Le financement actuel des dépenses de gestion administrative de la mutualité sociale agricole (MSA) par des cotisations dites « complémentaires » lui procure des recettes qui évoluent comme le revenu professionnel et comme la masse salariale agricoles, indépendamment du niveau des dépenses qui sont limitées par la convention d'objectifs et de gestion (COG). Ce système de financement a permis à la MSA d'accumuler des réserves financières grâce en outre à sa gestion économe des fonds publics. Ce système n'est plus viable car, depuis 2011, la part complémentaire des cotisations exonérées ne peut plus être compensée par des affectations de taxes. Cette absence de compensation est de nature à déséquilibrer à moyen terme le financement de la MSA. C'est pourquoi l'article 33 du projet de loi de financement de la sécurité sociale prévoit de remplacer les cotisations complémentaires par des dotations de gestion, prélevées sur le produit des cotisations et calculées pour chacun des régimes salariés et non salariés agricoles de manière à couvrir intégralement les dépenses effectives autorisées de la MSA. Cette réforme devrait s'accompagner de la centralisation de la trésorerie car un fonds de roulement au niveau local n'a plus de justification dans le cadre d'un financement par dotations et du passage à une comptabilité des cotisations à l'encaissement comme les autres régimes de sécurité sociale. Ainsi, les caisses locales n'auraient plus à supporter sur leurs ressources de gestion la différence entre les cotisations émises et les cotisations encaissées. Un avenant à la COG signé le 19 juillet 2012 apporte des solutions aux principales préoccupations des élus de la MSA. Aux termes de cet avenant, les caisses de MSA pourront utiliser les résultats financiers tirés des activités annexes dans le prolongement de la mission de service public, au-delà du cadrage financier fixé par la COG. Il importe, en effet, que la MSA puisse poursuivre ces activités et en développer de nouvelles. Ces nouvelles modalités de financement doivent permettre à la MSA de continuer à disposer des instruments d'intervention qui lui sont nécessaires pour accompagner ses ressortissants, maintenir une présence active dans les zones rurales et soutenir les filières en difficulté. Le conseil d'administration de la caisse centrale de la mutualité sociale agricole a donné un avis favorable à l'article 33 du projet de financement de la sécurité sociale lors de sa réunion du 4 octobre 2012.