珊瑚礁的岩石基礎內部可以找到生物是為哪一種？
無脊椎動物
還原論是將世界上的事物的解釋簡化到一些基礎的理論的哲學觀點。在粒子物理學這個觀點是提出一個可以解釋世界上的一切的一種最基礎的物理理論，或者用一個比較大眾化的語言來說，來尋找一個概括宇宙一切的公式。但在粒子物理學的發展過程中也一直有人批評這種極端的還原論。這些批評者中有粒子物理學家、化學家、生物學家、固態物理學家和整體論者。他們並不向標準模型理論本身挑戰，但他們認為基本粒子的特性並不一定也是它們所組成的原子、分子或更大的結構的特性，尤其是它們並不能表達很多粒子組成的系統的特性。基於混沌理論，一些批評者認為即使物理學家完全認識基本粒子的所有的特性的話，人們以此不能完全理解所有的自然的過程；另一些批評者懷疑人們能夠完全理解基本粒子的特性。
許多其他生物也以珊瑚礁為家，其中包括海綿、腔腸動物、蠕蟲、甲殼動物、軟體動物、棘皮動物、尾索動物、海龜、海蛇等。除人外哺乳動物很少在珊瑚礁活動。偶爾到珊瑚礁的海豚是最主要的到來的哺乳動物。所有這些動物有的直接吃珊瑚，其他的吃藻類、水草等。它們構成一個複雜的食物網。一些無脊椎動物生活在珊瑚礁的岩石基礎內部。有些能夠鑽入石灰岩，有些住在岩石內部本來就存在的縫隙中。能夠在石灰岩中打洞的動物包括海面、雙殼軟體動物和星蟲動物。居住在原有洞穴中的動物包括甲殼動物和沙蠶。許多國家政府致力於保護它們的珊瑚礁。比如澳大利亞設立了大堡礁海洋公園來保護大堡礁，其措施包括立法和制定行政計劃，包括生物多樣性行動計劃。
心理學是否為自然科學的範圍，目前也尚存爭議，一般較廣為接受的說法是心理學同時包含在自然科學與社會科學的範疇之中。自然科學的根本目的在於尋找隱藏在自然現象背後的規律，但是自然科學的工作尚不包括研究為什麼會存在這些規律。自然科學認為超自然的、隨意的和自相矛盾的現象是不存在的。自然科學的最重要的兩個支柱是觀察和邏輯推理。由對自然的觀察和邏輯推理自然科學可以引導出大自然中的規律。假如觀察的現象與規律的預言不同，那麼要麼是因為觀察中有錯誤，要麼是因為至此為止被認為是正確的規律是錯誤的。一個超自然因素是不存在的。
目前學者還在研究各種因素對珊瑚礁系統的影響。這些因素的列表很長，從海洋吸收二氧化碳開始，到大氣層的變化、紫外線的影響、海洋酸化、病毒、沙暴將病菌帶到遠海珊瑚礁的可能性、不同的污染物等等。不但近海的珊瑚礁受到威脅，因此來自陸上的污染也是一個問題。土地使用過度或者管理不良均會威脅珊瑚礁。在過去20年中，大量在海岸出現的紅樹林由於造路、建築工程、機場海港建築、隧道建築等被破壞。這些紅樹林能夠吸收許多從陸地上流失的營養。從陸地上流失的營養在海水中會導致藻類和浮游生物的大量繁殖，形成赤潮。而珊瑚礁則需要營養少的海水，需要充分的陽光。大量的營養流入會破壞其生態系統內部的平衡。海岸濕地的喪失和赤潮是嚴重影響珊瑚礁所需要的水質的因素。