Un accord intergouvernemental franco-mexicain sur les activités des navires de pêche mexicains dans les 200 milles marins entourant l'île de Clipperton a été signé le 29 mars 2007. L'objectif poursuivi était que le Mexique cesse sa revendication publique sur l'îlot à travers un compromis négocié autour de l'intérêt commun que représente la pêche, et plus spécifiquement l'octroi de licences gratuites de pêche pour les navires mexicains. S'agissant des moyens de protection, la frégate de surveillance « Le Prairial », qui effectue une mission de surveillance d'environ une semaine chaque année dans la zone, est fondée juridiquement à intercepter les navires battant d'autres pavillons, mais qui ne seraient pas détenteurs de licence, pris en opérations de pêche dans les eaux de Clipperton. Par ailleurs, une expérimentation de surveillance satellitaire doit commencer début 2013 en vue d'exploiter des images pour initier une connaissance de la situation de l'environnement marin. Les moyens de protection de l'île sont à l'étude dans le livre blanc sur la défense et la sécurité nationale (LBDSN) qui sera rendu public en janvier 2013. Le ministère des outre-mer est pleinement associé à sa rédaction. A ce titre, la délégation générale à l'outre-mer est membre de la commission de rédaction et participe aux groupes de travail 3 (Sécurité nationale - Sécurité de la Nation) et 5 (stratégie d'engagement et cohérence des systèmes de force). Dans ce cadre, la délégation générale à l'outre-mer a souligné l'importance de maintenir des moyens militaires (en particulier des moyens nautiques et aériens) en nombre suffisant outre-mer, afin de continuer de remplir l'ensemble des missions de l'État (secours aux personnes, sécurité publique, lutte contre la pêche illégale, les trafics de stupéfiants, l'orpaillage illégal, l'immigration clandestine, etc.), mais aussi les missions de souveraineté (patrouilles aux abords des îles isolées inhabitées dont la souveraineté nous est contestée par d'autres États, etc.). Le ministère des outre-mer plaide pour conserver suffisamment de moyens nautiques (et aériens) pour pouvoir continuer à contrôler les zones économiques exclusives (ZEE) situées outre-mer. Ces moyens doivent permettre de marquer la présence de la France, près des terres isolées notamment Clipperton.