L'article L. 5216-5 du code général des collectivités territoriales prévoit qu'une communauté d'agglomération puisse exercer en lieu et place des communes adhérentes la compétence relative à l'assainissement des eaux usées et puisse également, si cela est nécessaire, prendre des mesures pour assurer la maîtrise de l'écoulement des eaux pluviales ou des pollutions apportées au milieu par le rejet des eaux pluviales, la collecte et le stockage de ces eaux ainsi que le traitement de ces pollutions dans les zones délimitées par la communauté en application des 3° et 4° de l'article L. 2224-10. Dans ce cas, elle se substitue de plein droit aux obligations de la commune dans ce domaine, y compris dans ses missions de contrôle. Ces missions ne relèvent pas du code de l'urbanisme. En conséquence, il n'incombe pas à la collectivité chargée de l'instruction des autorisations d'urbanisme de vérifier que l'assainissement des eaux domestiques usées et la collecte des eaux pluviales sont assurés. Ainsi, en vertu de l'article L. 1331-4 du code de la santé publique, la communauté d'agglomération contrôle la qualité d'exécution des ouvrages nécessaires pour amener les eaux usées à la partie publique du branchement, ouvrages réalisés par le propriétaire conformément aux conditions fixées à l'article L. 1331-1 de ce même code. Elle peut également en contrôler le bon état de fonctionnement. Par ailleurs, s'agissant de la collecte des eaux pluviales, la communauté d'agglomération s'assure du respect des règles fixées dans les zones délimitées en application des 3° et 4° de l'article L. 2224-10.