Une réforme des modalités d'organisation des activités de prélèvements et d'analyses du contrôle sanitaire des eaux a été engagée depuis 2001 pour intégrer l'ouverture du marché à la concurrence et notamment aux laboratoires des autres Etats membres de l'Union européenne pour répondre aux obligations communautaires. Les prestations de prélèvements et d'analyses réalisées dans le cadre du contrôle sanitaire des eaux sont ainsi soumises au code des marchés publics pour la procédure de passation du marché. Pour répondre à ces marchés publics du contrôle sanitaire, les laboratoires privés et/ou publics doivent apporter des garanties notamment en termes d'organisation (moyens humains et techniques) et de compétences (disposer d'un agrément délivré par le ministère chargé de la santé, subordonné à une accréditation préalable par le comité français d'accréditation). Ce contrôle sanitaire, organisé à l'échelle régionale et/ou départementale par l'Agence régionale de santé, est indépendant de la surveillance que l'exploitant doit réaliser, conformément à l'article R.1321-23 du code de la santé publique. Les frais de prélèvement et d'analyse liés au contrôle sanitaire sont à la charge du contrôlé, c'est-à-dire de la personne responsable de la production et/ou de la distribution de l'eau (art. R.1321-19 et R*.1321-21 du code de la santé publique) comme cela est généralement le cas en matière d'environnement. Cette organisation du contrôle sanitaire au niveau local a pour but, d'une part, de faciliter son organisation et sa réalisation par le laboratoire prestataire de service (optimisation des tournées de prélèvements), et d'autre part, d'en diminuer les coûts par un effet d'échelle. Il n'est donc pas possible, au regard des obligations communautaires, de revenir à la situation antérieure où les seuls laboratoires publics départementaux jouissaient d'un monopole de principe de l'activité analytique contrebalancé par des tarifs maximums limités. Pour autant, il n'est pas dans l'intention du ministère chargé de la santé de faire disparaître ces structures dont la compétitivité pour répondre aux appels d'offre peut être accrue par la mise en commun de leurs moyens sous forme notamment de groupement d'intérêt public.