L'arrêté du 13 mai 1985, dans sa version en vigueur avant sa modification par l'arrêté du 25 juillet 2011, était en contradiction avec l'article D. 411-3 du code de l'éducation, issu de l'article 20 du décret n° 90-78 du 6 septembre 1990. L'article 7 abrogé de l'arrêté du 13 mai 1985 précisait en effet « qu'un regroupement d'école par niveau pédagogique est considéré comme une seule école [...] » ce qui semblait autoriser la possibilité de procéder à une seule et même élection pour désigner les membres du regroupement pédagogique « considéré comme une seule école » ; les dispositions de l'article D. 411-3 du code de l'éducation prévoient, quant à elles, que « des conseils d'école peuvent décider de se regrouper en un seul conseil pour la durée de l'année scolaire [...] ». Cette contradiction entre les deux dispositifs réglementaires était susceptible de faire naître une confusion. Il n'existe pas de possibilité de procéder à une seule et même élection en cas de regroupement pédagogique intercommunal dit « dispersé ». Dans une telle hypothèse, chaque école rassemble en effet les élèves de plusieurs communes par niveau pédagogique et garde son statut et sa direction d'école comme le précise la circulaire n° 2003-104 du 3 juillet 2003 publiée au BO n° 28 du 10 juillet 2003. Dans ces conditions, le regroupement ne peut être regardé comme constitutif d'une seule école, dotée d'un conseil d'école unique. La réglementation a donc été modifiée afin de lever toute ambiguïté sur l'organisation des élections dans le cadre d'un regroupement d'écoles par niveau pédagogique.