Les mesures agroenvironnementales territorialisées (MAET) sont mises en oeuvre à l'échelon local. Ces mesures sont intégrées au volet régionalisé du programme de développement rural hexagonal. Le préfet de région en lien avec l'ensemble des acteurs et des financeurs de ce programme est chargé de définir à la fois les territoires et les mesures pouvant être mises en oeuvre pour répondre aux différentes pressions environnementales. Ces décisions sont prises après consultation de la commission régionale de l'agroenvironnement. L'objectif des MAET vise à compenser le manque à gagner et le surcoût des changements de pratiques imposées par des cahiers des charges. L'aide n'est pas nécessairement pérenne : le système d'exploitation doit pouvoir évoluer et intégrer les pratiques plus vertueuses. Il s'agit d'accorder une aide incitative pour accompagner le changement des modes de production. Ainsi, afin de pouvoir prendre en compte de nouveaux territoires, le préfet de région a pris la décision de ne pas reconduire systématiquement les mesures proposées à la contractualisation et pour lesquelles les exploitants ont déjà pu bénéficier d'un accompagnement financier pendant cinq ans. L'ensemble des paiements accordés au titre des mesures agroenvironnementales représente un montant total annuel versé de plus de 428 millions d'euros dont 124 millions d'euros apportés par le ministère chargé de l'agriculture soit près de 78 % des financements nationaux mobilisés sur ce dispositif, traduisant ainsi l'engagement fort de l'État. Cet engagement sera poursuivi au sein de la nouvelle programmation 2014-2020 : les MAE constituent la seule mesure obligatoire à mettre en oeuvre par les États membres dans le cadre du second pilier de la politique agricole commune. Le ministère chargé de l'agriculture compte mobiliser davantage les MAE dans une dynamique double : certaines MAE répondront à des enjeux ciblés sur certaines zones et des MAE « systèmes » permettront d'accompagner des changements de pratiques dans une approche globale de l'exploitation. Cette orientation du ministère chargé de l'agriculture est en outre affirmée aujourd'hui dans le cadre de l'action « produisons autrement » : un ambitieux projet agro-écologique pour la France a été engagé par le ministre et mobilisera l'ensemble des acteurs concernés.