Par arrêté du 24 septembre 2013, le ministre de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt a agréé l'association du « fonds national de mutualisation des risques sanitaires et environnementaux » (FMSE) en tant que fonds de mutualisation au titre de l'article L. 361-3 du code rural et de la pêche maritime. Depuis cette date, le FMSE est opérationnel en tant que fonds de mutualisation pour l'ensemble du territoire métropolitain et les agriculteurs ont obligation de s'y affilier. La section commune du FMSE est financée au moyen d'une contribution de 20 € par exploitant, prélevée par les caisses de la mutualité sociale agricole (MSA). Le paiement de la cotisation au titre de l'année 2013 est intervenu au mois d'octobre 2013. Le FMSE peut désormais contribuer à l'indemnisation de tout producteur affilié au fonds ayant subi des pertes économiques en raison de l'apparition d'un évènement sanitaire ou environnemental. Pour ce faire, le FMSE devra, après la survenance de chaque évènement sanitaire ou environnemental, présenter un programme d'indemnisation qui sera instruit par le ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, afin d'en déterminer l'éligibilité au regard des dispositions fixées par la règlementation. Après avis du comité national de gestion des risques en agriculture (CNGRA), un arrêté du ministre de l'agriculture précisera, pour l'évènement considéré, la zone géographique et le type de pertes concernés ainsi que le taux de participation publique aux indemnisations. Le versement par le FMSE de l'indemnisation aux agriculteurs sinistrés interviendra dans un délai de trois mois après la publication de cet arrêté. A ce jour le FMSE comporte trois sections spécialisées opérationnelles pour le maïs, les plants de pommes de terre et la filière porcine. La mise en place d'autres sections spécialisées est envisagée dans les prochains mois concernant les fruits, les pommes de terre et les ruminants. Par la suite le FMSE prévoit de mettre en place des sections sur d'autres productions (tomates et légumes transformés, légumes, pépiniéristes, viticulture, équidés, aviculture, apiculture, betterave).