Le fonctionnement et la gestion du fonds de continuité territoriale ont été organisés par le décret no 2010-1425 du 18 novembre 2010. Ce texte prévoyait, dans sa version d'origine, des réunions annuelles d'un comité de suivi du fonds. Présidé par le délégué général à l'outre-mer ou son représentant,  le comité réunissait au moins une fois par an les représentants des ministres chargés de l'outre-mer, de la formation professionnelle, du budget, de l'enseignement supérieur, de l'éducation nationale et des transports, ainsi que le directeur général de l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité. Le rôle du comité était d'examiner les conditions d'emploi du fonds et la répartition par catégories d'aide et par territoire opérée par l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité. Au vu des éléments transmis par l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité, le comité de suivi pouvait soumettre au ministre chargé de l'outre-mer des propositions consistant à réviser les conditions d'attribution des aides. Le comité de suivi a fonctionné pendant la phase de croissance des aides, afin d'apporter les réponses aux éventuelles difficultés révélées par les premières années d'application. Une fois passée cette phase de lancement, le suivi du fonds de continuité territoriale a pu être effectué dans le cadre des réunions du conseil d'administration de l'opérateur l'Agence de l'outre-mer pour la mobilité. Cette instance réunit en effet, au moins deux fois par an, notamment les représentants des différents ministères intéressés par les mesures de continuité territoriale. La conséquence de la suppression du comité de suivi prévu au décret no 2010-1425 du 18 novembre 2010 est donc une simplification administrative et une concentration du suivi interministériel du dispositif d'aide dans le cadre des réunions des instances régulières de l'opérateur.