La loi de programme du 18 avril 2006 pour la recherche, en créant les pôles de recherche et d'enseignement supérieur (PRES) avait pour objectif de rendre plus lisible l'organisation de l'enseignement et de la recherche sur un territoire en rapprochant universités, grandes écoles et organismes de recherche. 26 PRES créés entre 2007 et 2012 sont en activité aujourd'hui, le PRES « Aix-Marseille université » qui comprenait les universités Aix-Marseille l, 2 et 3 a été dissous par décret du 6 février 2012, les 3 universités ayant fusionné au sein de l'université d'Aix-Marseille le 1er janvier 2012 - 23 ont été créés sous forme d'établissements publics de coopération scientifique (EPCS) - 3 sous forme de fondations de coopération scientifique (FCS). L'ensemble du territoire est à présent structuré autour d'un PRES ou d'une université « fusionnée ». La plupart des PRES regroupent universités et grandes écoles, y compris, pour certains, des écoles sous la tutelle d'autres ministères. La quasi-totalité des grands établissements et des grandes écoles d'ingénieurs sont partie prenante d'un PRES. Les grands organismes de recherche, relativement absents au départ, ont intégré certains PRES ou s'en sont rapprochés, dans le cadre notamment des initiatives d'excellence. Les PRES ont donc constitué un premier pas vers le nécessaire rapprochement entre universités et grandes écoles et c'est un acquis qui doit être préservé. Comme l'ont montré les rapports successifs de l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale et de la recherche et de la Cour des Comptes, le bilan des PRES est un bilan en demi-teinte, les compétences transférées par les membres ayant été relativement faibles, alors que les dispositions de la loi du 13 décembre 2010 ouvrent des perspectives nouvelles pour les établissements membres des PRES qui s'engagent dans un transfert effectif de compétences en donnant notamment aux PRES sous statut d'établissement public de coopération scientifique (EPCS) la capacité de délivrer des diplômes nationaux. Les EPCS peuvent également se voir confier la maîtrise d'ouvrage des constructions universitaires. Les PRES en revanche ont été, sur la majorité des sites, le point naturel de préparation et de coordination des réponses des établissements aux appels à projets du plan campus et des investissements d'avenir et ont été à cette occasion, des lieux de dialogue entre les différentes composantes de notre système d'enseignement supérieur et de recherche.