Les agences de l'eau définissent des programmes pluriannuels d'intervention et des modalités d'aides par thématique et type de projet, sur la base des enjeux identifiés sur leur territoire et dans l'objectif final d'atteindre le bon état des eaux quantitatif ou qualitatif. Actuellement, il s'agit des Xème programmes pluriannuels d'intervention, qui couvrent la période 2013-2018. Ces programmes sont construits sur le fondement d'une concertation élargie avec l'ensemble des usagers de l'eau, et sont votés par les conseils d'administration des agences sur avis conforme du comité de bassin au sein duquel les usagers de l'eau sont représentés. Les aides des agences sont alors attribuées en application de leurs programmes respectifs. Elles peuvent prendre en considération la nature juridique du soumissionnaire, si le conseil d'administration et le comité de bassin ont jugé cet élément comme pertinent au regard des priorités et des impératifs du bassin. Ainsi, certaines agences conditionnent l'éligibilité de leurs aides dans le domaine de la sécurisation, de la distribution et la qualité de l'eau destinée à la consommation humaine sur la base de ce critère, en conformité avec les orientations retenues dans le cadre de son Xème programme. Le Xème programme de l'agence de l'eau Loire-Bretagne précise ainsi que les opérateurs pouvant bénéficier d'une aide de l'agence sur cette thématique, qui inclut les travaux de protection de périmètres de captage (PPC), sont les collectivités locales, leurs groupements ou leurs établissements publics. Ces règles d'éligibilité ont été définies conformément aux modalités de fonctionnement des comités de bassin et des agences de l'eau. Il n'y a donc pas de refus général dans le Xème programme des agences de l'eau de subventionner les associations syndicales autorisées (ASA), ni même au sein d'un programme d'une agence. Au même titre que des coopératives, des entreprises, des structures pratiquant une activité économique concurrentielle, les ASA peuvent percevoir des aides pour certaines actions ciblées. Dans le cas où une ASA estimerait que son projet justifie un soutien qui sortirait des champs d'interventions qui lui sont théoriquement ouverts, celle-ci peut se rapprocher de son agence de rattachement pour étudier dans quelle mesure son cas particulier pourrait être examiné.