Dans un rapport paru en juillet 2013, la Cour des comptes a formulé des observations et des préconisations, quant à l'organisation de l'Etat au niveau territorial. Sans nier les apports des différentes réformes antérieures, elle constate que l'organisation actuelle manque en lisibilité quant au rôle de chacune des catégories de collectivités territoriales et préconise une refonte du maillage territorial. La Cour évoque également un manque de lisibilité entre l'organisation de l'Etat au niveau territorial et celle des collectivités territoriales. Après la publication de ce rapport en 2013, la loi no 2015-991 du 7 août 2015 portant nouvelle organisation territoriale de la République (NOTRe), a supprimé la clause générale de compétence des départements et des régions, dans un objectif de simplification et de rationalisation des compétences des collectivités territoriales. Cette loi est venue ainsi confirmer, par le biais de transferts de compétences, le rôle de la région en matière de développement économique et d'aménagement du territoire et celui du département en matière de solidarités sociale et territoriale. Par ailleurs, concernant l'organisation territoriale de l'Etat, celle-ci a été adaptée, au 1er janvier 2016, à la réforme territoriale initiée par la loi no 2015-29 du 16 janvier 2015 relative à la délimitation des régions, aux élections régionales et départementales et modifiant le calendrier électoral. Les chefs-lieux des circonscriptions administratives régionales ont notamment été modifiés, afin de prendre en considération les nouveaux périmètres des régions en tant que collectivités territoriales. De même, les services des directions régionales de l'Etat ont été réorganisés, afin de permettre une action plus efficace de l'Etat et des collectivités territoriales sur l'ensemble du territoire. L'ensemble de ces mesures a ainsi permis de clarifier le rôle de chaque niveau de collectivités territoriales ainsi que celui de l'Etat au niveau territorial et de rendre leurs actions respectives plus efficaces.