後在哪位同鄉好友的勸降下，鄭芝龍投降清朝?
洪承疇
隆武政權滅亡，鄭成功避走金門，然後開始於沿海各地招兵買馬、收編鄭芝龍的舊部，更在南澳募集了數千兵力；隆武二年十二月，鄭成功在小金門，以忠孝伯招討大將軍罪臣國姓之名誓師反清。隆武三年七月，鄭成功會同鄭彩部隊攻打海澄，失敗；八月，成功又與鄭鴻逵部合圍泉州府城，清漳州副將王進率援軍至，鄭軍不敵敗退。隆武四年，原浙江巡撫盧若騰等人來歸，鄭成功蓄積實力後再次出擊，攻克同安縣。五月，鄭軍圍攻泉州；七月，清靖南將軍陳泰、浙閩總督陳錦、福建提督趙國祚等轉而攻擊同安，鄭軍不敵，守將、軍民死傷無數。不久，清援軍抵達泉州，鄭成功乃解泉州之圍，退回海上。同年，清江西總兵金聲桓、王得仁於江西起兵反清，清廣東提督李成棟亦投向明永曆朝廷，使反清復明的聲勢一時大漲；但各方反清勢力在彼此沒有默契、各自為政的情況下，大多淪為地方性的抗爭。不久後，清廷壓制了江西的金聲桓、王得仁勢力；廣東李成棟軍亦於隔年滅亡。據《續明紀事本末》卷七記載，紹武帝死後，桂王朱由榔於1646年繼任帝位，但鄭成功不知，隆武四年春正月擁立朱常清為監國。八月林察航海成功後鄭成功始知永曆帝已即位。朱由榔的使節在十月到，晉鄭成功威遠侯，鄭成功奉朔改稱永曆，淮王遜位取消監國及年號。永曆九年四月，永曆帝冊封他為延平王，從此亦有人稱成功為鄭延平。
笛卡兒的宗教信仰在學術圈中一直被嚴格地爭論著。他聲稱是虔誠的羅馬天主教徒，以及「沉思」的目的是為了維護基督教信仰。但是在他自己的時代，笛卡兒被指控宣揚秘密的自然神論和無神論信仰。與他同時代的布萊茲·帕斯卡說，「我不能原諒笛卡兒；他在其全部的哲學之中都想能撇開上帝。然而他又不能不要上帝來輕輕碰一下，以便使世界運動起來；除此之外，他就再也用不著上帝了。」史蒂芬·高克羅格的笛卡兒傳記中寫到，「他作為一個天主教徒有著很深的宗教信仰，並一直保持到他死的那一天，並帶著堅定的，熱情的探索真理的渴望。」在笛卡兒死於瑞典後，克里斯蒂娜女王放棄了她的王位轉信羅馬天主教。她一直聯繫的僅有的天主教徒就是笛卡兒，他曾是她的個人家庭教師。
弘光元年，弘光朝覆滅後，鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟於福州擁戴唐王朱聿鍵稱帝，於同年閏六月改元隆武。隆武政權成立後，鄭森得隆武帝賞識，封忠孝伯、御營中軍都督，賜國姓朱、改名成功、儀同駙馬；鄭鴻逵之子鄭肇基，亦受賜國姓；這就是世稱鄭成功國姓爺的由來。明隆武二年起，鄭成功開始領軍多次奉命進出閩、贛，與清軍作戰，頗受隆武帝器重。然而真正握有軍政大權的鄭芝龍，卻無意全力抗清，甚至在清軍南下福建時，命令仙霞關守將施福將軍隊撤回隆武朝廷所在地福州。此舉導致清軍攻入閩北時幾乎沒有遭受抵抗。清朝大學士洪承疇為泉州武榮人，鄭芝龍同鄉，在其承諾給予三省王爵的利誘下，鄭芝龍不顧鄭成功、鄭鴻逵等人的反對，決意帶著其他幾位兒子北上向清朝投降。鄭成功勸阻父親不成，只好率領約二十餘人到孔廟祭拜先師云：昔為孺子，今為孤臣，向背去留，各行其是，僅謝儒衣，祈先師昭鑒，出走金門。鄭芝龍本以為降清後得保家業，加官晉爵；不料清軍征閩主帥博洛背約，將鄭芝龍與諸子一同挾往燕京，更出兵攻打鄭家故鄉閩南南安。鄭成功之母田川氏當時已從日本搬至南安定居，碰上此次劫難，於戰亂中自縊身亡；鄭成功得知母親死後，更加堅定抗清決心。同年八月，清軍攻克浦城、霞浦；隆武帝出奔江西，在汀州遭清軍俘虜，之後絕食不屈而亡。南明帝系旋由桂王朱由榔繼承，明年改元永曆。
耶穌從死裡復活後，多次在門徒面前顯現，有四十天之久，講說神國的事，並把傳福音的大使命交託給他們：耶穌進前來，對他們說：天上地下所有的權柄都賜給我了。所以，你們要去，使萬民作我的門徒，奉父、子、聖靈的名給他們施洗。凡我所吩咐你們的，都教訓他們遵守，我就常與你們同在，直到世界的末了。然後在一次與門徒聚集的時候，他就被取上升，有一朵雲彩把他接去，有天使向門徒說：這離開你們被接升天的耶穌，你們見他怎樣往天上去，他還要怎樣來。他從此坐在父神的右邊，為信他的人預備將來的去處。耶穌基督將要在最後的審判的時候榮耀再來，所有的人都要復活，接受他的審判。信他的人有永生，不信的將要永遠沉淪。耶穌也賜下真理的聖靈與信他的人同在，聖靈是保惠師，他為耶穌作見證，引導信徒明白一切的真理，賜給他們各樣屬靈的恩賜。耶穌受難以後本來很消沉的門徒，在耶穌復活升天以後聚在一起，有上百人，恆切禱告，有十天之久，然後五旬節的時候聖靈降下，他們得著能力，開始大膽傳講耶穌是基督的福音，一次就有三千人信主，信的人都在一處，凡物共用，信主的人天天增加。這是基督教教會的開始。此後，猶太公會和官府迫害門徒，司提反成為第一個殉道的基督徒。門徒暫時逃離耶路撒冷，同時也將福音傳到四方。後來耶穌特別向一位本來迫害基督和基督徒的保羅顯現，他成為向外邦人傳福音最重要的使徒。後來，猶太人繼續信耶穌的人很少，但基督教在羅馬帝國的外邦人中間卻漸漸傳開，雖然經歷了很多的迫害，但越發廣傳，在公元四世紀成為羅馬帝國的國教。