La restauration de la continuité écologique des cours d'eau est un axe important pour l'atteinte du bon état des eaux et la préservation de la biodiversité. Les espèces piscicoles ont besoin de circuler entre leurs lieux de reproduction, de croissance, d'alimentation et de repos (c'est particulièrement le cas des espèces migratrices, telles le saumon atlantique et l'anguille européenne, qui vivent alternativement en eau douce et en eau salée). Or, les ouvrages en cours d'eau ont pour conséquence de réduire voire de supprimer les possibilités de migration de ces espèces et d'accomplissement de leur cycle de vie. La qualité des habitats aquatiques est liée au bon fonctionnement du transport sédimentaire qui peut être perturbé par l'existence de retenues. Par ailleurs, les ouvrages en barrage de cours d'eau entraînent une artificialisation des milieux en amont (remplacement de milieux d'eaux courantes par des milieux d'eaux stagnantes), avec des effets négatifs sur la physico-chimie des eaux (concentration de polluants dans les sédiments, hausse de la température, diminution de la teneur en oxygène) et sur la faune piscicole (ennoiement de frayères). Aussi, un plan d'action pour la restauration de la continuité écologique des cours d'eau a été lancé en 2009 par la secrétaire d'État à l'écologie, renforcé ensuite par la mise en oeuvre des classements des cours d'eau issus de la loi sur l'eau et les milieux aquatiques du 30 décembre 2006 (article L. 214-17 du code de l'environnement). La circulaire du 25 janvier 2010 précise les modalités de mise en oeuvre de ce plan. Ce plan repose sur des mesures d'aménagement ou de suppression, établies au cas par cas et de manière proportionnée. Les décisions d'intervention sur les ouvrages prises en application de ce plan font toujours l'objet d'une analyse tenant compte des impacts et des enjeux écologiques, de la sécurité, de la dimension patrimoniale éventuelle des ouvrages ou de la gestion de l'eau sur les cours d'eau concernés. Les effacements, qui permettent, contrairement au seul aménagement d'une passe à poissons, de restaurer des zones d'habitats essentielles à la croissance et la reproduction des espèces aquatiques, sont réservés à des ouvrages abandonnés et sans usage et ne sont en aucun cas systématiques. Ce plan n'atteint donc pas de manière significative l'activité économique et ne remet pas en cause le caractère patrimonial des moulins qui réside bien plus souvent dans le site et le bâtiment que dans l'ouvrage barrant le lit mineur lui-même. En outre, les agences de l'eau assurent des subventions adaptées aux différents types d'intervention. Même si certains ouvrages existaient par le passé, à une époque où les milieux aquatiques étaient globalement de bonne qualité, leur impact ne peut pas être considéré comme négligeable. L'impact d'un ouvrage diffère suivant les caractéristiques du milieu ; il est d'autant plus important que le milieu est dégradé par la pollution, des travaux de recalibrage ou la présence d'autres ouvrages. Par ailleurs, les caractéristiques de ces ouvrages (remplacement de seuils empierrés par des seuils bétonnés) et les modalités de gestion (absence d'ouverture régulière de certains ouvrages) ont pu être modifiées au cours du temps et aggraver l'impact des ouvrages sur la continuité écologique. Une première mission a été confiée au conseil général de l'environnement et du développement durable (CGEDD) concernant la réalisation d'un diagnostic de la mise en oeuvre concrète du plan d'action pour la restauration de la continuité écologique des cours d'eau, ainsi qu'une évaluation des sources de blocage ou de tensions. Le rapport a fait l'objet d'une présentation le 30 avril 2013 en présence notamment des deux principales associations de propriétaires de moulins, la fédération française des associations de sauvegarde des moulins (FFAM) et la fédération des moulins de France (FDMF). Afin de mettre en oeuvre certaines préconisations de ce rapport, une deuxième mission a ensuite été confiée au CGEDD. Elle a pour objet d'organiser une table ronde nationale avec les représentants des propriétaires de moulins, de collectivités et d'associations de protection de la nature. Une première réunion a eu lieu à cet effet le 7 juillet dernier.