La quasi-totalité de la contamination de l'eau à l'arsenic est d'origine naturelle. Cet élément est contenu dans les roches anciennes, dites « roches de socle », et dans les roches volcaniques (Massif Central, Vosges). Certaines activités industrielles peuvent toutefois également être à l'origine de ces pollutions. La pollution des aquifères par l'arsenic est identifiée dans des situations très localisées. Dans le cadre de leur programme d'intervention, les agences de l'eau sont amenées à financer la construction de stations de traitement. Leurs aides sont versées sous la forme de subventions ou d'avances remboursables. Ces aides peuvent être plafonnées et ne financer qu'une partie du montant total des travaux. Les départements peuvent aussi être amenés à participer au financement de ces travaux.