L'article L.4122-2 du code de la santé publique dispose que « le conseil national fixe le montant de la cotisation versée à chaque ordre par toute personne inscrite au tableau, qu'elle soit physique ou morale. Il détermine également les quotités de cette cotisation qui seront attribuées à chaque conseil départemental, à chaque conseil régional ou interrégional et au conseil national, en précisant la part consacrée au fonctionnement des chambres disciplinaires placées auprès de ces instances. [...] » Ainsi les ordres médicaux sont libres de fixer le montant de la cotisation professionnelle ainsi que la répartition du produit de ces dernières. Lors du contrôle de la Cour des comptes sur l'ordre des médecins publié au mois de décembre 2012, plusieurs recommandations concernant les comptes de l'ordre ont été émises à l'attention du conseil national portant sur le renforcement du rôle de la commission de contrôle des comptes ou la création d'un comité d'audit chargé notamment d'éclairer le conseil national et l'assemblée générale de l'ordre sur l'adéquation des contrôles internes et externes et de leurs suites. Les services du ministère de la santé établiront un plan de suivi de ces recommandations en lien avec le conseil national de l'ordre des médecins.