Conformément à l'ordonnance no 2013-837 du 19 septembre 2013 relative à l'adaptation du code des douanes, du code général des impôts, du livre des procédures fiscales et d'autres dispositions législatives fiscales et douanières applicables à Mayotte, l'impôt sur le revenu français s'applique à Mayotte à compter de l'imposition des revenus 2013. L'indemnité d'éloignement est un supplément de rémunération soumis, à compter du 1er janvier 2013, à l'impôt sur le revenu selon les règles de droit commun applicables aux traitements et salaires. Cela étant, pour tenir compte du fait que certains fonctionnaires de l'Etat n'avaient pas anticipé l'évolution du régime fiscal applicable à Mayotte, le ministre du budget et des comptes publics a décidé, par tolérance, de différer l'imposition de l'indemnité d'éloignement au 1er janvier 2014. Cette mesure de tolérance a été rendue officielle par un communiqué de presse conjoint du ministère de l'Outre-mer et du ministère de la réforme de l'État, de la décentralisation et de la fonction publique en date du 22 novembre 2013. Cette confirmation est de nature à répondre aux préoccupations exprimées.