藍綠藻在哪一種構造上進行光合作用?
特化摺疊的原生質膜
藍菌門，也被稱為藍綠藻，是一類能透過光合作用獲取能量的細菌，但有些也能透過異營來獲取能量。屬於原核生物界。藍綠藻植物菌門下物種又稱藍細菌、藍綠菌、藍藻或藍綠藻及藍菌，當中包括藍鼓藻、藍球藻等生物。雖然傳統上歸於藻類，但近期發現因為沒有核膜等等，與細菌非常接近，因此現時已被歸入細菌域。藍綠菌在地球上已存在約35億年，是目前以來發現到的最早的光合放氧生物，對地球表面從無氧的大氣環境變為有氧環境起了巨大的作用。通過刺激生物多樣性和導致厭氧生物接近滅絕，顯著的改變了在地球上生命形式的組成。根據內共生學說，在植物和真核藻類發現的葉綠體是從藍細菌祖先通過內共生進化而來的。
雖然傳統上藍綠菌歸於藻類，稱為藍綠藻門，最新研究早已將它排除，因為其和藻類差異甚大。藻類是有膜狀胞器的真核生物成員，藍菌是缺乏膜包圍的胞器的原核生物，含有單一環狀染色體，細胞壁含有太聚糖，核糖體大小、成分和真核生物不同。藍綠藻在特化摺疊的原生質膜上行光合作用。因此，它們即使擁有類似的生態棲位，彼此仍然差異很大。國際間對食用藍菌門生物開始關注，因為不論土生和水生的藍菌生物皆含有神經毒素BMAA，並可能透過食物鏈不斷累積產生生物放大作用，對人類的損害將逐漸增加。BMAA已證實會對動物產生強烈的毒性，加速動物腦神經退化、四肢肌肉萎縮等等，小量BMAA積累已能選擇性殺死從老鼠的神經元。香港中文大學呼籲大眾停止食用同屬藍菌門的髮菜，減輕患上肌萎性側索硬化症、柏金遜症和老人癡呆症的風險。
入侵物種是引進物種的一個子集。如果一個物種被人為引入一個其先前不曾自然存在過的地區，並具備了在無更多人為干預的情況下在當地發展成一定數量的能力，以至威脅到了當地的生物多樣性，成為當地公害，就可稱之為「入侵物種」。雖然入侵物種經常被定義為被引進的並成為禍害的品種，但有些物種天生就能在特定的區域，在人類活動的影響下繁殖並成為當地的一個入侵品種。澳大利亞東南部的雜色澳洲喜鵲就是一個例子：由於人類對當地景觀的改變，使得雜色澳洲喜鵲的數量在20世紀急劇增長。雜色澳洲喜鵲捕食其他小型鳥類的雛鳥，使得該地區其他小型鳥類數量銳減。在夏威夷，一種稱做”'ae'ae”的濕地植物也被看成是一個有害物種，因為它們的快速增長覆蓋了原本用做保護黑翅長腳鷸的淺水塘，使得這些區域不再適合這種瀕危鳥類的覓食。當然，地球上所有的物種都有一個數量增減周期，一般來說這個都是在一定範圍內進行波動的。這類變化一般是由環境上的各種因素變化導致，而其中以由人類活動所帶來的地貌改變的影響顯得最為突出。
與此密切相關的問題是，什麼才算是一個好的科學解釋。除了提供對未來事件的預測，社會往往需要科學理論為經常發生或已經發生的事件提供解釋。哲學家們對「一個科學理論成功地解釋了一個現象」以及「一個科學理論具有解釋力」之說法所憑依的標準進行了調查研究。演繹-律則模型是一個早期的，有影響力的科學解釋的理論。它說，一個成功的科學解釋必須能從一個科學定律推斷出某個現象的發生。這種觀點受到了很多的批評，導致人們想出幾個普遍承認的反例。如果待說明事物不能從任何律則推導出，這時候澄清「科學解釋」是什麼意思就特別具有挑戰性。韋斯利·薩爾蒙發展了一個模型，其中一個好的科學解釋必須和要解釋的結果在統計學上相關。其他人則認為，一個好的解釋的關鍵，是能統一不同的現象或能提供因果機制。