La démarche engagée par la collectivité pour réhabiliter sa station de traitement des eaux usées et ainsi réduire la pollution rejetée dans le milieu récepteur contribuera à améliorer la qualité des milieux aquatiques. Il est donc souhaitable que les travaux sur le bassin de lagunage aient lieu dans les meilleurs délais. Toutefois, il appartient également au maître d'ouvrage d'appréhender les modalités de fonctionnement de la station de traitement des eaux usées durant la période des travaux, d'évaluer l'impact des rejets sur la qualité du milieu récepteur et de prendre les mesures nécessaires pour réduire le plus possible l'importance et les effets de ces rejets sur la qualité des milieux aquatiques. Ainsi, l'arrêté du 22 juin 2007 relatif à la collecte, au transport et au traitement des eaux usées des agglomérations d'assainissement prévoit, à l'article 4, que « l'exploitant informe le service chargé de la police de l'eau au minimum un mois à l'avance des périodes d'entretien et de réparations prévisibles des installations et de la nature des opérations susceptibles d'avoir un impact sur la qualité des eaux réceptrices et l'environnement. Il précise les caractéristiques des déversements (débit, charge) pendant cette période et les mesures prises pour en réduire l'importance et l'impact sur les eaux réceptrices. Le service chargé de la police de l'eau peut, si nécessaire, dans les 15 jours ouvrés suivant la réception de l'information, prescrire des mesures visant à en réduire les effets ou demander le report de ces opérations si ces effets sont jugés excessifs. ». Afin de faciliter le travail de l'exploitant et du service chargé de la police de l'eau, il est naturellement conseillé que cette prise de contact et ces échanges démarrent le plus en amont possible de cette période de fonctionnement en mode dégradé.