Depuis l'entrée en vigueur de la loi sur l'eau en 1992, certains projets d'aménagement dont le rejet des eaux pluviales s'effectue vers le milieu naturel sont soumis aux exigences de la rubrique 2.1.5.0 de l'article R. 214-1 du code de l'environnement. À ce titre, les sociétés autoroutières concédantes doivent mettre en place des mesures de gestion des eaux pluviales. L'autoroute A36 ayant été mise en service dans les années 1970, la société autoroutière concédante n'était pas encore soumise à ces exigences environnementales. Toutefois, à la suite de la publication de la loi sur l'eau de 1992, elle a dû réaliser les travaux nécessaires afin d'intercepter les pollutions dues au ruissellement des eaux pluviales en provenance de ses voiries. Pour l'autoroute A36, les premières installations de traitement des eaux pluviales ont été réalisées dans les secteurs de captage d'eau, notamment par la mise en place de bassins de traitement d'eaux pluviales ou l'installation de dispositifs de traitement des eaux. De plus, conformément à la loi sur l'eau précitée, les rejets autoroutiers ont été déclarés en préfecture en décembre 1994. L'article L. 214-6 modifié du 18 juillet 2005 a permis de régulariser les infrastructures liées à cette autoroute au titre de la loi sur l'eau. Depuis 2006, plusieurs opérations ont également été instruites par la direction départementale des territoires (DDT), au titre de la police de l'eau. À ce jour, sur le tronçon de l'autoroute situé sur le département du Doubs représentant environ 100 km, les secteurs dont les eaux sont traitées totalisent environ 24 km. Sur les zones non traitées, l'impact des rejets des eaux pluviales sur le milieu naturel semble limité, la plupart des eaux débouchant dans des fossés ou en infiltration directe dans le sol. Néanmoins, des secteurs sensibles demeurent, certains ayant déjà été identifiés par la DDT, et feront l'objet d'actions de protection spécifiques. Afin d'améliorer la protection des milieux aquatiques longeant l'autoroute A36, les services de la DDT ont rencontré la société APRR à plusieurs reprises ces dernières années. À la suite de ces rencontres, la problématique des rejets est mieux prise en compte dans les programmes de travaux de la société qui prévoit des améliorations de ses rejets. Les actions déjà mises en place par la DDT, en concertation avec l'APRR, vont être poursuivies afin d'améliorer la prise en compte des rejets autoroutiers, en particulier au niveau des points de rejets sensibles, et d'étudier les solutions pouvant être mises en oeuvre. En complément et en application de l'article L. 214-3 du code de l'environnement, si une pollution est constatée à la suite d'une mauvaise gestion des eaux pluviales provenant de l'autoroute A36, le préfet peut être saisi pour fixer des prescriptions spécifiques afin d'y remédier. Si cela s'avère justifié, il pourra alors imposer à la société APRR d'installer des ouvrages de gestion et de traitement des eaux pluviales.