En mer comme en eau douce, on observe parfois des phénomènes d'eaux colorées, vertes, rouges ou brunes communément appelés « fleurs d'eau » ou « blooms algaux ». Ces phénomènes sont liés à la prolifération d'algues microscopiques ou phytoplancton qui se développent en fonction des caractéristiques de l'eau (quantités de sels nutritifs, azote et phosphore, température, ...). Certaines zones de baignade en mer ou en eau douce à certaines périodes de l'année, sont particulièrement propices au développement du phytoplancton. En eau de mer, les blooms sont souvent spectaculaires. La toxicité concerne surtout les coquillages filtreurs qui peuvent alors devenir impropres à la consommation et entraîne l'interdiction de la pêche à pied. En eau douce, les risques sont liés à la présence de toxines libérées par les algues de la famille des cyanobactéries (souvent appelées algues bleues). Celles-ci se développent en particulier dans les eaux peu profondes, tièdes, calmes et riches en nutriments. Selon leurs types, les toxines sont, à certains seuils, susceptibles d'être à l'origine de troubles somatiques de nature et d'intensité variables tels que des gastro-entérites aiguës, voire des atteintes neurologiques. Ces troubles surviennent à la suite d'une ingestion ou éventuellement de l'inhalation d'eau contaminée. Pour évaluer le risque pour les baigneurs, quand une eau de baignade change soudainement de couleur, un comptage des cyanobactéries et dans certains cas un dosage de toxine est effectué. La gestion de ces incidents par les personnes responsables des eaux de baignade en liaison avec les agences régionales de santé n'est pas facile et nécessite une vigilance commune : si un dénombrement important n'est pas forcément synonyme de toxicité, il reste source d'inquiétudes. C'est le sens des recommandations établies par les services du ministère chargé de la santé dans la note d'information n° DGS-EA4-2014-166 du 23 mai 2014 qui s'appuient sur les conclusions de l'expertise de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses). Ces modalités de gestion sont susceptibles d'évoluer en fonction des connaissances et des retours d'expérience.