Les organismes de gestion agréés ont fait l'objet d'une enquête de la Cour des comptes qui, dans un rapport rendu public le 11 septembre 2014, concluait à la nécessité d'une « réorientation profonde du dispositif vers davantage de valeur ajoutée pour la collectivité » et préconisait de « renforcer les missions fiscales » des organismes agréés. Un groupe de travail, mis en place par le Gouvernement, a réuni pendant deux ans les quinze fédérations d'organismes agréés et le conseil supérieur de l'ordre des experts-comptables. Ce groupe de travail a notamment abouti à la mise en place de l'examen périodique de sincérité qui a été institué par l'article 37 de la loi de finances rectificative pour 2015 et qui consiste dans l'examen d'un petit échantillon de pièces justificatives de dépenses. Ainsi que le prévoit le décret no 2016-1356 du 11 octobre 2016, les nouvelles missions des organismes agréés en matière de contrôle des pièces justificatives ne constituent pas un contrôle fiscal. Il s'agit seulement d'un approfondissement des missions de prévention fiscale attribuées depuis quarante ans aux organismes agréés, en contrepartie d'avantages fiscaux importants. L'organisme agréé conserve un rôle d'accompagnement de ses adhérents. S'il détecte une anomalie, l'organisme agréé la signale à l'adhérent pour lui permettre de la corriger, lui apportant ainsi plus de sécurité juridique. En cas de contrôle ultérieur par l'administration fiscale, les contribuables bénéficient de l'ensemble des garanties prévues en la matière. Le dispositif vise ainsi à préserver l'équilibre entre la volonté des pouvoirs publics de conforter les organismes agréés dans leur rôle de fiabilisation des déclarations fiscales et celle de rechercher pour les professionnels des contraintes réduites au strict nécessaire, dans le respect des garanties dues aux contribuables.