1335年，足利尊氏在鐮倉反叛，醍醐天皇派遣誰前往平叛?
新田義貞
從北方南遷的人民時常懷念家鄉，因此一些有志之士多次進行北伐，希望能夠收復北方的國土。祖逖是東晉率先北伐的將領，他曾經率軍收復黃河以南地區，但由於東晉內部出現糾紛，朝廷又擔心他北伐成功後威望太高，結果沒有給予支持，以致功敗垂成，祖逖憂憤而死，曾收復的土地又被胡人重新佔領。繼祖逖之後，又有桓溫三次北伐，曾一度收復洛陽，他屢次請求朝廷把都城遷回洛陽，但遭到大族的反對，東晉君臣又怕他權勢太大，難以控制，因而無法實現。氐族所建立的前秦，在苻堅時，任用漢人王猛為相，大修政教，富國強兵。前秦強大起來，統一了五胡所據之華北大部分地區。383年，苻堅率軍南下，聲勢浩大，企圖一舉消滅東晉，於是發生了歷史上著名的「淝水之戰」。
高宗任用秦檜為相。秦檜在靖康年間曾主張抗金，後被金人掠去。建炎四年十月，秦檜南返，由於他奉行投降政策，與高宗之意甚合。秦檜歸朝僅三月就成為副宰相，八月後又成為右丞相。由於秦檜大力提倡的「南自南，北自北」，當時尚與高宗相左，一年後被高宗罷免。罷相後的秦檜韜光養晦，侍機而動。紹興八年五月，高宗複任秦檜為右丞相。秦檜上臺後，迫害與自己意見不同的官員，聯姻外戚，結交內臣。高宗對於秦檜的行為採取默許。秦檜後來權勢巨大，引起高宗警覺。高宗親下命令，使秦檜的孫兒失去狀元。秦檜的權勢日漸下降。紹興廿五年，秦檜病重，策劃讓其子接替相位，被高宗否決，不久後一命嗚呼。
建武新政表面上是復古，事實上建立了天皇專制政權。而且其激進的改革、恩賞的不公平、朝令夕改的法令和政策以及對貴族、大寺社、武士等較大勢力集團權利的侵害，最終導致了新政的失敗。公卿們也對新政持冷漠態度，著名的二條河原落書就對新政的無能進行了批判。同時，征夷大將軍護良親王在倒幕中功勳卓著，但在足利尊氏的讒言下，被天皇放逐到了鐮倉。建武2年，足利尊氏借鎮壓中先代之亂的契機前往東國，鎮壓成功之後在鐮倉自行封賞有功的將領，與新政對抗。後醍醐天皇命新田義貞前往征討，義貞在箱根竹之下之戰中敗北，尊氏迫近京都。但隨後楠木正成、北昌顯家在京都擊破尊氏，尊氏逃往九州島。翌年足利尊氏在九州站穩了腳跟，得到了光嚴上皇的院宣，再次迫近京都。楠木正成建議同足利尊氏談判，同時遷都以疲敵軍，但被後醍醐天皇拒絕了。新田義貞、楠木正成一起討伐尊氏，在湊川之戰中戰敗，正成戰死，義貞逃回京都。
足利尊氏對應後醍醐天皇的南朝建立了北朝，於1336年建立室町幕府。兩個朝廷對立的南北朝時代一直持續到公元1392年，最後被北朝統一。以應仁之亂為契機日本進入了戰國時代。雖然戰亂持續但內外通商繁盛，農業、工業技術也有所提高。而室町時代建立的時期，大約對應東亞大陸史的大元大蒙古國末年。1335年，足利尊氏利用前往東國平亂時機，在鐮倉反叛，1336年1月攻入京都，3月退出京都進軍九州。以後醍醐天皇為代表的朝廷派遣新田義貞前往平叛，兩軍與兵庫湊川決戰，新田義貞大敗，足利尊氏再次攻入京都，後醍醐天皇出逃，尊氏擁立光明天皇，並將後醍醐天皇監禁。尊氏控制京都後，自任征夷大將軍，室町幕府正式建立。同年12月，後醍醐天皇逃至吉野，宣布重開朝政。京都光明天皇朝廷為北朝，吉野後醍醐天皇朝廷為南朝，日本正式進入南北朝時期。1336年11月7日，室町幕府公布《建武式目》，標誌著足利幕府統治的建立。1350年2月，足利尊氏之弟足利直義背叛北朝投靠南朝，並與1351年1月率軍大敗幕府軍，2月尊氏與直義和好，但不久又因南北統一主張的不同再次反目。1353年2月，尊氏殺直義。1358年4月，尊氏病故，12月，足利義詮繼任第二代將軍。1367年11月，足利義滿就任第三代將軍，1392年，北朝統一南朝。南北朝時代結束。長期動亂中，廣大的下層農民受害最深，反抗官府和統治者的鬥爭不斷發生，被稱為一揆意為揭竿而起。1428年9月18日，近江國醍醐鄉的農民以德政為口號發動起義，史稱德政一揆，起義得到廣泛響應。1441年8月，德政一揆規模擴大，幕府不得不頒布德政令，宣布取消農民一切債務。9月14日，進一步發布一國平均德政令，不論身份貴賤、地位高低，一切債務全部廢除。