L'utilisation des services d'autoroute ferroviaire se heurte à des contraintes techniques pour le transport de véhicule de tourisme. En effet, l'autorisation de mise en exploitation commerciale des wagons et des systèmes au sol des services d'autoroute ferroviaire existants concerne le chargement et le transport des poids lourds. Au-delà de l'enjeu d'adéquation des matériels et des chargements, se pose la question de l'équilibre économique de services d'autoroute ferroviaire qui accueilleraient des véhicules légers, les recettes commerciales que pourrait en tirer un exploitant n'étant pas en rapport avec les charges d'investissement et d'immobilisation de matériels lourds conçus pour le transport de véhicules d'une masse élevée et les besoins des utilisateurs de services d'auto/train connaissant de fortes variations saisonnières. Par ailleurs, il semble que les bassins de population identifiés par l'association des usagers du transport auto/train comme pertinents pour l'implantation de nouvelles dessertes d'auto-train ne correspondent pas aux localisations retenues pour l'implantation des terminaux d'autoroute ferroviaire existants, tournés principalement vers les flux de transit ou d'échanges internationaux de marchandises. Attaché au développement de l'activité auto-train, le Gouvernement est attentif à ce que ce service de transport écologique réponde aux attentes, aux besoins et qu'il en soit fait une exploitation équilibrée et de qualité par l'entreprise publique. La SNCF a engagé un plan d'action pour renforcer l'accessibilité et l'attractivité de son offre : information en ligne sur les heures de chargement et de déchargement du véhicule, création d'un service voiturier, permettant au voyageur de ne pas se déplacer pour déposer ou récupérer son véhicule, etc... La politique tarifaire a également été réorientée : le prix moyen est plus bas et la gamme est élargie, en fonction du jour de son départ et de l'anticipation de son achat, alors qu'auparavant, il était uniquement proposé un tarif en basse saison et un autre en haute saison. L'ensemble de ces mesures a contribué à l'accroissement du trafic auto-train qui a progressé de 14 % entre 2008 et 2011.