Qu'est-ce que l'assemblage de séquences d'ADN ?
What is DNA sequence assembly?
In bioinformatics, sequence assembly refers to aligning and merging fragments from a longer DNA sequence in order to reconstruct the original sequence. This is needed as DNA sequencing technology might not be able to 'read' whole genomes in one go, but rather reads small pieces of between 20 and 30,000 bases, depending on the technology used. Typically, the short fragments (reads) result from shotgun sequencing genomic DNA, or gene transcript (ESTs).

The problem of sequence assembly can be compared to taking many copies of a book, passing each of them through a shredder with a different cutter, and piecing the text of the book back together just by looking at the shredded pieces. Besides the obvious difficulty of this task, there are some extra practical issues: the original may have many repeated paragraphs, and some shreds may be modified during shredding to have typos. Excerpts from another book may also be added in, and some shreds may be completely unrecognizable.
En bioinformatique, l'assemblage de séquences consiste à aligner et à fusionner des fragments d'une séquence d'ADN plus longue afin de reconstituer la séquence d'origine. Cette opération est nécessaire car la technologie de séquençage de l'ADN n'est pas toujours en mesure de "lire" des génomes entiers en une seule fois, mais plutôt de lire de petits fragments de 20 à 30 000 bases, en fonction de la technologie utilisée. En règle générale, les courts fragments (reads) résultent du séquençage de l'ADN génomique ou des transcriptions de gènes (EST).

Le problème de l'assemblage de séquences peut être comparé au fait de prendre plusieurs exemplaires d'un livre, de passer chacun d'entre eux dans une déchiqueteuse avec un couteau différent et de reconstituer le texte du livre simplement en regardant les morceaux déchiquetés. Outre la difficulté évidente de cette tâche, d'autres problèmes pratiques se posent : l'original peut comporter de nombreux paragraphes répétés et certains morceaux peuvent être modifiés au cours du déchiquetage et comporter des fautes de frappe. Des extraits d'un autre livre peuvent également être ajoutés, et certains morceaux peuvent être complètement méconnaissables.
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