Le progrès génétique des plantes cultivées constitue l'un des leviers les plus efficaces pour augmenter la tolérance ou la résistance des plantes aux maladies et ainsi réduire l'utilisation des produits phytopharmaceutiques. La recherche dans ce domaine doit donc être soutenue. Ainsi, dans le cadre du plan Ecophyto, plan interministériel piloté par le ministère en charge de l'agriculture, les efforts dans la mise au point de nouveaux idéotypes variétaux et culturaux répondant à l'objectif de réduction des intrants sont spécifiquement encouragés. Cette démarche est par ailleurs complémentaire aux orientations du plan d'action « semences et agriculture durable », plan mis en place en 2011 par le ministère en charge de l'agriculture et qui prévoit dans son axe 4 d' « orienter le progrès génétique vers des variétés adaptées à des conduites culturales diversifiées et permettant la réduction des intrants ». Pour la mise en oeuvre effective de ces dispositions, le ministère en charge de l'agriculture met à disposition des moyens concrets au bénéfice de l'ensemble des filières et plus particulièrement des filières potagères et fruitières. Outre le financement accordé dans le cadre du plan Ecophyto, dans le cadre des activités du Comité scientifique du Comité technique permanent pour la sélection des plantes cultivées (CTPS), 1,33M d'euros sont mis annuellement à disposition par appel à projets pour subventionner des recherches associant des organismes de recherche publics et privés. A titre d'illustration, le thème de l'appel à projet 2012 était formulé comme suit : « une offre variétale pour les systèmes de culture de demain ». La promotion de la création de variétés, notamment potagères ou fruitières, présentant des tolérances ou résistances génétiques aux pathogènes doit néanmoins rester compatible avec une utilisation durable de la diversité génétique disponible. En effet, la diffusion à grande échelle de variétés présentant de telles tolérances et résistances génétiques aux pathogènes peut induire des phénomènes d'adaptation et de contournement des organismes contre lesquels il convient de lutter. Dès lors, le ministère en charge de l'agriculture promeut spécifiquement les efforts de recherche permettant la mise au point d'outils de caractérisation ou de gestion spatiale et temporelle des tolérances et résistances génétiques, afin de garantir l'utilisation durable de ces variétés.