L'atteinte des objectifs de restauration du bon état écologique des cours d'eau dans le cadre de la mise en oeuvre de la directive cadre sur l'eau nécessite de mieux prendre en compte les impacts des activités humaines sur la circulation des espèces et le transport sédimentaire, c'est-à-dire sur les fonctionnalités naturelles des cours d'eau. Les états des lieux des cours d'eau réalisés en 2004-2005 ont fait ressortir que les barrages et endiguements, qui sectionnent et compartimentent les cours d'eau, seraient responsables d'environ 50 % des problèmes à traiter d'ici 2015. Le dernier inventaire réalisé par l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA) fait état, en France métropolitaine, de 61 000 ouvrages en lit mineur dont la grande majorité est abandonnée et sans usage identifié. C'est pourquoi un plan de restauration de la continuité écologique des cours d'eau a été lancé fin 2009. Ce plan repose sur des mesures d'aménagement ou de suppression, établies au cas par cas et de manière proportionnée, même si une vision des impacts cumulés des ouvrages et des effets des interventions à l'échelle du cours d'eau est indispensable à leur efficacité. Les suppressions éventuelles de seuils font toujours l'objet, avant que la décision ne soit prise, d'une évaluation des incidences tenant compte, le cas échéant, de la valeur patrimoniale de l'ouvrage. C'est particulièrement important lorsque des moulins à eau sont concernés. Conscient cependant des inquiétudes des propriétaires de moulins et soucieux d'en tenir compte, le ministère a mandaté le Conseil général de l'environnement et du développement durable (CGEDD) pour une mission d'évaluation de la mise en oeuvre du plan de restauration de la continuité écologique des cours d'eau. Le rapport a été rendu public le 15 mars 2013. Il réaffirme la légitimité de la politique de restauration écologique, mais recommande que les efforts de pédagogie et de discussion avec les parties prenantes soient renforcés, ce qui est tout à fait légitime. La réglementation relative à la police de l'eau prévoit, d'ailleurs, des procédures contradictoires qui permettent aux exploitants ou propriétaires de s'exprimer sur les projets de décisions concernant leur usage de l'eau. De nombreuses décisions en matière de restauration de la continuité écologique sont prises dans le cadre de projets globaux portés par des collectivités territoriales à une échelle cohérente de gestion d'un cours d'eau, qui font l'objet d'une large concertation avec les riverains et propriétaires. Ces efforts de concertation seront poursuivis. La recherche d'une consensus ne doit évidemment pas pour autant remettre en cause la légitimité des décisions de l'autorité de police de l'eau garante de l'intérêt général de la préservation des milieux naturels aquatiques dans le cadre de la gestion équilibrée de l'eau.