La réforme de l'identification et de la traçabilité des moutons et des chèvres a été initiée en 2005 à l'échelle européenne par le règlement (CE) n° 21/2004 (règlement CE/21/2004 du conseil du 17 décembre 2003 établissant un système d'identification et d'enregistrement des animaux des espèces ovine et caprine et modifiant le règlement (CE) n° 1782/2003 et les directives 92/102/CEE et 64/432/CEE) et ne relève donc pas d'une réglementation spécifique à la France. La réforme vise une traçabilité individuelle des petits ruminants afin notamment de prévenir et de circonscrire rapidement l'extension des maladies animales, de préserver ainsi la santé des animaux et des consommateurs, enfin de limiter les pertes économiques directes et indirectes. Elle s'est imposée suite à la crise sanitaire de la fièvre aphteuse de 2001 au Royaume-Uni qui a coûté une quinzaine de milliards d'euros au contribuable européen, et dont un des facteurs aggravants était l'absence de traçabilité individuelle des petits ruminants démontrant que les systèmes d'identification antérieurs n'étaient pas efficients. La réforme a eu lieu en plusieurs étapes afin de prendre en compte les délais prévus par le règlement (CE) n° 21/2004. Le dispositif réglementaire mis en place en France dans le cadre des négociations avec les organisations professionnelles permet de bénéficier des dérogations accordées par le règlement communautaire tout en assurant un bon niveau de traçabilité au sein de la filière et dans l'optique de minimiser le plus possible les risques liés à la conditionnalité. Toutefois, il convient de noter qu'ils ne peuvent avoir de dérogation aux obligations du règlement (CE) n° 21/2004. Le soutien financier apporté de 2010 à 2013 a permis d'atteindre un taux d'identification électronique de 86 % sur l'ensemble du territoire. Etant donné l'arrêt des financements, le ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt (MAAF) a décidé de reporter au 1er janvier 2015 l'obligation d'identification électronique de tous les animaux nés avant le 1er juillet 2010. Négociée en 2009 avec l'ensemble des organisations professionnelles, cette obligation avait été fixée au 1er juillet 2013. Selon une évaluation réalisée par les services du MAAF avec l'appui de l'institut de l'élevage, ce report doit permettre du seul fait du taux de renouvellement naturel des troupeaux d'atteindre fin 2014 une identification proche de 100 % du cheptel reproducteur.