A l'issue de la campagne de vaccination, l'EPRUS conservait un stock de 18 915 610 doses de vaccins. Ce stock était valorisé à 150 351 833 € TTC. Les frais de stockage correspondant à la conservation de ces vaccins se sont élevés à 540 000 € HT en 2010 et 250 000 € HT en 2011. Les vaccins ont été éliminés au fur et à mesure de leur péremption, par incinération par une société spécialisée en 2010 et 2011. Le coût global des destructions réalisées en 2010 et 2011 s'est élevé à 70 000 € TTC.