Le ministère approuve cette recommandation de la Cour des comptes et encourage les bonnes pratiques de gestion et de suivi des congés des établissements publics scientifiques et technologiques. La mise en oeuvre des systèmes de validation et de suivi des jours de congés des différents personnels ainsi que l'évaluation de l'impact financier du dispositif du compte épargne-temps relèvent des établissements. Certains organismes ont d'ores et déjà déployé un logiciel visant à fiabiliser les procédures de déclaration et de suivi des congés des personnels en 2013 et 2014, permettant un meilleur contrôle de l'utilisation du dispositif du compte épargne-temps.