La continuité écologique des cours d'eau constitue l'un des objectifs fixés par la Directive Cadre sur l'eau. Elle est indispensable à la circulation des espèces mais également des sédiments. La conciliation entre cet objectif et la conservation d'ouvrage patrimoniaux est un principe d'action du gouvernement.Pour ce qui concerne le classement des cours d'eau en « liste 2 », qui correspond au 2° de l'article L 214-17 du code de l'environnement, ces opérations se sont achevées en 2012 ou 2013 suivant les bassins et chaque préfet coordonnateur de bassin a pris un arrêté fixant la liste des sections de cours d'eau sur lesquels le rétablissement de la continuité doit être prioritairement recherché. L'atteinte du bon état écologique impose de réduire les impacts des ouvrages sur la circulation des espèces et le transport sédimentaire, c'est à dire sur les fonctionnalités naturelles des cours d'eau. De multiples solutions existent, allant de l'ouverture régulière de vannes à la suppression de l'ouvrage en passant par l'aménagement de passes à poissons, la réduction partielle de la hauteur de l'ouvrage, ou l'implantation de brèches. Toutes ces solutions sont susceptibles de s'appliquer aux ouvrages hydrauliques sur la base d'études de scénarios et d'examen des avantages et inconvénients de chacun, tenant compte, entre autres, de la dimension patrimoniale des ouvrages. Par ailleurs, et sans que cela ne puisse avoir un impact sur le classement des cours d'eau en liste 2, les services du Ministère de l'environnement sont aussi engagés dans un travail d'identification des cours d'eau dans un souci de clarification du droit applicable et d'exercice apaisé de la police de l'eau, répondant à une demande de clarification des règles, exprimée fortement sur le terrain. En effet, il existe une difficulté réelle à distinguer des cours d'eau très aménagés et rectifiés dans le passé, servant d'exutoire de drainage et des fossés artificiels. Les fossés ou les drains créés de la main de l'homme, qui sont donc des ouvrages artificiels, sont des réseaux d'écoulement qui s'entretiennent dans le but de maintenir leur fonctionnalité, ce pour quoi ils ont été créés. Un groupe de travail à l'initiative de la ministre de l'environnement, de l'énergie et de la mer a rédigé une instruction sur la cartographie des cours d'eau, issue d'une concertation avec l'ensemble des parties prenantes, au rang desquels figuraient des représentants du monde forestier. Les critères utilisés pour la définition d'un cours d'eau sont issus de la jurisprudence du Conseil d'État (notamment son arrêt du 21 octobre 2011) et sont repris dans le projet de loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages. Cette instruction technique n'est pas créatrice de droit, et la cartographie constitue un inventaire non opposable. Elle vise simplement à mieux faire connaître les parties du réseau hydrographique qui doivent être considérées comme cours d'eau. L'ensemble des acteurs concernés est associé à l'élaboration des cartes : les organisations professionnelles agricoles, les représentants des forestiers et des propriétaires ruraux, les associations de protection de la nature, les représentants d'élus locaux, etc.