La préconisation du Conseil économique, social et environnemental (CESE) s'appuie sur le « Programme mer », document élaboré à la demande des ministres chargés de l'écologie et de la recherche. Le Programme mer a été rédigé par l'Alliance nationale de recherche pour l'environnement (AllEnvi), et discuté avec les parties prenantes aux espaces littoraux et marins au sein du comité opérationnel Recherche et Innovation du Grenelle de la mer. Il dresse un état des lieux des forces et des faiblesses de la recherche française sur la mer et le littoral et identifie ses enjeux majeurs, autour de quatre thématiques (connaissance du « système Mer », exploitation durable des ressources marines, gestion de l'espace côtier, outre-mer) et de deux axes transversaux (grandes infrastructures de recherche, technologie et construction navale). Ce document constituera une base de travail pour l'élaboration de la Stratégie nationale pour la mer et le littoral dans son volet « Connaissance, recherche et innovation ». Il nourrit notamment la réflexion sur ce sujet du Conseil national de la mer et des littoraux, et en particulier de son comité pour la recherche marine, maritime et littorale (COMER). Dans un contexte de développement des activités humaines en mer vers une « croissance bleue » durable (communication de la Commission européenne du 13 septembre 2012), et de prise en compte de l'approche écosystémique pour les questions marines, la Conférence environnementale 2013 a inscrit l'acquisition de connaissances sur les écosystèmes marins sur sa feuille de route. En particulier, la table ronde « biodiversité marine, mers et océans » de la Conférence environnementale 2013 a identifié comme chantier prioritaire l'établissement d'un programme d'actions priorisées pour l'acquisition, la diffusion et la valorisation des connaissances scientifiques et techniques, y compris celles acquises par les sciences participatives, sur les écosystèmes marins, et, entre autres, ceux de grandes profondeurs, insulaires, polaires et d'outre-mer. Il s'agira notamment pour le ministère chargé de l'environnement et le ministère chargé de la recherche de : - définir des priorités scientifiques et opérationnelles pour appuyer les politiques publiques (directive cadre stratégie pour le milieu marin -DCSMM-, directive habitat, faune, flore, Natura 2000, stratégie de création d'aires marines protégées) au sein des programmes de travail des établissements de recherche et infrastructures d'observation et de recherche ; - étudier la possibilité d'associer les sciences participatives au recueil des données pour appuyer les politiques publiques ; - développer la valorisation des données, notamment celles issues des études d'impact réalisées par les acteurs économiques ; - renforcer la structuration nationale et régionale de l'expertise scientifique sur la biodiversité marine ; - poursuivre l'acquisition des données sur les ressources halieutiques et l'état de l'environnement marin ; - participer au programme d'évaluation des écosystèmes (EFESE), notamment pour l'écosystème des récifs coralliens. En complément, pour les territoires d'outre-mer qui le souhaitent et avec le soutien du ministère des outre-mer, est prévue l'élaboration de « plans d'actions priorisés pour le rétablissement du bon fonctionnement des écosystèmes marins et littoraux » s'inspirant de la méthode des Plans d'action pour le milieu marin (DCSMM). Cette méthode se fonde sur un état des lieux des connaissances disponibles (notamment sur les récifs coralliens, les mangroves, les milieux profonds, les interfaces terre-mer, les espèces invasives) en vue de l'identification des enjeux écologiques, des actions de correction prioritaires et des financements à mobiliser. Concernant les écosystèmes de grandes profondeurs, le ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie (MEDDE) a confié au Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et à l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer) une expertise scientifique collective sur les impacts environnementaux de l'exploitation des ressources minérales marines profondes. Basée sur une analyse rigoureuse de la littérature scientifique et technologique disponible au plan international jusqu'en 2013, elle a identifié les verrous scientifiques et les activités de recherche et de développement à engager pour les lever. À la demande du MEDDE, le Conseil scientifique du patrimoine naturel et de la biodiversité (CSPNB) a été saisi d'une version préliminaire du rapport d'expertise, et ses recommandations ont été mises à profit pour la rédaction de la synthèse et de ce résumé. Les résultats de l'expertise ont été présentés aux parties prenantes au cours d'un colloque le 19 juin 2014 au CNRS, à Paris ; dans le cadre du programme national de recherche et d'accès aux ressources minérales des grands fonds marins décidé par le Premier ministre lors du comité interministériel de la mer du 2 décembre 2013. Concernant l'environnement polaire, le ministère de l'environnement s'investit notamment sur les questions de suivi de l'écosystème antarctique et de protection de la biodiversité marine en mobilisant l'expertise française dans les groupes de travail de la Commission pour la Conservation de la faune et de la flore marines de l'Antarctique (CCAMLR), dont la France est membre. En effet la CCAMLR a pris des engagements en matière de création d'aires marines protégées et de protection de l'écosystème qui impliquent des travaux renforcés dans ces domaines.