Dans son étude intitulée « Le numérique et les droits fondamentaux » parue en 2014, le Conseil d'Etat a formulé 50 propositions. Le Conseil d'Etat estime notamment qu'il importe de « préciser, en s'inspirant des dispositions relatives au traitement d'antécédents judiciaires (TAJ) », les conséquences à tirer des décisions judiciaires (classement sans suite, non-lieu, relaxe et acquittement) quant à l'effacement des données relatives aux personnes mises en cause, enregistrées dans le fichier automatisé des empreintes digitales (FAED) et le fichier national automatisé des empreintes génétiques (FNAEG). Evoquant l'arrêt du 18 avril 2013 (M.K. c/ France, no 19522/09) par lequel la Cour Européenne des droits de l'homme a condamné la France en raison des règles relatives au fichier automatisé des empreintes digitales (FAED), le Conseil d'Etat considère que les textes autorisant un fichier devraient définir précisément les conséquences à tirer des décisions judiciaires concernant la personne mise en cause, comme c'est le cas pour le fichier « traitements d'antécédents judiciaires » (TAJ). En effet,  l'article 230-8 du code de procédure pénale relatif au TAJ prévoit des règles d'effacement particulières selon les suites judiciaires qui ont été apportées. Ce texte détermine les cas donnant lieu à effacement des données et ceux donnant lieu à ajout d'une mention qui en interdit l'accès dans le cadre des enquêtes administratives. La loi du 3 juin 2016 renforçant la lutte contre le crime organisé, le terrorisme et leur financement, et améliorant l'efficacité et les garanties de la procédure pénale, récemment adoptée par le Parlement a par ailleurs modifié les dispositions de l'article 230-8 pour indiquer expressément que les décisions de classement sans suite, quel qu'en soit le motif, peuvent donner lieu à effacement des données du fichier sur décision du procureur de la République ou du magistrat chargé du contrôle du fichier. Conformément à la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'homme (CEDH), et notamment aux termes de son arrêt Brunet contre France du 18 septembre 2014, il ajoute également que les décisions du procureur de la République et du magistrat référent sont prises pour des raisons liées à la finalité du fichier au regard de la nature ou des circonstances de commission de l'infraction ou de la personnalité de l'intéressé. S'agissant du FAED, la réglementation a été mise en conformité avec la jurisprudence de la CEDH. Un décret no 2015-1580 du 2 décembre 2015 est en effet venu modifier le décret no 87-249 du 8 avril 1987 relatif au FAED. L'article 7-1 du décret prévoit désormais qu'en cas décision de relaxe ou d'acquittement devenue définitive, les empreintes et informations liées sont automatiquement effacées par le service gestionnaire du fichier. Ce même article prévoit qu'en cas de décision de non-lieu ou de classement sans suite motivée par l'absence d'infraction, l'insuffisance de charges ou l'absence d'identification de l'auteur, il est procédé à l'effacement des empreintes et informations liées enregistrées dans le fichier, sauf si le procureur de la République estime que leur conservation apparaît nécessaire pour des raisons liées à la finalité du fichier au regard de la nature ou des circonstances de commission de l'infraction ou de la personnalité de la personne concernée. Dans les autres situations, et notamment en cas de condamnation ou de classement sans suite motivé autrement que par l'insuffisance de charges, l'effacement des données du fichier est laissée à l'appréciation du procureur de la République saisi sur demande de la personne concernée. S'agissant du FNAEG, un projet de décret contenant des dispositions similaires en cas de relaxe, d'acquittement, de non-lieu ou de classement sans suite et précisant celles de l'article 706-54 du code de procédure pénale devrait être prochainement soumis à la Commission nationale de l'informatique et des libertés.