Si l'Indonésie est le plus grand pays musulman au monde par sa population, environ 10 % de ses habitants pratiquent d'autres religions. La constitution indonésienne reconnait six religions différentes (islam, bouddhisme, hindouisme, catholicisme, protestantisme et confucianisme). La tradition de tolérance et de coexistence harmonieuse entre les religions se dégrade du fait d'une montée du radicalisme religieux au sein d'une partie de la population musulmane sunnite, notamment contre la minorité chiite, victime d'un nombre croissant d'actes d'intolérance religieuse. Le ministre des affaires religieuses ainsi que le gouvernement de la province de Java Est sont intervenus afin de permettre le retour des membres de la communauté chiite de Shampang dans leurs habitations. Cependant, ce retour n'est toujours pas intervenu parce que la population sunnite de Shampang le refuse, le conditionnant à la conversion préalable des réfugiés chiites qui vivent désormais dans des camps. Les autorités locales ne peuvent pas garantir la sécurité de leur retour dans ces conditions. La Nahdlatul Ulama, organisation religieuse à tendance modérée, s'est mobilisée pour essayer de négocier un retour pacifique mais la résistance locale reste forte. Le ministère des affaires étrangères et du développement international et l'ambassade de France en Indonésie suivent cette situation avec attention.