En tant que fondation reconnue d'utilité publique (FRUP), l'institut Pasteur, créé en 1887, a la capacité juridique de recevoir des libéralités telles que des dons manuels qui permettent des déductions fiscales au profit des donateurs dans les limites fixées par la loi, des donations par acte authentique donnant lieu également à des déductions fiscales au profit des donateurs, la fondation bénéficiant d'un régime particulier, des legs consentis par testament donnant lieu à des exonérations en matière de droits de succession à titre gratuit. En matière de pratiques et de transparence, il est rappelé que les dons sont utilisés dans l'année pour la recherche et placés en tant que « produits d'exploitation » dans la comptabilité de l'institut. Chaque don est identifié et tracé afin de s'assurer qu'il est employé conformément au souhait de son donateur ; les libéralités issues de plus de 300 000 €, qui sont rares, font même l'objet d'un contrat afin d'en préciser l'utilisation. Les legs de plus de 300 000 € constituent des ressources exceptionnelles qui sont versées au fonds de dotation dont les dividendes contribuent au budget de l'institut ; ils sont suivis et contrôlés par le comité de la charte et le service des legs qui a reçu, dès 2011, la certification ISO 9001-2008 de l'AFNOR (association française de normalisation), cas unique parmi les fondations. L'institut Pasteur établit et publie des comptes annuels conformément au règlement n° 2009-01 du 3 décembre 2009 relatif aux règles comptables applicables aux fondations et fonds de dotation et modifiant le règlement n° 99-01 du comité de la règlementation comptable. Ses comptes doivent être certifiés par un commissaire aux comptes qui veille à la sincérité des informations comptables et financières qu'il retrace dans un rapport financier (cf. article L 823-12). Le conseil d'administration (CA) de l'institut Pasteur comprend des représentants des ministres chargés du budget, de la recherche et de la santé (article 3 des statuts). L'ensemble des documents budgétaires et comptables sont adressés à ces ministres qui approuvent chaque année un rapport spécial les complétant (article 9 des statuts). Les membres du CA sont, par ailleurs, régulièrement informés des évolutions et des ajustements de la politique d'investissements que l'Institut Pasteur met en oeuvre afin de réduire les risques afférents à son portefeuille. Le dispositif de suivi administratif et financier est considéré comme satisfaisant et donne la transparence nécessaire au suivi des décisions prises en matière d'utilisation des fonds collectés par l'institut Pasteur.