將質子泵出粒線體會在粒線體膜的兩邊產生質子並造成什麼部分有所差異？
濃度
捕獲太陽能的過程與氧化磷酸化在本質上是相似的，因為兩者都包括了能量以質子濃度梯度形式存在以及這種濃度差所驅動的三磷酸腺苷的合成。用於驅動電子傳遞鏈的電子是來自於被稱為光合反應中心的捕光蛋白。根據所含的光合色素類型的不同，可以將反應中心體分為兩類：去鎂葉綠素-醌型和鐵-硫型；大多數的光合細菌只含有一類反應中心體，而植物和藍藻則含有兩類。此外，光系統是在光合作用中發揮主要作用的蛋白質複合物，包括光系統1和2。在植物中，光系統2可以利用光能從水中獲得電子，並釋放出氧氣。電子隨後流入細胞色素某複合物，該複合物用能量將質子泵出類囊體膜。被泵出的質子又通過膜回到類囊體內，從而驅動三磷酸腺苷的合成。當電子繼續流過光系統1時，它們可以被用於還原輔酶乙醛酸還原酶、用於卡爾文循環或回收後用於合成更多的三磷酸腺苷。
現代時期的開始代表了歐洲文藝復興的結束。確切的時間點會依據各個領域的界定而有所不同，比如說，一個歷史學家可能會將現代的開始放在1650年，而一個音樂家則可能會把時間放在音樂的浪漫時期結束之後，也就是大約1900年。當代史學者習慣把一戰爆發，作為近代的終結、現代的開端。同樣地，依據各個領域的不同觀點，現代時期可能會被界定為一直延伸到我們現在所處的時間，或者也有可能被認為結束於後現代主義的開始，可能在1960年代到1980年代初期之間的任何一點。如果是將現代定義為在後現代之前的話，那麼它可能特別指涉了現代主義。有的觀點則認為，後現代主義只不過是現代主義本身最晚一個時期的發展而已。
由於生物體的外界環境處於不斷的變化之中，因此代謝反應必須能夠被精確的調控，以保持細胞內各組分的穩定，即體內平衡。代謝調控也使得生物體能夠對外界信號產生反饋並能夠與其周圍環境進行互動。其中，兩個緊密聯繫的概念對於了解代謝途徑的調控機制非常重要：其一，一個酶在代謝途徑中的調節就是它的酶活性是如何根據信號來增加或降低的；其二，由這個酶所施加的控制即是它的活性的變化對於代謝途徑整體速率的影響。例如，一個酶可以在活性上發生很大的變化，但如果這些變化對於其所在的代謝途徑的通量基本沒有影響，那麼這個酶就不能夠對於這一途徑發揮控制作用。
氧化磷酸化中，通過如檸檬酸循環等代謝途徑，電子從被消化吸收的食物分子上轉移到氧氣上，並將產生的能量以三磷酸腺苷的方式儲存起來。在真核生物中，這一過程是由位於粒線體膜上的一系列膜蛋白來完成的，被稱為電子傳遞鏈。而在原核生物中，對應的蛋白質則位於細胞內膜上。這些蛋白質利用從電子還原性分子傳遞到氧氣的反應所產生的能量將質子進行跨膜運輸。將質子泵出粒線體的結果就會在粒線體膜的兩邊產生質子的濃度差，從而在膜的兩邊形成一個電化學梯度。通過電化學梯度所產生的驅動力使得質子通過粒線體膜上的三磷酸腺苷合酶重新進入粒線體。這樣的一個質子流會促使三磷酸腺苷合酶的亞基發生轉動，並進一步帶動合酶結構域上的活性位點發生形變並將腺苷二磷酸磷酸化，最終產生三磷酸腺苷。