永曆四年，時鄭彩、鄭聯領有廈門。鄭成功退回閩南之後，乃藉口鄭聯在廈門做了什麼致民不聊生?
橫徵暴斂
是時，閩南地區呈現混亂的局面，除了明、清的官方部隊以外，到處都有土豪、山賊擁據城寨，相互爭併，並且就近向百姓課收稅金，宛如軍閥；相較於這些地方勢力，鄭成功擁有較完善的軍備，但卻也因為軍隊太龐大，而領土太少，面臨籌集糧餉的重大問題。永曆三年十月，鄭成功決定揮兵南下，除打擊閩南清軍外，也打算沿路收服各地的城寨以為糧源。一個多月下來，從清軍手上攻取漳浦、雲霄等地，亦平定了達濠、霞美等寨；十一月，鄭軍攻詔安不克，乃決定轉入粵東，經分水關至潮州一帶征討不合作的零星勢力；至隔年五月之間，又次第收服了潮陽以及周邊許多山寨。潮州守將郝尚久雖已於隆武四年隨李成棟反清，但曾襲擊施琅、鄭鴻逵等部，也曾拒絕鄭成功聯軍的要求，並在鄭軍攻打新墟寨時派兵與之為難，與鄭成功素有嫌隙。永曆四年六月，鄭成功軍隊行抵潮州，便以郝尚久立場不清不明為由，出兵擊之；郝部不敵，退守府城，揭陽、普寧、惠來等縣盡入鄭軍之手。不久，清軍再次攻入廣東；郝尚久背腹受敵下負氣降清，引清軍入潮州城以抗鄭軍。鄭軍圍困潮州城三月不克、士氣低落，又面臨糧餉接濟問題，只得於八月解潮州圍退回閩南。永曆四年，時鄭成功族叔鄭彩、鄭聯的軍隊領有廈門。鄭成功退回閩南之後，為了拓展實力乃藉口鄭聯在廈門橫徵暴斂、使民不聊生；採取施琅的獻策，用計圖取廈門。永曆四年中秋節，鄭成功趁著鄭彩離開廈門的時機，前往廈門拜訪鄭聯，鄭聯大意並未設防，慘遭刺殺身亡。不久，鄭彩得知鄭聯的死訊，更加不敢與鄭成功作對，回到廈門便將兵權都交了出來；鄭成功自此接收了鄭彩、鄭聯大部分的部隊，並且實際取得廈門、金門作為根據地。
天主教會亦有類似牧師的職位，稱為本堂神父或主任司鐸，均由神父擔任，主要工作為管理堂區。在西方國家，牧師與本堂神父的詞語相同，例如英文都稱為Pastor。提摩太前書第三章說：作監督的，必須無可指責，只作一個婦人的丈夫，有節制，自守，端正，樂意接待遠人，善於教導；不因酒滋事，不打人，只要溫和，不爭競，不貪財；好好管理自己的家，使兒女凡事端莊順服。人若不知道管理自己的家，焉能照管神的教會呢？初入教的不可作監督，恐怕他自高自大，就落在魔鬼所受的刑罰里。監督也必須在教外有好名聲，恐怕被人毀謗，落在魔鬼的網羅里。提多書第一章說：若有無可指責的人，只作一個婦人的丈夫，兒女也是信主的，沒有人告他們是放蕩不服約束的，就可以設立。監督既是神的管家，必須無可指責，不任性，不暴躁，不因酒滋事，不打人，不貪無義之財。樂意接待遠人，好善，莊重，公平，聖潔自持。堅守真實道理，就能將純正的教訓勸化人，又能把爭辯的人駁倒了。
永曆九年，因為明昭宗和鄭成功勢力相隔遙遠，特准鄭成功設置六官及察言、承宣、審理等官方便施政，同時允許他委任官職，武官可達一品，文職可達六部主事。鄭成功每次拜封官員，都請寧靖王朱術桂等明宗室在旁觀禮，以示尊重體制。鄭成功同時將廈門改名為思明州，並建造演武亭，以便鄭成功親自督察官兵操練。同年九月，清定遠大將軍鄭親王世子濟度率三萬大軍入閩，會同駐閩清軍，準備進攻廈門。鄭成功決定放棄已佔領的漳州、泉州兩府屬邑，並拆毀城牆讓清軍無所屯紮，藉此鞏固金門、廈門的防禦。與此同時，還派遣部將率領舟師兩路進擊，一北上浙江，一南下廣東，令清軍腹背受敵、難以兼顧頭尾。北上鄭軍連戰皆捷，攻入舟山；南下鄭軍雖一度攻取揭陽，卻遭到清援軍擊潰，死傷慘重。隔年四月，濟度調集各路水師進攻廈門，於圍頭海域遭鄭軍痛擊，清軍大敗而歸。鄭軍取得泉州戰役的勝利。永曆十年十二月，鄭成功部隊又在閩東北取得護國嶺戰役的勝利。南征舟師返回廈門，鄭成功議處敗戰之罪，原本要處死蘇茂、黃梧、杜輝，但是在眾將跪地求情之下，鄭成功決定將蘇茂一人斬首，黃、杜則戴罪圖贖。後鄭成功命黃梧鎮守海澄，還特別囑咐黃梧以戴罪之身應力圖建功；但是黃梧知道鄭成功一向治軍嚴苛，害怕自己一旦再犯錯就會送命，於是便與副將蘇明商議，決定向清朝投降，獻出海澄縣城。海澄是鄭成功多年來投注了相當多人力、物力建造起來的堅固堡壘，黃梧的投降無疑給了鄭成功一大打擊。起兵後的十多年，鄭成功的據地仍然只以金門、廈門等閩南沿海島嶼為主。但鄭成功完全控制了海權，一方面深入內陸廣設商業據點山五商，開闢貨源以和外國人貿易、走私來累積資金；一方面以此募兵及進口盔甲、銃砲、刀劍等武器來籌備軍力、軍備；又以內陸的商業據點為基，發展反清復明的情報組織洪門。
笛卡兒的宗教信仰在學術圈中一直被嚴格地爭論著。他聲稱是虔誠的羅馬天主教徒，以及「沉思」的目的是為了維護基督教信仰。但是在他自己的時代，笛卡兒被指控宣揚秘密的自然神論和無神論信仰。與他同時代的布萊茲·帕斯卡說，「我不能原諒笛卡兒；他在其全部的哲學之中都想能撇開上帝。然而他又不能不要上帝來輕輕碰一下，以便使世界運動起來；除此之外，他就再也用不著上帝了。」史蒂芬·高克羅格的笛卡兒傳記中寫到，「他作為一個天主教徒有著很深的宗教信仰，並一直保持到他死的那一天，並帶著堅定的，熱情的探索真理的渴望。」在笛卡兒死於瑞典後，克里斯蒂娜女王放棄了她的王位轉信羅馬天主教。她一直聯繫的僅有的天主教徒就是笛卡兒，他曾是她的個人家庭教師。