Le conseil supérieur de la navigation de plaisance et des sports nautiques (CSNPSN) traite spécifiquement le domaine de la navigation de plaisance qui n'est traité par aucune autre commission existante. Dans la période récente, le CSNPSN a contribué à faire évoluer les règles de sécurité applicables aux activités de la plaisance et du nautisme et a dirigé les travaux qui ont conduit à encadrer la pêche de loisir afin de limiter le braconnage et de préserver la ressource. Il a également diffusé des propositions de bonnes pratiques concernant les places dans les ports de plaisance et a actualisé ses travaux antérieurs sur l'impact du nautisme sur l'environnement. Le secrétariat du CSNPSN a fait l'objet en 2014 d'une restructuration et est désormais assuré par la direction des affaires maritimes.