Les conditions de police sanitaire régissant les échanges intracommunautaires des équidés sont encadrées par les dispositions de la directive 2009/156. Celle-ci prévoit que les équidés soient accompagnés au cours de leur transport par un certificat sanitaire. Plusieurs modalités de certification peuvent être employées, selon que l'équidé est ou non enregistré, c'est-à-dire inscrit à un livre généalogique ou susceptible de l'être. Dans le cas général, les mouvements d'équidés d'élevage, de rente et de boucherie, qu'ils soient enregistrés (d'origine constatée) ou non, s'effectuent sous couvert d'un certificat sanitaire délivré par un vétérinaire officiel après contrôle physique et documentaire. Sa délivrance via le système TRACES donne lieu à notification automatique du mouvement à l'État membre destinataire. Le certificat est valide 10 jours après émission et est lié à une adresse de destination unique : il faut ré-initier un certificat en cas de mouvement ultérieur. Cette procédure harmonisée, si elle peut paraître lourde aux détenteurs d'équidés, est la garantie du maintien d'un haut niveau de santé publique et de protection de la santé animale. Par mesure d'allègement aux dispositions règlementaires européennes, le mouvement des équidés enregistrés, qui sont destinés à un concours, une course, un salon ou une manifestation temporaire, est permis par une attestation sanitaire qui permet de couvrir tous les mouvements européens pendant sa période de validité qui est de 10 jours. Ce dispositif est donc particulièrement adapté aux propriétaires d'équidés enregistrés souhaitant effectuer des randonnées. Le recours à un accord tripartite tel qu'existant entre la France, l'Irlande et le Royaume-Uni n'a pas été exploré pour les mouvements d'équidés « de loisirs » entre la France et la Belgique, en raison d'une part du faible nombre d'équidé concernés, et d'autre part parce que ce dispositif vise plutôt les équidés de course et de concours que les équidés « de loisirs ». Enfin, la délégation d'une partie de la certification officielle à des vétérinaires sanitaires dûment mandatés par la direction départementale en charge de la protection des populations, est mise en place dès janvier 2016 pour certaines exploitations détentrices de bovins. À terme, il est envisagé d'étendre ce dispositif à la filière équine, ce qui permettrait un gain de simplification important, visite sanitaire et certification étant réalisées de concert.