Le label scène nationale a été officiellement attribué à Scènes du Jura le 5 avril 2013, après deux saisons de préfiguration selon la procédure inscrite dans le cahier des missions et des charges des scènes nationales figurant en annexe de la circulaire du 31 août 2010 relative aux labels et réseaux nationaux. L'obtention du label s'est traduite, dès l'année 2013, par une augmentation de 90 000 € de la subvention de fonctionnement attribuée par le ministère de la culture et de la communication. Ainsi, en 2013, le ministère prend en charge 26 % de l'aide au fonctionnement apportée par les partenaires publics. Pour leur part, les villes de Dôle et de Lons-le-Saunier participent chacune à hauteur de 23 %, soit un total de 46 %, le conseil régional à hauteur de 8 % et le conseil général à hauteur de 11 %. En 2011, l'analyse des budgets réalisés des 70 scènes nationales montrait les moyennes suivantes : ministère de la culture et de la communication : 30 % ; ville/agglomération : 44 % ; région : 8 % ; département : 11 %.