微囊藻毒素會嚴重傷害人類的哪一器官?
肝臟
藍菌的次生代謝產物微囊藻毒素有非常強的毒性，可能會嚴重損害肝臟，引致肝癌。1996至1999年間，美國俄勒岡健康部門曾對市面上87種藍菌及螺旋藻保健食品進行測試，發現其中竟然有85種保健食品均含有微囊藻毒素。不同種類的藍菌含有不同類型的毒素，當中包括神經毒素、肝毒素、細胞毒素及內毒素等，使他們對人體及動物構成生命危險。已有紀錄証明飲用或於被藍菌污染的水源接觸會引致中毒現象，但實際多少的攝取量會致命則未有定論。藍菌和藻類皆會產生有腥臭味的「水華」現象，最大危害是令飲用水源受到威脅，毒素影響人類健康。亦會蓋住池水令魚類缺氧死亡。螺旋藻同屬於藍菌門，最初是由非洲查德居民當作食物，雖然現時也是一種流行的商業保健食品，但螺旋藻的健康及治療效用一直備受質疑。很多贊成的主張都是著重螺旋藻包含的個別養份，如γ-亞麻酸、不同的抗氧化劑等，而不是著重直接食用螺旋藻。螺旋藻含有的所有營養如維生素，全部均可以在一般正常食物中找到，根本沒有食用必要，但螺旋藻卻會另外對重金屬產生富集作用。2008年，雲南省疾控中心就對市場上25個品牌的螺旋藻進行檢驗，發現重金屬鉛和鎘的含量均超標。另外，螺旋藻食品所含的毒素，也是值得關注的問題。顯微鏡下的髮菜，同屬藍菌門，可見唸珠狀的藻絲及異形胞
當大腸桿菌由於如潰瘍等導致的穿孔進入腹腔，通常會導致致命性的腹膜炎感染。然而，大腸桿菌對一些抗生素，如鏈黴素非常敏感，一般情況抗生素能夠有效治療。大腸桿菌的一個株是具有某些能和其它株區分開的特徵的族群。不同的大腸桿菌菌株生活在不同動物中，因此我們可以通過其判斷糞便來源於人或者鳥類等。通過突變，新的大腸桿菌菌株不斷出現，其中一些可能對宿主動物造成損害。儘管對於大多數健康成年人，這樣的菌株可能只引起一場腹瀉，或者根本沒有症狀，但對於幼兒、大病初癒的人或者進行某些藥物治療的人來説，陌生的菌株可能引起嚴重疾病甚至死亡。大腸桿菌○157:├┤7就是一個毒性很強的菌株。
雖然傳統上藍綠菌歸於藻類，稱為藍綠藻門，最新研究早已將它排除，因為其和藻類差異甚大。藻類是有膜狀胞器的真核生物成員，藍菌是缺乏膜包圍的胞器的原核生物，含有單一環狀染色體，細胞壁含有太聚糖，核糖體大小、成分和真核生物不同。藍綠藻在特化摺疊的原生質膜上行光合作用。因此，它們即使擁有類似的生態棲位，彼此仍然差異很大。國際間對食用藍菌門生物開始關注，因為不論土生和水生的藍菌生物皆含有神經毒素BMAA，並可能透過食物鏈不斷累積產生生物放大作用，對人類的損害將逐漸增加。BMAA已證實會對動物產生強烈的毒性，加速動物腦神經退化、四肢肌肉萎縮等等，小量BMAA積累已能選擇性殺死從老鼠的神經元。香港中文大學呼籲大眾停止食用同屬藍菌門的髮菜，減輕患上肌萎性側索硬化症、柏金遜症和老人癡呆症的風險。
在水淨化和污水處理領域，因大腸桿菌在糞便中數量極多，故常用為檢查水源是否被糞便污染的標誌，其測量標準爲大腸菌群指數。此外大腸桿菌多數情況下無害，不會從實驗室「逃脫」而傷害人類。利用大腸桿菌作爲糞便污染的指示物也可能產生誤導性的結論，因爲其它環境如造紙廠中，大腸桿菌也可大量存在。當大腸桿菌離開腸道進入泌尿道可以導致感染，由於性交會導致細菌進入膀胱，有時被稱作「蜜月膀胱炎」。尿路感染儘管對女性更爲普遍，但兩性都可能發生。老年中發病男女比例大體相同。因爲細菌總是通過尿道進入泌尿系統，廁所的不衛生會升高感染機率，但其它因素也很重要，還有一些原因不明。