Le cormoran est protégé au titre du régime général de protection de toutes les espèces d'oiseaux visées à l'article 1er de la directive 2009/147/CE relative à la conservation des oiseaux sauvages. Conformément au code de l'environnement il est toutefois possible de déroger à l'interdiction de destruction des spécimens, notamment pour prévenir des dommages importants aux piscicultures. Ces dérogations peuvent en effet être accordées par les préfets des départements dans lesquels ont été constatés des dégâts sur les piscicultures ou les eaux libres, dans le respect des conditions générales énoncées par un arrêté ministériel du 26 novembre 2010. Pour limiter la sédentarisation des cormorans à proximité des piscicultures, des possibilités facilitées d'intervention sur les sites de reproduction ont par ailleurs été aménagées, en complément des tirs autorisés pour l'élimination des adultes. Dans les zones où la contribution de la pisciculture extensive à l'entretien des milieux est reconnue, un allongement de la période de tir pour l'élimination des cormorans adultes est autorisé, afin de limiter l'installation des nicheurs. Enfin des opérations de destruction de nids et d'oeufs de cormorans à proximité des piscicultures peuvent être autorisées par arrêté motivé, après consultation locale des partenaires concernés. Les quotas départementaux dans les limites desquelles les dérogations peuvent être octroyées tiennent compte de l'évolution constatée de la population de cormorans. Leur volume a doublé au cours de la dernière décennie. Un arrêté ministériel du 10 septembre 2014 a fixé ces quotas départementaux pour la période 2014-2015. Le quota attribué dans ce cadre au département de la Vendée est de 1 700 cormorans ainsi répartis : 1 450 spécimens pour prévenir des dommages importants aux piscicultures et 250 spécimens en eaux libres pour prévenir les risques présentés par la prédation du grand cormoran pour les espèces de poissons protégées. Les dérogations accordées sur cette base constituent un levier essentiel pour concilier la pérennité de l'espèce, la protection des intérêts économiques et celle du milieu aquatique.