L'arrêté du 26 février 2008 relatif à la lutte contre les salmonelles en filière ponte oeufs de consommation prévoit un dépistage obligatoire des salmonelles et l'application de mesures sanitaires particulières visant les troupeaux de poules pondeuses détectés positifs vis-à-vis des sérovars de salmonella enteritidis et salmonella typhimurium, ciblés en raison de leur fréquence et de leur risque pour la santé publique. Cet arrêté est pris en application de la réglementation européenne, notamment du règlement (CE) n° 517/2011 qui définit de manière précise les types de prélèvements à effectuer dans le cadre du dépistage obligatoire. En l'occurrence, les prélèvements imposés par ce règlement visent bien en priorité l'environnement de l'élevage, à savoir essentiellement le bâtiment hébergeant les volailles et non les volailles elles-mêmes ni leurs produits (oeufs). L'objectif de la réglementation est en effet d'assainir durablement les lieux d'hébergement des volailles de façon à éviter la persistance des salmonelles ainsi que toute transmission aux lots suivants mis en place dans les mêmes bâtiments. Dans cette optique, les opérations de nettoyage et de désinfection de l'environnement des volailles, qui s'appliquent principalement aux bâtiments d'élevage, font l'objet d'une attention particulière afin de s'assurer de l'élimination complète des salmonelles isolées. En cas de positivité, la priorité étant accordée à l'assainissement in fine des bâtiments d'élevage, l'abattage sanitaire du troupeau contaminé est laissé dans la majorité des cas à l'appréciation de l'éleveur, qui a le choix entre la poursuite de l'exploitation de son troupeau de poules pondeuses et un abattage anticipé par rapport à la date de réforme initialement envisagée. Afin de compenser les pertes financières consécutives à un abattage précoce avant réforme, l'État français a prévu un dispositif spécifique d'indemnisation réservé aux éleveurs adhérant à la charte sanitaire. Le calcul de l'indemnisation correspond à la valeur estimée du troupeau et est basé sur un barème établi en concertation avec les professionnels. Ce dispositif facultatif et incitatif, finalisé par une convention visant le bâtiment d'élevage, est conditionné au respect d'un certain nombre de mesures sanitaires destinées à éviter l'introduction des salmonelles dans l'élevage, qui sont détaillées dans l'annexe A de l'arrêté du 26 février 2008 relatif à la participation financière de l'État à la lutte contre les salmonelles en filière ponte oeufs de consommation. Les difficultés rencontrées pour lutter contre les vecteurs extérieurs dans les élevages de plein air ont été prises en compte dans l'arrêté « financier » précité. Il est précisé à cet effet au point 1. du chapitre 1er de l'annexe A dudit arrêté que, pour ce qui concerne les troupeaux de poules pondeuses avec parcours en plein air, la protection de l'élevage « ne vise pas les oiseaux sauvages ». Il est apparu en effet que les principaux risques de transmission des salmonelles étaient davantage liés à d'autres facteurs, tels que la présence des rongeurs à l'intérieur des bâtiments ou bien la proximité d'élevages d'autres espèces, de volailles ou d'animaux de rente, ne faisant pas l'objet d'un plan de lutte obligatoire contre les salmonelles. Cette tolérance accordée aux élevages de plein air résulte de la difficulté à protéger un parcours plein air vis-à-vis de la faune sauvage mais aussi du fait que les élevages avec parcours plein air présentent des risques de contamination moindres que ceux en bâtiment fermé où la densité des volailles est plus importante et les phénomènes de multiplication microbienne plus élevés, notamment dans les litières. A contrario, un parcours plein air bien drainé, soumis naturellement à l'action assainissante des UV, est moins sujet aux phénomènes de concentration microbienne, de salmonelles en particulier. Les statistiques confirment d'ailleurs cette analyse puisqu'en 2011, 8 élevages de poules pondeuses ont été détectés positifs en agriculture biologique sur un total de 653 élevages prélevés (soit environ 1,2 %), alors qu'à titre de comparaison les élevages de poules pondeuses en cages présentaient un ratio de 20 élevages contaminés sur 834 dépistés (soit environ 2,4 %). Le mode d'élevage des poules pondeuses en plein air, dont font partie les élevages de l'agriculture biologique, ne constitue donc pas un handicap particulier pour les éleveurs souhaitant adhérer à la charte sanitaire, qui ont ainsi la possibilité de se prémunir au même titre que les autres éleveurs contre les risques sanitaires présentés par les salmonelles. Il convient de noter toutefois qu'en cas de poursuite de la production des oeufs de consommation destinés au marché après positivité, ceux-ci sont obligatoirement commercialisés via une casserie où ils subissent systématiquement un traitement thermique assainissant. En termes de santé publique, cette mesure d'assainissement est indispensable compte tenu des risques de transmission des salmonelles à partir des oeufs, car l'excrétion des salmonelles à partir d'un troupeau contaminé est intermittente, de telle sorte qu'il est difficile de se fier aux prélèvements d'oeufs. Pour les élevages de poules pondeuses de petite taille, l'arrêté du 26 février 2008 précité a utilisé la possibilité offerte par la réglementation européenne (règlement CE n° 2160/2003) d'accorder des dérogations au dépistage obligatoire en faveur des producteurs de faible capacité. Les petits producteurs de moins de 250 poules pondeuses qui ne livrent pas leur production à un centre d'emballage et approvisionnent en direct le consommateur final ou le commerce de détail local ne sont pas soumis au dépistage obligatoire. L'objectif est de ne pas léser financièrement ces petits producteurs, qui constituent un risque moindre du fait de leur faible production et de circuits de distribution courts. À l'heure actuelle, il n'est pas prévu de modifier le dispositif en vigueur, qui a fait ses preuves comme l'atteste la réduction constante de la prévalence des salmonelles réglementées chez les troupeaux de poules pondeuses en France (8 % en 2005 à moins de 1,5 % actuellement). Ces résultats confirment le bien-fondé d'une lutte sanitaire misant sur l'assainissement des bâtiments d'élevage. Enfin, le dispositif national lié à la charte sanitaire a également donné satisfaction dans la mesure où il s'inscrit dans une logique d'amélioration constante des règles de biosécurité protégeant les élevages.