Depuis l'engagement des États membres en 2009 à promouvoir fortement l'utilisation de biocarburants dans les transports, s'est posée la question des conséquences des changements d'affectation des sols indirects (CASI), indirect land use changes (ILUC en anglais). En effet, l'usage d'huiles - initialement destinées à l'alimentation - pour faire des biocarburants en Europe peut entraîner l'importation d'huiles d'Asie ou d'Amérique pour compenser les marchés alimentaires. Or, si le transfert d'usage des sols se traduit par une déforestation (terres riches en carbone), le bilan de gaz à effet de serre (GES) des biocarburants français serait fortement dégradé. L'objet de la directive proposée par la Commission européenne est de traduire l'impact du « CASI » en émissions de gaz à effet de serre, et de proposer des pistes pour réduire cet impact, tout en préservant les investissements existants. Pour cela, sont préconisés l'introduction d'un plafonnement pour l'utilisation des biocarburants issus de matières premières en concurrence avec l'alimentation, un soutien plus important aux biocarburants avancés et le rapportage des émissions estimatives dues au phénomène dit « CASI ». Les deux directives qui encadrent la politique biocarburants en Europe devraient être révisées pour tenir compte de ces effets. La directive 2009/30/CE relative à la qualité des carburants fixe un objectif de réduction des émissions de gaz à effet de serre (GES) produites sur l'ensemble du cycle de vie des carburants de 6 % en 2020 et la directive 2009/28/CE relative aux énergies renouvelables fixe un objectif d'utilisation d'énergies renouvelables dans le bouquet énergétique de 23 % en 2020 pour la France et 10 % dans le secteur des transports. Ce projet de nouvelle directive a suscité un important débat interne au sein de la Commission Européenne. Les négociations se poursuivent. Entre janvier et juin 2013 ont eu lieu deux Conseil énergie (les 22 février et 7 juin), deux Conseil environnement (les 21 mars et 18 juin), ainsi que plusieurs propositions de compromis de la Présidence qui ont permis de faire évoluer la proposition initiale. Les commissions environnement, santé publique et sécurité alimentaire (ENVI) et industrie, recherche et énergie (ITRE) du Parlement ayant finalement toutes deux pris position pour un plafond (respectivement 5,5 % et 6,5 %) et un sous-objectif pour les biocarburants avancés (2,5 %) pour 2020, les débats au Conseil se sont orientés dans la même direction. Les dernières propositions de compromis transmises par la présidence en juillet vont dans ce sens, puisque un plafond de 7 % ainsi qu'un sous-objectif de 1 % (23 juillet) n'incluant que les biocarburants avancés ont été proposés. Le Parlement devrait donc prendre position en octobre pour un plafond entre 5,5 % et 7 % et éventuellement un sous-objectif pour les biocarburants avancés entre 1 et 2,5 %. Indépendamment de ces négociations, la France poursuit son programme ambitieux de développement des biocarburants. Le Plan national d'action en faveur des énergies renouvelables pour la France prévoit que les biocarburants apporteront la contribution la plus importante à l'objectif européen de 10 % d'énergies renouvelables dans les transports à l'horizon 2020. La recherche sur les biocarburants de deuxième et troisième génération est donc privilégiée. Ces filières du futur se développent avec de nouveaux procédés industriels utilisant des sources de biomasse non destinées à l'alimentation humaine ou animale. Les biocarburants avancés n'ont pas encore atteint le stade industriel et sont encore au stade de la recherche - développement. En France, les premières productions industrielles sont escomptées un peu avant la fin de la décennie.