« La main à la pâte » est une opération qui ne concerne directement que les écoles primaires. Au collège, elle trouve une suite dans l'enseignement intégré de sciences et technologie (EIST) et dans la démarche d'investigation. Expérimenté depuis 2006, l'EIST ne s'applique qu'en classes de sixième et cinquième. Pour l'année 2013-2014, 161 collèges l'ont mis en place, soit environ 2 % des établissements. La démarche d'investigation reprend le principe de « La main à la pâte » en proposant aux élèves de résoudre des problèmes concrets en proposant des pistes de recherche, en testant expérimentalement leurs hypothèses de travail, en confrontant leurs idées avec celles de leurs camarades, en formalisant leurs résultats. Suivant ainsi les différentes étapes d'un travail de recherche scientifique, ils acquièrent de multiples capacités, assoient leurs savoirs sur l'expérience, et en procédant à des échanges avec leurs pairs, changent leur regard sur le statut de l'erreur, gagnent en confiance et en motivation pour les sciences. La démarche d'investigation est présentée dans l'introduction commune aux programmes d'enseignement de sciences expérimentales et de technologie en collège, et reprise dans chacun de ces programmes. Elle est désormais solidement installée dans les pratiques pédagogiques. Le dispositif d'évaluation CEDRE mené par la DEPP a porté en 2013 sur les sciences expérimentales. Les résultats sont semblables en fin d'école primaire [note DEPP n° 27 juillet 2014] et en fin de collège [note DEPP n° 28 juillet 2014] : le niveau des acquis des élèves est resté globalement stable entre 2007 et 2013. Les élèves montrent un grand intérêt pour les sciences. Les résultats en travaux pratiques sont bons, et gomment les différences liées à l'origine sociale observées par ailleurs. Par contre, les élèves de collège ont consacré moins de temps au travail personnel dans ces disciplines en 2013 qu'en 2007. Le Conseil supérieur des programmes (CSP) fera en 2015 des propositions de programmes d'enseignement pour l'école élémentaire et le collège. Les résultats de l'évaluation CEDRE 2013, mettant en évidence les forces et les faiblesses de l'enseignement actuel des sciences expérimentales, font partie des données alimentant son travail actuel.