霍布斯被誰諷刺之後，便不再參與科學界的爭論了?
沃利斯
霍布斯在1658年發表了他的哲學原理的最後一個部分，將他已經計畫二十年之久的整套原理加以總結。他在De Homine一書裡闡述了整套原理的運作，這套哲學原理也與他在政治哲學上的主張相連。同時期沃利斯則發表了微積分的一般原理。這時研究工作已經告一段落的霍布斯決定再度挑起爭論，他在1660年春季再度發起攻勢，批評當時新的數學分析方式。不過這次沃利斯並沒有上當，選擇沉默以對。霍布斯接著試著提起另一個古老的數學問題—加倍立方體問題，他私下從法國一位匿名人士信中得知了問題的解答，試圖以這個問題混淆他的批評者。但很快的沃利斯便公開的駁倒了這個解答。霍布斯在1661年底重新以拉丁文出版了這一系列論文並加上替自己辯護文章，在這本名為Dialogus physicus, sive De natura aeris的書中霍布斯還攻擊了羅伯特·波義耳及其他沃利斯的朋友。這次霍布斯改變一貫論調，主張波義耳等人的實驗紀錄—1660年的New Experiments touching the Spring of the Air只不過是證實了他早年提出的推測理論，他並且警告這些新生代的「學者」必須接手他早年未完成的研究進度，否則既有的實驗結果便會毫無進展。然而波義耳等人很輕易的便駁倒了這種站不住腳的批評，緊接著沃利斯寫了一篇名為Hobbius heauton-timorumenos的諷刺作品來挖苦霍布斯。在這次慘痛教訓之後霍布斯便不再參與科學界的爭論了。
在經過一段時間的沉寂後，霍布斯又開始了他人生中第三階段的爭議行動，並且一直維持至他九十歲為止。第一份引發爭議的文章是在1666年發表的De principiis et ratiocinatione geometrarum，霍布斯以此攻擊當時的幾何學界教授。三年之後他將他的三篇數學論文集中於Quadratura circuli, Cubatio sphaerae, Duplicitio cubii發表，很快的這些文章再度被沃利斯駁倒，但霍布斯仍不放棄，又出版了回應批評的版本，但沃利斯仍在當年年底再次駁倒新的版本。這一系列的爭論一直要維持至1678年為止。除了出版大量論述欠佳而又飽受批評的數學和幾何學著作之外，霍布斯也繼續撰寫並出版哲學的著作。在1660年英國王政復辟後，「霍布斯主義」這一詞開始被用於稱呼那些「反對熱愛道德和信仰」的態度。剛復辟的年輕國王查理斯二世幼年時曾經是霍布斯的弟子，在他想起霍布斯後，他將霍布斯召至王宮並賞賜他£100的退休金。
笛卡兒的宗教信仰在學術圈中一直被嚴格地爭論著。他聲稱是虔誠的羅馬天主教徒，以及「沉思」的目的是為了維護基督教信仰。但是在他自己的時代，笛卡兒被指控宣揚秘密的自然神論和無神論信仰。與他同時代的布萊茲·帕斯卡說，「我不能原諒笛卡兒；他在其全部的哲學之中都想能撇開上帝。然而他又不能不要上帝來輕輕碰一下，以便使世界運動起來；除此之外，他就再也用不著上帝了。」史蒂芬·高克羅格的笛卡兒傳記中寫到，「他作為一個天主教徒有著很深的宗教信仰，並一直保持到他死的那一天，並帶著堅定的，熱情的探索真理的渴望。」在笛卡兒死於瑞典後，克里斯蒂娜女王放棄了她的王位轉信羅馬天主教。她一直聯繫的僅有的天主教徒就是笛卡兒，他曾是她的個人家庭教師。
史賓諾沙認為萬物都「努力於維護自己的存有」。這種努力他稱為conatus。這個拉丁詞的意思既是努力又是傾向。這雙重涵義正是史賓諾沙所要的，因為他認為這種自我保存的努力其實是出自萬物本性的傾向。萬物順著本性就會努力維護自己。所以，努力於保存自我就是萬物的本性。在倫理學上，史賓諾沙認為，一個人只要受制於外在的影響，他就是處於奴役狀態，而只要和上帝/自然達成一致，人們就不再受制於這種影響，而能獲得相對的自由，也因此擺脫恐懼。史賓諾沙還主張無知是一切罪惡的根源。對於死亡的問題，史賓諾沙的名言是：「自由人最少想到死，他的智慧不是關於死的默念，而是對於生的沉思。」他的一生也徹底地實踐了這句格言，對死亡一直十分平靜面對。史賓諾沙是徹底的決定論者，他認為所有已發生事情的出現絕對貫穿著必然的作用。他認為，甚至人類的行為也是完全決定了的，自由是我們有能力知道我們已經被決定了，並且知道為什麼我們要這麼做。所以自由不是對發生在我們身上的事情說「不」的可能，而是說「是」並且理解為什麼事情將必須那樣發生的可能，簡單來說，就是把所有發生的事情都視為理所當然，就沒有什麼「不」的可能了。