En matière de prévention contre les inondations, les crues de forte intensité ne peuvent être régulées que par l'utilisation de zones d'expansion des crues ou de barrages disposant de grands volumes de retenue. Un seuil de quelques mètres ne sera pas capable de les réguler, d'autant plus que la retenue à l'amont du seuil ou du barrage est déjà pleine d'eau avant la crue. Les volumes de ces retenues sont en effet sans commune mesure par rapport aux énormes volumes d'eau transportés par les crues. De plus, les barrages ayant un rôle notable dans la maîtrise des inondations sont uniquement ceux qui ont pour fonction d'écrêter les crues. Ils disposent dans leur règlement d'eau, de prescriptions spéciales relatives à la gestion du barrage pour les maintenir vides en période de risque de crue, de telle sorte qu'ils contribuent activement à la prévention des inondations. Le sur-aménagement des cours d'eau n'est donc pas une solution pour lutter efficacement contre les inondations. Par ailleurs, dans le cadre de la restauration des milieux et du bon état des cours d'eau préconisé par la directive cadre sur l'eau, il est important d'assurer un maintien de la continuité écologique. Or, les ouvrages en cours d'eau ont pour conséquence de réduire voire de supprimer les possibilités de migration des espèces piscicoles et d'accomplissement de leur cycle de vie. La qualité des habitats aquatiques est liée au bon fonctionnement du transport sédimentaire qui peut être perturbé par l'existence de retenues. Les ouvrages en barrage de cours d'eau entraînent également une artificialisation des milieux en amont (remplacement de milieux d'eaux courantes par des milieux d'eaux stagnantes), avec des effets négatifs sur la physico-chimie des eaux (concentration de polluants dans les sédiments, hausse de la température, diminution de la teneur en oxygène). L'évaporation plus rapide des eaux stagnantes, associée au phénomène d'eutrophisation et autres effets négatifs sur la physico-chimie du cours d'eau, ne contribue pas non plus à la lutte contre le changement climatique, mais ne fait à l'inverse qu'en accélérer les effets. Dans l'objectif gouvernemental de transition énergétique et de production d'énergie hydroélectrique, il est préconisé de réduire l'impact des installations existantes tout en augmentant leurs performances ou leur production, au titre notamment de la convention d'engagements pour le développement d'une hydroélectricité durable signée le 23 juin 2010. L'objectif est donc de trouver un compromis entre la suppression de certains obstacles dans les rivières pour rétablir le bon état de celles-ci et l'équipement des ouvrages existants pour en améliorer la performance, ainsi que la maîtrise du développement de nouvelles installations vers les zones les plus propices et les moins sensibles aux impacts de l'hydroélectricité. La transition énergétique peut donc être assurée sans méconnaître les exigences biologiques et physico-chimiques des cours d'eau, elles-mêmes au service de la lutte contre les effets du changement climatique.