Le décret du 4 janvier 2002 prévoit dans son article 4 que les émoluments, tant des personnels expatriés que résidents, comportent : le traitement brut soumis à retenue pour pension civile correspondant à l'indice hiérarchique que les agents détiennent dans leur corps d'origine ; une bonification indiciaire soumise à retenue pour pension attachée à la catégorie d'établissement d'affectation déterminée par arrêté du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget, pour les personnels relevant des décrets du 26 janvier 1983 et du 11 avril 1988 ; une indemnité de suivi et d'orientation des élèves en faveur des personnels enseignants du second degré ; les indemnités et avantages statutaires prévus par la réglementation en vigueur dans les établissements relevant en France du ministre de l'Education nationale dont un arrêté du ministre des Affaires étrangères et du ministre chargé du budget a prévu l'application à l'étranger. Les émoluments prévus à l'article 4 du décret du 4 janvier 2002 sont exclusifs de tout autre élément de rémunération. L'indemnité forfaitaire en faveur des conseillers principaux d'éducation relevant du ministre chargé de l'Éducation et l'indemnité de sujétions particulières en faveur des personnels exerçant des fonctions de documentation ou d'information dans un lycée, un lycée professionnel ou un collège relevant du ministre de l'éducation nationale ne sont pas prévues dans cette liste limitative, et n'ont pas fait l'objet d'un arrêté interministériel. Ces deux indemnités ne peuvent en l'état être versées aux personnels concernés (64 CPE et 39 documentalistes en 2013). En tout état de cause la modification du décret ou la signature d'un arrêté interministériel résultent de processus longs, qu'il n'est pas actuellement envisagé d'initier dans le contexte budgétaire contraint de l'Agence.