對東羅馬來說，最為致命的是突厥語族的塞爾柱帝國在1071年占領了哪裡?
小亞細亞
邊患解決之後，阿萊克修斯著手改革拜占庭政府機構和貴族等級，建立以科穆寧家族和杜卡斯家族為核心的貴族執政聯盟，終結了貴族紛爭；仿照西歐的采邑制度推進普羅尼亞制改革，以極短的時間挽救了頻臨崩潰的帝國行政，以較低的成本重建了運作良好的行政系統與健全的軍隊體系。此外，阿萊克修斯還在1092年推展了幣制改革，恢復了因杜卡斯王朝的濫發劣幣而破產的帝國貨幣信用，重建了以帝國為中心的貿易體系。在國力逐漸恢復之後，帝國在軍事上又先後挫敗北方佩切涅格人與庫曼人的南侵，並對塞爾柱帝國進行了有力的抵抗。但由於塞爾柱帝國的軍力依然強大，因此兵力仍顯欠缺的阿萊克修斯請求羅馬教宗號召西方各國出兵幫助東羅馬帝國去收復原屬東羅馬帝國的小亞細亞的領地，使其免受異教徒侵擾。這個請求立即得到了教宗烏爾班二世的回應。1096年出現了第一次十字軍運動，大批騎士和平民離開西歐，向近東進軍。十字軍從塞爾柱帝國人手中收復了尼西亞，但救兵很快成了仇兵。阿萊克修斯一世擔心這些好勇鬥狠的騎士危及東羅馬帝國，因此要求其對自己宣誓效忠。然而當十字軍進入小亞細亞、正與塞爾柱帝國作戰時，阿萊克修斯卻試圖擴大自己的地盤，結果與十字軍首領們，特別是此前就與帝國多次交戰的南義大利諾曼人領主們種下矛盾。而在阿萊克修斯因為擔心自己兵力不濟而決定對撤走前往救援困守中的安條克城的援軍後，十字軍騎士們終於忍無可忍，在安條克防衛戰的主帥博希蒙德和他的侄子坦克雷德的煽動下，紛紛違背先前的誓言，在近東建立了4個獨立的十字軍國家。但最終，阿萊克修斯以及他的後繼者：約翰二世和曼努埃爾一世仍憑藉出色的外交手腕，使得十字軍首領們依舊保持與帝國的盟友關係，甚至通過數次成功的軍事征討，讓其中的亞美尼亞大公國和安條克公國成為帝國的附庸。
軍事在上古時代時已經出現，雖然並無實據，但根據傳說，九黎部落首領蚩尤有81名兄弟，都是銅頭鐵額。他們還懂得製造金屬兵器，在器具水平落後的遠古時期，這是很重要的軍事優勢。後來蚩尤的部落與黃帝和炎帝的部落爆發了涿鹿之戰，雙方展開了長久的戰爭，黃帝和炎帝最後勝利，把他擒殺。元朝因其軍事力量成為中國歷史上疆域最廣的朝代。有人認為，軍事為政治的一部分，但在中國古代，軍、政是分開的。而比較正式的說法為，軍事是一種政治延續，但坊間常誤稱為軍事是政治的一部分，戰爭是其延續。由於兩者的關係比較緊密，因此有人誤把軍事視為政治的一部分。
巴西爾二世去世後，東羅馬帝國的皇權開始陷入混亂。巴西爾二世共帝君士坦丁八世的女兒佐伊皇后與其情人麥可一道將羅曼努斯三世皇帝溺死在澡盆中，然後將麥可立為皇帝，號稱麥可四世。麥可死後，佐伊又將他的侄子納入自己的後宮，將其封為麥可五世。4個月後，麥可五世試圖將佐伊皇后廢黜，結果政變未遂，反被愛戴佐伊的君士坦丁堡市民推翻，用烙鐵弄瞎了眼睛，扔進修道院。62歲的佐伊隨後又與一位老情人結婚，是為君士坦丁九世。1050年佐伊去世，四年後君士坦丁九世也死了，他留下的遺產之一是1054年東西教會的永久分裂。隨後13年裡，麥可六世、伊薩克一世、君士坦丁十世、羅曼努斯四世和麥可七世相繼繼承皇位。政局的混亂只是帝國衰落的表象，隱藏在貴族們爭權奪利的滑稽劇下的現實是，他們擁有著地方大量土地資源作為其黨同伐異的後盾，而這些大量占有土地的世襲軍事貴族打亂了塞馬州的制度，破壞了農民的小土地所有制，這個長久以來帝國稅收和徵兵的基礎。假如東羅馬帝國只需要對付它的舊敵神聖羅馬帝國和阿拉伯的伊斯蘭哈里發的話，它可能還可以支持下去，但新的敵人根本不為它的聲威所嚇怕，而不斷對外強中乾的帝國進行衝擊：諾曼人征服了南義大利，而更致命的是突厥語族的塞爾柱帝國在1071年占領了小亞細亞。1071年8月，塞爾柱帝國在亞美尼亞凡湖以北的曼齊刻爾特擊敗東羅馬帝國軍隊，並迅速占領了整個小亞細亞。亞洲領土的喪失標誌著東羅馬帝國喪失了最大的兵力來源地，此後只能雇僱傭兵，這些僱傭兵包括法蘭克人、諾曼人、瓦良格人、基輔羅斯人。僱傭兵的到來，並沒有對崩潰的帝國軍事帶來多少良性影響，反而又催生了一連串的宮廷政變：1078年麥可七世被廢，軍界元老、80歲的尼基弗魯斯取而代之。阿萊克修斯·科穆寧又在1081年推翻了尼基弗魯斯三世，將皇權奪回科穆寧一系。
1039年，在埃及，哈基姆的繼任者收受了一定的財物後允許拜占庭重建聖墓教堂，雙方關係再次和平。隨後，朝聖者被允許往來於聖地，同時突厥穆斯林統治者們也認識到朝聖者之於增加財源的重要性。因此，對異教的迫害中止。然而，破壞畢竟已經造成，而後來的塞爾柱人加劇了基督教世界的堪憂。塞爾柱人原是突厥烏古斯部落聯盟的一支，居於中亞吉爾吉斯草原，以其酋長塞爾柱命名。1037年，日益強盛的塞爾柱人建立王朝。1055年，塞爾柱王朝推翻白益王朝，控制了巴格達的哈里發政權。塞爾柱帝國的擴張引發了與拜占庭帝國和法蒂瑪王朝在中東地區的利益衝突，其中1071年在曼齊刻爾特一役中拜占庭的慘敗，以及1073年耶路撒冷為塞爾柱人所占領，對十字軍東征產生了刺激作用。