明治維新的負面問題中，土地的哪方面依然很嚴重?
兼併
明治政府廢除了江戶幕府時期的等級制度，提倡四民平等。明治4年制定了戶籍法，規定舊武士階級為士族，此外皆為平民。同時還規定公家大名為日本的華族,隸屬於宮內省。明治9年頒布廢刀令，剝奪武士階級的特權。引起一部分武士的不滿，並由此引發一連串的叛亂。但這些叛亂都被新政府鎮壓。其中最為有名的是1877年由維新元勛西鄉隆盛發動的叛亂，史稱西南戰爭。西鄉隆盛的叛亂被鎮壓之後，各地的反叛逐漸平息下來。日本政府為了區分神道教與佛教，政府下達了神佛分離令。並於1873年取消基督教在日本傳教的禁令。曆制上則停用陰曆，改用太陽曆計日。改變夫婦別姓的傳統，規定夫婦同姓，一般為妻從夫姓。
心理學是否為自然科學的範圍，目前也尚存爭議，一般較廣為接受的說法是心理學同時包含在自然科學與社會科學的範疇之中。自然科學的根本目的在於尋找隱藏在自然現象背後的規律，但是自然科學的工作尚不包括研究為什麼會存在這些規律。自然科學認為超自然的、隨意的和自相矛盾的現象是不存在的。自然科學的最重要的兩個支柱是觀察和邏輯推理。由對自然的觀察和邏輯推理自然科學可以引導出大自然中的規律。假如觀察的現象與規律的預言不同，那麼要麼是因為觀察中有錯誤，要麼是因為至此為止被認為是正確的規律是錯誤的。一個超自然因素是不存在的。
麥克斯·施蒂納在他所著的《自我及所有》一書中，主張一般社會所公認的制度—包括國家的概念、「財產是一種權利」的概念、自然權利的概念、和一般對社會的概念—都只是幽靈在腦海裡作祟的幻象，主張「個人便是社會的本質」。他主張利己主義和一種形式的非道德主義，個人只有在切及他們自身利益的情況下才會聯合起來成為「利己主義者們的組織」。對他而言，財產只是由能力決定的：「知道如何去擁有它們、保護它們，那便是他的財產」並且「在我能力所及之內的，便是我的東西。只要我能顯示出自己佔有者的身分，那我便是這個東西的所有人。」施蒂納從沒有自稱他自己為無政府主義者—他只接受「利己主義者」這個稱號。不過他仍被許多人視為是無政府主義者，因為他反對國家、法律、和政府，同時他的理念也影響了許多無政府主義者，雖然對他的理念的解讀有著許多分歧。許多無政府主義者如班傑明·塔克都宣稱受了施蒂納的影響，埃瑪·戈爾德曼也在演講中宣揚他的理念。
隨著留學歸國的知識份子，將其掌握的先進國家的典章制度帶入日本，促使了日本文明開化的風潮形成，對於以往保守的日本社會造成了很大的影響。雖然明治政府銳意改革，但整體而言較為偏重促使國家強盛的結果，也遺留了許多問題：如出身藩地的有權有勢者長期掌控國政，形成勢力龐大的藩閥政治體系、土地兼併依然嚴重、新興財閥壟斷市場經濟等現象。這些負面問題與日後發生並累積的一些難以解決的社會問題相互影響。明治初期舊武士階級對明治政府的一連串反對活動，由受到維新影響的不平士族所發動，即佐賀之亂、神風連之亂、秋月之亂、萩之亂，以及最後也是最大的動亂─西南戰爭，統稱士族反亂。