Je důležité flétnu udržovat čistou, jak z hygienických důvodů, tak proto, aby dobře hrála.   Plastové flétny můžete mýt v myčce nebo ve dřezu pod vodou. Před mytím si flétnu rozeberte a důkladně ji vypláchněte.   Náustek můžete vyčistit čistítkem na dýmky nebo kartáčkem. Před hraním nechejte flétnu dokonale vyschnout. Dřevěné flétny si rozeberte a pečlivě je vytřete jemným hadříkem. Po každém hraní si vyčištěnou flétnu schovejte do pouzdra nebo futrálu, aby se vám nepoškodila. Když se vám poškodí díra u náustku nebo se vám kousek flétny odštípne, budete ji moci rovnou vyhodit. Měli byste flétnu chránit před horkem a chladnými teplotami a dávat si pozor, abyste ji omylem nezapomněli v blízkosti tepelného zdroje. Platí to hlavně pro dřevěné flétny, ale stejným pravidlem byste se měli řídit u všech hudebních nástrojů. Kondenzace a vlhkost uvnitř flétny může způsobit ucpání. Můžete tomu zabránit tak, že zahřejete horní spoj flétny před hraním v rukách nebo v kapse.   Pokud se do flétny dostala vlhkost, přikryjte si okno na horní straně flétny rukou a silně do ní foukněte. Měli byste se tím zbavit přebytečné vlhkosti. Pokud máte flétnu stále ucpanou, smíchejte si jednu lžičku čistícího prostředku s trochou vody. Nalejte tuto směs do flétny a nechejte ji chvíli působit. Potom flétnu dobře propláchněte a nechejte ji vyschnout.
Po každém hraní flétnu vyčistěte. Mějte svoji flétnu ve futrálu. Chraňte nástroj před extrémními teplotami. Naučte se řešit ucpané flétny.