De manière générale, le ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche partage la position de la Cour sur le fait que le caractère de personne morale de droit public de type particulier de l'Institut et des académies ne peut pour autant les exonérer de la nécessité de se doter de règles stables et homogènes, protectrices par rapport aux risques de contentieux qu'ils encourent aujourd'hui, et d'outils adaptés à ces enjeux. En particulier, le ministère souscrit à la recommandation du rapport portant sur la gestion patrimoine de l'Institut et des académies, et visant à documenter et harmoniser les modalités de calcul des frais de gestion mis à la charge des fondations par l'Institut et les académies.