Dans son rapport actualisé sur « le coût de production de l'électricité nucléaire » publié en 2014, la Cour des comptes demande que soit chiffré, dans le cadre du nouveau devis sur le coût du stockage géologique profond, le coût d'un éventuel stockage direct du MOX et de l'URE produits chaque année. La Cour demande également que cette hypothèse soit prise en compte dans les travaux futurs de dimensionnement du centre de stockage géologique profond. Ces recommandations ont été prises en compte dans l'édition 2016-2018 du plan national de gestion des matières et déchets radioactifs (PNGMDR). Ce dernier prévoit en effet que « l'Agence nationale pour la gestion des déchets radioactifs (Andra) remet avant le 30 juin 2018 au ministre chargé de l'énergie une évaluation du coût afférant au stockage direct des combustibles usés ». Par ailleurs, les combustibles usés sont intégrés dans l'inventaire de réserve du centre de stockage géologique profond. L'Agence nationale pour la gestion des déchets radioactifs (Andra) doit ainsi démontrer que le centre de stockage pourra accueillir ces substances sous réserve d'évolutions dans sa conception pouvant être mises en œuvre en cours d'exploitation à un coût économiquement acceptable.