L'organisation et le fonctionnement des cultes reconnus en Alsace-Moselle sont régis par des dispositions réglementaires concernant notamment l'intervention de l'Etat (tutelle, rémunération des ministres des cultes concernés), des communes et la création d'établissements publics sui generis tels que les fabriques d'églises (décret du 30 décembre 1809 complété par le décret du 18 mars 1992), le conseil presbytéral (décret du 26 mars 1852), et le consistoire départemental (décret du 10 décembre 1806). Les fabriques d'églises, régies par le décret du 30 décembre 1809 complété par le décret du 18 mars 1992, sont chargées de veiller à l'entretien des édifices cultuels, dont elles sont rarement propriétaires, et de gérer les biens et revenus destinés au bon fonctionnement du culte. En vertu des dispositions combinées des articles 37-3° , 49 et 92 du décret du 30 décembre 1809 modifié, et du 3° de l'article L.2543-3 du code général des collectivités territoriales, les travaux effectués sur ces édifices sont, en cas d'insuffisance des ressources de la fabrique, une charge obligatoire pour la commune. Par conséquent, les dépenses engagées par une commune en Alsace-Moselle, sur un édifice cultuel dont elle n'est pas propriétaire, sont éligibles au Fonds de compensation de la TVA (FCTVA), mais uniquement lorsqu'elles constituent une charge obligatoire pour celle-ci, c'est-à-dire en cas d'insuffisance des ressources du conseil de fabrique. Si, par ailleurs, le conseil de fabrique participe financièrement aux travaux, la somme doit être déduite de l'assiette des dépenses éligibles au fonds. La récupération de la TVA par le biais du FCTVA ne porte donc que sur la part des travaux financée par la commune. En revanche, si une commune réalise des dépenses sur un édifice cultuel dont elle est propriétaire, elle peut bénéficier des attributions du FCTVA pour l'ensemble des dépenses engagées, sans déduction d'une éventuelle participation du conseil de fabrique.