Les contrôles fiscaux sont conduits dans le cadre d'une stratégie globale visant à assurer une présence sur tous les impôts et tous les types de contribuables et de fraudes, en fonction des enjeux et des risques. En conséquence, la demande ou l'attribution d'un crédit d'impôt en faveur de la recherche (CIR) ne constitue en soi ni un motif, ni un axe de programmation. En revanche, dès lors que les enjeux et les risques le justifient, il appartient à l'administration fiscale de sécuriser les conditions d'attribution de cet avantage, conformément aux intentions du législateur. L'analyse des résultats du contrôle fiscal externe des six dernières années confirme qu'il n'y a pas de corrélation entre l'attribution d'un CIR et le déclenchement d'un contrôle, comme l'a indiqué le rapport de l'inspection générale des finances publié en septembre 2010. Ainsi, depuis 2006, l'administration fiscale opère entre 200 et 700 rectifications sur le CIR par an dans le cadre des vérifications de comptabilité, ce qui représente en moyenne 0,8 % du nombre total de ces dernières opérations (environ 48 000 entreprises vérifiées). Par ailleurs, sur les années 2006-2011, la part des vérifications ponctuelles consacrées uniquement au CIR se limite à 15 % en moyenne. Enfin, la loi de finances pour 2013, en facilitant le recours des entreprises bénéficiaires du CIR au rescrit (procédure qui permet de valider le CIR par avance) devrait sécuriser les chefs d'entreprises dans leur utilisation de cet outil.