Depuis l'engagement des États membres en 2009 à promouvoir fortement l'utilisation de biocarburants dans les transports, le phénomène de changement d'affectation des sols indirect (CASI), indirect land use changes (ILUC en anglais) a émergé. Le CASI induit un supplément d'émission de gaz à effet de serre pour les biocarburants issus de denrées alimentaires (huiles et sucres). L'objet de cette proposition de directive (novembre 2012) est d'introduire un plafonnement pour l'utilisation des biocarburants issus de matières premières en concurrence avec l'alimentation, un soutien plus important aux biocarburants avancés et le rapportage des émissions estimatives dues au phénomène CASI. Ce projet de directive suscite un important débat interne au sein de la CE et les négociations se poursuivent. Entre janvier et juin 2013 ont eu lieu deux conseils énergie (22/02 et 7/06), deux conseils environnement (21/03 et 18/06), ainsi que plusieurs propositions de compromis de la Présidence qui ont permis de revoir la proposition initiale. Les commissions environnement, de la santé publique et de la sécurité alimentaire (ENVI) et industrie, recherche et énergie (ITRE) du Parlement ayant finalement toutes deux pris position pour un plafond (respectivement 5,5 % et 6,5 %) et un sous-objectif pour les biocarburants avancés (2,5 %) pour 2020, les débats au Conseil se sont orientés dans la même direction. Les dernières propositions de compromis transmises par la présidence vont dans ce sens, puisque un plafond de 7 % (23/07), ainsi qu'un sous-objectif de 1,5 % (16/07) incluant l'électricité renouvelable et les biocarburants avancés, puis un sous-objectif de 1 % (23/07) n'incluant que les biocarburants avancés ont été proposés. Aucune décision n'est donc encore finalisée au niveau européen. Le devenir des unités industrielles déjà existantes est pris en compte dans le projet de directive, puisque le plafond en cours de négociation devra tenir compte de la préservation des investissements industriels réalisés. Ainsi, il appartient aux groupes industriels de s'organiser de façon à prendre progressivement des parts de marché dans les pays qui se trouveront en situation inférieure aux plafonds envisagés. Pour ce qui concerne la situation en France, le niveau d'incorporation actuel (bilan 2012) des biocarburants concernés par le phénomène CASI-ILUC s'établit autour de 6 % (6,3 % pour la filière biodiesel). La fixation du plafond européen devrait approximativement correspondre à une stabilisation de la situation actuelle. Lors de la conférence environnementale de 2012, le Premier ministre a annoncé que l'objectif actuel de 7 % ne serait pas relevé et que les objectifs communautaires seraient atteints avec le développement des biocarburants avancés.