La gouvernance des sujets de connaissance, notamment en termes de biodiversité des espaces et espèces marines encore mal connus fait l'objet, outre les dispositions propres résultant des efforts de restauration de la qualité des eaux marines et de protection de la biodiversité pour lesquelles des dispositifs législatifs sont déjà ou seront prochainement adoptés, d'une gouvernance spécifique au sein du Conseil national de la mer et des littoraux (CNML). Cette gouvernance spécifique est assurée par le Comité spécialisé pour la recherche marine, maritime et littorale (COMER). Ce comité a vocation à constituer un lieu d'interface et d'échanges entre recherches scientifiques et gestion collective des espaces et activités marins et littoraux, et un lieu d'expression des avis des parties prenantes sur les besoins et les orientations des recherches marines, maritimes et littorales. Il contribue à l'expression des besoins de recherche dans le cadre de la préparation et de la mise en oeuvre de la stratégie nationale de la mer et du littoral. Le COMER est composé de 23 membres, dont 11 représentants d'établissements publics ou personnalités choisies en raison de leur compétence ou qualification. Le comité a été installé officiellement le 31 janvier 2014. La France participe en outre activement au sein de l'Union européenne (UE) au développement des connaissances sur les habitats et les milieux de vie des ressources halieutiques, notamment grâce au concours de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (IFREMER).