La flotte océanographique française (FOF) revêt effectivement une importance stratégique pour la France qui possède le deuxième territoire maritime au niveau mondial et occupe une place de premier rang au niveau international. Le budget consacré par le ministère de la recherche à la flotte océanographique s'élève à 60 millions d'euros par an et constitue le premier poste du budget consacré aux très grandes infrastructures de recherche représentant 290 millions d'euros par an. Le ministère soutient également le développement d'infrastructures complémentaires pour l'observation de la mer : réseau de flotteurs d'observation in situ EUROARGO, observations par satellites et développement de dispositifs sous-marins autonomes (« gliders », AUV) et d'observatoires de fonds de mer (EMSO). La flotte oeuvre prioritairement au profit de la communauté scientifique mais assure également des missions de service public. Les besoins de renouvellement sont évalués régulièrement à l'occasion d'exercices portant sur une vision à 15-20 ans, correspondant à la demi-vie d'une génération de navires. L'exercice piloté par Messieurs Farcy et Huchon en 2006 à la demande conjointe des quatre opérateurs de navires scientifiques (l'IFREMER, l'IPEV, l'IRD et le CNRS), s'est appuyé sur les gestionnaires de la flotte et sur la communauté scientifique. Dans le prolongement de ces travaux, le comité stratégique et technique de la flotte (CSTF) a été créé en 2008 sous l'égide du ministère chargé de la recherche, pour approfondir l'analyse des besoins scientifiques, renforcer la concertation entre opérateurs et communautés scientifiques et élaborer des indicateurs communs pour la flotte. Le centre national de la recherche scientifique (CNRS), l'institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (IFREMER), l'institut polaire français Paul Emile Victor (IPEV) et l'institut de recherche pour le développement (IRD) ont regroupé leurs moyens navals de recherche océanographique pour constituer la très grande infrastructure de recherche flotte océanographique française (TGIR FOF), qui a été inscrite dès 2008 dans la feuille de route nationale des très grandes infrastructures de recherche (TGIR). En mars 2011, à la suite des travaux du CSTF, avec l'appui du ministère chargé de la recherche, les opérateurs ont créé l'unité mixte de la flotte (UMS FOF), afin d'optimiser la gestion et la programmation des campagnes et de coordonner les plans d'évolution et d'investissement. Depuis 2006, les investissements pour maintenir la flotte ont été poursuivis en s'appuyant largement sur les recommandations de Messieurs Huchon et Farcy et les travaux du CSTF, avec notamment la modernisation de l'Atalante en 2009 (15 M€), la révision complète du ROV Victor 6000 et celle du sous-marin autonome Nautile. De nouvelles urgences ont été prise en compte, comme l'amélioration de la navigabilité de l'Antea et la construction de deux navires de station (Neomysis en 2008, Albert Lucas en 2009). Le plan de modernisation préparé par l'UMS FOF, en 2012, a été présenté au commissariat général à l'investissement et a permis d'obtenir un financement de 13 M€ consacré à la modernisation du Marion Dufresne. Les Terres australes et antarctiques françaises, qui partagent l'exploitation du navire avec l'IPEV, apportent un financement de même niveau. Ce plan de modernisation a été ajusté, début 2013, pour prendre en compte des éléments nouveaux comme le retrait de l'Espagne de l'utilisation de la Thalassa, la fin du projet Eurofleets 1 et le lancement du projet Eurofleets 2. Dans sa nouvelle version, il prévoit notamment la construction d'un navire polyvalent régional en 2018, de navires côtiers polyvalents en 2019 et 2023 et le remplacement de l'Atalante en 2023.