Sur le constat énoncé par la Cour de l'insuffisance des contrôles, il convient de rappeler qu'en complément des effectifs affectés au contrôle permanent des établissements d'abattage, le ministère en charge de l'agriculture consacre 1068 ETP-T au contrôle de près de 500 000 établissements de production et de distribution des aliments. La politique de contrôle de la sécurité sanitaire des aliments du ministère en charge de l'agriculture repose sur une programmation des contrôles officiels en fonction du risque, conformément aux exigences fixées par le règlement européen (CE) n° 882/2004 du Parlement européen et du Conseil du 29 avril 2004 relatif aux contrôles officiels effectués pour s'assurer de la conformité avec la législation sur les aliments pour animaux et les denrées alimentaires et avec les dispositions relatives à la santé animale et au bien-être des animaux. Ainsi l'objectif de cette analyse de risques est bien le ciblage des contrôles sur les opérateurs les plus à risque. Concernant l'harmonisation des jugements de conformité (« notation ») des établissements, c'est un objectif clairement affiché tant dans les instructions données aux services que dans les éléments de bilan annuel qui sont communiqués aux responsables des organisations professionnelles chaque année. L'accréditation par l'association chargée de l'accréditation des laboratoires, organismes certificateurs et d'inspection (COFRAC) de la direction générale de l'alimentation (DGAL) et de ses services déconcentrés selon le référentiel ISO/CEI 17020 : 2012 (« exigences pour le fonctionnement de différents types d'organismes procédant à l'inspection ») vient juste d'être renouvelée. Cette reconnaissance par le comité français d'accréditation doit permettre de garantir notamment la compétence, l'impartialité et l'indépendance des inspecteurs, l'harmonisation des méthodes d'inspection ainsi que la maîtrise du système de management. La nature des suites données aux inspections conditionne l'efficience des contrôles opérés. C'est la raison pour laquelle une stratégie de renforcement des suites administratives et pénales données aux inspections sanitaires vétérinaires et phytosanitaires est en cours d'élaboration par la DGAL. Ce plan de renforcement prévoit notamment le renforcement prochain des effectifs de la brigade nationale d'enquêtes vétérinaires et phytosanitaires (BNEVP) par le recrutement dès 2014 de deux inspecteurs supplémentaires. Les dispositions législatives introduites dans le projet de loi d'avenir pour l'agriculture, l'alimentation et la forêt visant à assurer la transparence des résultats du contrôle et à renforcer les pouvoirs de l'administration pour la mise en oeuvre par les professionnels des actions correctives prescrites à la suite d'un contrôle sont également des éléments permettant de donner suite aux recommandations émises. Une des recommandations de la Cour vise à un meilleur encadrement des contrôles effectués par les laboratoires. La Cour préconise notamment une obligation de transmission par les laboratoires des résultats non conformes dès lors que ces non conformités présentent un risque pour la santé publique. Il faut tout d'abord distinguer le cas des autocontrôles défavorables dès lors que le produit n'est pas sorti de chez le professionnel ou lorsqu'il s'agit de produits en cours de fabrication ou de test. Il n'y a alors pas de risque avéré pour la santé publique, le produit n'étant pas mis sur le marché, et il revient au professionnel d'intégrer ces informations dans le cadre de son plan de maîtrise sanitaire. Dans les autres cas, l'article L. 201-7, alinéas 3 et 4, du code rural et de la pêche maritime (CRPM) stipule : « les vétérinaires et les laboratoires communiquent immédiatement à l'autorité administrative tout résultat d'analyse conduisant à suspecter ou constater la présence d'un danger sanitaire de première catégorie ou la première apparition sur le territoire national d'un danger sanitaire. Les personnes mentionnées au présent article sont également soumises à un devoir d'information sur les dangers sanitaires de deuxième catégorie qui figurent sur une liste établie par l'autorité administrative... » Ainsi, par exemple, plusieurs sérotypes de salmonelles sont concernés par cette obligation. Par ailleurs, dans le cadre de la transposition de la directive zoonoses, la liste des dangers d'intérêt pour la santé publique dont la notification pourrait être rendue obligatoire est en cours d'élaboration.