A l'issue d'une année de négociations, d'abord au Conseil, puis avec le Parlement européen, le nouveau règlement de base de la politique commune de la pêche a fait l'objet d'un accord politique le 30 mai 2013. Il peut être qualifié d'accord « historique », puisque le premier à être adopté en codécision. Ce nouveau règlement de base constitue également un net tournant en faveur d'une politique commune de la pêche durable. Pour renforcer les garanties de reconstitution des stocks halieutiques, l'atteinte du rendement maximum durable, en 2015 là où c'est possible et au plus tard en 2020, constitue désormais la clé de voûte de la fixation des possibilités de pêche. Dans ce cadre, le secrétaire d'État chargé des transports, de la mer et de la pêche a notamment soutenu l'ajout, à ce calendrier adopté lors de l'orientation générale du Conseil de février 2013, d'un objectif d'atteinte des niveaux de biomasse, permettant la reconstitution des stocks. Par ailleurs, le principe d'une élimination progressive des rejets, adopté dès le Conseil de juin 2012, a été confirmé pour les espèces soumises à taux admissible de capture (TAC), et quotas, soit la grande majorité des espèces concernées dans les eaux de l'Union, et les espèces soumises à taille minimale pour la Méditerranée. Les États-membres ont souhaité quelques flexibilités afin d'ajuster au plus près des réalités du terrain cet objectif ambitieux. Ainsi, dans un souci d'efficacité et de praticabilité de la réforme pour les pêcheurs, cet accord instaure un pourcentage autorisé de rejets limité et soumis à certaines conditions, qui permettra aux professionnels de s'adapter. En outre, afin de prendre dûment en compte les propositions des pêcheurs et des autres parties prenantes, qui connaissent les réalités du terrain, un mécanisme de régionalisation a été confirmé avec le soutien constant de la France depuis le début des négociations. Dans le respect du droit d'initiative de la Commission européenne, les États pourront coopérer entre eux, en étroite concertation avec les conseils consultatifs régionaux (CCR), afin de proposer des mesures de gestion adaptées aux réalités des pêcheries et prendre notamment en compte les spécificités des pêcheries mixtes. Une approche par aires géographiques est indispensable, les mesures adaptées à la Manche, ne sont pas nécessairement les mêmes que pour la mer Celtique, le Golfe de Gascogne ou la mer Méditerranée. Dans ce cadre, le secrétaire d'État chargé des transports, de la mer et de la pêche a souhaité que les CCR, instances regroupant les parties prenantes, puissent jouer un rôle central. Ces conseils seront composés majoritairement de pêcheurs et de professionnels de la filière permettant aux acteurs principalement concernés par cette réforme d'en définir les modalités de mise en oeuvre au niveau approprié. Enfin, pour permettre à la flotte française de s'adapter à ces nouveaux défis, la France a obtenu lors des négociations sur le futur le fonds européen des affaires maritimes et de la pêche (FEAMP) qu'un grand nombre de ses positions constructives soient reprises dans le compromis finalement adopté. C'est notamment le cas des aides à la modernisation des navires qui permettront à la flotte française, sans augmentation de la capacité de pêche, de mieux répondre aux défis auxquels la flotte est confrontée sur le plan économique, environnemental et social : efficience énergétique, sélectivité des engins, conditions de travail et de sécurité à bord, élimination progressive des rejets et traitement des captures. En outre, la possibilité de soutenir les investissements en faveur de moteurs plus économes en énergie a été réintroduite pour tous les navires jusqu'à 24 mètres. D'une façon générale, les possibilités d'intervention du Fonds ont été augmentées et améliorées par rapport aux propositions initiales de la Commission, en cohérence avec les objectifs affichés pour la future PCP. L'enveloppe pour le développement durable des zones de pêche et de l'aquaculture a été portée à 369 millions d'euros, soit une augmentation de 70 % par rapport à la précédente période de programmation.