S'agissant de leur budget de fonctionnement, les micro-crèches peuvent bénéficier de deux types de financement de la part de la Branche famille de la Sécurité sociale. Elles peuvent bénéficier directement du versement de la prestation de service unique (PSU) par les caisses d'allocations familiales (CAF), à condition d'ouvrir au moins 30 % de leurs places à toutes les familles sans distinction, et de pratiquer une tarification modulée en fonction des ressources de ces familles. Elles peuvent sinon bénéficier, indirectement, de l'aide versée aux parents, par les CAF, au titre du complément de libre choix du mode de garde (CMG), composante de la prestation d'accueil du jeune enfant (PAJE), sans qu'il leur soit demandé de moduler leurs tarifs. Les micro-crèches établies selon ce deuxième modèle ont connu une progression de 40 % entre 2013 et 2014, soit une augmentation de 11 400 à 16 000 places. La caisse nationale des allocations familiales (CNAF) a précisé par circulaire (n° 2016-006 du 6 avril 2016)que la possibilité de bénéficier d'une aide à l'investissement est désormais alignée sur les modalités de tarification des établissements. L'aide à l'investissement est ainsi réservée aux établissements, micro-crèches comprises, qui pratiquent une tarification modulée en fonction des ressources des familles, y compris lorsqu'elles fonctionnent grâce à la PAJE. La condition du financement dépend donc du projet d'accueil de l'établissement, au regard de l'égal accès des familles aux modes d'accueil, quelles que soient leurs ressources et afin de favoriser la mixité des publics accueillis. Les micro-crèches qui n'appliquent pas une tarification en fonction des ressources des familles peuvent tenir compte, sur leurs tarifs, de l'aide dont bénéficient les parents au titre du CMG, de même qu'elles peuvent, lorsqu'elles réservent des places pour les salariés d'une entreprise, bénéficier d'une participation supplémentaire de celle-ci, ce qui n'est pas le cas des établissements bénéficiant de la PSU. Par ailleurs, et dans le souci de modérer le reste à charge pour les familles, cette même circulaire indique qu'aucune des tranches de tarification pratiquées par les micro-crèches fonctionnant grâce au CMG de la PAJE ne doit être supérieure au plafond fixé par la législation relative au versement du CMG (article L.531-6 du code de la santé publique). Enfin, les micro-crèches accolées, autrement dit mitoyennes ou implantées à la même adresse, et dont une partie des locaux ou du personnel est mutualisée, ne sont pas éligibles au Plan pluriannuel d'investissement pour la création de crèches de la CNAF, dans la mesure où ce type d'organisation constitue souvent un contournement de la réglementation qui s'impose aux établissements plus grands, mais accueillant autant d'enfants que deux micro-crèches accolées.