En supprimant leur rattachement territorial, la loi portant réforme de l'hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires du 21 juillet 2009 a fait entrer les établissements publics de santé (EPS) dans le droit commun des établissements publics de l'Etat. Autrement dit, en l'absence de dérogation explicite, les hôpitaux se trouvent assujettis aux mêmes règles que l'Etat et ses établissements publics. Ainsi, et bien que le dossier de demande d'autorisation soit déposé à la mairie de la commune dans laquelle les travaux sont envisagés, conformément à l'article R. 423-1 du code de l'urbanisme, c'est l'autorité préfectorale, au nom de l'Etat, qui a compétence pour se prononcer sur les permis de construire, d'aménager ou de démolir ainsi que sur un projet faisant l'objet d'une déclaration préalable, dans les conditions prévues par l'article L. 422-2 du code de l'urbanisme. D'ailleurs, l'article R. 423-16 du code de l'urbanisme prévoit que lorsque la décision doit être prise au nom de l'Etat, l'instruction est effectuée par le service de l'Etat dans le département chargé de l'urbanisme pour les déclarations préalables ou les demandes de permis préalables. Le préfet est donc bien seul compétent pour délivrer les autorisations d'urbanisme des établissements publics de santé.