La politique d'orientation et d'affectation est conduite par le recteur qui veille à ce que tous les élèves de l'académie aient une affectation conforme aux décisions d'orientation et la plus proche de la filière souhaitée par les élèves et leurs familles. Pour celà, il attribue dans le cadre de l'application Affelnet des points bonus pour que les élèves résidant dans l'académie soient prioritaires sur ceux entrant dans l'académie. Cependant, pour certaines formations dites « inter-académiques » (formations à recrutement national), l'académie d'origine assure un traitement identique de tous les dossiers, que ceux-ci soient issus de l'académie d'origine ou d'une autre académie. En tout état de cause, l'outil de gestion de l'application Affelnet permet au directeur académique des services de l'éducation nationale d'attribuer les bonus manuellement quelle que soit l'origine des candidats, cette possibilité permettant notamment aux élèves frontaliers d'une académie de pouvoir bénéficier d'un traitement identique aux autres élèves de l'académie limitrophe.