b для BAM), флаг -h для включения заголовка в результирующий файл, а также формат файла: samtools view -h -b sample_sorted.bam chr1:10-13 > tiny_sorted.bam faidx faidx индексирует входной FASTA-файл и создает индекс-файл fasta.fai.