Depuis 2011, l'École polytechnique a mis en place une comptabilité par destinations adaptée au périmètre des missions permanentes de l'établissement (enseignement, soutien, vie de campus), hors centre de recherche. En outre, une comptabilité par projets, adaptée au périmètre des missions conduites sur ressources propres (centre de recherche), est en cours d'instauration. Le fonctionnement de cet outil impose une coordination avec les partenaires extérieurs de l'École, qui gèrent la majorité des ressources propres du centre de recherche. En conséquence, depuis 2012, les échanges de données avec les partenaires du campus ont été informatisés. Un infocentre a de plus été constitué après harmonisation des nomenclatures comptables.