La Commission de conciliation des litiges dans le secteur du lait a été instituée sur le fondement des articles L. 654-34 et D. 654-94 du code rural et de la pêche maritime. Elle avait deux missions : émettre un avis relatif à la fixation du montant des amendes mises à la charge d'un acheteur ou d'un producteur dans le cadre de la gestion des quotas laitiers, et traiter les litiges intervenant entre les acheteurs de lait ou les producteurs de lait effectuant des ventes directes et FranceAgriMer au sujet des quantités de référence ou des taux de référence de matière grasse. En revanche, cette commission n'avait pas pour mission de traiter les litiges entre les acheteurs et les producteurs dans le cadre de leur relation contractuelle. Cette mission est aujourd'hui dévolue au médiateur des relations commerciales agricoles. La suppression de la Commission de conciliation des litiges a été prévue en application des conclusions du comité interministériel pour la modernisation de l'action publique en 2013 en lien avec la fin des quotas au 1er avril 2015.