La zone économique exclusive de Clipperton dispose d'un potentiel halieutique important et constitue un intérêt majeur pour la France sur le plan scientifique pour la compréhension des relations océan-atmosphère et pour celle de la tectonique des plaques. La présence française s'est progressivement renforcée autour de ce territoire terrestre naturel émergeant qui représente un enjeu économique où l'État exerce un droit de souveraineté. Le Gouvernement est attaché au respect de la convention interaméricaine du thon tropical et en particulier à ses dispositions relatives à la conservation et à la gestion des ressources halieutiques. C'est notamment dans ce cadre qu'il exerce ses missions de surveillance de la zone économique exclusive française de Clipperton. Les moyens de protection de l'île sont notamment à l'étude dans le livre blanc sur la défense et la sécurité nationale (LBDSN) qui sera rendu public en janvier 2013. Le ministère des outre-mer est pleinement associé à sa rédaction. A ce titre, la délégation générale à l'outre-mer est membre de la commission de rédaction et participe aux groupes de travail 3 (Sécurité nationale - Sécurité de la Nation) et 5 (stratégie d'engagement et cohérence des systèmes de force). Dans ce cadre, la délégation générale à l'outre-mer a souligné l'importance de maintenir des moyens militaires (en particulier des moyens nautiques et aériens) en nombre suffisant outre-mer, afin de continuer de remplir l'ensemble des missions de l'État (secours aux personnes, sécurité publique, lutte contre la pêche illégale, les trafics de stupéfiants, l'orpaillage illégal, l'immigration clandestine, etc.), mais aussi les missions de souveraineté (patrouilles aux abords des îles isolées inhabitées dont la souveraineté est contestée par d'autres États, etc.). Le ministère des outre-mer plaide pour conserver suffisamment de moyens nautiques (et aériens) pour pouvoir continuer à contrôler les zones économiques exclusives (ZEE) situées outre-mer. Ces moyens doivent permettre de marquer la présence de la France, près des terres isolées, notamment Clipperton.