Certaines collectivités, dont la commune de Guissény rencontrent des difficultés administratives et financières, notamment du fait de la nécessité pour les communes d'avancer le financement de l'animation des sites Natura 2000, de la longueur des délais pour percevoir le remboursement de l'État et de la complexité des procédures. L'animation des sites bénéficiant de cofinancement européens du fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER), la procédure d'instruction administrative des dossiers et de délégation des crédits est strictement encadrée sur le plan administratif et comptable. Les manuels de procédure (notamment pour la mesure 323A) définissent précisément les modalités d'instruction et de contrôle. Les services de l'État ont néanmoins conscience des difficultés financières induites par les délais de versement des crédits et travaillent à les réduire, conjointement avec l'Agence de service et de paiement (ASP). Ainsi, , au sein de la direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement (DREAL Bretagne), un recrutement exceptionnel a été effectué en 2013 pour permettre d'accélérer la mise en paiement des crédits européens.