Le futur plan de développement des protéines végétales s'appuiera sur divers outils : la future politique agricole commune au travers du premier et du deuxième pilier, mais également le soutien à la recherche. Le soja non OGM (organisme génétiquement modifié) peut légitimement trouver sa place au sein de ce dispositif. Ainsi, le règlement relatif aux paiements directs prévoit, notamment, un dispositif d'aide dit « verdissement » représentant 30 % du budget total des aides directes, lié à la mise en oeuvre par l'agriculteur, de mesures favorables à l'environnement. Ce dispositif comprend trois mesures dont une obligation consistant à consacrer 5 % de la surface agricole de l'exploitation, hors les prairies permanentes, à des surfaces d'intérêt écologique (SIE). Parmi ces surfaces figurent les plantes fixatrices d'azote. La diversification des cultures fait également partie des trois mesures du « verdissement ». Par conséquent, le soja est une culture qui peut, à juste titre, trouver toute sa place dans le « verdissement », en tant que plante fixatrice d'azote comptabilisée en tant que SIE, et au titre de la diversification des cultures. Ce même règlement prévoit la possibilité d'octroyer des soutiens couplés (article 38) pour certaines productions, y compris les oléagineux. Le ministre en charge de l'agriculture va ouvrir la concertation sur les modalités de la mise en oeuvre en France. Son objectif est de tenir compte de l'équilibre entre les filières et les territoires, dans un contexte marqué par les difficultés de l'élevage. Par ailleurs, dans le cadre du règlement relatif au développement rural à travers les mesures agro-environnementale (MAE), le soja en tant que légumineuse pourrait opportunément trouver une place au sein des MAE, systèmes dédiés aux grandes cultures et à la polyculture-élevage. En effet, ces mesures doivent répondre à un cahier des charges, avec des exigences portant notamment sur la diversification des rotations et des assolements ou la gestion économe des intrants azotés. Le soja en tant que légumineuse peut répondre à ces exigences. Enfin, le programme « ambition bio 2017 » a pour objectif de multiplier par deux les surfaces en bio sur cinq ans, avec une priorité qui sera donnée au développement des oléo-protéagineux dont pourrait faire partie le soja non OGM.