除了支原體和古細菌以外大部分原核生物均有什麼部分？
細胞壁
真核生物是其細胞具有細胞核的單細胞生物和多細胞生物的總稱，它包括所有動物、植物、真菌和其他具有由膜包裹著的複雜亞細胞結構的生物。真核生物與原核生物的根本性區別是前者的細胞內含有細胞核，因此以真核來命名這一類細胞。許多真核細胞中還含有其它胞器，如粒線體、葉綠體、高基氏體等。由於具有細胞核，因此真核細胞的細胞分裂過程與沒有細胞核的原核生物也大不相同。真核生物在進化上是單源性的，都屬於三域系統中的真核生物域，另外兩個域為同屬於原核生物的細菌和古菌。但由於真核生物與古菌在一些生化性質和基因相關性上具有一定相似性，因此有時也將這兩者共同歸於新壁總域演化支。科學家相信，從基因證據來看，真核生物是細菌與古菌的基因融合體，它是某種古菌與細菌共生，異種結合的產物。
包圍著細胞的是胞外被膜——通常包括細胞壁及其下層的細胞膜，但是有些細菌在其外層覆蓋著莢膜。包膜增強細胞的堅硬度，並通過保護性的過濾功能將細胞與其外部環境隔離。多數的原核生物都有細胞壁，但支原體和古細菌例外。細菌的細胞壁由肽聚糖構成，作為第二道屏障來隔離外界的干擾。它同時可以防止細胞由於過度膨脹及高張環境下的滲透壓而破裂。一些真核細胞也包含有細胞壁。細胞內部是細胞質，包含了染色體組，核糖體和各種其他的包括物。染色體通常是一個環形的分子。雖然原核細胞沒有細胞核，但是緊縮後的去氧核醣核酸會形成擬核。原核細胞擬核外可攜帶環形的外因子控制的去氧核醣核酸，稱為質體；質體可提供額外的功能，如對抗生素的耐藥性
細胞是生物體結構和功能的基本單位。它是除了病毒之外所有具有完整生命力的生物的最小單位，也經常被稱為生命的積木。細胞可分為兩大類：原核細胞和真核細胞。細菌界和古菌界的生物由原核細胞構成。原生生物，真菌，植物和動物均由真核細胞構成。生物可分為單細胞生物和多細胞生物。人體包含數十萬億個細胞。植物細胞和動物細胞的大小在1微米到100微米之間，所以在顯微鏡下可見。細胞由羅伯特·虎克於1665年發現。當時他透過顯微鏡觀察軟木塞時看到一格一格的細胞壁，命名為細胞，這個名詞就此誕生。當時羅伯特·虎克所看到的細胞只是細胞壁，還不是現在所定義的細胞。
古菌又稱古細菌、古生菌或太古生物、古核生物，是單細胞微生物，構成生物分類的一個域，或一個界。這些微生物屬於原核生物，它們與細菌有很多相似之處，即它們沒有細胞核與任何其他膜結合細胞器，同時另一些特徵相似於真核生物，比如存在重複序列與核小體。過去曾經將古菌和細菌一同歸為原核生物，並將其命名為「古細菌」，但這種分類方式已過時。事實上古菌有其獨特的進化歷程，並與其它生命形式有顯著的生化差異，所以現在將其列為三域系統中的一個域。在這個系統中，古菌、細菌與真核生物各為一個域，並進一步劃分為界與門。到目前為止，古菌已被劃分為公認的四個門，隨著進一步研究，還可能建立更多的門類。在這些類群中，研究最深入的是泉古菌門與廣古菌門。但對古菌進行分類仍然是困難的，因為絕大多數的古菌都無法在實驗室中純化培養，只能通過環境宏基因組檢測來分析。古菌和細菌的大小和形狀非常相似，但少數古菌有不尋常的形狀，如古菌en:Haloquadratum walsbyi擁有平面正方形的細胞。儘管看起來與細菌更相似，但古菌與真核生物的親緣關係更為密切，特別是在一些代謝途徑有關酶的相似性上。古菌還有一些性狀是獨一無二的，比如由依賴醚鍵構成的細胞膜。與真核生物相比，古菌有更多的能量來源，從熟悉的有機物糖類到氨到金屬離子直到氫氣。嗜鹽菌可以以太陽光為能源，其它一些種類的古菌能進行固碳反應；但不像藍藻與植物，沒有一種古菌能同時做到這兩者而進行光合作用。古菌通過分裂、出芽、斷裂來進行無性生殖，但沒有發現能產生孢子的種類。一開始，古菌被認為都是一些生活在溫泉、鹽湖之類極端環境的嗜極生物，但近來發現它們的棲息地其實十分廣泛，從土壤、海洋、到河流濕地。它們也被發現在人類的大腸、口腔、與皮膚。尤其是在海洋中古菌特別多，一些浮游生物中的古菌可能是這個星球上數量最大的生物群體。現在，古菌被認為是地球生命的一個重要組成部分，在碳循環和氮循環中可能扮演重要的角色。目前沒有已知的作為病原體或寄生蟲的古菌，他們往往是偏利共生或互利共生。一個例子是產甲烷菌，生活在人和反芻動物的腸道中幫助消化，產甲烷菌還被用於沼氣生產和污水處理。嗜極生物古菌中的酶能承受高溫和有機溶劑，在被生物技術所利用。