La directive no 2006/112/CE, dite « directive TVA », prévoit, à ses articles 295 et suivants, la possibilité pour les États membres d'appliquer aux producteurs agricoles, pour lesquels l'assujettissement au régime normal ou simplifié de la TVA se heurte à des difficultés, un régime forfaitaire visant à compenser la charge de TVA payée sur leurs achats. Cette directive offre la possibilité d'un versement de la compensation directement au producteur par les pouvoirs publics ou indirectement par l'acquéreur ou le preneur, client du producteur, qui peut ensuite obtenir le versement de la compensation versée. Les pourcentages forfaitaires de compensations doivent être déterminés à partir de données macroéconomiques relatives aux producteurs sous ce régime et ne pas conduire à des remboursements globalement supérieurs aux charges de TVA d'amont supportées. Ces pourcentages, qui peuvent être différenciés par sous-branches de l'agriculture, doivent être notifiés à la commission avant leur mise en application. Les taux ainsi retenus ne peuvent constituer des subventions. En France, la compensation est directe. Le régime du remboursement forfaitaire agricole (RFA) est prévu aux articles 298 bis à 298 quinquies du code général des impôts (CGI). C'est le régime de droit commun des exploitants agricoles qui peuvent cependant en être exclus, notamment lorsque leur activité présente un caractère industriel ou commercial, ou lorsque les recettes de leurs exploitations dépassent, en moyenne sur deux années consécutives, 46 000 €. Pour les opérations qu'il réalise et qui sont situées dans le champ du RFA, l'exploitant agricole ne facture pas de TVA, mais bénéficiera du remboursement forfaitaire par l'État, représentatif en moyenne de la charge de TVA supportée en amont. Il existe en France deux taux de remboursement, en fonction de la nature des produits : 5,59 % (lait, animaux de basse-cour, œufs, animaux de boucherie et de charcuterie définis par décret, céréales, graines oléagineuses et protéagineux) et 4,43 % pour les autres produits. En Allemagne, le régime est certes ouvert plus largement aux exploitants agricoles et le principe retenu est celui d'une facturation par les exploitants avec une compensation qu'ils ne reversent pas au Trésor, à un taux unique pour les produits agricoles, cette compensation étant ensuite remboursée à leurs clients. La compensation est donc indirecte. In fine, que le remboursement à l'exploitant se fasse de manière directe ou non, les systèmes sont équivalents dès lors que les taux de remboursement ne peuvent, sans enfreindre la directive TVA, conduire en moyenne à une surcompensation de la charge de TVA supportée en amont. Enfin, concernant la plainte déposée en 2013 contre l'application faite par l'Allemagne de ce régime, les autorités françaises n'ont pas été informées des suites que la Commission européenne lui a réservées.