Le ministère précise que la fondation nationale des sciences politiques (FNSP), qui est de statut privé, a mené une stratégie financière non contrôlée jusqu'à présent par l'Etat. Pour mettre fin aux irrégularités constatées dans la gestion de « Sciences Po » et renforcer le rôle de l'Etat, le ministère entend suivre les recommandations de la Cour par l'instauration d'un contrôle budgétaire et financier de la FNSP, dont la forme exacte reste encore à définir et en proposant la présence effective d'un représentant du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche au sein des instances de gouvernance de l'établissement.