Was ist die Genomik von Krankheiten?
What is the genomics of disease?
With the advent of next-generation sequencing we are obtaining enough sequence data to map the genes of complex diseases including infertility,[31] breast cancer[32] or Alzheimer's disease.[33] Genome-wide association studies are a useful approach to pinpoint the mutations responsible for such complex diseases.[34] Through these studies, thousands of DNA variants have been identified that are associated with similar diseases and traits.[35] Furthermore, the possibility for genes to be used at prognosis, diagnosis or treatment is one of the most essential applications. Many studies are discussing both the promising ways to choose the genes to be used and the problems and pitfalls of using genes to predict disease presence or prognosis.[36]

Genome-wide association studies have successfully identified thousands of common genetic variants for complex diseases and traits; however, these common variants only explain a small fraction of heritability.[37] Rare variants may account for some of the missing heritability.[38] Large-scale whole genome sequencing studies have rapidly sequenced millions of whole genomes, and such studies have identified hundreds of millions of rare variants.[39] Functional annotations predict the effect or function of a genetic variant and help to prioritize rare functional variants, and incorporating these annotations can effectively boost the power of genetic association of rare variants analysis of whole genome sequencing studies.[40] Some tools have been developed to provide all-in-one rare variant association analysis for whole-genome sequencing data, including integration of genotype data and their functional annotations, association analysis, result summary and visualization.[41][42] Meta-analysis of whole genome sequencing studies provides an attractive solution to the problem of collecting large sample sizes for discovering rare variants associated with complex phenotypes.
Mit dem Aufkommen der Next-Generation-Sequenzierung erhalten wir genügend Sequenzdaten, um die Gene komplexer Krankheiten wie Unfruchtbarkeit, Brustkrebs oder Alzheimer zu kartieren. Genomweite Assoziationsstudien sind ein nützlicher Ansatz, um die Mutationen zu ermitteln, die für solche komplexen Krankheiten verantwortlich sind. Durch diese Studien wurden Tausende von DNA-Varianten identifiziert, die mit ähnlichen Krankheiten und Merkmalen in Verbindung stehen. Darüber hinaus ist die Möglichkeit, Gene für die Prognose, Diagnose oder Behandlung zu nutzen, eine der wichtigsten Anwendungen. In vielen Studien werden sowohl die vielversprechenden Möglichkeiten zur Auswahl der zu verwendenden Gene als auch die Probleme und Fallstricke bei der Verwendung von Genen zur Vorhersage des Vorliegens einer Krankheit oder der Prognose diskutiert.

Genomweite Assoziationsstudien haben erfolgreich Tausende von häufigen genetischen Varianten für komplexe Krankheiten und Merkmale identifiziert; diese häufigen Varianten erklären jedoch nur einen kleinen Teil der Erblichkeit. Seltene Varianten können einen Teil der fehlenden Erblichkeit erklären. Groß angelegte Studien zur Sequenzierung ganzer Genome haben in kurzer Zeit Millionen ganzer Genome sequenziert, und solche Studien haben Hunderte von Millionen seltener Varianten identifiziert. Funktionale Annotationen sagen den Effekt oder die Funktion einer genetischen Variante voraus und helfen dabei, seltene funktionale Varianten zu priorisieren, und die Einbeziehung dieser Annotationen kann die Aussagekraft der Analyse der genetischen Assoziation seltener Varianten in Ganzgenom-Sequenzierungsstudien effektiv erhöhen. Es wurden einige Tools entwickelt, die eine All-in-One-Assoziationsanalyse seltener Varianten für Whole-Genome-Sequencing-Daten bieten, einschließlich der Integration von Genotypdaten und ihren funktionalen Annotationen, der Assoziationsanalyse, der Ergebniszusammenfassung und der Visualisierung. Die Meta-Analyse von Whole-Genome-Sequencing-Studien bietet eine attraktive Lösung für das Problem, große Stichproben zu sammeln, um seltene Varianten zu entdecken, die mit komplexen Phänotypen in Verbindung stehen.
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