La politique de modernisation des exploitations agricoles au travers des trois plans d'aide que sont le plan de modernisation des bâtiments d'élevage (PMBE), le plan végétal pour l'environnement (PVE) et le plan de performance énergétique (PPE) constitue un axe majeur de l'intervention du ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt (MAAF) pour soutenir la compétitivité des exploitations agricoles. S'agissant du PMBE, l'État est intervenu, de 2007 à 2012, à hauteur de 348 millions d'euros, auxquels s'ajoute un cofinancement de 290 millions d'euros par le fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER). Durant la même période, le soutien du MAAF s'est élevé à 27,33 millions d'euros pour le PVE et 91,81 millions d'euros pour le PPE, auxquels se sont ajouté 57,49 millions d'euros de crédits FEADER. Dans un contexte de maîtrise des dépenses budgétaires, l'enveloppe consacrée à la modernisation des exploitations agricoles a été maintenue en 2013 à 35 millions d'euros. Pour la Franche-Comté, elle est de 1 417 850 euros. Elle a été déléguée en début d'année de façon globalisée aux préfets de région afin de mieux prendre en compte les particularités locales. Il leur appartient de fixer les priorités régionales pour le choix des dossiers à soutenir, au nombre desquelles figure le soutien aux jeunes agriculteurs qui bénéficient d'un montant plafonné d'investissements éligibles majoré et d'un taux de subvention plus élevé. Enfin, concernant la question du soutien à la méthanisation agricole, le dispositif mis en place par l'État articule des aides fixées à l'échelon national (tarifs d'achat garantis en fonction de l'utilisation, aides à l'investissement via le PPE notamment) et des subventions distribuées à l'échelon territorial, par l'agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie et les collectivités territoriales.