Was ist Pan-Genomik?
What is pan genomics?
Pan genomics is a concept introduced in 2005 by Tettelin and Medini which eventually took root in bioinformatics. Pan genome is the complete gene repertoire of a particular taxonomic group: although initially applied to closely related strains of a species, it can be applied to a larger context like genus, phylum, etc. It is divided in two parts- The Core genome: Set of genes common to all the genomes under study (These are often housekeeping genes vital for survival) and The Dispensable/Flexible Genome: Set of genes not present in all but one or some genomes under study. A bioinformatics tool BPGA can be used to characterize the Pan Genome of bacterial species.
Pan-Genomik ist ein Konzept, das 2005 von Tettelin und Medini eingeführt wurde und sich schließlich in der Bioinformatik etablierte. Das Pan-Genom ist das komplette Genrepertoire einer bestimmten taxonomischen Gruppe: Obwohl es ursprünglich auf eng verwandte Stämme einer Art angewandt wurde, kann es auch auf einen größeren Kontext wie Gattung, Stamm usw. angewendet werden. Es ist in zwei Teile unterteilt - das Kerngenom: eine Gruppe von Genen, die allen untersuchten Genomen gemeinsam ist (oft sind dies überlebenswichtige Gene) und das entbehrliche/flexible Genom: eine Gruppe von Genen, die nur in einem oder einigen der untersuchten Genome vorhanden sind. Das Bioinformatik-Tool BPGA kann zur Charakterisierung des Pan-Genoms von Bakterienarten verwendet werden.
open_qa
de