Les articles L. 5211-4-1 et L. 5211-41-3 du code général des collectivités territoriales relatifs aux transferts de compétences d'une commune à un établissement public de coopération intercommunale (EPCI) ou à la fusion d'établissements publics de coopération intercommunale prévoient des garanties indemnitaires pour les agents transférés. Ceux-ci conservent, s'ils y ont intérêt, le bénéfice du régime indemnitaire qui leur était applicable ainsi que, à titre individuel, les avantages acquis en application du troisième alinéa de l'article 111 de la loi no 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale. Pour ce qui concerne les agents nouvellement recrutés, l'EPCI peut prévoir un régime indemnitaire différent, dans la limite du plafond global du régime indemnitaire des fonctionnaires de l'Etat exerçant des fonctions équivalentes. Il ne peut pas ajouter à ce régime indemnitaire des avantages collectivement acquis, tels qu'une prime de fin d'année ou un treizième mois. Toutefois, l'article 2 du décret no 91-875 du 6 septembre 1991 pris pour l'application du premier alinéa de l'article 88 de la loi du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale prévoit qu'il appartient à l'assemblée délibérante de fixer notamment les conditions d'attribution et le taux moyen des indemnités et ce en vertu de la libre administration des collectivités territoriales. Ainsi, dans la limite du plafond global prévu pour l'Etat, il est possible d'intégrer une somme équivalente à un 13ème mois dans la mesure où il ne s'agirait pas d'une somme distincte des autres composantes du régime indemnitaire. De plus, l'employeur peut définir une périodicité des versements différente de celle indiquée pour l'Etat et moduler la répartition annuelle en prévoyant d'attribuer à chaque agent une part plus importante en fin d'année. Par ailleurs, le juge administratif n'accorde pas un caractère définitif au maintien des avantages acquis et considère qu'après l'entrée en vigueur du nouveau régime indemnitaire fixé en vertu du 1er alinéa de l'article 88 de la loi no 84-53 par l'employeur, l'employeur peut mettre fin aux avantages collectivement acquis qui avaient été mis en place avant l'entrée en vigueur de la loi du 26 janvier 1984 (CE, 21 mars 2008, req. no 287771). La mise en œuvre du régime indemnitaire tenant compte des fonctions, des sujétions, de l'expertise et de l'engagement professionnel (RIFSEEP) ne remet pas en cause les dispositions précitées.