La mise en oeuvre de la politique de gestion des risques d'inondation s'appuie, au sein de l'État, sur quatre échelons de responsabilité selon un partage de compétences complémentaire. L'échelon national est chargé d'élaborer et de mettre en oeuvre la politique relative à la connaissance, l'évaluation et la prévention des inondations. Il fixe les grands principes, le cadre réglementaire et répartit les moyens humains entre les différentes régions et les moyens financiers entre les différents bassins. Le préfet coordonnateur de bassin anime et coordonne la politique de l'État dans le domaine de l'eau. Il élabore et arrête le plan de gestion des risques inondation (PGRI) en coordination avec les mises à jour des schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE). Le préfet de région est le garant de la cohérence de l'action de l'État dans la région. Il a autorité sur les préfets de département, sauf en matière de contrôle administratif, d'ordre public et de sécurité des populations et dispose d'un pouvoir d'évocation. Le préfet de département met en oeuvre la politique de l'État en matière de gestion des inondations. Il est sur le terrain l'ensemblier des différentes politiques de l'État. La mission d'évaluation à mi-parcours du plan submersions rapides (PSR) formule plusieurs recommandations d'amélioration de cette organisation, dans son rapport de mars 2014. Elle propose de déconcentrer au niveau bassin la labellisation de tous les programmes d'action de prévention des inondations (PAPI) et de doter le préfet coordonnateur de bassin d'un pouvoir d'évocation sur les préfets de département. Par dérogation à ces principes la mission recommande, sur le littoral, de faire du niveau régional l'échelon de coordination et de suivi de la prévention des risques de submersion marines. Elle recommande enfin que, de façon spécifique au littoral le plus touché par Xynthia, situé entre les estuaires de la Loire et de la Gironde, la coordination des doctrines de l'État, partagées entre deux bassins, trois régions et deux départements, soit exercée par un haut-fonctionnaire placé sous l'autorité du Préfet de bassin Loire-Bretagne. Les recommandations de la mission d'évaluation tendent à accroître les compétences du niveau bassin. Cette évolution est en cohérence avec la mise en oeuvre de la directive inondation, ainsi qu'avec la gouvernance de la politique de l'eau, nécessairement coordonnée à celle de gestion du risque inondation. Aussi la déconcentration du dispositif de labellisation des programmes d'action de prévention des inondations est actuellement étudiée par le Gouvernement, en lien avec la commission mixte inondation qui est l'instance notamment en charge de labelliser les projets PAPI d'un montant supérieur à 3 millions d'euros. De plus, la loi n° 2015-29 du 16 janvier 2015 relative à la délimitation des régions, aux élections régionales et départementales et modifiant le calendrier électoral, conduit à ce que plusieurs bassins hydrographiques soient désormais inscrits dans le périmètre d'une seule région, simplifiant ainsi l'articulation entre le niveau bassin et le niveau région. S'agissant du partage des responsabilités des différents échelons de l'État sur le littoral, cette loi simplifie également la coordination des services de l'État et renforce la pertinence de celle-ci à l'échelon régional, notamment sur la façade atlantique. Enfin, compte tenu de la complexité des dossiers et programmes présentés par les acteurs locaux en limite des départements de Charente-Maritime et de Vendée dans la baie de l'Aiguillon, une coordination interrégionale a été mise en place et confiée à la Préfète de la région Poitou-Charente, au titre de sa mission sur la marais poitevin. Cette coordination permet de garantir une cohérence des hypothèses et des objectifs de protection, ainsi qu'une stratégie commune partagée avec les trois programmes PAPI concernés. Sans avoir eu recours à un haut fonctionnaire dédié à cette mission, cette coordination interrégionale s'appuie sur des expertises de haut niveau avec le concours régulier du centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement (CEREMA) et du conseil général de l'environnement et du développement durable (CGEDD), ce qui doit lui permettre de conduire à l'adoption de projets cohérents.