En application de la directive cadre sur l'eau, la France s'est engagée à atteindre le bon état écologique pour l'essentiel des cours d'eau selon les cas, en 2015 ou 2021, alors que seuls 41 % étaient évalués comme tels en 2009. L'atteinte de ce bon état écologique impose de mieux prendre en compte les impacts des activités humaines sur la circulation des espèces et le transport sédimentaire, c'est-à-dire sur les fonctionnalités naturelles des cours d'eau. Les états des lieux des cours d'eau réalisés en 2004-2005 ont fait ressortir que les barrages et endiguements, qui fragmentent et cloisonnent les cours d'eau, seraient responsables d'environ 50 % des risques de non atteinte du bon état écologique. Le dernier inventaire réalisé par l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA) fait état, en France métropolitaine, de 61 000 ouvrages en lit mineur dont la grande majorité est abandonnée et sans usage identifié. C'est pourquoi a été lancé fin 2009 un plan de restauration de la continuité écologique des cours d'eau visant le traitement de 1 200 ouvrages d'ici 2012. Au-delà de cette date, l'objectif de ce plan consiste à mettre en oeuvre les obligations d'aménagement, dans les cinq ans, des ouvrages existants sur les cours d'eau classés en liste 2 au titre de l'article L. 214-17 du code de l'environnement. Ce plan repose sur des mesures d'aménagement ou de suppression, établies au cas par cas et de manière proportionnée, même si une vision des impacts cumulés des ouvrages et des effets des interventions à l'échelle du cours d'eau est indispensable à leur efficacité. Les décisions d'intervention sur les ouvrages prises en application de ce plan font toujours l'objet d'une analyse tenant compte des impacts et des enjeux écologiques, de la sécurité, de la dimension patrimoniale éventuelle des ouvrages ou de la gestion de l'eau sur les cours d'eau concernés. Les effacements, qui permettent, contrairement au seul aménagement d'une passe à poissons, de restaurer des zones d'habitats essentielles à la croissance et la reproduction des espèces aquatiques, sont réservés à des ouvrages abandonnés et sans usage et ne sont en aucun cas systématique. Ce plan n'atteint donc pas de manière significative l'activité économique et ne remet pas en cause le caractère patrimonial des moulins qui réside bien plus souvent dans le site et le bâtiment que dans l'ouvrage barrant le lit mineur lui-même. En outre, les agences de l'eau assurent des subventions adaptées aux différents types d'intervention. La mise en place d'une démarche pédagogique, associant étroitement les parties prenantes concernées, doit permettre de tenir compte des situations individuelles des propriétaires riverains, en vue de concilier les enjeux environnementaux, patrimoniaux et économiques.