Le rapport de la Cour fait deux recommandations, la cinquième et la sixième, qui sont fortement liées : « 5 - sans remettre en cause l'engagement de consacrer 3 % du PIB (produit intérieur brut) à la R&D (recherche et développement), fixer un objectif intermédiaire réaliste et mobilisateur ; 6 - décliner cet objectif dans ses deux composantes, administrations et entreprises, et le compléter par un indicateur sur les dépenses R&D des entreprises par branche d'activités. » La question ci-dessus renvoie donc dans un premier temps à la fixation d'un objectif intermédiaire (recommandation 5). Sur ce point, il est utile de souligner le rôle fondamental de la structure sectorielle des économies pour expliquer leur intensité en R&D privée en pourcentage du PIB. Les services statistiques du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche (MESR) ont publié des notes d'informations précises sur cette question en 2012. Plus généralement, l'influence de tous les déterminants de la R&D des entreprises et leur impact sur l'intensité en R&D nationale peuvent difficilement être anticipée ce qui empêche de définir une cible qui en corrige les effets ou de viser une trajectoire précise qui nous rapproche de la cible des 3%. De façon globale, bien que résultante de multiple facteurs, cette cible reste pertinente et mobilisatrice pour les politiques publiques. Outre de bonnes intensités sectorielles de R&D, son atteinte suppose d'une part la croissance de nouveaux secteurs à travers de nouvelles entreprises et d'autre part une amélioration de la productivité des secteurs manufacturiers et de services intensifs en connaissance. Il est tout à fait possible de suivre de façon distincte la décomposition des dépenses de R&D des administrations d'une part et des entreprises d'autre part. Cette décomposition existe dans différentes publications et documents budgétaires établis à partir de l'enquête annuelle du MESR. Le MESR peut en outre fournir la décomposition par branche de la dépense de R&D des entreprises et fournir l'indicateur d'intensité (en pourcentage de la valeur ajoutée). Cet indicateur pourrait notamment figurer dans le rapport sur les politiques nationales de recherche et de formations supérieures annexé au projet de loi de finances (jaune budgétaire).