La création de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA) répond de la volonté de l'État de disposer d'une compétence technique forte au niveau national pour notamment permettre l'application des directives européennes dans le domaine de l'eau et des milieux aquatiques. Les besoins sont en effet importants en matière de système d'information sur l'eau, de surveillance des milieux aquatiques, d'expertise, d'observatoire des services publics d'eau et d'assainissement, d'études et de recherche en appui aux politiques publiques dans le domaine de l'eau, notamment dans le cadre de l'application de la directive cadre européenne sur l'eau (DCE). Il faut d'ailleurs noter que l'action de l'ONEMA a contribué au fait qu'aujourd'hui la France est l'un des rares pays de l'Union européenne envers lequel aucune procédure contentieuse ou précontentieuse générale au titre de la DCE n'a été engagée. L'ONEMA a été bâti à partir des structures et du personnel du conseil supérieur de la pêche (CSP), bien que ses missions diffèrent largement de celles de l'établissement auquel il a succédé. Ce contexte ainsi que la rapide montée en puissance de ses missions et d'autre part la faiblesse de ses moyens de gestion des ressources humaines ont entraîné les difficultés relevées par la Cour des Comptes. Le caractère inadapté du statut des personnels et les contraintes de recrutement en découlant ont tout particulièrement handicapé l'établissement. Le ministère de tutelle de l'établissement partage la plupart des constats de la Cour des Comptes et veille tout particulièrement à la mise en oeuvre de ses recommandations. La mise en oeuvre de celles-ci fait ainsi partie des objectifs assignés à l'établissement dans le cadre de son contrat d'objectif 2013-2018. Dans cette perspective, l'établissement a élaboré un plan d'action répondant point par point aux remarques de la Cour, qui a été validé par son conseil d'administration le 28 mars 2013. La mise en oeuvre de ce plan d'action fait l'objet d'une évaluation régulière de la part de la direction de tutelle de l'établissement. La prise en compte de l'ensemble de ces éléments et des remarques de la Cour des comptes est d'autant plus nécessaire que le Gouvernement envisage l'intégration de l'ONEMA dans la future Agence pour la biodiversité, dont la création est inscrite dans le projet de loi relatif à la biodiversité présenté au Conseil des ministres du 26 mars 2014. Ce nouvel établissement devra à la fois porter les enjeux de la préservation de la biodiversité terrestre comme aquatique, et permettre l'articulation des missions des établissements publics qui l'intègrent afin d'assurer la complémentarité optimale entre les politiques de l'environnement. Dans ce cadre, l'évolution statutaire des personnels de l'établissement est une priorité du ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie. Des travaux concernant la création d'un quasi-statut commun aux établissements publics sous tutelle de la direction de l'eau et de la biodiversité permettant à l'ONEMA de recruter le personnel dont il a besoin pour accomplir ses missions, tout comme l'évolution du statut des techniciens de l'environnement et des agents techniques de l'environnement, sont actuellement en cours. Le projet de loi « biodiversité » prévoit ainsi explicitement la mise en place d'un quasi-statut pour l'ensemble des personnels contractuels de droit public de la future agence française de la biodiversité (AFB) dans laquelle l'ONEMA sera intégré, de l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS), du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres (CELRL) et des Parcs nationaux. En outre, la présidence du conseil d'administration de l'ONEMA n'est plus assurée par la direction de tutelle mais a évolué vers une présidence « classique » de conseil d'administration, permettant de redonner tout son rôle au commissaire du Gouvernement. Un décret en Conseil d'État modifiant en ce sens les dispositions d'origine est paru le 31 juillet 2013. Concernant l'organisation territoriale de l'établissement, le renforcement des synergies entre l'État, l'ONEMA et les agences de l'eau est un enjeu fondamental pour l'atteinte des objectifs de la DCE, tant pour favoriser l'émergence des maîtrises d'ouvrages des projets, pour articuler l'ensemble des moyens incitatifs et coercitifs que pour s'organiser dans un contexte de diminution des moyens humains. Elle a notamment fait l'objet de réflexions menées dans le cadre de la démarche d'évaluation de la politique de l'eau initiée par le comité interministériel pour la modernisation de l'action publique (CIMAP) afin d'en renforcer l'efficience. Cette réflexion est actuellement prolongée par une évaluation des polices de l'environnement qui a débuté en octobre 2013. Les résultats de cette mission d'évaluation seront produits au cours de l'hiver 2015. Concernant les recommandations de la Cour des comptes en termes de contrôle interne, le contrat d'objectif de l'établissement prévoit la mise en place d'un dispositif de contrôle interne comptable et financier conformément aux dispositions du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. La certification de l'établissement sur la maîtrise des risques internes et financiers est en outre un projet qui sera mené à bien. Dans ce cadre, les procédures de gestion des aides financières sont inscrites dans un processus d'amélioration et vont être complétées par un référentiel des aides financières fixant l'objet, les taux d'aides et les conventions types. L'ensemble de ces démarches de contrôle interne est conduit en collaboration avec les services du contrôle financier de l'établissement.