En application de l'article 107 de la loi no 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale, les fonctionnaires nommés dans des emplois permanents à temps non complet sont affiliés à la caisse nationale de retraite des agents des collectivités locales (CNRACL), s'ils consacrent à leur service un nombre minimal d'heures de travail fixé par délibération de la caisse. Le conseil d'administration de la CNRACL du 3 octobre 2001 a fixé ce seuil d'affiliation aux 4/5ème de la durée légale hebdomadaire du travail des fonctionnaires à temps complet, soit à 28 heures. Les fonctionnaires territoriaux à temps non complet, dont la durée de travail hebdomadaire est inférieure à 28 heures, ne relèvent pas du régime de retraite de la CNRACL mais sont affiliés à l'institution de retraite complémentaire des agents non titulaires de l'Etat et des collectivités publiques (IRCANTEC). Les modalités de la protection sociale dont ils bénéficient sont prévues au décret no 91-298 du 20 mars 1991 portant dispositions statutaires applicables aux fonctionnaires territoriaux nommés dans des emplois permanents à temps non complet. Pour l'ensemble des risques maladie, maternité, invalidité, vieillesse, décès et accident du travail, ils sont couverts par le régime général de sécurité sociale. Ils ne bénéficient pas de congés de longue maladie, ni de longue durée. Toutefois, en cas d'affection dûment constatée les mettant dans l'impossibilité d'exercer leur activité, nécessitant un traitement et des soins prolongés et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée, ces fonctionnaires affiliés à l'IRCANTEC peuvent prétendre au congé de grave maladie, qui est un congé réglementé par des dispositions spécifiques fixées par le décret du 20 mars 1991 (article 36). Pendant ce congé d'une durée maximale de trois ans, le fonctionnaire conserve l'intégralité de son traitement pendant douze mois, puis la moitié pendant les vingt-quatre mois suivants. Ce congé, qui s'apparente au congé de longue maladie des autres fonctionnaires, apporte ainsi des garanties aux fonctionnaires à temps non complet, exerçant pour une durée inférieure à 28 heures par semaine, qui sont atteints d'une grave maladie. Cette différence, au demeurant limitée, étant liée à l'existence de deux régimes de protection sociale distincts, il ne peut être envisagé une harmonisation sur un seul point sans une réflexion plus approfondie sur une analyse globale et la prise en compte de l'équilibre financier de chacun des régimes.