Les contrôles sanitaires s'assurent que l'exploitant agricole répond aux obligations définies dans la réglementation européenne. L'harmonisation nationale, à laquelle la direction générale de l'alimentation (DGAL) du ministère de l'agriculture est particulièrement attachée, est assurée par la formation initiale obligatoire des inspecteurs, régulièrement actualisée par de nombreuses formations continues associées à des échanges de pratiques inter-régionaux reposant sur des supports élaborés au niveau national. Ces sessions traitent entre autres de la flexibilité mise en place, de l'évaluation des établissements et des suites administratives et judiciaires appliquées en cas de non-respect des exigences réglementaires, et donc de risque pour la santé du consommateur. Par conséquent, les outils d'inspection conçus au niveau national et utilisés quotidiennement par les services ne laissent pas de place au développement de pratiques départementales ou individuelles. Ces outils sont mis à la disposition du public et des exploitants sur le site internet du ministère chargé de l'agriculture, pour information. Ces derniers disposent également des guides de bonnes pratiques d'hygiène, dont ils peuvent s'aider à condition qu'ils soient validés par la DGAL et conformes à la réglementation du paquet hygiène (composé de 5 réglements européens). L'État s'appuie également sur des échanges avec différents États membres, des formations et des audits initiés et réalisés par la Commission européenne, afin de veiller à la bonne application et au respect de la législation de l'Union européenne. Des relations étroites sont entretenues avec les réseaux de professionnels pour les tenir informés des évolutions réglementaires et leur permettre d'assurer leurs missions de conseil et d'accompagnement des exploitants agricoles pour la mise en place de pratiques répondant aux exigences réglementaires. Un outil sera prochainement mis en place par l'administration pour apporter une assistance aux opérateurs dans la conception de leurs plans HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point) et une présentation uniforme, structurée et simple des plans réalisés. Dans la filière laitière française, des mesures de flexibilité pour les plus petites entreprises sont déjà mises en œuvre. En effet, l'arrêté du 7 novembre 2012 relatif aux règles sanitaires applicables aux produits laitiers présentant des caractéristiques traditionnelles permet un assouplissement des exigences générales et spécifiques d'hygiène en ce qui concerne l'utilisation de certains locaux, ou matériaux, équipements, emballages et conditionnements. Cet arrêté s'applique notamment aux produits laitiers bénéficiant d'une appellation d'origine protégée. Un guide porté par l'association européenne des producteurs fermiers laitiers et des artisans fromagers « FACEnetwork » est en cours de validation par la Commission européenne. Cet outil servira à la fois aux professionnels pour mettre en place des mesures de maîtrise adaptées pour atteindre les objectifs des règlements, et aux agents officiels pour réaliser des contrôles au sein de l'Union européenne. Enfin, pour les projets d'aménagement ou de développement de locaux de transformation à la ferme, les agriculteurs peuvent bénéficier de subventions européennes (FEADER) cofinancées par les conseils régionaux, dont les règles d'attribution peuvent varier d'une région à l'autre.