進化成新的代謝途徑當中將什麼物質加到一個較短的原始途徑？
酶
研究者們提出了多種模型來描述新的代謝途徑是如何進化而來的：如添加新的酶到一個較短的原始途徑，或是複製而後分化整個途徑，並將已存在的酶和它們的複合體帶入新的反應途徑中。這些進化機制中，哪一種更為重要目前還不清楚，但基因組研究顯示在同一個途徑中的酶可能具有一個共同「祖先」，這就提示許多途徑是通過一步接一步的演化方式利用已存在的反應步驟來獲得新的功能。另一種較為合理的模型來自於對代謝網絡中蛋白質結構的演化研究，其結果提示酶具有普適性，同樣的酶能夠在不同的代謝途徑中被利用並發揮相似的作用。這些利用的進程就導致進化，酶在途徑中以類似於馬賽克排列的方式進行拼接。第三種可能性是代謝中的一些部分可以以「模塊」的方式存在，而模塊可以被用於不同的途徑並對不同的分子執行相似的功能。
馬，是一種草食性家畜，廣泛分布於世界各地，原產於中亞草原，6000多年前就被人類馴養，最早的馬匹馴養遺址於烏克蘭草原發現，15世紀後，才被歐洲殖民者帶到美洲和澳洲地區。馬耳小而直立，面部長；額、頸上有長鬃，尾有長毛，四肢強健，內側有附蟬，第三趾最發達，趾端有馬蹄，其餘各趾退化；毛色複雜，有騮、栗、青、黑等。馬的化石非常豐富，所以馬的進化過程也研究得非常詳細。馬的進化常常用來作為進化的例子。最早的馬叫始祖馬，出現於五千七百萬年前的北美洲，時值始新世。始祖馬個頭只有狗那麼大，弓著背，四肢長著多個趾頭。由始祖馬分化出了林林總總的眾多支系。有的支系越來越大，越來越擅長奔跑，也有的支系向著小型化發展。到中新世的時候以三趾馬為代表的馬類動物成了一類十分繁盛的動物群，是地層古生物中常見的化石動物，常常作為地質年代斷定的重要依據。
顏色或色彩是通過眼、腦和我們的生活經驗所產生的一種對光的視覺效應。人對顏色的感覺不僅僅由光的物理性質所決定，還包含心理等許多因素，比如人類對顏色的感覺往往受到周圍顏色的影響。有時人們也將物質產生不同顏色的物理特性直接稱為顏色。電磁波的波長和強度可以有很大的區別，在人可以感受的波長範圍內，它被稱為可見光，有時也被簡稱為光。假如我們將一個光源各個波長的強度列在一起，我們就可以獲得這個光源的光譜。一個物體的光譜決定這個物體的光學特性，包括它的顏色。不同的光譜可以被人接收為同一個顏色。雖然我們可以將一個顏色定義為所有這些光譜的總和，但是不同的動物所看到的顏色是不同的，不同的人所感受到的顏色也是不同的，因此這個定義是相當主觀的。一個彌散地反射所有波長的光的表面是白色的，而一個吸收所有波長的光的表面是黑色的。一個虹所表現的每個顏色只包含一個波長的光。我們稱這樣的顏色為單色的。虹的光譜實際上是連續的，但一般來說，人們將它分為七種顏色：紅、橙、黃、綠、青、藍、紫；每個人的分法總是稍稍不同。單色光的強度也會影響人對一個波長的光所感受的顏色，比如暗的橙黃被感受為褐色，而暗的黃綠被感受為橄欖綠，等等。大多數光源的光譜不是單色的，它們的光是由不同強度和波長的光混合組成的。人眼將許多這樣的混合光的顏色與單色光源的光的顏色看成是同樣。比如上面表格中的橙色，實際上就不是單色的600奈米的光，實際上它是由紅色和綠色的光混合組成的。出於眼睛的生理原理，我們無法區分這兩種光的顏色。也有許多顏色是不可能是單色的，因為沒有這樣的單色的顏色。比如說黑色、灰色和白色就是這樣的顏色，粉紅色或淡紫色也是這樣的顏色。
如前所述，代謝的中心途徑，如糖解和三羧酸循環，存在於三域中的所有生物體中，也曾存在於「最後的共同祖先」中。共同祖先細胞是原核生物，並且很可能是一種具有廣泛的胺基酸、醣類和脂類代謝的產甲烷菌。這些古老的代謝途徑之所以沒有進一步進化，其原因可能是途徑中的反應對於特定的代謝問題已經是一個優化的解決辦法，可以以很少的步驟達而到很高的效率。第一個基於酶的代謝途徑和之前的代謝途徑是原始的核糖核酸世界的組成部分。在進化出新的代謝途徑的同時，進化也可能造成代謝功能的降低或喪失。例如，一些寄生物失去了對於生存非關鍵的代謝進程，代之以直接從宿主體內獲取胺基酸、核苷酸和醣類。類似的代謝能力退化的現象在一些內共生生物體中也被觀察到。