Le lynx est en France, une espèce « strictement protégée ». Au niveau international, il est protégé au sens de la Convention de Berne et au sens de la Directive 92/43/CEE dite « habitats, faune, flore » où il est classé « prioritaire d'intérêt communautaire » en annexe II et IV. Dans le droit national, ces dispositions sont transcrites dans le code de l'environnement aux articles L. 411-1, L. 411-2 et R. 411-1 à R. 411-5 et par l'arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection. Le bilan global des attaques retenues en tant qu'indices de présence du lynx était en augmentation en 2011 par rapport à l'année 2010. Cette augmentation était notamment liée à la survenue d'épisodes de déprédations enregistrés hors des secteurs habituels (Haut Beaujolais, Alpes du nord) ainsi qu'à l'existence d'un foyer de dommages ayant concentré, dans le Jura, presque la moitié des attaques retenues dans ce département. En 2012 en revanche, le bilan national baisse légèrement par rapport à 2011, avec un nombre d'attaques (89) qui rejoint les valeurs atteintes au milieu des années 1990. La répartition spatiale de ces dommages est bien différente de 2011, puisque c'est le département de l'Ain qui est le plus touché (52 cas retenus), avec une relative accentuation des dommages sur certains foyers déjà présents depuis plusieurs années. Le montant des indemnités versées aux éleveurs dont les troupeaux ont été touchés s'est élevé en 2012 à 49 000 €. Pour prévenir les attaques de prédateurs plusieurs moyens peuvent être mis en place : gardiennage renforcé, clôtures adaptées, chiens de protection... La possibilité de bénéficier d'aides financières pour le déploiement de mesures adaptées au mode de prédation du lynx est actuellement en cours d'étude par les services du ministère chargé de l'agriculture.