Fysieke controles zijn de controles die TC&O uitvoert op de weg en bij de aankomst bij de scholen. De controles worden uitgevoerd aan de hand van een controleformulier die de vervoerscontroleur van TC&O invult aan de hand van de uitvoering van een rit. Deze controles kunnen zeer uitgebreid zijn. Administratieve controles worden (voornamelijk) maandelijks uitgevoerd. Ze hebben betrekking op bijvoorbeeld de rittenindeling, rijtijdenregistratie en klachtenregistratie. De administratieve controles worden op een aantal manieren uitgevoerd. Zo wordt eens per jaar de routeplanning van de vervoerder gecontroleerd op de meest efficiënte routes met daarbij de kortst mogelijke reistijd voor de leerlingen. De meeste controles worden uitgevoerd door het speciaal ontworpen administratiesysteem van TC&O, waarin de ritgegevens en de klachten van de vervoerders worden geladen. TC&O heeft reeds ervaring met het inladen van de ritgegevens van diverse vervoerders.
De kwaliteit van de fysieke controles wordt geborgd op een aantal manieren: TC&O stelt voor de vervoerscontroleur een vaste, eenduidige werkwijze op, waarin de controlepunten volgens deze offerte zijn opgenomen. Bij elke controle die uitgevoerd wordt door de vervoerscontroleur, volgt hij het vaste papieren controleformulier. Dit controleformulier werkt tevens als stroomschema. Hierdoor worden controlepunten niet vergeten. De papieren controleformulieren worden na verwerking in de database, gearchiveerd. Hierdoor beschikt TC&O altijd over het originele controleformulier mocht naslag nodig zijn. Tevens is er hierdoor een versie digitaal beschikbaar. Dagelijks wordt er door een externe partij een back-up gemaakt van de data van TC&O. Hierdoor is dataverlies niet mogelijk. Mogelijke ziekte of verlof van de vervoerscontroleur wordt er een vast vervanger aangewezen die te werk gaat volgens de vastgelegde werkwijze.