有約百分之25的印度尼西亞魚類於哪一種環境居住？
珊瑚礁
印度尼西亞擁有3.3萬平方海里的珊瑚礁，占全世界的1/3，印度尼西亞1/4的魚類生活在這些珊瑚礁內。這些珊瑚礁受到破壞性捕魚、無管理的旅遊業和由於氣候變化導致的白化的破壞。2000年印度尼西亞414個珊瑚礁觀察站提供的數據表明印尼僅6%的珊瑚礁處於完好的狀態，24%處於良好狀態，約70%處於惡劣至中等狀態。粗略估計全球約10%的珊瑚礁近乎死亡。威脅原因如上所述從捕魚技術的環境影響直到海洋的酸化。珊瑚白化也是一個全球性的問題。估計全球60%的珊瑚礁受到人類活動所造成的威脅。尤其在東南亞威脅特別嚴重，在這裡80%的珊瑚礁處於危險狀態。
珊瑚礁是石珊瑚目的動物形成的一種結構。這個結構可以大到影響其周圍環境的物理和生態條件。在深海和淺海中均有珊瑚礁存在。它們是成千上萬的由碳酸鈣組成的珊瑚蟲的骨骼在數百年至數萬年的生長過程中形成的。珊瑚礁為許多動植物提供了生活環境，其中包括蠕蟲、軟體動物、海綿、棘皮動物和甲殼動物等，估計占海洋物種數的25%。此外珊瑚礁還是大洋帶的魚類的幼魚生長地。珊瑚礁是由石珊瑚目的珊瑚蟲的骨骼組成的。這些骨骼的主要成分是碳酸鈣。珊瑚的端部不斷成長在死去的珊瑚蟲的骨骼上。海浪、遊動的魚和其它外力會折斷這些珊瑚，使它們落入珊瑚礁的隙縫中。
一般珊瑚礁長到水面就不繼續生長了。原因是大多數珊瑚蟲不能在水面上生長，少數可以在水面上生長的珊瑚蟲也不能長時間脫離水。珊瑚礁最主要的生長區位於其邊緣，這裡的珊瑚礁一般緩慢下降，然後在礁石的邊緣突然陡降。珊瑚蟲的生長也幫助產生水流來運入無機營養，運走新陳代謝產物。珊瑚礁的邊緣同時也是受風浪衝擊最強的地方。這裡生長與破壞形成了一種平衡。被風浪折斷的珊瑚礁落入深處，逐漸加闊珊瑚礁的地基。珊瑚礁錯綜複雜的結構為許多魚和無脊椎動物提供了多樣的生活環境。按照其地理分布的不同珊瑚礁可以分兩類：深水珊瑚礁和熱帶珊瑚礁。
入侵物種是引進物種的一個子集。如果一個物種被人為引入一個其先前不曾自然存在過的地區，並具備了在無更多人為干預的情況下在當地發展成一定數量的能力，以至威脅到了當地的生物多樣性，成為當地公害，就可稱之為「入侵物種」。雖然入侵物種經常被定義為被引進的並成為禍害的品種，但有些物種天生就能在特定的區域，在人類活動的影響下繁殖並成為當地的一個入侵品種。澳大利亞東南部的雜色澳洲喜鵲就是一個例子：由於人類對當地景觀的改變，使得雜色澳洲喜鵲的數量在20世紀急劇增長。雜色澳洲喜鵲捕食其他小型鳥類的雛鳥，使得該地區其他小型鳥類數量銳減。在夏威夷，一種稱做”'ae'ae”的濕地植物也被看成是一個有害物種，因為它們的快速增長覆蓋了原本用做保護黑翅長腳鷸的淺水塘，使得這些區域不再適合這種瀕危鳥類的覓食。當然，地球上所有的物種都有一個數量增減周期，一般來說這個都是在一定範圍內進行波動的。這類變化一般是由環境上的各種因素變化導致，而其中以由人類活動所帶來的地貌改變的影響顯得最為突出。