Depuis 2002, les services régionaux de voyageurs ont connu un fort développement en raison de la politique volontariste des régions qui ont développé l'offre, mis en place des tarifs attractifs et renouvelé le parc de matériel roulant affecté aux services régionaux. Si ce dynamisme s'est accompagné d'une augmentation des trafics, il s'est aussi traduit par une augmentation de la contribution versée par les régions à la SNCF pour l'exploitation des services régionaux de voyageurs. De nombreuses régions ont déjà précisé qu'elles ne pourraient pas continuer sur une telle lancée du fait des contraintes pesant sur leur budget et ce d'autant qu'elles ne bénéficient pas de ressources dynamiques. Dans ce contexte, elles ont engagé avec la SNCF des discussions pour tenter de réduire la facture qu'elles acquittent en tant qu'autorités organisatrices. La SNCF a ainsi mis en place la démarche « transparence », visant à améliorer la connaissance par les autorités organisatrices des données concernant les TER, ainsi que la démarche « régionalisation », qui prévoit d'affecter les moyens de l'entreprise directement aux directeurs TER. De façon plus générale, il convient de souligner que cette contrainte financière n'est pas propre aux services régionaux, mais concerne l'ensemble du système ferroviaire. Il s'agit d'une des raisons qui ont conduit le Gouvernement à engager une réforme du système ferroviaire afin de rétablir son équilibre économique tout en modernisant le service public ferroviaire et en bâtissant avec l'ensemble des parties prenantes un modèle qui réponde aux besoins des usagers et aux exigences d'aménagement du territoire. Les régions, en tant qu'autorités organisatrices, bénéficieront d'une place particulière dans la gouvernance future du groupe ferroviaire public, ce qui leur permettra de disposer d'une vision plus globale du fonctionnement du système.