Qu'est-ce que la pan-génomique ?
What is pan genomics?
Pan genomics is a concept introduced in 2005 by Tettelin and Medini which eventually took root in bioinformatics. Pan genome is the complete gene repertoire of a particular taxonomic group: although initially applied to closely related strains of a species, it can be applied to a larger context like genus, phylum, etc. It is divided in two parts- The Core genome: Set of genes common to all the genomes under study (These are often housekeeping genes vital for survival) and The Dispensable/Flexible Genome: Set of genes not present in all but one or some genomes under study. A bioinformatics tool BPGA can be used to characterize the Pan Genome of bacterial species.
La pan-génomique est un concept introduit en 2005 par Tettelin et Medini, qui a fini par prendre racine dans la bioinformatique. Le pan-génome est le répertoire génétique complet d'un groupe taxonomique particulier : bien qu'initialement appliqué à des souches étroitement apparentées d'une espèce, il peut être appliqué à un contexte plus large tel que le genre, le phylum, etc. Il est divisé en deux parties : le génome central (Core genome) : ensemble de gènes communs à tous les génomes étudiés (il s'agit souvent de gènes d'entretien essentiels à la survie) et le génome dispensable/flexible (Dispensable/Flexible Genome) : ensemble de gènes non présents dans tous les génomes étudiés, à l'exception d'un ou de certains d'entre eux. Un outil bioinformatique BPGA peut être utilisé pour caractériser le pan génome des espèces bactériennes.
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