S'agissant des passages à niveau (PN) situés sur le réseau ferré national, les quinze passages à niveau publics pour voitures des Alpes-Maritimes ont fait l'objet de diagnostics de sécurité en 2010, ainsi que le préconisait la circulaire ministérielle du 11 juillet 2008. Des améliorations de la signalisation routière sont à mettre en oeuvre par les différents gestionnaires des voiries concernées. Sur la ligne Marseille - Vintimille, il existe trois passages à niveau publics pour voitures : le PN 62 de Beaulieu sur Mer à SAL 2 sur lequel des travaux de circuit de voie de l'annonce de l'arrivée des trains ont été réalisés en 2006, le PN 63 d'Eze à SAL 2 et le PN 66 de Menton à SAL 4 dont les mécanismes ont été améliorés et les lampes des feux remplacées par des modules à diodes en 2012. Sur la ligne Cannes - Grasse, il y a six passages à niveau pour voitures : le PN 2 de Mougins à SAL 4, le PN 5 de Mouans-Sartoux à SAL 2 avec îlot séparateur de sens de circulation sur lequel des travaux sont en cours pour le supprimer en 2015, le PN 6 de Mouans-Sartoux à SAL 4, les PN 7, 8 et 9 de Grasse à SAL 2. De plus, deux passages à niveau privés permettent le franchissement de la voie ferrée par les propriétaires des terrains enclavés : le PN 7 bis de Grasse avec barrières et le PN 8 bis de Grasse pour piétons avec portillons. Sur la ligne Nice - Breil sur Roya, il existe huit passages à niveau publics pour voitures : le PN 1 de Nice à SAL 2, les PN 2 et 3 de La Trinité à SAL 4, le PN 4 de La Trinité à SAL 2, le PN 8 de Peillon à SAL 2, le PN 15 de Sospel à SAL 2, les passages à niveau public pour voitures sans barrière avec Croix Saint-André 17 et 18 de Sospel et sept passages à niveau publics isolés pour piétons avec portillons : PN 7 et PN 8 bis de Peillon sur lequel un circuit de voie d'annonce de l'arrivée des trains a été installé en 2006, les PN 9 et 10 de Peille, les PN 11 et 12 de L'Escarène et le PN 14 de Tout-de-L'Escarène. Sur la ligne Coni - Vintimille, il existe deux passages à niveau publics pour voitures à SAL 2 le PN 44 de Breil-sur-Roya sur lequel un circuit de voie d'annonce de l'arrivée des trains a été installé en 2006 et le PN 45 de Breil-sur-Roya. Sur la ligne de Nice à Digne il existe dix neuf passages à niveau : - les PN n° 619, n° 618 et n° 617 de Nice équipés de feux de carrefour, franchi en marche à vue par le train en remplacement d'une signalisation automatique ; - les PN à SAL 2 n° 614, n° 603 (ville de Nice privé pour voitures), n° 591 de Nice, n° 675 bis de Colomars, n° 658 de La Roquette muni d'une barrière complémentaire installée en raison de sa localisation au débouché du Pont Charles Albert, n° 658 bis de La Roquette, n° 654 bis de Utelle, n° 635 de Touet et n° 632, n° 621 de Puget et n° 736, le PN à SAL 4 n° 648 de Malaussène ; - les PN publics pour voitures, avec croix de Saint-André n° 616 de Nice, n° 656 A de Levens sur lequel la vitesse ferroviaire est limitée à 4 km/h en raison de sa localisation au débouché au Pont de Levens, n° 645 et n° 643 de Villars.