L'article L. 758-1 du code de l'éducation dispose que la fondation nationale des sciences politiques (FNSP) assure la gestion administrative et financière de l'institut d'études politiques (lEP) de Paris. Comme il a été indiqué dans la réponse de la ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche aux observations de la Cour des comptes, le gouvernement n'entend pas remettre en cause ce principe, directement issu du « compromis » de 1945 et adapté à la réalité de « Sciences po ». Dans ce cadre il appartient au conseil d'administration de la FNSP de délibérer sur les éléments de rémunération de l'ensemble des personnels qu'elle emploie, et notamment du directeur de l'lEP, administrateur de la FNSP. En réponse à la Cour des comptes, la ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche a indiqué qu'elle veillerait à ce que les recommandations de la juridiction soient pleinement appliquées, notamment en ce qui concerne la rémunération du directeur-administrateur, laquelle avait atteint au cours des dernières années un montant très anormalement élevé. Elle a fait part de sa demande au président de la FNSP, qui s'est engagé publiquement à ce que la rémunération du prochain directeur-administrateur soit calculée en référence à celle des présidents d'université assortie, le cas échéant, d'une prime spécifique liée à la FNSP. La ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche a également fait part de sa demande à M. Frédéric Mion, nommé par décret du Président de la République et arrêté de la ministre le 29 mars 2013 et qui vient de prendre ses fonctions le 2 avril 2013. Elle s'est assurée et a pris les mesures nécessaires pour que la rémunération attribuée à M. Mion soit très significativement inférieure à celle que percevait son prédécesseur.