En matière de protocoles transactionnels, il convient de distinguer, d'une part, ceux qui correspondent à des prestations réalisées, et ceux qui visent à indemniser le cocontractant en dehors de toute prestation réalisée, d'autre part. Si le protocole transactionnel a trait à des livraisons de biens ou à des prestations de services, à titre onéreux, et que le cocontractant a effectuées, ces dernières sont assujetties à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA), conformément aux dispositions combinées des articles 257 et 269 du code général des impôts. Si le protocole a pour objet d'indemniser le cocontractant en dehors de cette hypothèse, par exemple pour compenser un manque à gagner lié à l'absence de réalisation d'une prestation prévue dans le marché ou à la suite d'une résiliation unilatérale de celui-ci, la somme prévue au titre du protocole n'entre pas dans le champ de la TVA.