A principal forma de prevenção contra a tosse de canil é manter a carteira de vacinação dos bichinhos em dia. O pacote central de vacinas inclui uma dose contra os principais vírus causadores da tosse de canil. Também existe uma vacina contra a Bordetella bronchiseptica, a outra agente causadora da tosse de canil. Converse com um veterinário para saber quais vacinas são mais importantes para o seu cachorro. Não basta vacinar o bichinho apenas uma vez. Leve o seu cachorro para tomar as doses de reforço dentro do prazo correto. Normalmente, a segunda dose é dada um ano após a primeira, enquanto as seguintes são administradas de três em três anos.  Novas variações da tosse de canil surgem constantemente. Manter as vacinas em dia aumenta a proteção do cachorro contra a doença. Como a tosse de canil tem várias causas possíveis, a vacinação não garante que o seu bichinho esteja a salvo da doença, mas reduz consideravelmente as chances de infecção. As chances de um cãozinho contrair tosse de canil são muito maiores quanto ele entra em contato com outros cachorros em parques, pet shops, escolinhas e hotéis para cães. O ideal é manter os filhotes longe de quaisquer outros cachorros, com exceção da mãe e dos irmãozinhos da mesma ninhada. A vacinação contra os agentes causadores da tosse de canil só costuma ser feita quando o cachorro já tem por volta de quatro meses, porém, existem algumas gotinhas intranasais que podem ser dadas para os bichinhos a partir da terceira semana de vida. É possível que a água esteja contaminada com Bordatella devido às secreções nasais ou orais de algum outro animal. Caso um bichinho não vacinado beba a água, ele pode acabar sendo infectado pela bactéria e contraindo a doença. Para evitar que isso aconteça, não compartilhe vasilhas de água e comida e lave-as frequentemente com sabão e água quente. Faça o mesmo com os brinquedos que os seus cachorros costumam compartilhar.
Vacine o cachorro. Mantenha as vacinas atualizadas. Mantenha cães não vacinados separados dos outros. Não deixe o seu cachorro beber água em vasilhas coletivas.