Des aides spécifiques sont versées, depuis 2003, aux opérateurs de transport combiné pour encourager ce mode de transport en réduisant le différentiel de coûts externes entre les modes massifiés (rail, voie d'eau, maritime courte distance) et la route induit par la rupture de charge inhérente à ce mode de transport. À l'issue de la conférence environnementale 2015, le Gouvernement a souhaité soutenir le développement du transport combiné en prévoyant une bonification de l'aide sur la période 2015-2017 par le fonds de financement de la transition énergétique (FFTE).Ce complément exceptionnel doit permettre d'accompagner les professionnels du transport de marchandises vers un modèle économique compétitif en vertu du protocole conclu en novembre 215 entre les organisations professionnelles et l'État. Après une première tranche versée fin 2016, une deuxième tranche de ce complément exceptionnel viendra renforcer l'aide allouée aux opérateurs à l'occasion des trafics réalisés en 2015. Les conventions afférentes à ces trafics sont actuellement en cours de signature par les opérateurs et les paiements devraient intervenir au cours du 1er trimestre 2017.