La réforme de l'identification et de la traçabilité des moutons et des chèvres a été initiée en 2005 à l'échelle européenne par le règlement (CE) n° 21/2004 [règlement CE/21/2004 du conseil du 17 décembre 2003 établissant un système d'identification et d'enregistrement des animaux des espèces ovine et caprine et modifiant le règlement (CE) n° 1782/2003 et les directives 92/102/CEE et 64/432/CEE] et ne relève donc pas d'une réglementation spécifique à la France. La réforme vise une traçabilité individuelle des petits ruminants afin notamment de prévenir et de circonscrire rapidement l'extension des maladies animales, de préserver ainsi la santé des animaux et des consommateurs, et de limiter les pertes économiques directes et indirectes. Elle s'est imposée suite à la crise sanitaire de la fièvre aphteuse de 2001 au Royaume-Uni qui a coûté une quinzaine de milliards d'euros aux contribuables européens. Un des facteurs aggravants de cette crise était l'absence de traçabilité individuelle des petits ruminants démontrant que les systèmes d'identification antérieurs n'étaient pas efficients. La traçabilité des petits ruminants repose sur plusieurs bases : l'identification électronique individuelle des animaux, la tenue d'un registre d'élevage, le remplissage de documents de circulations et les déclarations de mouvements dans une base de données nationale. Ces quatre éléments sont imposés par le règlement (CE) n° 21/2004 et il n'est donc pas possible d'y déroger. D'un point de vue sanitaire, la seule tenue du registre en cas de mouvement n'est pas suffisante : en effet, en cas de crise, le fait de connaître immédiatement les liens épidémiologiques entre les exploitations en se connectant à une base de données est plus efficace que de se déplacer dans les différentes exploitations. Une récente mission du conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux, conduite en mars 2014, l'a démontré. Avec les mouvements déclarés en base, il n'a fallu que quelques heures pour établir la traçabilité d'un animal ; en cas d'absence de notification des mouvements, il a fallu dans certains cas près d'un mois, ce qui ne peut être compatible avec le traitement d'urgence imposé en cas d'épizootie.