Une distinction claire doit être faite entre la réglementation encadrant l'entretien des fossés et celle relative à l'entretien des cours d'eau. Les cours d'eau sont des milieux naturels fragiles. Leur entretien courant doit être limité à l'élagage ou recépage de la végétation des rives, au faucardage localisé, à l'enlèvement des embâcles et débris, ainsi qu'à l'enlèvement d'atterrissements, à condition que cette opération ne conduise pas à modifier sensiblement le profil du lit du cours d'eau. Cet entretien courant est réalisé par le propriétaire riverain, sans procédure préalable. A contrario, les fossés sont des milieux artificiels, leur entretien n'est encadré que par le respect des prescriptions prévues dans la déclaration ou l'autorisation au titre de la loi sur l'eau, lorsqu'ils y sont soumis, en tant que réseau de drainage par exemple. Or, la confusion entre cours d'eau et fossés est très répandue, notamment lorsque les cours d'eau ont été très aménagés et rectifiés par le passé. Cela conduit à des incompréhensions sur le terrain, entre les riverains, exploitants agricoles, élus locaux ou particuliers et la police de l'eau. Afin de lever ces incompréhensions, et suite à des travaux associant l'ensemble des parties prenantes, le ministère de l'environnement, de l'énergie et de la mer, chargé des relations internationales sur le climat, a demandé aux services déconcentrés, par l'instruction du Gouvernement du 3 juin 2015, d'établir des cartographies des cours d'eau et de les mettre à disposition du public. Par ailleurs, la ministre chargée de l'environnement, a demandé de décliner localement des guides de bonnes pratiques sur l'entretien de cours d'eau. Ce travail important, et indispensable pour faire connaître la réglementation applicable, a commencé sur le terrain, depuis l'an passé et associe localement, les parties prenantes concernées.