Conformément aux dispositions de l'article L. 2113-19 du code général des collectivités territoriales (CGCT), les maires délégués et leurs adjoints peuvent bénéficier d'un régime indemnitaire. Ils ne peuvent cumuler leurs indemnités de fonction avec celles qu'ils pourraient percevoir en tant qu'adjoints au maire de la commune nouvelle. Le régime indemnitaire des élus de la commune déléguée est voté par l'organe délibérant de la commune nouvelle, son barème étant calculé en fonction de la population de la commune déléguée. Le conseil municipal de la commune nouvelle a la possibilité de moduler les indemnités des adjoints de la commune nouvelle d'une part et des maires délégués d'autre part, dans la limite des enveloppes définies respectivement pour la commune nouvelle et chacune des communes déléguées. Cette possibilité de modulation des indemnités est assouplie par la loi no 2016-1500 du 8 novembre 2016 tendant à permettre le maintien des communes associées, sous forme de communes déléguées, en cas de création d'une commune nouvelle. Elle inscrit, en son article 5, la possibilité à tous les conseils municipaux, sur demande du maire, de moduler voire supprimer son indemnité, quelle que soit la population de la commune. Enfin, les conseillers des communes déléguées, en tant que membres du conseil municipal de la commune nouvelle, peuvent bénéficier d'un régime indemnitaire (article L 2113.12 du CGCT).