Clipperton fait partie du domaine public maritime de l' Etat. La France a créé une zone économique exclusive de 200 miles autour de l'île (décret n° 78-147 du 3 février 1978) L'arrêté ministériel du 3 février 2008 délègue l'administration de l'île de Clipperton au Haut-commissaire de la République de Polynésie française. Aucun navire ne peut se rendre légalement à Clipperton ou dans sa zone économique exclusive (ZEE) sans autorisation préalable du Haut-commissaire en Polynésie française. S'agissant des moyens de protection, la frégate « Le Prairial », qui effectue une mission de surveillance d'environ une semaine tous les deux ans dans la zone, est fondée juridiquement à intercepter les navires battant d'autres pavillons, mais qui ne seraient pas détenteurs de licence, pris en opérations de pêche dans les eaux de Clipperton. Au cours de la rotation du « Prairial » en février 2013, des scientifiques et leur matériel ont été débarqués à Clipperton, deux marégraphes et des mesures de tirants d'eau ont été récupérés et les marques de souveraineté ont été vérifiées. Deux autres bateaux ont la capacité de naviguer sur cette zone de la Polynésie française (12 jours de voyage) et y vont ponctuellement. A cette même période, une expédition américaine « Cordell » a été autorisée par le Haut-commissariat à se rendre à Clipperton. Deux scientifiques de l'Université de la Polynésie française ont embarqué, à l'aller, à bord du « Prairial » et, au retour, à bord du « Shogun » le bateau de l'expédition « Cordell ». Le déplacement de ces deux scientifiques réputés et leur présence sur un temps suffisamment long ont donné l'occasion de montrer que la France exerce sa souveraineté sur Clipperton. Pour diversifier les moyens de surveillance de l'île, le Secrétariat général de la mer a proposé que la marine étudie la possibilité de coupler l'utilisation d'images satellite avec les données VMS (système de surveillance des navires par satellite) qui pourraient être transmises par les mexicains dans le cadre de l'accord conclu en 2007 entre la France et le Mexique permettant à des navires mexicains de pêcher dans la ZEE de Clipperton. Cette question pourra être abordée dans le cadre de la réunion de bilan à mi parcours de cet accord, qui devrait se tenir fin janvier au Mexique. Enfin, au cours de l'été 2013, le Haut-commissaire en Polynésie française a reçu une demande d'octroi de licences de pêche dans les eaux de Clipperton à de petits navires ligneurs battant pavillon américain. Une société californienne a sollicité un permis de pêche pour 5 navires et a proposé de contribuer à recueillir des données sur les ressources halieutiques dans la zone et à surveiller les autres navires étrangers dans ce domaine. En application du décret du 29 juin 2010 qui encadre la délivrance de licences de pêche à des navires étrangers dans la ZEE de Clipperton, le Haut-commissaire a pris le 19 novembre 2013 des arrêtés définissant les modalités de délivrance de ces licences. Les licences sont annuelles et sont délivrées à titre onéreux : une part fixe et une part variable ajustée en fonction du volume de captures. En outre, l'administration de la défense verse une redevance fixe dédiée à la surveillance et à l'observation. Le transbordement en mer est interdit, chaque navire est tenu d'embarquer un observateur scientifique, de signaler dans l'heure qui suit son entrée et sa sortie de la ZEE et de transmettre sa position à l'intérieur de la ZEE. Un journal de bord est tenu et transmis en fin de campagne au Maritime Rescue Coordination Center (MRCC) de Papeete.