有四分之一的海洋物種都會以什麼來當作生活環境？
珊瑚礁
許多石珊瑚也可以在水溫20℃以下成長和成礁。不像熱帶的珊瑚，它們不使用陽光作為首要能源，而是使用周圍水裡的營養。與熱帶的珊瑚礁相比這些珊瑚礁的生長非常緩慢，每年甚至只有1公釐。比如在歐洲的沿海從伊比利亞半島直到北角都有一圈這樣的珊瑚礁圍繞。形成這些珊瑚礁的主要物種是歐蘭薇雅葵珊瑚和鋸齒珊瑚，由於環境穩定，他們可以在數千年的時間中長到數公尺大。典型的珊瑚礁位於水深200至1000米之間，至今為止被發現的最深的深水珊瑚礁達3000米。水深超過4000米以上的地方還沒有發現有屬於這些屬的珊瑚生存。深水珊瑚礁尤其受到現代化的捕魚技術的威脅。深水拖網可以在幾分鐘內破壞整個在數千年裡緩慢成長起來的珊瑚礁。
珊瑚礁是石珊瑚目的動物形成的一種結構。這個結構可以大到影響其周圍環境的物理和生態條件。在深海和淺海中均有珊瑚礁存在。它們是成千上萬的由碳酸鈣組成的珊瑚蟲的骨骼在數百年至數萬年的生長過程中形成的。珊瑚礁為許多動植物提供了生活環境，其中包括蠕蟲、軟體動物、海綿、棘皮動物和甲殼動物等，估計占海洋物種數的25%。此外珊瑚礁還是大洋帶的魚類的幼魚生長地。珊瑚礁是由石珊瑚目的珊瑚蟲的骨骼組成的。這些骨骼的主要成分是碳酸鈣。珊瑚的端部不斷成長在死去的珊瑚蟲的骨骼上。海浪、遊動的魚和其它外力會折斷這些珊瑚，使它們落入珊瑚礁的隙縫中。
全球珊瑚礁世界評估報告持續激烈及快速的下降，到2000年，全球27%珊瑚礁生態系已經崩潰了。跌幅最大的時期發生在一個戲劇性的」白化」事件,1998年，世界上16%的珊瑚礁在不到一年的時間消失了。珊瑚白化是由環境壓力，包括海洋溫度和酸度的增加，造成共生藻類的釋放和珊瑚死亡。珊瑚礁之生物多樣性的衰落和滅絕風險在過去十年裡急遽的上升。珊瑚礁預計在下個世紀滅絕，將對經濟有巨大的影響，威脅著全球生物多樣性的平衡，並危及億萬人民的糧食安全。珊瑚礁覆蓋全球的海洋，在保護生物學中有著重要的作用。由於二氧化碳的增加，海洋受到酸化的威脅。這對嚴重依賴海洋自然資源的社會是一個最大的威脅。有人擔憂，廣大的海洋物種裝無法進化或是適應海洋的化學變化。90%的大型生物，開陽金槍魚、旗魚以及鯊魚消失在報導中，避免大規模滅絕的前景似乎不太可能。鑒於目前的科學調查趨勢，海洋將只有少數倖存的多細胞有機體以及微生物留下來稱霸海洋生態系。
印度尼西亞擁有3.3萬平方海里的珊瑚礁，占全世界的1/3，印度尼西亞1/4的魚類生活在這些珊瑚礁內。這些珊瑚礁受到破壞性捕魚、無管理的旅遊業和由於氣候變化導致的白化的破壞。2000年印度尼西亞414個珊瑚礁觀察站提供的數據表明印尼僅6%的珊瑚礁處於完好的狀態，24%處於良好狀態，約70%處於惡劣至中等狀態。粗略估計全球約10%的珊瑚礁近乎死亡。威脅原因如上所述從捕魚技術的環境影響直到海洋的酸化。珊瑚白化也是一個全球性的問題。估計全球60%的珊瑚礁受到人類活動所造成的威脅。尤其在東南亞威脅特別嚴重，在這裡80%的珊瑚礁處於危險狀態。