ऐसे विभिन्न कवक हैं जो आपकी मूली को खराब कर सकते हैं जिससे उसका स्वाद बहुत खराब हो सकता है । आमतौर पर, कवक समस्याओं के संकेत साफ होते हैं जिनकी पहचान करके आप उन्हें हल कर सकते हैं ।  यदि मूली के पत्तों पर हल्के पीले और भूरे रंग के दाग दिखाई दें, तो पत्तों पर धब्बे (leaf spot) हो सकते हैं, जिसे सेप्टोरिया (Septoria) के धब्बे भी कहा जाता है, जो की एक कवक रोग होता है । यदि ऐसा है, तो सुनिश्चित करें कि उस मिट्टी में पानी ठीक से रिस सकता है जिसमें आपके पौधे लगे हुए हैं (पानी सतह पर एकत्रित नहीं होना चाहिए) और जैविक खाद्य पदार्थ (खाद) डालें । संक्रमित मूलियों को निकालें । इस समस्या से बचने के लिए, बारी बारी से अपनी फसलों की जगह बदलते रहें ताकि आप मूलियों को हर बार एक ही जगह पर न लगाएं । इसके अलावा, अपने बगीचे से पौधों के कचरे को (मृत पौधे, घास फूस, आदि) साफ करते रहें । यदि पत्तों के ऊपरी भाग में हल्के हरे रंग के धब्बे नजर आएं, और तल के आसपास एक बैंगनी रंग हो, तो वह फफूंदी (downy mildew) की वजह से हो सकता है, जो कि एक प्रकार का कवक है । संक्रमित पौधों से छुटकारा पाएं और सुनिश्चित करें कि आप पौधों को ज्यादा पानी न दें । मूली की छंटाई करें ताकि वे ज्यादा नजदीक न हों । फफूंदी (downy mildew) से बचने के लिए, सुनिश्चित करें कि आप बारी बारी से अपनी फसलों की जगह बदलते रहें, और अपने बगीचे को पौधों के कचरे से मुक्त रखें । यदि नसों (veins) के बीच मूली के पत्ते पीले रंग के हो जाएं, यदि पत्ते किनारों से भूरे रंग के हो जाएं और ऊपर की ओर मुड़ जाएं, यदि तल से तना गहरे भूरे रंग का हो कर, काले रंग का हो जाए और चिकना हो जाए, तो यह blackleg की वजह से हो सकता है, जो कि एक कवक रोग है । पौधे के सतह की मिट्टी पर खाद की तरह एक जैविक खाद्य पदार्थ डालें, और सुनिश्चित करें कि मिट्टी में पानी ठीक से रिस सकता है (मिट्टी पर पानी एकत्रित नहीं होना चाहिए और पौधों को ज्यादा पानी न दें) । इससे बचने के लिए, सुनिश्चित करें कि आप अपनी फसलों की जगह बदलते रहें । मूली के साथ, केवल कवक से ही समस्याएं उत्पन्न नहीं होती हैं । कुछ कीड़े आपके पौधों पर जा सकते हैं और उन्हें खा सकते हैं जिससे पौधे मुर्झा जाते हैं । अपने बगीचे को पौधों के कचरे से मुक्त रखकर, आप इन कीड़ों से बच सकते हैं । यदि वे फिर भी उत्पन्न हो जाएं तो उन्हें हटाने के कुछ तरीके उपलब्ध हैं ।  यदि आपके पत्ते मुरझाए हुए लग रहे हैं और आप पाएं कि जड़ों में सुरंगें और छेद हैं, तो जड़ों में कीड़े हो सकते हैं । इन छोटे कीड़े रंग में भूरे/सफेद होते हैं, और इनके पैर नहीं होते हैं । मक्खियां पौधों के बगल की मिट्टी में अपने अंडे देती हैं । इनसे छुटकारा पाने के लिए, अपने मूली के पौधों के तल पर चूना या लकड़ी राख डालें । मूली को सूखे मौसम में ही बोएं, ताकि आप कीड़ों के जीवनकाल से बच सकें । यदि मूलियों के पत्तों में छोटे छेद उत्पन्न हो रहे हैं, तो यह झींगुर (flea beetles) की वजह से हो सकता है । इन छोटे कीड़ों का रंग कांस्य या काला हो सकता है और इनकी लंबाई तकरीबन 1.6 मिलीमीटर होती है । इनसे छुटकारा पाने के लिए, डायटोमेसियस (diatomaceous) पाउडर छिड़कें, जो कि एक प्रकार का मुलायम, अवसादी शैल है, जिसे चूर चूर करके आसानी से एक सफेद पाउडर में बदला जा सकता है । यह एक प्राकृतिक कीटनाशक के रूप में कार्य कर सकता है । नियमित रूप से जमीन की खेती भी करते रहें, ताकि आप झींगुर के जीवनकाल को बाधित कर सकें । यदि आपकी मूली के पौधों में सफेद या पीले रंग के धब्बे हैं, यदि पत्तियां कुरूप हैं, या पौधे कमजोर पड़ रहे हैं, तो यह Harlequin bugs की वजह से हो सकता है । ये कीड़े रंग में काले होते हैं और इनपर पीले या लाल या नारंगी रंग के चिह्न होते हैं, और ये मूली के पौधे के ऊतक (tissue) से तरल पदार्थ चूस लेते हैं । इन्हें ढूंढें और सभी कीड़ों और उनके अंडों को नष्ट करें । इन्हें अपने बगीचे से बाहर रखने के लिए, बगीचे से ऐसे घास फूस को हटाएं जिनमें कीड़े उत्पन्न हो सकते हैं । यदि आपकी मूली की पत्तियों का रंग गहरा पीला हो जाए, यदि वे मुड़कर नाज़ुक बन जाएं, तो वह Aster yellows की वजह से हो सकता है, जो कि टिड्डे (leafhoppers) से फैलने वाला एक माइकोप्लाज्मा (mycoplasma) रोग होता है । यदि ऐसा है, तो संक्रमित पौधे या पौधों को हटाएं, और बगीचे से घास फूस को हटाकर टिड्डों की जनसंख्या को नियंत्रित करें । मिट्टी का तापमान, प्रकार, और उसके गीलेपन से मूली के पौधे पर काफी फर्क पड़ता है । समान रूप से पानी दें (ज्यादा पानी न दें), और मिट्टी में पीएच (pH) की मात्रा को बनाए रखें ।  यदि चखने में आपकी मूली का स्वाद बहुत तीखा या कसैला हो, तो हो सकता है कि मिट्टी काफी सूखी हो या मिट्टी का तापमान बहुत गर्म हो (32 डिग्री सेल्सियस से ऊपर) । अपनी जड़ों की रक्षा करने के लिए और मिट्टी को ठंडा करने के लिए, 2-3 इंच पलवार (organic mulch) डालें । अपनी मूलियों को हर 2-3 घंटे में एक बार पानी दें और तबतक प्रतीक्षा करें जबतक मिट्टी कम से कम 4 इंच गहराई तक न सूख जाए । यदि मूली कठोर और रुखी है, तो हो सकता है कि मिट्टी का तापमान बहुत ज्यादा है और आपने पौधे को पर्याप्त पानी नहीं दिया है । सुनिश्चित करें कि जड़ें मिट्टी के साथ ढकी हुई हैं ताकि वह ठंडी रहे और पानी एकसमान रहे । इसके अलावा, यह सुनिश्चित करें कि आप मूलियों को पकने पर निकाल दें, ताकि वे ज्यादा बड़ी न बन जाएं और उनपर दरारें न आ जाएं ।
कवक (fungi) की समस्याओं को हल करें: समस्याग्रस्त कीड़ों से छुटकारा पाएं: अपनी मिट्टी की जांच करें: