La Commission européenne a procédé au réexamen imposé par le Traité et a maintenu sa proposition législative malgré les avis motivés d'un nombre substantiel de parlements nationaux au visa du principe de subsidiarité. Si la voie de la coopération renforcée a pu un temps apparaître comme la seule solution susceptible de permettre l'institution d'un parquet européen conformément à l'article 86 du Traité sur le Fonctionnement de l'Union européenne (TFUE), compte tenu notamment d'importantes divergences de vue entre Etats membres, les équilibres de la négociation au Conseil ont désormais changé de façon substantielle, et il n'est plus exclu que l'unanimité requise en premier ressort par l'article 86 du TFUE puisse être obtenue (à l'exclusions des Etats bénéficiant d'une dérogation exemption de droit ou optionnelle du domaine Justice et affaires intérieures : Royaume-Uni, Irlande et Danemark, qui ne seraient pas comptabilisés). Un avis rendu par le service juridique du Conseil a en effet ouvert la voie début 2014 à la poursuite des négociations sur la base du texte de la Commission européenne tel qu'amendé par le Conseil de l'Union européenne, et la négociation du règlement se poursuit activement au sein du Conseil. Le Conseil Justice et affaires intérieures de mars 2014 a vu une grande majorité d'Etats membres se prononcer en faveur d'un parquet européen collégial composé de l'ensemble des magistrats désignés par chacun des Etats membres participants. Cette orientation est en totale adéquation avec la position commune que la France et l'Allemagne ont adoptée en mars 2013, selon laquelle ce caractère collégial, parfaitement en conformité avec l'impératif d'indépendance et d'efficacité, est imposé par la lettre de l'article 86 TFUE (« à partir d'Eurojust »), et par le souci d'ancrer au mieux le parquet européen au sein des Etats membres. A cet égard, le Gouvernement considère en effet que la proposition initiale de la Commission européenne procédait d'un choix trop centralisateur, en ce qu'elle prévoyait un procureur européen unipersonnel doté sur le territoire de chacun des Etats membres participants de l'ensemble des prérogatives d'un procureur national.