Was ist vergleichende Genomik?
What is comparative genomics?
The core of comparative genome analysis is the establishment of the correspondence between genes (orthology analysis) or other genomic features in different organisms. It is these intergenomic maps that make it possible to trace the evolutionary processes responsible for the divergence of two genomes. A multitude of evolutionary events acting at various organizational levels shape genome evolution. At the lowest level, point mutations affect individual nucleotides. At a higher level, large chromosomal segments undergo duplication, lateral transfer, inversion, transposition, deletion and insertion.[28] Ultimately, whole genomes are involved in processes of hybridization, polyploidization and endosymbiosis, often leading to rapid speciation. The complexity of genome evolution poses many exciting challenges to developers of mathematical models and algorithms, who have recourse to a spectrum of algorithmic, statistical and mathematical techniques, ranging from exact, heuristics, fixed parameter and approximation algorithms for problems based on parsimony models to Markov chain Monte Carlo algorithms for Bayesian analysis of problems based on probabilistic models.

Many of these studies are based on the detection of sequence homology to assign sequences to protein families.
Der Kern der vergleichenden Genomanalyse ist die Feststellung der Übereinstimmung zwischen Genen (Orthologieanalyse) oder anderen genomischen Merkmalen in verschiedenen Organismen. Diese intergenomischen Karten ermöglichen es, die evolutionären Prozesse nachzuvollziehen, die für die Divergenz zweier Genome verantwortlich sind. Eine Vielzahl von evolutionären Ereignissen, die auf verschiedenen Organisationsebenen wirken, prägen die Genomevolution. Auf der untersten Ebene wirken sich Punktmutationen auf einzelne Nukleotide aus. Auf einer höheren Ebene werden große Chromosomensegmente dupliziert, lateral übertragen, inversiert, transponiert, gelöscht und eingefügt und schließlich sind ganze Genome an Hybridisierungs-, Polyploidisierungs- und Endosymbioseprozessen beteiligt, die oft zu einer schnellen Artbildung führen. Die Komplexität der Genomevolution stellt die Entwickler von mathematischen Modellen und Algorithmen vor viele spannende Herausforderungen. Sie greifen auf ein Spektrum von algorithmischen, statistischen und mathematischen Techniken zurück, das von exakten Algorithmen, Heuristiken, Algorithmen mit festen Parametern und Approximationen für Probleme, die auf Parsimony-Modellen basieren, bis hin zu Markov-Ketten-Monte-Carlo-Algorithmen für die Bayes'sche Analyse von Problemen reicht, die auf probabilistischen Modellen basieren.

Viele dieser Studien basieren auf dem Nachweis von Sequenzhomologie, um Sequenzen zu Proteinfamilien zuzuordnen.
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