Pour son activité grande vitesse, SNCF Mobilités dispose d'une autonomie de gestion et il lui appartient par conséquent de décider des dessertes TGV qu'elle met en place, au regard des contraintes techniques, économiques et commerciales auxquelles elle est confrontée. Dans le cas de Lyria, service international à grande vitesse entre la Suisse et la France réalisé en coopération avec les Chemins de fer fédéraux (CFF) suisses, les décisions sont en outre prises conjointement avec le partenaire helvète. Le contexte économique tendu et le développement d'une forte concurrence intermodale a conduit les deux entreprises française et suisse à ajuster leur offre 2016 afin de la rendre plus compétitive et d'assurer ainsi, à terme, la viabilité économique du partenariat Lyria. Dans ce cadre, SNCF Mobilités et les CFF ont décidé de supprimer certains trains, dont le taux d'occupation était insuffisant pour assurer leur rentabilité économique et dont l'apport à l'offre globale de Lyria a été jugé limité par les deux entreprises. Pour autant la desserte TGV entre Paris et Genève continue d'être assurée par sept allers-retours quotidiens et Marseille reste quotidiennement desservie par un service Lyria entre Genève et Nice. S'agissant de la suppression de l'arrêt de 11h48 en gare de Bellegarde-sur-Valserine, SNCF Mobilités et les CFF justifient cette décision par le fait de pouvoir afficher un temps de trajet de Paris à Genève inférieur à trois heures. Bien que le gain de temps ne soit que de quelques minutes, il permet de passer sous la barre symbolique des trois heures, ce qui, d'après les deux entreprises, a un impact commercial fort. Par ailleurs, la suppression de cet arrêt est à mettre en regard des quatorze trains, six à destination de Genève et huit à destination de Paris, qui desservent quotidiennement la gare de Bellegarde-sur-Valserine.