La prise en compte des formations en apprentissage dans l'application affectation des élèves par le NET (AFFELNET), tout comme dans l'application admission post-bac (APB), résulte d'un accord passé au niveau académique entre les établissements proposant des formations par apprentissage et les services académiques. Actuellement, il est possible de faire figurer toutes les formations dans ces deux outils. L'intégration de l'apprentissage dans les procédures d'affectation après la classe de troisième et après la classe terminale a l'avantage d'augmenter la visibilité de ces formations pour les élèves et contribue à valoriser les formations par apprentissage. Néanmoins, le calendrier de formations en apprentissage est différent de celui de la formation sous statut scolaire, ce qui peut engendrer des difficultés pour faire figurer l'apprentissage sur ces outils. Le ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche reste vigilant quant à cette possibilité car l'octroi d'une place en centre de formation d'apprentis (CFA) ne dépend pas de la décision de l'inspecteur d'académie-directeur académique des services de l'éducation nationale (IA-DASEN) mais de la signature d'un contrat d'apprentissage et de l'inscription dans un CFA. De plus, AFFELNET a pour objectif de trouver le meilleur compromis entre les voeux hiérarchisés des élèves et les capacités d'accueil, et ne propose qu'une seule formation aux élèves. Par conséquent, le fait d'introduire l'offre de formation en apprentissage dans AFFELNET pourrait empêcher certains élèves d'effectuer les deux procédures en parallèle et donc augmenter le nombre d'élèves sans solution à la rentrée. Actuellement, le fait d'avoir formulé un voeu en lycée professionnel constitue une sécurité dans le cas où aucun contrat d'apprentissage ne serait signé à la rentrée. Conformément aux conclusions de la conférence sociale des 7 et 8 juillet 2014, le ministère étudie la possibilité d'adapter l'application pour tenir compte de ces difficultés. Concernant la procédure d'inscription dans l'enseignement supérieur, le candidat souhaitant s'inscrire dans une formation en apprentissage doit le noter dans ses voeux aux mêmes dates que pour toute autre formation, ce qui peut poser un problème de calendrier car la saisie des voeux sur APB est tôt dans l'année (20 janvier - 20 mars). En juin, le candidat peut obtenir deux propositions d'admission et garder celles-ci jusqu'au 31 août. Passé cette date, il doit choisir entre la proposition d'admission sous statut scolaire et celle sous statut d'apprenti. Ce délai supplémentaire apporté dans l'application admission post bac a l'avantage non seulement de laisser le choix aux élèves mais également d'optimiser les places vacantes.