La conditionnalité soumet le versement des aides directes du premier pilier de la politique agricole commune (PAC) et certaines aides du second pilier au respect d'exigences minimales en matière d'environnement, de santé publique, de protection animale, de santé des animaux et des végétaux ainsi que de normes de bonnes conditions agricoles et environnementales. Dans un souci d'équité de traitement des agriculteurs, le dispositif de conditionnalité repose sur des grilles d'exigences déterminées au niveau national en concertation avec les organisations professionnelles agricoles. Le dispositif français fait notamment preuve d'une progressivité dans l'application des sanctions en tenant compte de la gravité et de l'étendue des non respects à la réglementation. Le système français prévoit en particulier, lorsque cela est possible, la possibilité d'une remise en conformité pour les anomalies qualifiées de « mineures ». Il s'agit, pour ce qui concerne les documents de circulation cités en exemple, de l'absence de un à quatre de ces documents. Si l'éleveur réalise la remise en conformité de la situation, aucune réduction n'est appliquée. Au-delà de ce seuil, fixé à quatre documents dans l'exemple cité, une réduction de 1 % des aides soumises à la conditionnalité est appliquée, conformément à la réglementation européenne. La mise en oeuvre du dispositif de conditionnalité est encadrée par la réglementation communautaire. La Commission européenne (CE) contrôle, lors d'audits, que les États membres appliquent de manière suffisamment rigoureuse ce principe. Pour la France, la CE a relevé un certain nombre de faiblesses qui l'a conduit à refuser l'apurement des comptes (des aides de la PAC) de la France pour 71 millions d'euros pour les années 2005 et 2006. Bien que le système français ait fait l'objet d'améliorations, de nouveaux refus d'apurement sont prévisibles au regard des audits réalisés en 2009 et 2012. Compte tenu de cet impact financier mais aussi de la nécessité d'appliquer de manière objective et équitable les dispositions de la conditionnalité définies en concertation avec les organisations professionnelles agricoles, il est nécessaire d'appliquer des réductions du montant des aides lorsque la réglementation européenne le prévoit.