Pour faciliter l'appropriation des dispositifs de gestion et de restauration des habitats et espèces d'intérêt communautaire du réseau Natura 2000, une exonération totale, sur 5 ans renouvelables, des parts communale et intercommunale de la taxe foncière sur les propriétés non bâties (TFNB) a été instituée par la loi du 23 février 2005 sur le développement des territoires ruraux (article 146 de la loi sur le développement des territoires ruraux (DTR) codifié à l'article 1395 E du code général des impôts) pour les propriétaires de certaines parcelles situées en site Natura 2000 ayant signé une charte ou un contrat Natura 2000. Le principe et le mode de calcul de la compensation par l'État de cette exonération de TFNB a été acté par ce même article 146 de la loi DTR, qui lui n'est pas codifié : le calcul de la compensation se fait sur la base du taux de TFNB voté en 2003. Chaque année depuis 2009, un ensemble de compensations d'exonérations fiscales a été identifié comme variables d'ajustement de la dotation sous enveloppe des collectivités locales, relevant du « contrat de stabilité ». Y figurent les exonérations de TFNB pour Natura 2000, les zones humides et les régénérations forestières, ainsi que les exonérations de taxe foncière sur les propriétés bâties ou de taxe professionnelle. Le ministère en charge de l'écologie n'a pas été associé à cette définition. Les différentes lois de finances depuis celle de 2009 sont ainsi venues ajouter dans l'article 146 de la loi DIR un taux déflateur au mode de calcul de la compensation. Les taux déflateurs annuels se cumulent d'année en année. Le niveau de ce taux déflateur est fixé dans la loi de finances elle-même (article 48 de la loi n° 2008-1425 du 27 décembre 2008 de finances pour 2009, article 47 de la loi n° 2009-1673 du 30 décembre 2009 de finances pour 2010, article 51 de la loi n° 2010-1657 du 29 décembre 2010 de finances pour 2011, article 33 de la loi n° 2011-1977 du 28 décembre 2011 de finances pour 2012 article 31 de la loi n° 2012-1509 du 29 décembre 2012 de finances pour 2013), non pas de manière nominale, mais par le biais d'un ratio entre le total des compensations à venir pour l'année suivante et le total des compensations de l'année écoulée. In fine, les collectivités ont perçu une compensation liée aux exonérations consenties à hauteur de 83 % en 2009, de 78 % en 2011, de 72 % en 2011, de 61 % en 2012, et de 51 % en 2013. Le poids de Natura 2000 dans ces « manques à gagner » pour les collectivités est modeste, puisque le montant total des compensations considérées après minoration est de l'ordre du milliard, et que les compensations N2000 avoisineraient le million. Elles sont cependant non négligeables dans le budget des communes rurales. Ces dispositions peuvent donc constituer un frein significatif à la dynamique mise en place avec les collectivités pour la réussite de la gestion du réseau Natura 2000. En effet, ce remboursement dégressif risque d'induire un rejet de la politique Natura 2000 par les collectivités alors que l'État avait choisi par la loi DTR d'appuyer le processus Natura 2000 sur les acteurs locaux. Cependant, même si le principe de l'exonération était supprimé, celui-ci ne pourrait être rétroactif : les collectivités actuellement en difficulté le resteraient jusqu'à extinction de l'exonération valable pour cinq ans. La ministre des territoires et du logement souhaite donc que le remboursement prévu dans la loi DTR puisse être rétabli. Celui-ci est calculé sur la base de la TFNB de 2003, ce qui occasionne déjà un « manque à gagner » pour les collectivités, mais plus acceptable que la dégressivité actuelle. Il faudrait donc supprimer cette exonération Natura 2000 des « variables d'ajustement » des dotations dites sous enveloppes des concours financiers de l'Etat aux collectivités. Parallèlement, afin de contribuer à la réduction de la dépense fiscale, il pourrait être proposé de limiter les bénéficiaires de l'exonération en excluant, par exemple, les propriétaires publics et les signataires de contrats Natura 2000. Ces deux propositions font actuellement l'objet de discussions avec le ministère des finances.