Le rôle du Conseil national de la protection de la nature (CNPN) est inscrit dans le code de l'environnement. Le CNPN est chargé de donner un avis à la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie sur des projets de textes réglementaires ayant un impact sur la protection, la restauration et la valorisation de la biodiversité. Il produit des recommandations et expertises sur les stratégies nationales en faveur d'espèces nationales et végétales et leur mise en oeuvre. Il fournit notamment un avis sur les demandes individuelles de dérogation à la protection stricte des espèces de faune et de flore sauvages déposées sur tout le territoire national. Ses travaux se traduisent par une quarantaine de réunions annuelles réparties entre quatre commissions, deux experts nationaux faune et flore, un comité permanent chargé de préparer les travaux du conseil plénier. Cette commission fonctionne avec l'appui d'un secrétariat assuré par la direction de l'eau et de la biodiversité (1,5 équivalent temps plein) du ministère de l'écologie, du développpement durable et de l'énergie. Avec ses 40 membres, il est composé de bénévoles et de quelques représentants de ministères ou d'établissements publics (sans statut de détachement). En 2013, ses travaux ont porté sur : - une quinzaine de textes réglementaires (tant en commissions qu'en plénière) dont le projet de loi pour la biodiversité, six projets d'arrêtés, trois projets d'ordonnances, cinq projets de décrets, des projets d'infrastructure et d'aménagement ; - les demandes de dérogation pour déplacement ou destruction d'espèces de faune, de flore et de leurs habitats liés à des infrastructures et aménagements (plus de 1 000 avis) ; - des plans nationaux et régionaux d'action pour la conservation d'espèces de faune et de flore sauvages ; - des projets d'aires protégées, avec une quarantaine d'avis (sur des projets de classement de réserves biologiques, sur des documents de gestion de réserves naturelles nationales, sur des parcs naturels régionaux et des chartes de parcs nationaux) ; - différents projets susceptibles de porter atteinte à la biodiversité transmis à la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie. Le coût de fonctionnement du CNPN se limite au remboursement des frais de ses membres bénévoles, soit environ 80 000 € par an. Le titre II du projet de loi biodiversité prévoit une réaffirmation de nature législative de l'existence de cette commission, et l'évolution du CNPN vers une instance d'expertise scientifique et technique.