Les lettres de mission font partie des instruments de pilotage des opérateurs. L'inspection générale des finances a notamment constaté que les ministères de tutelle ne prenaient pas suffisamment en compte, dans la rédaction des lettres de mission adressées aux dirigeants d'organismes publics, une déclinaison opérationnelle de celles-ci en lettre d'objectifs, avec des indicateurs qualitatifs et quantitatifs, permettant de mesurer et d'évaluer la performance des dirigeants lorsque la rémunération de ceux-ci prévoit une part variable. Dans le cadre des travaux menés par le groupe interministériel « opérateurs » de la modernisation de l'action publique, une formalisation interministérielle des outils de pilotage des opérateurs, de leurs objectifs et de leurs contenus sera réalisée. Une distinction sera notamment faite entre la lettre de mission traçant les grands objectifs stratégiques donnés au dirigeant pour la durée de son mandat et la lettre d'objectifs annuelle déclinant les objectifs stratégiques en objectifs opérationnels à partir desquels la performance du dirigeant sera évaluée.