磷酸化作用中什麼物質會被活化？
磷酸化酶
維生素是一類生命所需的微量有機化合物，但細胞自身無法合成。在人類營養學中，大多數的維生素可以在被修飾後發揮輔酶的功能；例如，細胞所利用的所有的水溶性維生素都是被磷酸化或偶聯到核苷酸上的。菸鹼醯胺腺嘌呤二核苷酸是核黃素的一種衍生物，它也是一種重要的輔酶，可以作為氫受體。數百種不同類型的去氫酶可以從它們的受質上移去電子。無機元素在代謝中也發揮著重要的作用；其中一些在機體內含量豐富，而另一些則為微量元素。大約99%的哺乳動物的質量為碳、氮、鈣、鈉、氯、鉀、氫、磷、氧和硫元素。絕大多數的碳和氮存在於有機物中，而氫和氧則主要存在於水中。
電興奮要通過一個中介過程，和肌肉收縮聯繫起來。這個過程被稱為興奮-收縮偶聯。在心肌細胞，自律心肌細胞帶來的自律性興奮會通過這一過程引起工作心肌細胞的收縮。肌肉細胞膜上的動作電位沿著細胞膜和細胞膜延續形成的橫管膜擴散至終末池。同時活化橫管膜和肌細胞膜上的L型Ca2+通道，即二氫吡啶受體。鈣離子通過二氫吡啶受體內流活化了終末池上的鈣離子通道，終末池的鈣離子進入肌漿，這種活化方式被稱為鈣離子介導的鈣離子釋放。在血液流動方面，右心房接受上下腔靜脈的含氧量低的靜脈血。心臟收縮泵出右心室中的血液後舒張，會造成右心室負壓，使得右心房的血液通過三尖瓣流入右心室。這些血液在然後在心臟收縮的時候被射到肺動脈，進入肺循環。肺動脈瓣會防止血液倒流。在肺進行過氣體交換後，含氧量高的血液會順著肺靜脈流到左心房。然後經過二尖瓣流入左心室。左心室內的血液會在心臟收縮時被射到主動脈，進入體循環。
代謝調控可分為多個層次。在自身調節中，代謝途徑可以自調節以對受質或產物水平的變化做出反應；例如，產物量降低可以引起途徑通量的增加，從而使產物量得到補償。這種類型的調節包含對於途徑中多個酶的活性的變構調節。多細胞生物中，細胞在接收到來自其他細胞的信號後作出反應來改變它的代謝情況，而這就屬於外部調控。這些信號通常是通過可溶性分子來傳遞的，如激素和生長因子，它們能夠特異性地與細胞表面特定的受體分子結合。在與受體結合之後，信號就會通過第二信使系統被傳遞到細胞內部，此過程中通常含有蛋白質的磷酸化。由胰島素調節的葡萄糖代謝是一個研究得比較透徹的外部調控的例子。機體合成胰島素是用於對血液中葡萄糖水平的升高做出反應。胰島素與細胞表面的胰島素受體結合，然後活化一系列蛋白激酶級聯反應，使細胞能夠攝入葡萄糖並將其轉化為能量儲存分子，如脂肪酸和肝糖。肝糖的代謝是由磷酸化酶和肝糖合酶來控制的，前者可以降解肝糖，而後者可以合成肝糖。這些酶是相互調控的：磷酸化作用可以抑制肝糖合酶的活性，卻活化磷酸化酶的活性。胰島素通過活化蛋白磷酸酶而降低酶的磷酸化，從而使肝糖得以合成。
呼吸道的上皮細胞會分泌許多可以保護肺部的物質，包括分泌型免疫球蛋白、膠原凝集素、防禦素、肽和蛋白酶，活性氧和活性氮等都是由上皮細胞產生的。這些分泌物可以做為抗菌劑，使呼吸道不會受到感染。呼吸道的上皮細胞也會分泌趨化因子及細胞因子，使得傳統的免疫細胞可以到受感染的部位。呼吸系統中大部份都包覆了由黏膜組成的淋巴樣組織，會產生像淋巴細胞等白細胞。肺部除了進行氣體交換外，也有許多代謝和內分泌上的機能。肺部會產生表面活性劑，也有可以溶解肺血管血栓的纖維蛋白溶解系統。肺部會分泌許多物質，由動脈送到全身，也會從去除血管中的一些物質。在血液循環時，前列腺素會減少甚至消失，但當肺組織伸展時，肺部會合成前列腺素，釋放到血液中。