Root olarak oturum açmak, normal kullanım için önerilmez; çünkü sistemini kullanılmaz hâle getirebilecek komutlar çalıştırmak çok kolaydır. Ayrıca güvenlik açısından risklidir; özellikle de makinende bir SSH sunucusu çalıştırıyorsan. Yalnızca acil durum onarımları yaparken root olarak oturum aç; mesela disk hatalarıyla uğraşırken veya kilitli hesapları kurtarırken.   Root olarak oturum açmak yerine sudo veya su komutlarını kullanmak, root olarak oturum açmışken istenmeyen hasarları önlemeye yardımcı olur. Bu komutları kullanmak, kullanıcıya ciddi bir hasar meydana gelmeden önce komut hakkında düşünme fırsatı verir. Ubuntu gibi bazı dağıtımlar root hesabını, sen elle açana dek kilitli tutar. Bu, kullanıcıların root hesabını kullanarak bilmeden çok fazla hasara sebep olmalarını önlemekle kalmaz sistemi potansiyel hacker’lara karşı da güvence altına alır; çünkü öncelikli hedef genelde root hesabıdır. Root hesabı kilitli olunca hacker’lar onunla erişim elde edemezler. Ubuntu üzerinde root’un kilidini açmaya yönelik yönergeler için önceki bölüme bak. root yaz. Root hesabının kilidi açıksa ve parolayı biliyorsan bir kullanıcı hesabıyla giriş yapman istendiğinde root olarak oturum açabilirsin. Oturum açman istendiğinde kullanıcı olarak root yaz.  Bir komutu yürütmek için root erişimine ihtiyacın varsa önceki bölümdeki yöntemi kullan. Kullanıcı adı olarak root yazdıktan sonra istendiğinde root parolasını gir.   Root parolası çoğu durumda "password" (parola) olabilir. Root parolasını bilmiyorsan veya unuttuysan parolayı sıfırlamaya yönelik yönergeler için bir sonraki bölüme bak. Ubuntu’da root hesabı kilitlidir ve kilidi açılana kadar kullanılamaz. Çalıştırmak istediğin programın, root erişimi varken sisteminin üzerinde olumsuz bir etki yaratması muhtemeldir. Programları çalıştırmak için root olarak oturum açmak yerine sudo veya su komutlarını kullanman şiddetle tavsiye edilir.
Geçici olarak root erişimi elde etmek için başka yöntemler kullanmayı düşün. Linux’ta oturum açarken kullanıcı olarak . Kullanıcı parolası olarak root parolasını gir. Root olarak oturum açtığında karmaşık programlar çalıştırmaktan kaçın.