琪蝶魚和蝴蝶魚都會居住於哪一地形？
珊瑚礁形成的洞穴
水質差的水似乎也促進珊瑚蟲傳染病的傳播。從前認為珊瑚無病原，但日後發現了一種紅色的海水蟲蟻，以珊瑚為食。工業污染物中很常見的銅會影響珊瑚蟲的生長。由於北美和歐洲對珊瑚礁觀賞魚的需求，使在印度洋-太平洋地區使用氰化物捕魚的方法大增。世界上85%的觀賞魚是在這個地區捕取的。捕魚人使用氰化物來麻醉魚，然後可以輕易地捕取它們。但使用這個手段捕魚，魚長期來看的死亡率達90%。氰化物對珊瑚礁生態系統的破壞也很大，它殺死珊瑚蟲和其他無脊椎動物。同時單單光是通過捕走這些功能生物，例如對整個生態系統平衡必須的藻食性魚，本身就對珊瑚礁造成了威脅。有時捕魚人還敲擊珊瑚礁來驚嚇魚，讓它們從縫隙中逃出來，或者破壞珊瑚礁來捕取藏在縫隙中的魚。
入侵物種是引進物種的一個子集。如果一個物種被人為引入一個其先前不曾自然存在過的地區，並具備了在無更多人為干預的情況下在當地發展成一定數量的能力，以至威脅到了當地的生物多樣性，成為當地公害，就可稱之為「入侵物種」。雖然入侵物種經常被定義為被引進的並成為禍害的品種，但有些物種天生就能在特定的區域，在人類活動的影響下繁殖並成為當地的一個入侵品種。澳大利亞東南部的雜色澳洲喜鵲就是一個例子：由於人類對當地景觀的改變，使得雜色澳洲喜鵲的數量在20世紀急劇增長。雜色澳洲喜鵲捕食其他小型鳥類的雛鳥，使得該地區其他小型鳥類數量銳減。在夏威夷，一種稱做”'ae'ae”的濕地植物也被看成是一個有害物種，因為它們的快速增長覆蓋了原本用做保護黑翅長腳鷸的淺水塘，使得這些區域不再適合這種瀕危鳥類的覓食。當然，地球上所有的物種都有一個數量增減周期，一般來說這個都是在一定範圍內進行波動的。這類變化一般是由環境上的各種因素變化導致，而其中以由人類活動所帶來的地貌改變的影響顯得最為突出。
儘管珊瑚礁位於營養少而清澈的熱帶海洋中，它們的生物多樣性卻非常高。僅珊瑚蟲與蟲黃藻之間的營養循環就可以體現出這個高多樣化的原因：通過回收只有很少的營養會流失到整個生態環境外，因而豐富度便在此不斷累積。藍藻為珊瑚礁提供可溶的營養物質。珊瑚蟲直接從海水吸收營養，包括無機氮和磷。此外它們吃被水流帶到它們附近的浮遊動物。因此珊瑚礁的初級生產量非常高。珊瑚礁的生產者還包括與珊瑚蟲共生的蟲黃藻和不同的海帶。對於比較小的藻類的作用在科學界尚有爭議。熱帶或者珊瑚魚住在珊瑚礁形成的洞穴內，比如色彩鮮艷的鸚嘴魚、琪蝶魚、雀鯛、蝴蝶魚。其他在珊瑚礁中生存的魚類包括石斑魚、笛鯛、石鱸、隆頭魚等等。至今在珊瑚礁一共發現了4000多種魚。他們能夠以海帶為食。
珊瑚礁是石珊瑚目的動物形成的一種結構。這個結構可以大到影響其周圍環境的物理和生態條件。在深海和淺海中均有珊瑚礁存在。它們是成千上萬的由碳酸鈣組成的珊瑚蟲的骨骼在數百年至數萬年的生長過程中形成的。珊瑚礁為許多動植物提供了生活環境，其中包括蠕蟲、軟體動物、海綿、棘皮動物和甲殼動物等，估計占海洋物種數的25%。此外珊瑚礁還是大洋帶的魚類的幼魚生長地。珊瑚礁是由石珊瑚目的珊瑚蟲的骨骼組成的。這些骨骼的主要成分是碳酸鈣。珊瑚的端部不斷成長在死去的珊瑚蟲的骨骼上。海浪、遊動的魚和其它外力會折斷這些珊瑚，使它們落入珊瑚礁的隙縫中。