約瑟夫·康拉德認為庫克的航海探險主要是以什麼為動機?
「科學」
近年來科技的發展使得無政府主義者得以更簡易而更清楚的向大眾傳達他們的理想。當中許多人以網際網路建立線上的社區，大量侵蝕智慧財產權，透過檔案交流、協力軟體的發展、和自由軟體。一些無政府主義者將信息技術視為是擊敗獨裁主義的最佳武器。一些人甚至認為資訊年代的來臨最終將能達成無政府的狀態。一些無政府主義者的理論被視為是和平主義者。無政府和平主義擁護列夫·托爾斯泰非暴力的理念。雖然許多無政府主義的計畫是以非暴力的手段為主的。但許多無政府主義者也排斥和平主義，也不認為毀滅財產是屬於暴力的行為。無政府主義者將戰爭視為是國家用以增長和鞏固其權力的行動—國內和國外都是如此，並同意藍道夫·伯爾那所說的：「戰爭是對國家的治療」。許多無政府主義者以反戰作為行動的根基，大部分是反戰和反徵兵的抗議行動。
科學與非科學的區分被稱為劃界問題。例如，精神分析應該被認為是科學嗎？所謂的「創世科學」、膨脹的多重宇宙假說、宏觀經濟學是科學嗎？卡爾·波普爾稱這是科學哲學中的核心問題。然而，對於該問題，沒有一種統一的說法贏得了哲學家普遍的接受，有些人甚至認為此問題無法解決或沒有意義。早期，邏輯實證主義者嘗試將科學建立在觀測之上；相應的，非科學則是非觀測的，因此毫無意義。波普爾認為，科學的核心屬性是可證偽性。也就是說，每一個真正科學的說法是有可能被證明是錯誤的。偽裝成科學，試圖得到本來沒有能夠實現的合法性，這樣的一個領域，就被稱為偽科學、邊緣科學，或垃圾科學。物理學家理察·費曼提出了「草包族科學」一詞：研究人員認為他們正在做科學，因為他們的活動具有科學的外表；但實際上他們缺乏「那種徹底的誠實」，讓他們的成果進行嚴格的評估。各類商業廣告宣傳，從炒作到欺詐，都可能屬於這些類別。
橫越南大西洋的庫克在1775年3月21日抵達開普敦桌灣，在當地停留五周以維修決心號的索具後，決心號途經聖海蓮娜島和費爾南多·迪諾羅尼亞群島，最終在7月30日返抵英格蘭樸茨茅斯，時間比探險號足足遲了一年回國。儘管庫克返國後提交的報告令人們對發現「未知的南方大陸」的憧憬沉寂下來，但他在第二次航海的其中一項重要成就，是成功運用由英國鐘錶匠拉科姆·肯德爾製作的K1型經線儀製作精細的航海圖。這部經線儀讓庫克在航海途中更精確地計算自己的所在經度，而他在航海日誌中更是對肯德爾的K1型經線儀讚口不絕。庫克運用這部經線儀製作了不少相當精確的南太平洋航海圖，這些航海圖一直到20世紀中期仍為航海人士所使用和信賴。庫克返國後於1775年8月9日獲進一步擢升為上校艦長，時年47歲的他還獲准從皇家海軍榮譽退役，並在格林尼治榮軍院榮任第四上校。不過，庫克一心繼續航海事業，因此他只有勉強接受榮譽退役的安排，但他同時要求將來如果獲召出海，可以隨時卸下榮軍院的職務。這個時候的庫克已不止於為海軍部所賞識，他除了在1776年2月29日當選為皇家學會院士外，同年還獲學會頒授科普利獎章，以表揚他對科學界的貢獻。兩次的航海經歷令庫克逐漸成為英國家傳戶曉的航海家，著名畫家納撒尼爾·丹西爾-霍蘭為他作畫、傳記作家詹姆士·包斯威爾為他設宴，在上議院的辯論中，他甚至被高門世族譽為「歐洲第一航海家」。雖然如此，庫克始終不願長時間待在國內，在1776年，他終於第三度獲得機會出發前往太平洋，獲指派尋找連接太平洋和大西洋的西北航道，庫克在這次旅程負責向東進發，由太平洋前往大西洋，而另一支船隊則從反方向向西進發，由大西洋前往太平洋。
在18世紀中期，西方文明對其他文明的影響是西方思想家的辯論焦點之一，不少學者認為西方文明優化了其他文明，但也有學者認為西方文明的入侵腐化了其他文明。庫克的三次航海探索正值這個辯論的高潮，因此他的航海發現或多或少讓西方思想家對地球另一邊鮮為西方所知的文化有稍進一步的了解。不過，庫克對這個命題並不特別關心，從他的周記所見，也不見得出他對「高貴的野蠻人」這種在當時盛行的看法有特別的興趣。在19世紀，波蘭裔英國小說家約瑟夫·康拉德曾經對歷代航海家和探險家的動機作出比較，他認為庫克以前的航海家和探險家主要以「掠奪」為動機，而庫克則主要以「科學」為動機，因此兩者本質上具有顯著的分別。但有其他學者認為，庫克三次航海旅程的費用要由英國政府動用公帑承擔，這意味出海的計劃和目的受到納稅人監察，在這種背景下，庫克在旅程途中也不時把新發現的地方宣告為英國領土，因此，如果說他的航海旅程完全不具「掠奪」性質，也不是準確的說法。踏入20世紀以後，不少西方學者開始認為歷次航海探索行動，導致了性病、酒精飲料和槍械等隨西方文明傳入未為西方人開發的地方，對這些地方的禍害大於益處。同樣，庫克的新發現對太平洋地區的貢獻，以及他的遇害真相，也是學術界長久以來的爭辯焦點之一。普遍學者認為，庫克遇害的原因，是由於夏威夷島民的文明與西方文明不同，島民對庫克由盲目崇拜變成怨恨。這種看法得到由美國人類學家馬歇爾·薩林斯等學者支持；然而，也有學者質疑這種看法，認為把夏威夷島民視為較不理智的一群是不恰當的立論。支持這種看法的學者包括美國人類學家加納納什·奧貝賽克拉等人，他們認為夏威夷島民與庫克一行人擁有同等的理智，庫克遇害是因為他的脾氣在旅途後期變得古怪，而且在島上掠奪物資，最終才會招來殺機。