Les États membres de l'Union européenne se sont engagés au titre de la directive 91/676/CEE dite « directive nitrates » à établir des programmes d'actions afin de « réduire la pollution des eaux provoquée ou induite par les nitrates à partir de sources agricoles » et de « prévenir toute nouvelle pollution de ce type ». Les zones où s'appliquent ces programmes d'actions sont appelées « zones vulnérables ». La France a été assignée devant la Cour de justice de l'Union européenne (CJUE) pour mauvaise application de cette directive dans le cadre de deux contentieux. Le premier porte sur l'insuffisance des délimitations des zones vulnérables et le second sur l'insuffisance des mesures prises dans le cadre des programmes d'actions. En cas de condamnation par la CJUE, la France encoure des risques de sanctions financières très lourdes pour le budget national, de mise en conformité dans l'urgence et sous la contrainte et de se voir imposer un classement massif de territoires entiers en zones vulnérables, en contradiction avec le souci d'un zonage finement adapté aux particularités des territoires promu par les autorités françaises. Au-delà de ces enjeux contentieux, l'amélioration de l'efficacité des politiques publiques en matière de lutte contre les nitrates dans les eaux afin de satisfaire aux objectifs de bonne qualité fixés dans les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) est un enjeu fort de protection de l'environnement. C'est pourquoi il s'est avéré indispensable de conduire une démarche de révision de ces zones vulnérables reposant sur des critères techniques précis et rigoureux. La révision engagée en 2012 s'est achevée par la désignation des nouvelles zones vulnérables fin décembre 2012, sur la base d'une analyse détaillée, au cas par cas de la situation de chaque territoire, des concentrations en nitrate des eaux souterraines et superficielles observées en 2010-2011, afin de justifier l'introduction ou le maintien de certaines communes en zones vulnérables. Dans ce cadre, 1 440 communes ont été ajoutées à la liste des quelques 18 400 déjà concernées et à l'inverse, 617 communes ont été déclassées au vu de l'amélioration de la qualité de leurs eaux superficielles et souterraines, traduisant les efforts réalisés par les agriculteurs dans la maîtrise des pollutions azotées. Le ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie rappelle que cette désignation a fait l'objet de consultations au cours desquelles le public, les conseils généraux et régionaux, les comités départementaux de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques ainsi que les comités de bassin ont pu émettre leurs remarques sur le projet de délimitation proposé par le préfet coordinateur de bassin. En parallèle, l'arrêté du 19 décembre 2011 définissant le programme d'actions national qui complétait le quatrième programme d'actions départemental fera l'objet d'un arrêté modificatif. Ce projet est aujourd'hui en cours de consultation et sera mis en oeuvre sur les nouvelles zones vulnérables dès septembre 2013. Ce programme d'actions national sera complété par des programmes d'actions régionaux élaborés en lien avec des groupes de concertation présidés par les préfets de région. Un arrêté interministériel qui encadre ces programmes régionaux est en cours de finalisation. Le calendrier de travail fixé par le Gouvernement permettra ainsi, dès la fin de l'année 2013, la mise en oeuvre sur les nouvelles zones vulnérables d'un 5e programme d'actions qui répondra aux enjeux de restauration du bon état écologique et de protection des ressources en eaux. Le ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie et le ministre de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt sont très attentifs à répondre aux exigences imposées par l'application de la directive « nitrates » dans le respect des principes agronomiques qui ont toujours régi la mise en oeuvre de cette directive en France. C'est pourquoi l'élaboration de ces programmes d'actions s'inscrit actuellement dans le cadre d'une concertation importante, notamment avec la profession agricole. Concernant les actions conduites avec la profession agricole sur les aires d'alimentation de captages, le ministre chargée de l'écologie rappelle que ces actions sont complémentaires des programmes d'actions pris au titre de la directive nitrates qui, eux, s'appliquent sur l'ensemble des zones vulnérables. Une bonne articulation entre ces programmes sera assurée puisqu'ils répondent aux mêmes objectifs de réduction des pollutions par les nitrates, mais par des outils différents (réglementaire pour la directive nitrate, réglementaire ou volontaire avec un appui financier pour les aires d'alimentation des captages). Concernant le coût de mise aux normes des capacités de stockage des effluents d'élevage, le ministre précise que les dispositifs du programme de développement rural hexagonal (PDRH) seront mobilisés pour accompagner les éleveurs situés sur les secteurs nouvellement classés en zones vulnérables avec un financement des Agences de l'eau.