La coopération entre les systèmes français et étrangers se fait grâce à de multiples initiatives culturelles, linguistiques et éducatives locales au niveau des établissements scolaires, souvent en coopération avec les services culturels des ambassades, l'Institut français et les Alliances, dont la Journée de la Francophonie chaque 20 mars constitue l'aspect le plus visible. L'AEFE finance également des bourses excellence-major qui permettent aux meilleurs élèves étrangers des lycées français de poursuivre en France des études d'excellence pendant 5 ans. Enfin, elle aide les quelque 500 000 anciens élèves du réseau à s'organiser, en particulier grâce à l'association des anciens des lycées français du monde (ALFM).