L'attention a été appelée sur les observations formulées par la Cour des comptes concernant la gestion des agences de l'eau dans son référé, ainsi que sur ses recommandations afin d'améliorer la gouvernance, d'attribuer des aides de manière plus sélectives et transparentes, avec un contrôle accru. Pour donner suite aux recommandations de la Cour des comptes, il est prévu dans le cadre d'un plan d'action : - de maîtriser la masse salariale en favorisant par tout moyen la mobilité des agents des agences de l'eau entre établissements et au sein des services du ministère de l'environnement, de l'énergie et de la mer, chargé des relations internationales sur le climat, en révisant la liste des emplois dérogeant à la règle selon laquelle les emplois permanents doivent être occupés par des fonctionnaires, en faisant évoluer le quasi-statut des agences de l'eau, sachant qu'à court terme, la poursuite du recrutement sur ce quasi-statut reste nécessaire pour un volume limité de poste ; - d'améliorer d'une part la mutualisation et les synergies des actions de communication menées par les différents établissements publics compétents dans le domaine de l'eau et de la biodiversité et par le ministère chargé de l'environnement, et d'autre part la hiérarchisation et la coordination des aides internationales dans le domaine de l'eau, en articulation avec l'agence française pour le développement : redéfinition des priorités géographiques d'intervention, articulation avec la coopération institutionnelle ; - la mise en place systématique de stratégies et plans de contrôle (sur pièce ou sur place) comportant des méthodes de ciblages, de fiabilisation des données (identification des nouveaux redevables), des objectifs en volume et en taux, ainsi que la mise en place d'équipes dédiées à la fonction de contrôle, et notamment au contrôle interne, à l'occasion de la réorganisation des établissements ; - de renforcer la mutualisation des moyens, déjà fortement engagée, en étudiant les suggestions de la Cour (étude comparative des fournisseurs, application dédiée aux aides, généralisation de l'application redevances). Par ailleurs, dans le cadre du chantier en cours sur le décret relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, une trajectoire commune a été définie au cours de l'année 2015 par la tutelle pour faire évoluer les systèmes d'information financière des agences.