Suite à la décision du ministère des affaires étrangères, en novembre 2011, de rapatrier de Syrie tous les fonctionnaires français, l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger (AEFE) a suspendu fin 2011 sa convention avec le lycée Charles de Gaulle de Damas. Malgré une diminution importante des effectifs des élèves (entre 200 et 250 élèves, contre 925 avant la crise) et le départ des personnels AEFE (résidents et expatriés), l'organisme gestionnaire a tenu à maintenir l'établissement en activité. Il fonctionne avec des personnels enseignants recrutés localement. Les services de l'AEFE sont en contact avec l'établissement par l'intermédiaire du proviseur recruté local qui est un ancien chef d'établissement du réseau à la retraite. Chaque année, il est invité par l'Agence à participer au séminaire AEFE des chefs d'établissements de la zone Proche-Orient. L'établissement a pu compter sur le soutien du conseiller culturel et de coopération adjoint au Liban, du coordonnateur délégué de la direction de l'AEFE pour la zone proche et Moyen-Orient et du service pédagogique de l'Agence. La présidente et le trésorier du conseil de gestion ont été reçus au siège de l'Agence de l'enseignement français à l'étranger à plusieurs reprises depuis la suspension de la convention. Les bourses scolaires sur critères sociaux continuent à être versées aux élèves français qui peuvent y prétendre. En l'absence de service consulaire, les dossiers sont instruits directement par le service de l'aide à la scolarité de l'Agence. D'un point de vue budgétaire, le remboursement de l'emprunt contracté au moment de la construction du nouveau lycée a été assumé par l'ANEFE (association nationale pour les écoles françaises à l'étranger) pour les trois derniers exercices. Les élèves du lycée sont préparés aux examens français et inscrits au baccalauréat avec ceux du Liban afin qu'ils passent l'examen dans les meilleures conditions possibles. Les élèves de troisième, quant à eux, passent les épreuves du diplôme national du brevet à Damas. L'établissement est resté homologué par le ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche, ce qui le maintient dans le réseau des 494 établissements français à l'étranger.