Le rapport de la Cour des comptes met en évidence un certain nombre de pistes d'améliorations dans les différents dispositifs de soutien associés à la mise en oeuvre du paquet énergie-climat. Dans le domaine de l'énergie, le ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, en partenariat avec le ministère de la recherche et de l'enseignement supérieur contribue à la politique de développement d'une offre énergétique diversifiée et compétitive à travers le développement des nouvelles technologies de l'énergie (NTE). En matière de recherche technologique, notamment dans la lutte contre le réchauffement climatique, le programme s'appuie sur les compétences du Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) et de l'Institut Français du pétrole énergies nouvelles (IFPEN). Concernant les NTE, la stratégie du CEA consiste principalement à se concentrer sur deux secteurs consommateurs d'énergie fossile, le bâtiment et les transports, en soutenant l'émergence de nouvelles filières industrielles. Le CEA fait appel à ses compétences dans le domaine des technologies issues du nucléaire, de la micro et nanotechnologies, des matériaux, pour développer notamment les technologies du solaire (en particulier photovoltaïque) les procédés d'électrification des véhicules et les procédés de stockage de l'électricité (batteries, piles à combustible). Dans ce cadre, il privilégie la levée des verrous technologiques en favorisant l'innovation sur les matériaux et les procédés, le développement d'une approche systémique des applications énergétiques incluant les problématiques d'efficacité énergétique (entre le véhicule, le bâtiment, les objets nomades et les modes de consommation énergétiques associés), la mise en place de plateaux techniques ouverts à d'autres acteurs de recherche et aux industriels, ainsi que la réalisation de démonstrateurs. Par ailleurs, des crédits importants sont consacrés au travers des programmes d'investissement d'avenir, mis en oeuvre dans le cas de la transition énergétique par l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (ADEME) et l'Agence nationale de la recherche : instituts de la transition énergétique, partenariats de long terme entre acteurs publics et privés, soutien aux projets de démonstrateurs industriels (énergies renouvelables, réseaux, stojage de l'énergie, etc.. . ). L'ADEME participe également à la mise en oeuvre de cette politique. Elle contribue au financement de projets de recherche en matière d'efficacité énergétique et d'énergies renouvelables, ce qui permet de valoriser les résultats des travaux de recherche et développement de ces dernières années et de préparer leur déploiement dans l'industrie. À ce titre, le Gouvernement considère d'ores et déjà que les politiques de recherche et d'innovation sont une priorité dans le cadre la mise en oeuvre par la France du paquet énergie-climat comme dans celle du développement des nouvelles technologies de l'énergie.