Le plan d'action national loup pour la période 2013-2017 et la démarche de prospective sur l'avenir du loup en France à l'horizon 2025/2030 actuellement entreprise par les ministères chargés de l'environnement et de l'agriculture, visent la mise en place d'une protection adaptée à chaque type d'exploitation, selon les spécificités territoriales. Le plan d'action loup prévoit de financer à 80 % la mise en place de mesures de protection des troupeaux domestiques. Elles sont constituées de 50 % de crédits nationaux, portés par le ministère chargé de l'agriculture, et de 50 % de cofinancements européens FEADER. Ces aides visent l'embauche de bergers ou la rémunération à l'éleveur du surcoût engendré par le gardiennage renforcé de son troupeau (74 % des montants), l'achat et l'entretien de chiens de protection (18 %), l'achat de clôtures (7 %) et la réalisation d'analyse de vulnérabilité de l'exploitation agricole au risque de prédation (1 %). Dans les cœurs des parcs nationaux, le gardiennage est financé à 100 %. En 2015, 18,2 millions d'euros d'aides ont ainsi été versées aux éleveurs soumis à la prédation lupine. Le ministère chargé de l'environnement a également commandé une étude sur les techniques de détection et d'effarouchement innovantes du loup, au centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement (Cerema) afin d'améliorer la protection des troupeaux. Diverses techniques d'effarouchement, comme les fox lights, sont actuellement utilisées par certains éleveurs. Enfin, il convient de souligner que d'après les constatations de l'office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) les tirs de prélèvement ne visent pas particulièrement les mâles alpha, mais touchent proportionnellement tous les individus membres des meutes. De plus des études semblent montrer que la destruction d'un mâle alpha n'entraine pas la dispersion de la meute.