Fin 2012, le bon fonctionnement de la ligne de TER desservant Lyon, Saint-Etienne et Firminy a effectivement été affecté par des événements liés à des actes de malveillance, survenus plus spécifiquement à proximité de Saint-Etienne. Le trafic a notamment été très fortement perturbé le 3 septembre 2012 sur cette ligne en raison d'un vol d'éléments métalliques sur les caténaires près de la gare de Saint-Etienne-Chateaucreux. Malgré ces incidents et selon les informations communiquées par la SNCF, la régularité des trains entre Saint-Etienne et Firminy est supérieure à 94 % en moyenne sur l'année 2012 et à 95 % sur le mois de janvier 2013, ce qui est au-dessus des objectifs et de la moyenne nationale. Sur l'axe Lyon Saint-Etienne, la régularité des trains est moins bonne (87 %), ce qui est imputable à la saturation du trafic ferroviaire dans le secteur de la gare de Lyon-Part-Dieu. Afin d'aider les voyageurs confrontés à des difficultés de circulation, la SNCF a amélioré le système d'information à destination des usagers, grâce à la mise en place d'un système d'alerte plus rapide pour les contrôleurs ainsi que par le déploiement d'équipes d'assistance régionale. Les abonnés des TER de Rhône-Alpes sont également incités à souscrire au service gratuit « TER mobile » qui leur permet d'être informés des perturbations en temps réel.