La Cour des comptes recommande dans son rapport public 2014, une clarification des rôles entre la fédération nationale des SAFER (FNSAFER) au statut associatif de fédération professionnelle et la société terres d'Europe, société de conseil pour l'aménagement foncier rural (SCAFR) au statut de société anonyme. Dans le cadre de leurs observations communes, au titre des réponses annexées à ce rapport public, le président de la fédération nationale des SAFER et la présidente du directoire de la société terres d'Europe-SCAFR indiquent « que les pistes soulevées par la Cour des comptes seront analysées et suivies par le groupe : restructuration de la tête de réseau (FNSAFER/SCAFR), renforcement du lien avec la tutelle à laquelle les pouvoirs publics devront prendre part ». La mise en place rapide en interne pour ces deux structures d'un plan stratégique en sera ainsi une des traductions. Afin de renforcer son rôle de tutelle sur la tête de réseau des SAFER, le ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt finalisera au cours de l'année 2014 une convention cadre avec la fédération nationale des SAFER, comportant des engagements relatifs à la conduite de grands chantiers nationaux tels que la mise en place d'une comptabilité analytique dans l'ensemble des SAFER, d'une charte déontologique et de bonnes pratiques tant à l'égard des commissaires du Gouvernement que des attributaires, la poursuite d'une dématérialisation des données échangées et transmises, ou encore l'harmonisation des procédures de suivi des programmes pluriannuels d'activité des SAFER. S'agissant de la société terres d'Europe-SCAFR, une réflexion est parallèlement en cours pour y renforcer la présence des administrations auxquelles pourrait être conféré un véritable rôle de commissaires du Gouvernement.