L'affouage est en général attribué en hiver. Les travaux peuvent commencer à différentes périodes, notamment celles où les arbres ont cessé leur montée de sève. En général, il est imposé une date limitepour l'abattage des arbres et le façonnage des piles. La période de nidification des oiseaux se situe entre le début du mois de mars et la fin du mois de juillet environ. En dehors de cette période, les travaux d'affouage ne détruisent pas des nids, en taillant arbres et arbustes. L'arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire, interdit notamment la destruction ou l'enlèvement des œufs, des nids et des individus, ainsi que la perturbation intentionnelle des oiseaux, en particulier pendant la période de reproduction et de dépendance, pour autant que la perturbation remette en cause le bon accomplissement des cycles biologiques de l'espèce considérée. La protection des espèces sauvages apparaît parfaitement compatible avec les périodes les plus appropriées pour la réalisation des coupes d'affouage.