De nombreuses exploitations arboricoles de la région Languedoc-Roussillon sont touchées par le virus Plum pox virus, agent causal de la maladie de la Sharka. En 2011, une caisse de solidarité a été mise en place par les professionnels avec l'appui des services du ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt afin d'indemniser les agriculteurs ayant subi des pertes économiques occasionnées par la Sharka. L'arrêté du 31 août 2011 indique que les indemnisations versées par l'organisme gestionnaire de la caisse de solidarité pourront bénéficier d'un financement conjoint de l'État, à hauteur de 65 %, et des professionnels à hauteur de 35%. La finalisation du paiement des indemnisations ayant pour objet de compenser les pertes économiques consécutives aux arrachages d'arbres effectués en 2011 et 2012 est intervenue au cours du premier semestre 2014, en raison d'un versement tardif de la part professionnelle et de la nécessité d'agréer un nouvel organisme gestionnaire de la caisse de solidarité. L'agrément du Fonds national agricole de mutualisation sanitaire et environnementale (FMSE) est intervenu le 27 mai 2014. En vertu de cet agrément, le FMSE a honoré le 1er juillet 2014 le paiement de la part professionnelle correspondant aux campagnes sanitaires de 2011 et 2012. En application de l'arrêté du 31 août 2011, le complément de la part État des indemnisations 2012 a été versé le 7 juillet 2014. En accord avec les organisations professionnelles, le FMSE a désormais vocation à exercer les missions auparavant confiées à la caisse de solidarité. Le FMSE, agréé en tant que fonds de mutualisation par arrêté du ministre de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt en date du 24 septembre 2013 et au sein duquel une section pour les producteurs de fruits a été créée le 18 janvier 2014, a déposé courant 2014 un programme visant à l'indemnisation des agriculteurs concernés en 2013 par des arrachages d'arbres contaminés par la Sharka. Les indemnisations versées au titre de ce programme, approuvé par arrêté du 13 août 2014, bénéficieront d'une contribution publique au taux maximal de 65 %. Ce programme prévoit notamment l'indemnisation, pour un montant estimé à 2,6 millions d'euros, de 340 arboriculteurs du département des Pyrénées-Orientales.