之後明隆武帝出奔江西，在汀州遭清軍俘虜後亡。南明帝系改由誰繼承?
桂王朱由榔
從北方南遷的人民時常懷念家鄉，因此一些有志之士多次進行北伐，希望能夠收復北方的國土。祖逖是東晉率先北伐的將領，他曾經率軍收復黃河以南地區，但由於東晉內部出現糾紛，朝廷又擔心他北伐成功後威望太高，結果沒有給予支持，以致功敗垂成，祖逖憂憤而死，曾收復的土地又被胡人重新佔領。繼祖逖之後，又有桓溫三次北伐，曾一度收復洛陽，他屢次請求朝廷把都城遷回洛陽，但遭到大族的反對，東晉君臣又怕他權勢太大，難以控制，因而無法實現。氐族所建立的前秦，在苻堅時，任用漢人王猛為相，大修政教，富國強兵。前秦強大起來，統一了五胡所據之華北大部分地區。383年，苻堅率軍南下，聲勢浩大，企圖一舉消滅東晉，於是發生了歷史上著名的「淝水之戰」。
內閣總理大臣的任命，由天皇向總理「大命降下」授命組閣。明治後期至昭和中期，總理的人選由曾當過總理，被稱為「元老」、「重臣」向天皇推薦。大正後期至昭和初期的政黨內閣時代，是基於「憲政之常道」，由眾議院的政黨構成而任免政黨黨魁組閣，例如：政友會為最大黨，則任命其組閣，當政友會下台後，則任免另一個大黨憲政會組閣，由大黨輪流執政。陸軍大臣及海軍大臣在大部份時間採用「現役武官制」，必須由現役武官出任，人選必須由陸軍及海軍推薦。而兩大臣亦有直接向天皇上奏的權利。所以兩大臣如果直接向天皇辭職，而所屬軍部拒絕推薦後繼者則內閣倒台，而且軍令方面屬於天皇的統帥權，所以一般文人內閣較難干預軍事政策。
弘光元年，弘光朝覆滅後，鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟於福州擁戴唐王朱聿鍵稱帝，於同年閏六月改元隆武。隆武政權成立後，鄭森得隆武帝賞識，封忠孝伯、御營中軍都督，賜國姓朱、改名成功、儀同駙馬；鄭鴻逵之子鄭肇基，亦受賜國姓；這就是世稱鄭成功國姓爺的由來。明隆武二年起，鄭成功開始領軍多次奉命進出閩、贛，與清軍作戰，頗受隆武帝器重。然而真正握有軍政大權的鄭芝龍，卻無意全力抗清，甚至在清軍南下福建時，命令仙霞關守將施福將軍隊撤回隆武朝廷所在地福州。此舉導致清軍攻入閩北時幾乎沒有遭受抵抗。清朝大學士洪承疇為泉州武榮人，鄭芝龍同鄉，在其承諾給予三省王爵的利誘下，鄭芝龍不顧鄭成功、鄭鴻逵等人的反對，決意帶著其他幾位兒子北上向清朝投降。鄭成功勸阻父親不成，只好率領約二十餘人到孔廟祭拜先師云：昔為孺子，今為孤臣，向背去留，各行其是，僅謝儒衣，祈先師昭鑒，出走金門。鄭芝龍本以為降清後得保家業，加官晉爵；不料清軍征閩主帥博洛背約，將鄭芝龍與諸子一同挾往燕京，更出兵攻打鄭家故鄉閩南南安。鄭成功之母田川氏當時已從日本搬至南安定居，碰上此次劫難，於戰亂中自縊身亡；鄭成功得知母親死後，更加堅定抗清決心。同年八月，清軍攻克浦城、霞浦；隆武帝出奔江西，在汀州遭清軍俘虜，之後絕食不屈而亡。南明帝系旋由桂王朱由榔繼承，明年改元永曆。
明朝崇禎末年，民變勢力如李自成於陝西西安建國大順，張獻忠於四川成都建國大西。1644年李自成經河南、山西順利的攻入北京，明思宗在煤山上吊自殺，明亡。同年山海關守將吳三桂不願投降大順。面對李自成的順軍，吳三桂引清兵入關，於一片石戰役擊敗順軍。李自成放棄北京，率軍退回陝西。清朝攝政王多爾袞成功迎順治帝入關，並將首都遷到北京。同一時間，明朝馬士英擁護福王在明朝陪都南京應天府稱帝，即弘光帝，南明成立。然而弘光朝因為黨爭與宦官之亂而混亂分裂。多爾袞先派阿濟格、吳三桂與多鐸、孔有德分陝北、河南二路攻打陝西李自成，李自成最後於湖北滅亡；派豪格攻滅四川張獻忠，其餘部投降南明以抗清。多爾袞接著對付位於江南、內鬥分裂的南明諸勢力。1645年，多鐸率清軍攻破史可法駐守的揚州，弘光帝逃至蕪湖被逮，送到北京殺害。明朝魯王朱以海與唐王隆武帝分別在浙江與福建建立勢力，然而雙方不和，不久被清軍各個擊破，擁護隆武帝的鄭芝龍也宣布投降。之後桂王於廣東的肇慶即位為永曆帝，期間瞿式耜、李定國、鄭成功及其他明將先後收復華南各省，最後因為距離互相難以照應，內部又發生叛變而節節敗退。1661年，清軍攻入雲南，逃亡緬甸的永曆帝最後被吳三桂殺死，南明亡。此時只剩下臺灣的明鄭和緬甸果敢的明軍，清朝基本佔領明朝全部領地。由於華南反清勢力較大，清帝冊封吳三桂、耿仲明與尚可喜為王以鎮守雲南、廣東與福建等地，史稱三藩。