Le 24 novembre 2011, la Commission européenne a indiqué aux autorités françaises que l'habilitation exclusive de l'Institut français du cheval et de l'équitation (IFCE), en matière de délivrance de passeports pour tous les équidés nés en France, n'était pas conforme au règlement (CE) n° 504/2008 de la commission du 6 juin 2008. Dans ce cadre, un processus de modification de la réglementation nationale en matière d'identification et de détention des équidés a été engagé afin de clarifier son articulation avec le droit de l'Union européenne et a abouti à la publication le 9 septembre 2012 du décret n° 2012-1036 du 7 septembre 2012 relatif à l'identification et à la déclaration de détention des équidés domestiques. Ce décret modifie les règles de délivrance des passeports d'équidés nés ou importés en France, en précisant qu'un passeport pourra être délivré à un cheval né ou importé en France par un organisme agréé pour la tenue d'un livre généalogique de race européen (« organisme émetteur » au sens du règlement susmentionné), même s'il est inscriptible à un « stud book » (livre généalogique) tenu en France. Cette modification est accompagnée d'un changement des règles nationales qui permettront à des gestionnaires de « stud-books » agréés en France de délivrer des passeports. L'IFCE reste l'organisme officiel délivrant les passeports pour tous les équidés qui ne sont pas inscrits en livres généalogiques de race (« équidés d'élevage et de rente » au sens du règlement susmentionné) et tout détenteur d'équidés situés en France doit continuer à lui transmettre les informations nécessaires à l'enregistrement de ces animaux dans le fichier central zootechnique des équidés (base SIRE). En ce qui concerne les modalités d'inscriptions dans des livres généalogiques de race, la législation de l'Union européenne permet au propriétaire d'un équidé de le faire inscrire dans un livre généalogique géré par une organisation d'élevage ou une association d'éleveurs agréée dans un autre État membre, sous réserve que l'animal réponde aux conditions établies par le livre généalogique auquel il peut prétendre être inscrit. C'est dans ce contexte que se poursuit la rénovation du cadre réglementaire français et que seront étudiées les initiatives de créations de nouveaux « stud-books » français.