美國生物燃料原料的作物有兩種，一是黃豆，另一種是?
玉米
生物燃料，生質燃料或生態燃料，泛指由生物質組成或萃取而成的固體、液體或氣體。生物質可以用三種不同的轉化方法轉化為易於利用、含有能量的物質，包含：熱轉化，化學轉化，和生物化學轉化。此生物質轉換可能會產生固體，液體或氣體的形式，而這種新的生物質可用作生物燃料。所謂的生物質係指有機活體或者有機活體新陳代謝的產物，例如牛糞。不同於石油、煤炭、核能等傳統燃料，這種新興燃料是可再生燃料。因為油價上漲和能源安全的需要，生物燃料越來越受歡迎。然而，根據歐洲環境署，生物燃料並不一定能減緩全球變暖。生物燃料其中一種定義是「至少80％的體積是由十年內生產的有機活體物質提煉出的燃料。」
代謝有一個特點：無論是任何大小的物種，基本代謝途徑也是相似的。例如，羧酸，作為檸檬酸循環中的最為人們所知的中間產物，存在於所有的生物體，無論是微小的單細胞的細菌還是巨大的多細胞生物如大象。代謝中所存在的這樣的相似性很可能是由於相關代謝途徑的高效率以及這些途徑在進化史早期就出現而形成的結果。動植物和微生物的大部分組成結構是由三類基本生物分子所構成，這3類分子是胺基酸、醣類和脂類。由於這些分子是維持生命所必需的，代謝既製造這些分子以用於構建細胞和組織，又在攝入食物後將食物中的這些分子消化降解以提供維持生命所需的能量。許多重要的生化物質可以聚合在一起形成多聚體，如去氧核醣核酸和蛋白質。這些生物大分子對於所有的生物體都是必要的組分。
專門培植為生物燃料原料的作物，有主要在美國出產的玉米和黃豆；主要在歐洲的亞麻籽和油菜籽；巴西的甘蔗；東南亞的椰子油。工業、農業、林業、一般家庭製造出可生物分解的產物都可以作為原料，例如：稻草、麥梗、稻糠、木材、糞便、廢水和廚餘……等。這些原料經由無氧消化轉換為生化氣體。製成燃料的生物質，其原料常常是一些未被充分使用的廢棄物，像稻秣與動物廢棄物。至於木材與草的品質並不直接影響能量產生的多寡。現在有許多科學家開始研究使用藻類或藍菌做為另一種生物燃料的原料，應用的層面包括生質柴油、甲醇、乙醇、甲烷，甚至氫燃料。以大麻做為原料的研究也在增加，但大麻的研究還得面對法律方面的問題。巨皇草收成快體積大，燃燒時與煤炭的能量比為5:3所以5噸可以取代3噸煤炭，另外該草不必像生物柴油一樣經過提煉過程為液態才能使用，簡單加工後可以直接燃燒，適用經濟較貧困的地區或低成本產業，所以巨皇草已經被列為尖端抗暖化措施在進行研究。在一些工業化的國家，例如德國，因為一般燃料的課稅比食物的高，所以由每單位食物產生能量的價錢較用一般燃料便宜。
為了種地而燒荒拓墾，可能排放許多的二氧化碳，需要數十年甚至數個世紀的生物燃料才能補償。為了製造及運輸生物燃料也會產生污染、二氧化碳排放及使用水資源、化學肥料。在地生產使用生物燃料可以減少這些問題，但是就算在地生產，有些生物燃料在環保上可能還是不值得，例如有研究顯示、一些已經量產的生質酒精其實是高污染燃料。在經濟上也可能不值得，例如玉米酒精比化石燃料製造出更多的碳及污染排放。為了生產生物燃料，許多土地被改為農地，尤其是開發新的農地也會破壞生態。由於生物燃料的需求增加，在有些第三世界國家的農民，可能把原本用來生產糧食作物的土地，拿來種植能源作物，減少糧食作物的生產。生物燃料的大量使用也造成糧食價格上漲，並威脅貧窮人口的生存。