Tout vaccin pour être commercialisé doit faire l'objet d'une autorisation de mise sur le marché délivrée par les autorités compétentes européennes ou nationales que sont la commission européenne, après avis de l'agence européenne d'évaluation des médicaments (EMA), ou l'agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM). Les demandes de mise sur le marché sont examinées par ces deux autorités qui évaluent le produit selon des critères scientifiques de qualité, sécurité et efficacité, le vaccin devant présenter un rapport bénéfice/risque favorable. Depuis 2005, les nouveaux vaccins bénéficient en outre d'une surveillance spécifique et active des événements indésirables post-vaccinaux, avec la mise en place de plans de gestion des risques. Les rapports bénéfices risques des vaccins sont réévalués périodiquement et publiés sur le site internet de l'agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé. Le principe de protection de la santé est garanti par le préambule de la constitution de 1946. Il peut parfois être perçu, dans certaines situations, en conflit avec d'autres principes comme la liberté individuelle. Il est souligné que la vaccination a permis notamment de diminuer l'incidence de maladies comme la tuberculose, d'éliminer la variole (éradication planétaire) et la poliomyélite (éradication européenne), de diminuer les handicaps et les incapacités liés à certaines pathologies infectieuses (méningites). Du fait du succès de la vaccination, la nécessité de se faire vacciner est de moins en moins respectée par une population qui perçoit les vaccins comme inutiles, n'ayant plus la mémoire de l'impact sanitaire des maladies infectieuses. Mais un défaut de couverture vaccinale peut entrainer une résurgence de certaines maladies comme le montrent les exemples actuels de la poliomyélite en Syrie et de la rougeole en France et aux Etats-Unis.