La loi sur l'eau et les milieux aquatiques n° 2006-1772 du 30 décembre 2006, par son article 52, a supprimé à l'article L.1321-5 du code de la santé publique (CSP) la référence aux services communaux ou intercommunaux d'hygiène et de santé (SCHS) pour la réalisation du contrôle sanitaire des eaux. Plusieurs motifs sont à l'origine de cette suppression. De nombreux SCHS n'assuraient pas ou plus cette activité qui se trouvait donc réalisée par ces services de manière très hétérogène sur le territoire national. De plus, cette situation était génératrice de conflits d'intérêts potentiels car ces services étaient à la fois juge et partie pour le contrôle de leurs propres installations. Enfin, il a été jugé plus économique pour les collectivités que le contrôle sanitaire des eaux soit globalisé pour l'ensemble du département. Les SCHS ne sont donc plus compétents depuis 2006 pour réaliser les prélèvements et analyses du contrôle sanitaire des eaux destinées à la consommation humaine et des eaux de loisirs faisant entrer l'ensemble des collectivités dans le même schéma. Le recours à l'alinéa 3 de l'article L.1422-1 du CSP pour rétablir cette compétence pour les SCHS ne peut être utilisé car cette disposition était valable dans une période de transition, mais elle ne peut être invoquée pour figer à l'avenir les missions des SCHS et les évolutions législatives.