L'abandon du projet du musée de l'Histoire de France ne signifie pas la fin des travaux sur les sites qui devaient en constituer le réseau. Ces sites, souvent des châteaux-musées faisant partie de grands domaines nationaux, continuent de faire l'objet de travaux de clos et couvert comme de restauration de décors intérieurs, d'aménagements muséographiques et de mises aux normes, qui sont financés sur le programme Patrimoines, et qui répondent à des urgences et des besoins qui préexistaient à la naissance du projet de la Maison de l'Histoire de France et qui subsistent après son abandon. Certains d'entre eux (musée et domaine nationaux du château de Fontainebleau, musée national de la Renaissance et domaine national au château d'Ecouen, musée national des châteaux de Malmaison et de Bois Préau, musée national du Moyen Âge - thermes et hôtel de Cluny, musée national d'archéologie et domaine national du château de Saint-Germain-en-Laye, musées et domaine nationaux du palais de Compiègne, musée et domaine nationaux du château de Pau) font l'objet de la préparation d'un schéma directeur, qui doit appuyer en faveur d'une programmation pluriannuelle de travaux, sur le long terme. Ainsi, la programmation 2012 sur les sites du réseau de l'ancien projet Maison de l'Histoire de France (Saint Germain, Fontainebleau, Ecouen, Pau, Malmaison, Compiègne, Eyzies, Cluny, Plans et reliefs) s'établit à 21,0 M€ en autorisations d'engagement et 15,0 M€ en crédits de paiement, dont, à titre d'exemple, 5,5 M€ en autorisations d'engagement sur le site de Compiègne (installation des locaux de conservation dans l'aile Ferrand, création de l'accès PMR, monte-charge et ascenseurs à usage mixte, divers travaux de restauration incluant notamment la restauration de la façade sur le parc). La programmation 2013 permettra d'assurer la suite de la restauration et des aménagements de ces sites. En particulier, la restauration des façades sur ville du château de Saint-Germain-en-Laye devrait être lancée en cours d'année.