珊瑚礁必須在具有什麼特性的海水中生存？
營養少
心理學是否為自然科學的範圍，目前也尚存爭議，一般較廣為接受的說法是心理學同時包含在自然科學與社會科學的範疇之中。自然科學的根本目的在於尋找隱藏在自然現象背後的規律，但是自然科學的工作尚不包括研究為什麼會存在這些規律。自然科學認為超自然的、隨意的和自相矛盾的現象是不存在的。自然科學的最重要的兩個支柱是觀察和邏輯推理。由對自然的觀察和邏輯推理自然科學可以引導出大自然中的規律。假如觀察的現象與規律的預言不同，那麼要麼是因為觀察中有錯誤，要麼是因為至此為止被認為是正確的規律是錯誤的。一個超自然因素是不存在的。
目前學者還在研究各種因素對珊瑚礁系統的影響。這些因素的列表很長，從海洋吸收二氧化碳開始，到大氣層的變化、紫外線的影響、海洋酸化、病毒、沙暴將病菌帶到遠海珊瑚礁的可能性、不同的污染物等等。不但近海的珊瑚礁受到威脅，因此來自陸上的污染也是一個問題。土地使用過度或者管理不良均會威脅珊瑚礁。在過去20年中，大量在海岸出現的紅樹林由於造路、建築工程、機場海港建築、隧道建築等被破壞。這些紅樹林能夠吸收許多從陸地上流失的營養。從陸地上流失的營養在海水中會導致藻類和浮游生物的大量繁殖，形成赤潮。而珊瑚礁則需要營養少的海水，需要充分的陽光。大量的營養流入會破壞其生態系統內部的平衡。海岸濕地的喪失和赤潮是嚴重影響珊瑚礁所需要的水質的因素。
熱帶珊瑚礁的珊瑚只能在水溫高於20℃的地區生存。這些石珊瑚與蟲黃藻共生，因此它們需要充分的陽光，它們因此生活在水深50米以內的水中。因此熱帶珊瑚礁一般位於北緯30°至南緯30°之間。熱帶珊瑚礁的總面積約為60萬平方公里，它們每年約堆積6.4億噸的碳酸鹽。沿岸沉積形成的珊瑚礁位於大陸架的淺水中。由於淡水帶來的營養物質使得這些珊瑚礁能夠獲得較為豐富的營養，因此這些珊瑚礁中往往以軟珊瑚和藻類植物為主。火山島形成的珊瑚礁遠離大陸，它們位於由火山活動形成的島嶼的周圍。比如夏威夷和塔希提周圍的珊瑚礁。這些珊瑚礁的營養比較少，因此以石珊瑚為主。
水質差的水似乎也促進珊瑚蟲傳染病的傳播。從前認為珊瑚無病原，但日後發現了一種紅色的海水蟲蟻，以珊瑚為食。工業污染物中很常見的銅會影響珊瑚蟲的生長。由於北美和歐洲對珊瑚礁觀賞魚的需求，使在印度洋-太平洋地區使用氰化物捕魚的方法大增。世界上85%的觀賞魚是在這個地區捕取的。捕魚人使用氰化物來麻醉魚，然後可以輕易地捕取它們。但使用這個手段捕魚，魚長期來看的死亡率達90%。氰化物對珊瑚礁生態系統的破壞也很大，它殺死珊瑚蟲和其他無脊椎動物。同時單單光是通過捕走這些功能生物，例如對整個生態系統平衡必須的藻食性魚，本身就對珊瑚礁造成了威脅。有時捕魚人還敲擊珊瑚礁來驚嚇魚，讓它們從縫隙中逃出來，或者破壞珊瑚礁來捕取藏在縫隙中的魚。