L'amélioration de la qualité de l'eau et la restauration des milieux aquatiques nécessite des actions sur de nombreux paramètres : pollutions diffuses et ponctuelles, habitats du lit du cours d'eau, occupation du sol sur les bassins-versants. L'ensemble de ces paramètres est pris en compte dans les documents de planification établis dans le domaine de l'eau : schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE), schémas d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE). Des programmes de mesures définissent les actions (de natures réglementaire et contractuelle), à mettre en oeuvre pour atteindre les objectifs des SDAGE. Les espèces piscicoles ont besoin de circuler entre leurs lieux de reproduction, de croissance, d'alimentation et de repos (c'est particulièrement le cas des espèces migratrices, telles le saumon atlantique et l'anguille européenne, qui vivent alternativement en eau douce et en eau salée). Or, les ouvrages en cours d'eau ont pour conséquence de réduire voire de supprimer les possibilités de migration de ces espèces et d'accomplissement de leur cycle de vie. La qualité des habitats aquatiques est, par ailleurs, également liée au bon fonctionnement du transport sédimentaire, qui peut être perturbé par l'existence de retenues. Les ouvrages en barrage de cours d'eau entraînent également une artificialisation des milieux en amont (remplacement de milieux d'eaux courantes par des milieux d'eaux stagnantes), avec des effets négatifs sur la physico-chimie des eaux (concentration de polluants dans les sédiments, hausse de la température, diminution de la teneur en oxygène), et sur la faune piscicole (ennoiement de frayères). Aussi, un plan d'action pour la restauration de la continuité écologique des cours d'eau a-t-il été lancé en 2009, renforcé ensuite par la mise en oeuvre des classements des cours d'eau issus de la loi sur l'eau et les milieux aquatiques du 30 décembre 2006 (article L. 214-17 du code de l'environnement). Ce plan repose sur des mesures d'aménagement ou de suppression, établies au cas par cas et de manière proportionnée. Les décisions d'intervention sur les ouvrages prises en application de ce plan font toujours l'objet d'une analyse tenant compte des impacts et des enjeux écologiques, de la sécurité, de la dimension patrimoniale éventuelle des ouvrages ou de la gestion de l'eau sur les cours d'eau concernés. Les effacements, qui permettent, contrairement au seul aménagement d'une passe à poissons, de restaurer des zones d'habitats essentielles à la croissance et la reproduction des espèces aquatiques, sont réservés à des ouvrages abandonnés et sans usage et ne sont en aucun cas systématiques. Ce plan ne porte donc pas atteinte de manière significative à l'activité économique. En cas de suppression d'ouvrages, des mesures peuvent être mises en oeuvre afin de faciliter la renaturation du cours d'eau en amont (recréation d'un chenal d'étiage), et limiter l'impact paysager lié à la diminution du niveau d'eau en période d'étiage. Les agences de l'eau sont en mesure d'apporter des subventions adaptées aux différents types d'intervention. Enfin, ce plan ne remet pas en cause les dispositifs de stockage des eaux pluviales, dans la mesure où les dispositifs de rétention des eaux sont déconnectés du cours d'eau.