L'article 1028 bis du code général des impôts exonère les acquisitions effectuées par les sociétés d'aménagement foncier et d'établissement rural (SAFER) de perception au profit du Trésor public. L'article 1028 ter du même code dispose que les cessions effectuées par ces sociétés au titre de l'article L. 141-1 du code rural et de la pêche maritime et dont la destination répond aux dispositions dudit article ne donnent lieu à aucune perception au profit du Trésor public, dès lors qu'elles sont assorties d'un engagement de l'acquéreur pris pour lui et ses ayants-cause, de conserver cette destination pendant un délai de dix ans à compter du transfert de propriété. Les opérations non assorties de cahier des charges, telles des rétrocessions de biens ruraux (résidences secondaires...), ne bénéficient en revanche pas de ce régime particulier, comme l'ont précisé les instructions fiscales relatives à ces articles du code général des impôts. Ces dispositions (exonération ou non) s'appliquent, sous les mêmes conditions de cahier des charges, aux acquisitions réalisées par une personne substituée dans les droits à l'achat conférés à une SAFER par une promesse de vente ayant acquis date certaine, dans les six mois de la conclusion de ladite promesse. Cette possibilité de substitution, instaurée par la loi de finances rectificative pour 1998, puis incluse dans les dispositions du code rural et de la pêche maritime par la loi d'orientation agricole du 9 juillet 1999, vise à ne faire supporter aux attributaires que le poids d'un seul acte notarié, au lieu de deux actes successifs, lors d'opérations amiables se dénouant dans un délai maximum de six mois. Ce dispositif constituait une des mesures visant à préserver l'équilibre financier des SAFER, afin de pallier les effets de la baisse des droits de mutation ayant remis en cause l'avantage relatif qui compensait, jusque là, leur mode d'intervention spécifique. La Cour des comptes a en effet relevé, dans son rapport public pour 2014, que les substitutions sont devenues désormais un mode d'intervention de droit commun des SAFER, hors cas des préemptions, et s'interroge sur le traitement fiscal appliqué à ces opérations, qui ne présenteraient pas le même caractère restructurant que des opérations conclues par actes d'acquisitions suivies d'actes de rétrocessions, et donc deux actes notariés successifs. Cependant, s'agissant de l'application du régime du code général des impôts aux opérations par substitution, on peut noter que celles-ci suivent au demeurant rigoureusement les mêmes règles pour l'attribution que tout autre mode d'acquisition de biens (appel de candidatures, examen en comité technique départemental, accord des commissaires du Gouvernement). Au surplus, ces opérations conclues par substitution concernent aussi bien des parcelles destinées à l'agrandissement que des exploitations pour installation. S'agissant des installations de jeunes agriculteurs, et en particulier celles qui s'opèrent hors cadre familial, il importe d'être attentif aux incidences de mesures susceptibles de renchérir au final le coût de l'investissement foncier pour l'acquéreur.