Clipperton fait partie du domaine public de l'État français depuis l'arrêté ministériel du 18 mars 1986. L'île de Clipperton est placée sous l'autorité directe du Gouvernement. C'est le ministre des outre-mer qui assure la tutelle de ce territoire. La France a créé une zone économique exclusive de 200 milles autour de l'île (décret n° 78-147 du 3 février 1978). L'arrêté ministériel du 3 février 2008 délègue l'administration de l'île de Clipperton au haut-commissaire de la République en Polynésie française qui a autorité en matière d'autorisation d'accès, d'ordre public et de police administrative, tant sur la terre que sur les eaux bordant les côtes. Les juridictions judiciaires territorialement compétentes pour l'île ont leur siège à Paris et non à Papeete. Afin de mettre un terme au différend territorial qui oppose la France et le Mexique au sujet de la souveraineté de Clipperton, la France a signé avec le Mexique un accord le 29 mars 2007, l'objectif poursuivi étant que le Mexique cesse sa revendication publique sur l'îlot à travers un compromis négocié autour de l'intérêt commun que représente la pêche, et plus spécifiquement l'octroi de licences gratuites de pêche pour les navires mexicains. Conclu pour dix ans et révisable à mi parcours, l'accord intergouvernemental franco-mexicain sur les activités des navires de pêche mexicains dans les 200 milles marins entourant l'île de Clipperton prévoit la délivrance de licences de pêche par la France au Mexique à titre gratuit. Il reconnaît aux navires de pêche mexicains, qui sont autorisés à pêcher dans le cadre de l'organisation interaméricaine du thon tropical (IATTC), l'accès aux 200 milles autour de Clipperton. Le haut-commissariat de Polynésie Française octroie ainsi des licences de pêche aux navires mexicains qui en font la demande. Les contreparties des mexicains font l'objet d'un arrangement relatif à l'élaboration d'un programme de recherche de science de la mer et de la pêche. Cet accord a permis, depuis 2008, l'obtention de 5 à 20 bourses par an, financées sur fonds mexicains, pour des étudiants mexicains de 3e cycle venant en France ; des séjours d'étude d'experts français au Mexique (et réciproquement) ; des cours, séminaires et conférences au Mexique ; des visites et échanges entre chercheurs et étudiants des deux pays.