Les « zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique » (ZNIEFF) se distinguent du reste du territoire en raison de l'équilibre faunistique et floristique ou de la richesse des écosystèmes qu'elles accueillent. Le recensement des ZNIEFF a pour objectif premier d'établir un bilan des connaissances sur la faune et la flore régionale. On distingue dans cet inventaire deux catégories : celle dite des ZNIEFF 1 (zones de superficie limitées abritant au moins une espèce et/ou un habitat rares ou menacés et donc particulièrement sensibles à des transformations même limitées) et celle dite des ZNIEFF 2 (zones formant de grands ensembles naturels riches, ou peu modifiés, qui offrent des potentialités biologiques importantes). Un chantier de recensement des ZNIEFF a été ouvert en 2009 et s'est achevé en 2013, comportant en particulier des missions sur vingt-trois sites nouveaux. C'est ce travail de mise à jour qui a fait l'objet des validations scientifiques du 4 février 2014 et du 30 septembre 2014. Ce nouvel inventaire comporte désormais 175 ZNIEFF identifiées et labellisées (92 en 2003, date du dernier recensement), couvrant 27 % du territoire guyanais (24 % en 2003). Globalement, les grandes successions de milieux littoraux parfaitement conservés ont été intégrées en ZNIEFF 2 (vasières, mangroves, marais et savanes) ainsi que les grands écosystèmes fluviaux (moyen Approuague, Crique Mataroni, Gabaret, Ekini, Haut Sinnamary). Il faut y ajouter des milieux naturels rares ou singuliers (falaises, affleurements rocheux et chaos rocheux dans l'est ; forêt sur sable blanc dans l'ouest ; forêts sur cordons sableux en bon état de conservation et accueillant des espèces remarquables ; savanes-roches littorales bien conservées ; forêts inondables accueillant une flore singulière). Plusieurs secteurs hébergeant des espèces rares (notamment animales) sont désormais en ZNIEFF 1. Cet inventaire scientifique n'a pas de portée juridique directe et ne vaut pas mesure de protection réglementaire mais permet d'identifier les zones de haut intérêt environnemental et offre ainsi une localisation des lieux d'intérêts notables à prendre en compte par les aménageurs et décideurs. Mis à la disposition du public, il est un outil d'aide à la décision pour l'État et les collectivités locales et un outil d'information pour les gestionnaires et entrepreneurs, mis à leur disposition pour concilier sur un espace territorial donné le développement économique et social et la protection et la gestion durables de la nature. Un nombre important de ces ZNIEFF sont d'ores et déjà incluses dans des aires protégées : parc national (coeur de 20 000 km2), parc naturel régional (9 000 km2), réserves naturelles nationales (3 000 km2) et régionale (25 km2), réserve biologique domaniale (1 108 km2), sites acquis ou affectés au conservatoire du littoral (environ 150 km2), arrêtés de protection de biotope. La Basse Mana, les marais de Kaw et les estuaires des fleuves Sinnamary et Iracoubo sont par ailleurs, classés en zones RAMSAR au niveau international. Cet inventaire participe également des éléments à prendre en compte dans les documents de planification spatiale et d'urbanisme : c'est le cas du schéma d'aménagement régional (SAR), approuvé par décret en Conseil d'État, aujourd'hui en cours de révision, notamment dans son volet trame verte et bleue mais aussi dans la délimitation cartographique des espaces naturels devant bénéficier d'une protection forte et mis en connexion par la trame verte et bleue. Si l'inventaire ZNIEFF n'emporte pas une protection réglementaire, la non-prise en compte du caractère remarquable de ces espaces s'est déjà traduite, par plusieurs annulations de décisions d'urbanisme, prononcées par des tribunaux administratifs.