藻類是屬於哪一種生物?
真核生物
雖然傳統上藍綠菌歸於藻類，稱為藍綠藻門，最新研究早已將它排除，因為其和藻類差異甚大。藻類是有膜狀胞器的真核生物成員，藍菌是缺乏膜包圍的胞器的原核生物，含有單一環狀染色體，細胞壁含有太聚糖，核糖體大小、成分和真核生物不同。藍綠藻在特化摺疊的原生質膜上行光合作用。因此，它們即使擁有類似的生態棲位，彼此仍然差異很大。國際間對食用藍菌門生物開始關注，因為不論土生和水生的藍菌生物皆含有神經毒素BMAA，並可能透過食物鏈不斷累積產生生物放大作用，對人類的損害將逐漸增加。BMAA已證實會對動物產生強烈的毒性，加速動物腦神經退化、四肢肌肉萎縮等等，小量BMAA積累已能選擇性殺死從老鼠的神經元。香港中文大學呼籲大眾停止食用同屬藍菌門的髮菜，減輕患上肌萎性側索硬化症、柏金遜症和老人癡呆症的風險。
藍菌門，也被稱為藍綠藻，是一類能透過光合作用獲取能量的細菌，但有些也能透過異營來獲取能量。屬於原核生物界。藍綠藻植物菌門下物種又稱藍細菌、藍綠菌、藍藻或藍綠藻及藍菌，當中包括藍鼓藻、藍球藻等生物。雖然傳統上歸於藻類，但近期發現因為沒有核膜等等，與細菌非常接近，因此現時已被歸入細菌域。藍綠菌在地球上已存在約35億年，是目前以來發現到的最早的光合放氧生物，對地球表面從無氧的大氣環境變為有氧環境起了巨大的作用。通過刺激生物多樣性和導致厭氧生物接近滅絕，顯著的改變了在地球上生命形式的組成。根據內共生學說，在植物和真核藻類發現的葉綠體是從藍細菌祖先通過內共生進化而來的。
與此密切相關的問題是，什麼才算是一個好的科學解釋。除了提供對未來事件的預測，社會往往需要科學理論為經常發生或已經發生的事件提供解釋。哲學家們對「一個科學理論成功地解釋了一個現象」以及「一個科學理論具有解釋力」之說法所憑依的標準進行了調查研究。演繹-律則模型是一個早期的，有影響力的科學解釋的理論。它說，一個成功的科學解釋必須能從一個科學定律推斷出某個現象的發生。這種觀點受到了很多的批評，導致人們想出幾個普遍承認的反例。如果待說明事物不能從任何律則推導出，這時候澄清「科學解釋」是什麼意思就特別具有挑戰性。韋斯利·薩爾蒙發展了一個模型，其中一個好的科學解釋必須和要解釋的結果在統計學上相關。其他人則認為，一個好的解釋的關鍵，是能統一不同的現象或能提供因果機制。
藍菌的次生代謝產物微囊藻毒素有非常強的毒性，可能會嚴重損害肝臟，引致肝癌。1996至1999年間，美國俄勒岡健康部門曾對市面上87種藍菌及螺旋藻保健食品進行測試，發現其中竟然有85種保健食品均含有微囊藻毒素。不同種類的藍菌含有不同類型的毒素，當中包括神經毒素、肝毒素、細胞毒素及內毒素等，使他們對人體及動物構成生命危險。已有紀錄証明飲用或於被藍菌污染的水源接觸會引致中毒現象，但實際多少的攝取量會致命則未有定論。藍菌和藻類皆會產生有腥臭味的「水華」現象，最大危害是令飲用水源受到威脅，毒素影響人類健康。亦會蓋住池水令魚類缺氧死亡。螺旋藻同屬於藍菌門，最初是由非洲查德居民當作食物，雖然現時也是一種流行的商業保健食品，但螺旋藻的健康及治療效用一直備受質疑。很多贊成的主張都是著重螺旋藻包含的個別養份，如γ-亞麻酸、不同的抗氧化劑等，而不是著重直接食用螺旋藻。螺旋藻含有的所有營養如維生素，全部均可以在一般正常食物中找到，根本沒有食用必要，但螺旋藻卻會另外對重金屬產生富集作用。2008年，雲南省疾控中心就對市場上25個品牌的螺旋藻進行檢驗，發現重金屬鉛和鎘的含量均超標。另外，螺旋藻食品所含的毒素，也是值得關注的問題。顯微鏡下的髮菜，同屬藍菌門，可見唸珠狀的藻絲及異形胞