為何某些人不承認神學是一門科學？
無法滿足科學研究的定義
神學作為一門學科，與信仰實踐和對信仰的直接知識有所區別，這種不同早在路德宗正統神學那裏通過神學家卡利克斯特便已得到指明。這在卡洛夫和奎恩施特的神學進路中明明可見。儘管他們把神學視為先於信仰的，但這種關係在啟蒙運動時期卻被顛倒過來：神學是次要的、從屬的，作為對信仰或宗教所作的反思形式。這種關係規定首先出現在塞姆勒那裏。施萊爾馬赫把神學理解為一門實證學，聯繫於教會領導層。儘管神學與信仰的區分直到今天仍然規範著神學論述，但神學與教會領導層之間的定向關係則是富有爭議的。許多批評者認為神學因為無法滿足科學研究的定義，因此神學無法作為一門科學來研究。
笛卡兒將這種方法不僅運用在哲學思考上，還運用於幾何學，並創立了解析幾何。由此，笛卡兒第一步認為懷疑就是出發點，感官知覺的知識是可以被懷疑的，我們並不能信任我們的感官。所以他不會說「我看故我在」、「我聽故我在」。從這裡他悟出一個道理：我們所不能懷疑的是「我們的懷疑」。意指:我們無法去懷疑的，是我們正在「懷疑」這件事時的「懷疑本身」，只有這樣才能肯定我們的「懷疑」是有真實性的，並非虛假的產物。人們覺得理所當然或習以為常的事物，他卻感到疑惑，由此他推出了著名的哲學命題——「我思故我在」。笛卡兒將此作為形上學中最基本的出發點，從這裡他得出結論，「我」必定是一個獨立於肉體的、在思維的東西。笛卡兒還試圖從該出發點證明出上帝的存在。笛卡兒認為，我們都具有對完美實體的概念，由於我們不可能從不完美的實體上得到完美的概念，因此必定有一個完美實體——即上帝——的存在來讓我們得到這個概念。從所得到的兩點出發，笛卡兒繼續推論出既然完美的事物存在，那麼我們可以確定之前的惡魔假設是不能成立的，因為一個完美的事物不可能容許這樣的惡魔欺騙人們，因此藉由不斷的懷疑我們可以確信「這個世界真的存在」，而且經由證明過後的數學邏輯都應該是正確的。現實世界中有諸多可以用理性來察覺的特性，即它們的數學特性，當我們的理智能夠清楚地認知一件事物時，那麼該事物一定不會是虛幻的，必定是如同我們所認知的那樣。雖然笛卡兒證明了真實世界的存在，他認為宇宙中共有2個不同的實體，既思考和外在世界，兩者本體都來自於上帝，而上帝是獨立存在的。他認為，只有人才有靈魂，人是一種二元的存在物，既會思考，也會占空間。而動物只屬於物質世界。笛卡兒強調思想是不可懷疑的這個出發點，對此後的歐洲哲學產生了重要的影響。我思故我在所產生的爭議在於所謂的上帝存在及動物一元論，而懷疑的主要思想，確實對研究方面很有貢獻。
心理學是否為自然科學的範圍，目前也尚存爭議，一般較廣為接受的說法是心理學同時包含在自然科學與社會科學的範疇之中。自然科學的根本目的在於尋找隱藏在自然現象背後的規律，但是自然科學的工作尚不包括研究為什麼會存在這些規律。自然科學認為超自然的、隨意的和自相矛盾的現象是不存在的。自然科學的最重要的兩個支柱是觀察和邏輯推理。由對自然的觀察和邏輯推理自然科學可以引導出大自然中的規律。假如觀察的現象與規律的預言不同，那麼要麼是因為觀察中有錯誤，要麼是因為至此為止被認為是正確的規律是錯誤的。一個超自然因素是不存在的。
古代教會的基督教神學家往往是主教，中世紀的神學家則往往是修會人士。自從大學作為修會高等學府在中世紀產生以來，神學就總是居首的學系。後來，在中世紀盛期，「神學」這一概念就在阿貝拉爾和波納文圖拉首次獲得了一個更為全面的意含：「關於神聖知識的領域」，包含了整個基督教學說。在這個意義上，「神學」這一概念的意含逐漸固定下來；後來，托馬斯·阿奎那的《神學大全》，視神學為一門思辨性的、理論性的科學。後來的宗教改革家越來越強調神學的實踐方向。馬丁·路德也處於修院傳統的影響之下來理解神學。神學所關涉的完全是委身於上帝所施行的救恩，以及信徒生活的完滿實踐。在這種意義上，有為數不少的路德派正統神學家就把神學規定為一門實踐科學，儘管這門「科學」不具備科學對嚴謹的要求。因此，路德宗正統神學的神學體系也就經常獲得了一種像中古經院時期《神學大全》那樣的系統特性，不過在內容方面則有不同的規劃，而且其體系建設也越來越以信仰實踐為導向。由此而得到確立的，還有一種越來越理論性的神學理解。