Dans le cadre de la lutte contre la tuberculose bovine, danger sanitaire de première catégorie au titre de l'article L. 201-1 du code rural et de la pêche maritime, l'arrêté ministériel du 15 septembre 2003 prévoit l'assainissement des foyers par abattage total du troupeau, ce qui, dans le contexte « officiellement indemne » de la France, garantit au mieux la réussite de l'assainissement. Des dérogations sont prévues dans le cadre de la préservation des races d'intérêt local ou dans le cadre d'un protocole expérimental mis en place en Côte d'Or et en Dordogne. Suite au retour d'expérience de ce protocole, l'arrêté ministériel du 15 septembre 2003 est en cours de révision afin de pouvoir étendre cette procédure de dérogation à l'abattage total à l'ensemble du territoire. Cette nouvelle couverture géographique signifie que tous les éleveurs répondant à des critères d'éligibilité sanitaires et zootechniques pourront, le cas échéant, bénéficier d'un assainissement par abattage partiel. Il convient toutefois d'alerter les représentants professionnels sur la rigueur et parfois la lourdeur à mener à bien un tel protocole. La révision de cet arrêté ministériel permettra en fonction d'une évaluation initiale de faisabilité et d'opportunité, menée par la direction départementale en charge de la protection des populations (DDecPP), de procéder à l'abattage sélectif des troupeaux infectés de tuberculose bovine sur tout le territoire français. Cette dérogation sera validée au cas par cas par la direction générale de l'alimentation. En effet, il convient d'assurer que l'extension de cette pratique d'assainissement portant sur un nombre plus restreint d'animaux ne conduise pas à mettre en péril l'efficacité de l'assainissement et ne favorise pas la diffusion de la maladie vers d'autres élevages. La modification de ce dispositif a fait appel à une concertation importante avec les différentes familles professionnelles concernées et il devrait être opérationnel cet été. Dans l'expectative, certaines dérogations sont accordées à titre expérimental dans plusieurs départements, dont le Lot-et-Garonne.