En 1974, par une décision intervenue en matière fiscale, le Conseil d'État a considéré que, dans l'exercice de leur mandat sanitaire, les vétérinaires avaient la qualité d'agents non-titulaires de l'État et que leur rémunération constituait un salaire. La loi n° 89-412 du 22 juin 1989 a prévu qu'à compter du 1er janvier 1990 ces rémunérations seraient assimilées, au regard de la législation fiscale et sociale, à des revenus tirés de l'exercice d'une profession libérale (article L. 215-8 devenu article L.221-11 du code rural et de la pêche maritime). A partir de 2006, des vétérinaires retraités ont saisi les juridictions administratives pour demander réparation du préjudice lié à l'absence de retraite sur l'activité de vétérinaire sanitaire qu'ils avaient exercée avant 1990. Par deux décisions du 14 novembre 2011, le Conseil d'État a jugé que les vétérinaires pouvaient recevoir une indemnité correspondant d'une part, à 100 % du montant des pensions dont ils n'avaient pas bénéficié depuis leur départ à la retraite et, d'autre part, au montant des cotisations patronales et salariales à verser à la caisse d'assurance vieillesse pour bénéficier à l'avenir de la pension correspondant à l'activité exercée dans le cadre du mandat sanitaire. Compte tenu du sens des arrêts du Conseil d'État, le ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt a choisi de mettre en place une procédure harmonisée de traitement des demandes d'indemnisation des vétérinaires sanitaires, dite « procédure de transaction ». Celle-ci a été définie par une note de service en date du 24 avril 2012. Cette instruction permet d'estimer les montants versés à chaque vétérinaire sanitaire durant l'exercice du mandat. Parallèlement, le ministère chargé de l'agriculture a participé à un certain nombre de travaux interministériels afin de finaliser la procédure transactionnelle, ce qui suppose la mobilisation des différentes administrations concernées et a généré un délai de traitement relativement conséquent. A ce jour, les modalités de mise en application de la procédure de transaction sont en passe d'être finalisées et des échanges réguliers ont lieu avec les représentants de la profession vétérinaire pour les tenir informés des travaux en cours. Les premiers protocoles d'accord amiable devraient être signés dans les semaines qui viennent. Le règlement des dossiers éligibles concernera en priorité, avant la fin de l'année 2014, les vétérinaires ayant déjà fait valoir leurs droits à la retraite ainsi que ceux qui devraient cesser leur activité en 2014.