En 2011, le Conseil d'État a jugé que les vétérinaires libéraux mandatés pour réaliser, avant le 1er janvier 1990, des actes de prophylaxies obligatoires auraient dû être considérés, pour cette activité spécifique, comme des agents publics percevant des rémunérations ayant la qualification de salaires et qu'ils auraient dû être affiliés aux régimes de retraite de base et complémentaire correspondants. En conséquence l'État a été condamné à verser aux vétérinaires les arriérés de cotisations patronales et salariales ainsi que, le cas échéant, les pensions échues depuis leur départ à la retraite pour les vétérinaires ayant déjà liquidé leur retraite. Si la quasi-totalité des vétérinaires ruraux ont été titulaires d'un mandat sanitaire, le temps qu'ils y consacraient et les sommes perçues à ce titre étaient très variables. Le traitement de leur demande d'indemnisation exige donc un examen au cas par cas, d'où la procédure de traitement mise en place. Depuis septembre 2012, 1 685 dossiers ont été enregistrés. Sur 1 232 dossiers recevables, plus de 1 000 ont été instruits, cette instruction ayant pour but de déterminer les rémunérations perçues par chaque vétérinaire au titre de l'exercice du mandat sanitaire. Le montant déterminé des rémunérations perçues au titre du mandat est soumis pour accord au vétérinaire concerné puis envoyé aux caisses de retraite, afin que celles-ci fournissent à l'État les informations nécessaires à l'élaboration d'un protocole d'accord entre l'État et le vétérinaire sanitaire. Les protocoles d'accord ont été envoyés en priorité aux vétérinaires déjà à la retraite, le préjudice n'étant pas encore constitué pour les vétérinaires encore en activité. 265 vétérinaires sanitaires (147 en 2014 et 118 en 2015) ont à ce jour signé un protocole d'accord avec le ministère chargé de l'agriculture. Une nouvelle série de protocoles sera envoyée pour signature en 2016. Ces 265 vétérinaires ont été directement indemnisés pour le préjudice passé subi depuis leur départ à la retraite. L'État a en outre versé des arriérés de cotisations permettant aux caisses de retraite de réviser le montant mensuel de pension à allouer dorénavant à chacun de ces vétérinaires. L'État a donc pris toutes les mesures nécessaires pour une réparation de l'intégralité du préjudice. Si le traitement des demandes d'indemnisation peut apparaître long, il convient de souligner que la procédure amiable concerne un pré-contentieux de masse, qu'elle est lourde car composée de plusieurs étapes et qu'elle requiert l'implication non seulement du ministère chargé de l'agriculture mais aussi d'un ensemble de partenaires extérieurs, à savoir le réseau des caisses de retraite et de santé au travail (CARSAT) du régime général des travailleurs salariés ainsi que de l'IRCANTEC chargé de gérer le régime complémentaire des agents publics non titulaires. Enfin, le cas des vétérinaires ayant agi en justice avant les arrêts du Conseil d'État de 2011 est particulier. Avant 2011, les demandes d'indemnisation des vétérinaires n'étaient pas homogènes et les réponses des juridictions étaient généralement moins favorables que celles du Conseil d'État. L'État a en revanche accepté que ces vétérinaires déposent des dossiers de demande de complément d'indemnisation, qui font l'objet d'un examen au cas par cas. Les vétérinaires ayant accepté sans réserve les propositions faites par l'État en 2014 se verront proposer un protocole d'accord dès 2016.