Le loup et le lynx sont des espèces strictement protégées par la convention de Berne et par la directive 92/43/CEE dite « habitats, faune, flore ». La France applique cette directive en tant que membre de l'Union européenne. Compte-tenu de cette réglementation, le développement de ces espèces ne peut pas être entravé, les possibilités de capture sont limitées et leur prélèvement n'est pas autorisé. Des tirs peuvent néanmoins être accordés par arrêté préfectoral, comme ultime forme de protection des troupeaux, par dérogation et seulement sous certaines conditions. Le plan d'action national loup 2013-2017, piloté par le ministère en charge de l'écologie, en lien avec le ministère de l'agriculture et élaboré en concertation avec l'ensemble des parties prenantes rassemblées au sein du groupe national loup, notamment les organisations professionnelles agricoles et les associations de protection de la nature, a permis d'adapter au mieux l'ensemble du dispositif, en particulier les modalités de gestion différenciée qui peuvent être mises en oeuvre dans le respect de la directive habitats faune flore, pour faire face aux difficultés rencontrées dans les différentes zones de présence du loup. En plus du dispositif en vigueur sous le précédent plan, deux nouvelles modalités de tirs peuvent désormais être mises en oeuvre afin de renforcer les possibilités de tirs de défense : le tir de défense mis en oeuvre par l'éleveur sans effarouchement obligatoire préalable et le tir de défense renforcé qui peut être pratiqué, en cas d'attaques répétées, par plusieurs tireurs à poste fixe simultanément, avec des armes à canon rayé. De plus, compte tenu de l'état de conservation de l'espèce et du passage à un nouveau modèle de comptage s 'appuyant sur le taux de croissance de la population, le plafond annuel de loups susceptibles d'être prélevés a été relevé, passant de 11 à 24 individus. Concernant le lynx, il a été constaté qu'un certain nombre d'attaques perpétrées dans le département du Jura étaient le fait de lynx attaquant principalement le troupeau d'une même exploitation. Le conseil national de protection de la nature a rendu en 2012 un avis favorable à des tirs d'effarouchement visant à enrayer ces attaques. Ces tirs ont été mis en oeuvre dans le cadre d'un arrêté préfectoral et ils ont montré leur efficacité.