Selon le guide méthodologique sur la prise en charge sanitaire des personnes placées sous main de justice publié par la circulaire interministérielle du 30 octobre 2012, « le transsexualisme est le fait pour une personne d'avoir une identité sexuelle ressentie en conflit avec son sexe biologique de naissance. Cette identité peut s'exprimer dans l'apparence physique par un simple changement de comportement, par des mesures cosmétiques, l'utilisation d'hormones, voire un traitement chirurgical de réassignation de sexe ».  L'administration pénitentiaire retient cette définition pour recenser les personnes transsexuelles détenues au sein des établissements pénitentiaires. Peuvent être ainsi qualifiées de personnes « transsexuelles », les personnes qui ont subi une opération de réassignation sexuelle, les personnes transgenres qui, bien que sous traitement hormonal, n'ont pas fait l'objet de transformation chirurgicale et les personnes travesties.  Conformément à l'article D248 du code de procédure pénale, « les hommes et les femmes sont incarcérés dans des établissements distincts ». A ce titre, l'administration pénitentiaire est tenue par l'identité inscrite dans les documents d'état civil présentés lors des formalités d'écrou, et cela même s'il existe une discordance entre le genre apparent de la personne détenue et son état civil.  S'agissant du parcours de soins des personnes transsexuelles, la spécificité réside dans l'intégration ou non de la personne dans un protocole de réassignation sexuelle. Il s'agit d'un processus médical impliquant une prise en charge globale somatique et psychiatrique.  Depuis la loi du 18 janvier 1994 relative à la santé publique et à la protection sociale, la prise en charge sanitaire des personnes détenues relevant de la compétence du ministère en charge de la santé, la question de l'honorable parlementaire concernant l'organisation d'un parcours de soins en faveur des personnes transsexuelles détenues doit donc être adressée à Madame la ministre des affaires sociales et de la santé.