Le développement des parcs éoliens sur le territoire doit se réaliser en adéquation avec les missions de défense. Dans un premier temps et en amont des projets, sont élaborés des outils de planification tel que le schéma régional éolien (SRE). Ce schéma a pour vocation l'identification à l'échelle régionale des zones favorables au développement de l'éolien terrestre compte tenu du potentiel éolien d'une part, et des contraintes, en particulier des servitudes aéronautiques militaires que sont les zones de survol basse altitude, d'autre part. Dans un second temps, les instructions administratives dans le cadre de l'autorisation d'installation classée (ICPE) et du permis de construire permettent de s'assurer, après examen approfondi, de la bonne intégration des éoliennes dans leur environnement. Le permis de construire est accordé s'il est conforme aux règles d'urbanisme et tient lieu d'autorisation au titre de la législation relative aux obstacles à la navigation aérienne (code de l'aviation civile) en cas d'accord des ministres chargés de l'aviation civile et de la défense. Pour concilier les enjeux de protection du territoire et de développement de l'énergie éolienne, un groupe de travail rassemblant les services du ministère de l'environnement, et ceux du ministère de la défense (direction de la circulation aérienne militaire) est en charge d'identifier des méthodes de travail communes. Les échanges entre ces directions a d'ores et déjà permis de dresser un point de situation précis, et de dégager plusieurs pistes d'amélioration, notamment concernant la prise en compte des autres parcs éoliens autorisés pour évaluer les effets de saturation dans les zones de survol basse altitude, l'amélioration de l'état des connaissances sur les projets éoliens, la prise en compte des possibilités que pourrait offrir l'utilisation de radars Gap-Filler et de pâles et mâts furtifs et l'amélioration du traitement des échos radars pour filtrer les perturbations générées par les parcs éoliens. Par ailleurs, le ministère de la défense, réalise actuellement l'inventaire du juste besoin opérationnel de ces forces afin d'adapter la superficie de ces zones du survol basses altitudes.