L'amélioration génétique des équidés est soutenue à travers un certain nombre d'instruments, certains communs avec les autres espèces, d'autres spécifiques. Parmi les instruments transversaux, on peut citer en premier lieu le dispositif communautaire de soutien à la biodiversité : la mesure agri-environnementale et climatique destinée à la conservation in vivo des populations ovines, bovines, caprines, mais aussi équines et asines. En outre, la loi d'avenir pour l'agriculture, l'alimentation et la forêt du 13 octobre 2014 a également permis l'extension du service universel de distribution et de mise en place de la semence des ruminants aux équidés, afin de compenser les coûts d'élaboration et de distribution de la génétique dans les zones éloignées ou pour les races menacées. Le secteur équin bénéficie également d'outils exclusifs : puisque l'amélioration des équidés repose sur leur sélection lors de compétitions, le ministère de l'agriculture, de l'alimentation et de la forêt octroie un soutien financier aux organisateurs de ces compétitions, notamment les concours d'élevage. Enfin, le ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, à travers l'action de l'institut français du cheval et de l'équitation, participe non seulement à la diffusion des connaissances et des techniques de sélection, mais soutient aussi des projets de recherche en génétique, tout particulièrement sur la génomique.