Qu'est-ce que la génomique comparative ?
What is comparative genomics?
The core of comparative genome analysis is the establishment of the correspondence between genes (orthology analysis) or other genomic features in different organisms. It is these intergenomic maps that make it possible to trace the evolutionary processes responsible for the divergence of two genomes. A multitude of evolutionary events acting at various organizational levels shape genome evolution. At the lowest level, point mutations affect individual nucleotides. At a higher level, large chromosomal segments undergo duplication, lateral transfer, inversion, transposition, deletion and insertion.[28] Ultimately, whole genomes are involved in processes of hybridization, polyploidization and endosymbiosis, often leading to rapid speciation. The complexity of genome evolution poses many exciting challenges to developers of mathematical models and algorithms, who have recourse to a spectrum of algorithmic, statistical and mathematical techniques, ranging from exact, heuristics, fixed parameter and approximation algorithms for problems based on parsimony models to Markov chain Monte Carlo algorithms for Bayesian analysis of problems based on probabilistic models.

Many of these studies are based on the detection of sequence homology to assign sequences to protein families.
Le cœur de l'analyse comparative des génomes est l'établissement de la correspondance entre les gènes (analyse orthologique) ou d'autres caractéristiques génomiques dans différents organismes. Ce sont ces cartes intergénomiques qui permettent de retracer les processus évolutifs responsables de la divergence de deux génomes. Une multitude d'événements évolutifs agissant à différents niveaux d'organisation façonnent l'évolution des génomes. Au niveau le plus bas, des mutations ponctuelles affectent des nucléotides individuels. À un niveau plus élevé, de grands segments chromosomiques subissent des duplications, des transferts latéraux, des inversions, des transpositions, des suppressions et des insertions. Enfin, des génomes entiers sont impliqués dans des processus d'hybridation, de polyploïdisation et d'endosymbiose, qui aboutissent souvent à une spéciation rapide. La complexité de l'évolution des génomes pose de nombreux défis passionnants aux développeurs de modèles mathématiques et d'algorithmes, qui ont recours à un éventail de techniques algorithmiques, statistiques et mathématiques, allant des algorithmes exacts, heuristiques, à paramètres fixes et d'approximation pour les problèmes fondés sur des modèles de parcimonie aux algorithmes de Monte Carlo à chaîne de Markov pour l'analyse bayésienne des problèmes fondés sur des modèles probabilistes.

Beaucoup de ces études sont basées sur la détection de l'homologie des séquences afin d'assigner les séquences à des familles de protéines.
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