Les agents contractuels des établissements relevant de la loi du 9 janvier 1986 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique hospitalière sont régis par le décret du 6 février 1991 dont l'article 4 prévoit que : « Outre sa date d'effet et la définition des fonctions occupées, le contrat détermine les conditions d'emploi de l'agent et notamment les modalités de sa rémunération. [...] » Les agents contractuels ne peuvent percevoir les primes ou indemnités des fonctionnaires et stagiaires de la fonction publique hospitalière, à moins que leur versement ne soit explicitement prévu par les textes réglementaires les instaurant, comme par exemple l'indemnité de sujétion spéciale pour les agents contractuels exerçant des fonctions similaires à celle des personnels titulaires, la prime spéciale de sujétion et la prime forfaitaire des aides-soignants, les indemnités horaires pour travaux supplémentaires, l'indemnité forfaitaire de risque, l'indemnité forfaitaire pour travail des dimanches et jours fériés ou les indemnités pour travaux supplémentaires, travaux de nuit et des dimanches et jours fériés. La création des primes et indemnités relève exclusivement de la compétence du pouvoir réglementaire. Ces règles ne sont pas pour autant constitutives d'une différence de traitement, le Conseil d'Etat ayant jugé, dans sa décision n° 322206 du 16 mars 2011, que « les agents contractuels et les fonctionnaires titulaires ne se trouvent pas dans la même situation juridique au regard du service public ; que, par suite, l'administration n'est pas tenue de soumettre les uns et les autres à la même réglementation, notamment en ce qui concerne les modalités de leur rémunération ». Ainsi, s'ils ne peuvent verser aux agents contractuels les primes ou indemnités réservées aux fonctionnaires, les établissements peuvent en revanche fixer, par la voie du contrat, un montant global de rémunération correspondant à la rémunération principale et aux primes et indemnités que perçoivent des agents titulaires exerçant les mêmes fonctions et ayant la même expérience.