Le virus de la border disease ne fait pas partie des dangers sanitaires réglementés et n'entre pas dans le champs des indemnisations versées par l'État. Sa surveillance et sa gestion relèvent de la responsabilité et de l'initiative des éleveurs. Toutefois, pour ces types de maladies portant préjudice à l'élevage, les organismes à vocation sanitaire se sont localement organisés pour apporter un appui dans leur gestion par des programmes de surveillance et d'éradication. A ce titre, des indemnisations peuvent être attribuées par ces organismes, les montants restant à la discrétion de chaque organisation professionnelle agricole départementale.