L'objectif de conservation et d'exploitation durable des ressources halieutiques a orienté l'ensemble des mesures d'ajustement de l'effort de pêche et de renouvellement et modernisation de la flotte depuis la mise en place de l'instrument financier d'orientation de la pêche (IFOP) 2000/2006. La réforme de la PCP en 2002 a renforcé cette orientation en supprimant les aides à la construction de nouveaux navires de pêche, considérant que l'effet des réductions de capacité était en partie annulé par les gains de productivité permis par les constructions de nouveaux navires. L'aide à la construction de nouveaux navires de pêche, bien qu'ayant été supprimée en France métropolitaine en 2004, a bénéficié d'une dérogation dans les départements d'Outre-mer (DOM) afin de prendre en compte leurs spécificités. Le régime d'aide notifié relatif au plan de développement de la flotte dans les DOM établi en 2007, et complété par une décision juridique en 2008 (C2008-2769), précise qu'aucune aide à l'entrée en flotte ne peut intervenir dans ces départements après le 31 décembre 2008. Seule l'entrée en flotte des navires déjà bénéficiaires d'une aide à l'entrée en flotte octroyée avant le 31 décembre 2008 a été prolongée jusqu'au 31 décembre 2011 (article 1.1 du R(CE) 1207/2008). Depuis le 1er janvier 2012, aucun navire ne peut entrer en flotte avec aide publique même si une décision d'octroi d'aide lui a été accordée avant le 31 décembre 2008. Les navires qui entrent en flotte depuis lors, sont ainsi entièrement financés par les porteurs de projets à partir de leurs ressources propres. Toutefois, au titre de la programmation 2007/2013, les jeunes marins-pêcheurs désirant s'installer sont en mesure de mobiliser une aide du Fonds européen pour la pêche (FEP). Cette aide peut être versée aux pêcheurs de moins de 40 ans, et qui acquièrent pour la première fois la propriété totale ou partielle d'un navire dont la longueur hors tout est inférieure à 24 mètres, équipé pour la pêche en mer et dont l'âge se situe entre 5 et 30 ans. Le FEP peut également contribuer à la modernisation des navires de pêche de 5 ans d'âge et plus. Les investissements concernés par cette aide portent sur les améliorations de la sécurité à bord, les conditions de travail, l'hygiène, la qualité des produits, le rendement énergétique et la sélectivité, pour autant que cela n'entraîne pas un accroissement de la capacité de capture du navire de pêche. Dans le cadre de la négociation en cours sur le Fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche (FEAMP), la France porte le principe d'une aide à l'installation et de la poursuite des aides à la modernisation alors même que la Commission européenne propose la suppression de ces aides. En lien avec le ministère de l'Outre-mer, des demandes ont par ailleurs été introduites pour faire mieux prendre en compte les spécificités des régions ultrapériphériques (RUP), au regard des dispositions de l'article 349 du Traité sur l'Union européenne. Ce règlement sera adapté en « co-décision » par le Parlement européen, il est donc essentiel de mobiliser les députés européens. Enfin, le gouvernement défend dans le cadre de ces négociations européennes une meilleure prise en compte des outre-mer français. Ainsi, certaines avancées viennent d'être obtenues : la mise en place d'un conseil consultatif spécifique pour les régions ultrapériphériques, subdivisé en trois bassins et l'extension du régime de protection des 100 milles nautiques pour les outre-mer français.