La création d'une agence pour la biodiversité a été annoncée par le Président de la République dans son discours prononcé lors de la conférence environnementale des 14 et 15 septembre 2012. Deux préfigurateurs, Jean-Marc MICHEL et Bernard CHEVASSUS-AU-LOUIS ont conduit une mission consistant à déterminer les missions de cette agence et en conséquence les structures pouvant la constituer et les moyens associés. Deux rapports ont été établis et présentés devant un groupe préfigurant le Conseil national de la transition écologique ainsi que devant le comité national de suivi de la stratégie nationale de la biodiversité. A la suite de ces concertations, le projet de loi pour la biodiversité, déposé sur le bureau de l'Assemblée nationale le 26 mars 2014, prévoit dans son troisième titre la création en 2015 de cette agence. Celle-ci aura vocation à pouvoir être mobilisée au service de tous les acteurs : collectivités, services de l'Etat, associations et bien entendu, acteurs socio-économiques. Regroupant l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA), l'Agence des aires marines protégées, Parcs nationaux de France et le GIP ATEN, le projet de texte permet aussi de recourir à différentes modalités de partenariat avec d'autres organismes. Ainsi, les établissements des parcs nationaux lui seront rattachés, elle assurera une fonction de tête de réseaux pour les agences de l'eau et les conservatoires, elle pourra constituer des unités communes avec des organismes de recherche comme le Muséum national d'Histoire naturelle et conventionnera avec d'autres partenaires comme l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS). Les coûts de cette agence seront adaptés à ses financements. Ceux-ci seront en premier lieu les ressources déjà affectées aux établissements qui la composent et seront examinées lors du vote de la loi de finances. Les programmes d'investissement d'avenir dédiés à la biodiversité seront gérés par l'agence.