Le principal moyen de prévenir la trachéobronchite infectieuse canine consiste à garder ses vaccins à jour. Le vaccin de base comprend une dose contre les principaux virus responsables de la toux de chenils .  Il existe aussi un vaccin contre Bordetella bronchiseptica, l'autre agent responsable de la maladie. Parlez à un vétérinaire en vue de savoir quelles vaccinations sont les plus importantes pour votre animal. Ne vacciner l'animal qu'une seule fois n'est pas toujours efficace. Autrement dit, vous devrez vous assurer qu'il reçoive ses doses de rappel dans les délais impartis. Habituellement, la deuxième dose est administrée un an après la première et les doses suivantes sont administrées tous les trois ans .   Étant donné que de nouvelles souches de virus de la toux de chenil apparaissent régulièrement, vous devrez faire l'effort de garder ses vaccins à jour pour augmenter sa protection contre la TBIC. En raison des divers facteurs pouvant être à l'origine de la TBIC, la vaccination ne garantira pas une protection totale de l'animal, mais elle va réduire considérablement les risques qu'il en soit infecté . La probabilité pour que les chiens (qu'ils soient petits ou grands) développent cette maladie est plus grande lorsqu'ils sont exposés à leurs congénères qui courent un risque très élevé de présenter la maladie et que l'on peut retrouver entre autres dans les parcs, les animaleries, les écoles de dressage, chez les toiletteurs, les classes d'obéissance canine et les pensions pour chiens.  Idéalement, vous devrez garder les chiots à l'écart de tout autre chien, à l'exception de leur mère et le reste de la portée, jusqu'à ce qu'ils puissent recevoir leurs vaccins. En fait, ils ne peuvent recevoir le vaccin contre la trachéobronchite infectieuse canine que lorsqu'ils auront environ quatre mois . Toutefois, certaines gouttes intranasales peuvent leur être administrées dès leur troisième semaine de vie. En effet, il est possible qu'une eau bue par un autre animal développant l'infection soit contaminée par Bordatella à cause des sécrétions nasales ou orales que ce dernier pourrait laisser dans l'eau en question. En conséquence, si un animal non vacciné boit cette eau, il peut être infecté par la bactérie et développer aussi la maladie .  Pour éviter cela, ne laissez pas votre chien partager son bol d'eau ou de nourriture avec d'autres chiens. En outre, prenez l'habitude de les nettoyer souvent au savon et à l'eau tiède. Faites-en de même avec les jouets que vos chiens pourraient se partager lorsqu'ils jouent avec.
Faites-le vacciner. Gardez les vaccins à jour. Gardez les chiens non vaccinés séparés des autres. Ne laissez pas votre chien boire de l'eau dans des bols communs.