La Cour des comptes a effectivement rendu public, le 13 octobre 2014, un référé sur les secrétaires généraux et secrétariats généraux de ministères. La Cour y souligne l'intérêt et l'importance de cette fonction, qui s'est généralisée à partir des années 2000 à l'ensemble des ministères. Elle préconise de conforter ces fonctions dans les transformations que l'État doit conduire et pour assurer la maîtrise des finances publiques. C'est bien le choix qu'a fait le Gouvernement en publiant le décret du 24 juillet 2014 relatif aux secrétaires généraux des ministères qui détermine de façon transversale leurs responsabilités (coordination générale, modernisation, efficacité de l'administration centrale dans le travail interministériel, pilotage des services déconcentrés et relations avec les opérateurs, qualité du dialogue social...). Il définit ainsi un socle d'attributions, notamment la mutualisation des fonctions supports mais ne fait pas obstacle à ce que les secrétaires généraux exercent, le cas échéant, des attributions supplémentaires comme le pilotage stratégique des systèmes d'information, le tout dans le cadre d'une rationalisation et d'une meilleure répartition des compétences avec les différentes directions. Enfin, le Premier ministre a rappelé dans sa réponse au référé adressée à la Cour des comptes le 25 septembre 2014 dernier, son engagement très fort sur ce sujet et la désignation du SGMAP afin de coordonner les travaux interministériels permettant au chantier initié par le décret précité d'aboutir. Une lettre de mission a été adressée par le Premier ministre à chaque secrétaire général afin de conforter dans leurs missions chacun des titulaires de ces fonctions et chaque année, durant les trois prochaines années, un point d'étape sera fait au mois de juin avec la Cour.