La loi du 21 juillet 2009 portant réforme de l'hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires a instauré un conseil national de pilotage (CNP) des agences régionales de santé (ARS). Ce conseil donne aux ARS les directives pour la mise en oeuvre de la politique nationale de santé sur le territoire et valide leurs objectifs. Il est présidé par les ministres de tutelle et réunit les directeurs d'administration centrale concernée (dont le directeur du budget), les directeurs des caisses nationales d'assurance maladie, le directeur de la caisse nationale de solidarité pour l'autonomie (CNSA), l'inspection générale des affaires sociales (IGAS) et le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales. Le CNP constitue une instance administrative de coordination de ses différents membres afin d'assurer le pilotage du réseau des ARS, la cohérence des instructions qui leur sont adressées et de développer davantage la transversalité des politiques de santé. Son secrétariat est assuré par le secrétariat général des ministères chargés des affaires sociales ; le CNP ne dispose pas de budget propre.