Selon l'article L. 1331-1-1 du code de la santé publique, « les immeubles non raccordés au réseau public de collecte des eaux usées sont équipés d'une installation d'assainissement non collectif […]. Cette obligation ne s'applique […] ni aux immeubles qui sont raccordés à une installation d'épuration industrielle ou agricole, sous réserve d'une convention entre la commune et le propriétaire définissant les conditions, notamment financières, de raccordement de ces effluents privés. » Ainsi, les effluents domestiques des habitations d'une exploitation agricole peuvent, pour éviter de construire une installation d'assainissement non collectif, être raccordés à une installation de traitement des effluents agricoles. Cette possibilité n'est autorisée que pour les unités de traitement proprement dites répondant à la réglementation en vigueur et non de simples unités de stockage (type fosses à lisiers). Il est aussi conseillé de réaliser un traitement primaire préalable des eaux usées domestiques par un système de type fosse toutes eaux avant raccordement. Dans ce cas, le service public d'assainissement non collectif contrôle ce qui se situe en amont du raccordement de l'habitation à l'installation de traitement des effluents agricoles et peut autoriser ce raccordement en signant une convention avec le propriétaire de l'habitation (voir modèle proposé dans l'article « L'assainissement des habitations des éleveurs : traitement conjoint de leurs eaux usées domestiques et des effluents d'élevage » de C. Boutin, F. Lievyn, S. Potier et J.-L. Ménard publié dans la revue no 7/8 de techniques sciences méthodes en 2014). Les installations de traitement des effluents agricoles doivent répondre, le cas échéant, au réglement sanitaire départemental ou au régime des installations classées pour la protection de l'environnement. L'article L. 1331-15 du code de la santé publique précise que les immeubles destinés à un usage autre que l'habitat et qui ne sont pas soumis à autorisation ou à déclaration « doivent être dotés d'un dispositif de traitement des effluents autres que domestiques, adapté à l'importance et à la nature de l'activité et assurant une protection satisfaisante du milieu naturel ».