Les effectifs, dans le domaine de compétence du secrétaire d'État, chargé des transports, de la mer et de la pêche, ne sont pas distincts de ceux de la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie (MEDDE). Le plafond d'emplois du MEDDE s'élevait à 44 890 équivalents temps plein travaillé (ETPT) en 2012 et à 38 198 ETPT en 2013. L'écart entre les effectifs 2012 et 2013 s'explique principalement par le transfert, au 1er janvier 2013, des agents mis à disposition de Voies navigables de France (VNF) à l'opérateur, soit, environ, moins 4 300 ETPT, mais également par le transfert des inspecteurs et délégués du permis de conduire et des agents de la délégation à la sécurité et à la circulation routières au ministère de l'intérieur soit, environ, moins 1 500 ETPT, ainsi que par les effets des schémas d'emplois 2012 et 2013 soit, environ, moins 700 ETPT. Le système d'information des ressources humaines du MEDDE ne permet pas de distinguer les agents travaillant pour ce ministère de ceux travaillant pour le ministère du logement, de l'égalité des territoires et de la ruralité (MLETR). En effet, certains agents, notamment sur les fonctions support, travaillent pour les deux ministères. Le nombre d'agents en poste au 31 décembre 2012 dans les services des MEDDE/MLETR, hors opérateurs et hors effectifs mis à disposition des collectivités territoriales dans le cadre des lois de décentralisation, s'élevait à 54 950 agents, dont 1 900 personnels, hors vacataires. Au 31 décembre 2013, 47 750 agents étaient en poste dans les services des MEDDE/MLETR, dont 1 680 personnels contractuels.