La qualité des labels délivrés au titre de la « haute performance énergétique » repose sur l'organisme de certification chargé de cette délivrance. Pour cette raison, l'organisme est contrôlé par deux moyens différents. Premièrement, il doit agir dans le cadre d'une accréditation délivrée par un organisme compétent, comme le comité français d'accréditation (COFRAC). Deuxièmement, les certificateurs habilités à délivrer le label sont liés à l'État par une convention, qui peut être résiliée par l'État en cas de manquement du certificateur à ses obligations de qualité. Par ailleurs, le dispositif sur le bonus de constructibilité a été revu à la suite de la loi sur la transition énergétique pour la croissance verte (LTECV), à travers le décret en Conseil d'état publié le 29 juin 2016.