Dans le domaine de la lutte contre les navires pris en flagrant délit de rejet illicite au-delà des eaux territoriales d'un Etat côtier, le dispositif mis en place par la France depuis plus d'une dizaine d'armées a montré son efficacité avec une moyenne de 370 rapports de pollutions (SITREP) établis par les centres régionaux opérationnels de surveillance et de sauvetage (CROSS). Sur la base des procès verbaux d'infraction qui ont été établis en dix ans (de 2002 à 2011), les autorités judiciaires ont prononcé des cautions à hauteur cumulée de 17 millions d'euros et des condamnations en première instance à hauteur cumulée de 18 millions d'euros. Chaque fois que le flagrant délit était établi, des sanctions importantes allant jusqu'à 800 000 euros ont été prononcées. Ce dispositif est d'autant plus efficace que le cadre pénal de répression des rejets illicites s'est renforcé en 2008, sous l'impulsion de l'Europe, et de manière significative, par la loi n° 2008-757 du 1er août 2008, relative à la responsabilité environnementale et à diverses dispositions d'adaptation au droit communautaire dans le domaine de l'environnement. Ce cadre pénal ne peut toutefois être appliqué que si la France, en tant qu'État côtier, est en mesure d'engager des poursuites en vue de réprimer l'infraction de rejet illicite. Or l'un des grands principes en droit international de la mer est le principe de primauté de juridiction de l'Etat du pavillon. Ce principe est d'ailleurs réaffirmé tant dans la convention MARPOL 73/78 pour la prévention des pollutions par les navires que dans la convention des Nations-Unies sur le droit de la mer (CNUDM) signée ultérieurement à Montego Bay en 1982. L'État côtier peut néanmoins engager des poursuites et juger le dossier au fond sur le fondement de l'article 228 de la CNUDM, selon des conditions précises. L'exception de juridiction de l'Etat côtier peut ainsi être retenue sur la base d'un dommage grave causé à l'Etat côtier ou d'un Etat du pavillon défaillant au terme d'un délai de six mois laissé à l'Etat du pavillon pour (ré)agir. L'ensemble du dispositif a d'ailleurs été réaffirmé par la Chambre criminelle de la Cour de Cassation le 5 mai 2009 à l'occasion de deux dossiers portés à sa connaissance (affaires Trans Artic et Fast Independence). Pour l'Etat côtier, l'action publique s'éteint et les poursuites préalablement suspendues deviennent impossibles avec un jugement rendu par les juridictions de l'Etat du pavillon. Sur la clause spécifique du dommage grave, il n'existe pas à ce jour de définition au niveau international. L'Etat français par l'instruction du 22 février 2012 juge du caractère grave du dommage en fonction de l'importance des opérations de lutte engagées pour limiter ou réduire la pollution et par conséquent l'impact sur l'environnement et ou sur les activités économiques. L'instruction précise alors que le préfet maritime de la façade concernée ou le délégué du Gouvernement pour l'outre-mer établissent sur ces points un rapport qui est transmis à l'Etat du pavillon via le ministère des affaires étrangères. La clause du caractère grave du dommage n'a pas, à ce jour, été mise en pratique.