La création d'une Agence pour la biodiversité a été annoncée par le Président de la République dans son discours prononcé lors de la conférence environnementale des 14 et 15 septembre 2012. Une mission consistant à déterminer les missions de cette Agence et, en conséquence, les structures pouvant la constituer et les moyens associés a été confiée à deux préfigurateurs, M. Jean-Marc Michel et M. Bernard Chevasssus-au-Louis. Deux rapports ont été établis et présentés devant un groupe préfigurant le Conseil national de la transition écologique ainsi que devant le Comité de suivi de la stratégie nationale pour la biodiversité. Les préfigurateurs plaident pour un scénario « ambitieux » consistant à créer une « Agence française pour la biodiversité » avec des moyens, aussi bien humains que financiers, significatifs, dont la plupart existent aujourd'hui, mais sont dispersés. Au-delà d'un simple rapprochement de structures, l'ambition est aussi de venir en appui des acteurs de terrain, des collectivités et des entreprises, comme l'a souhaité le Président de la République. A la suite des consultations menées par les préfigurateurs et de la définition des missions de l'Agence, il n'est pas proposé, dans le cadre du projet de loi pour la biodiversité, l'intégration de l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) dans cette Agence française pour la biodiversité, mais une relation étroite entre les deux entités est préconisée. Ainsi des rapprochements entre la nouvelle Agence, les fédérations de chasse et l'ONCFS, pourront se faire notamment par le biais de convention de partenariat tant au niveau national que local, mais aussi par les contenus du contrat d'objectif de chaque établissement.