La « zone de recherche et développement » d'un pôle de compétitivité est le territoire du pôle concentrant l'essentiel des moyens de R&D du pôle. Elle est définie par décret en Conseil d'Etat et est distincte du territoire du pôle de compétitivité. Elle ouvrait droit au bonus de taux de financement dans le cadre de projets présentés au FUI (Fonds unique interministériel) pour les PME ainsi qu'à des exonérations fiscales relevant d'impôts nationaux et locaux. Pour autant, son rôle a évolué depuis la mise en place de la politique des pôles. Les exonérations fiscales associées aux zones de R&D sont apparues comme peu utilisées et complexes tant pour les entreprises que pour les structures de gouvernance des pôles de compétitivité et l'Etat. Aussi, il a été décidé, dans un premier temps, de supprimer ces exonérations fiscales. L'article 59 de la troisième loi de finances rectificative pour 2009 a supprimé les exonérations fiscales pour les deux impôts d'État (impôt sur les sociétés, impôt sur le revenu). L'article 15 de la loi de finances rectificative pour 2013 a supprimé les avantages fiscaux relevant des collectivités territoriales (contribution économique territoriale et taxe foncière sur les propriétés bâties). Dans un second temps, le comité technique de la politique des pôles de compétitivité a décidé, en mars 2014, de ne plus utiliser les zones de recherche et développement des pôles de compétitivité dans les appels à projets du FUI, mais d'élargir aux territoires des pôles définis par les régions dans un souci d'homogénéité, de simplification et d'équité entre pôles. Cette décision a été rendue effective dès le lancement du 19ème appel à projets du FUI, c'est-à-dire dès septembre 2014. La bonification accordée aux PME participant à un projet déposé au FUI concerne désormais celles situées dans la (ou les) région (s) définissant le territoire du pôle de compétitivité.