Les bénéficiaires de subventions au titre de la réserve parlementaire font l'objet d'une liste communiquée en règle générale au cours du premier semestre de l'année de gestion par les services des assemblées au cabinet de la ministre et/ou aux responsables de programme (direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle, DGESIP, ou direction générale de la recherche et de l'innovation, DGRI). Les services de ces derniers sollicitent ensuite les bénéficiaires, des associations le plus souvent, en vue d'obtenir les pièces réglementaires nécessaires au versement de la subvention (dossier « Cerfa », budget approuvé, comptes financiers antérieurs, etc.). Les dossiers constitués sont ensuite transmis à la direction des affaires financières pour ordonnancement dans le système d'information financière interministériel Chorus. La mise en paiement finale est effectuée par le comptable ministériel dans ce même système. La totalité du processus dure au moins un mois, cependant cette durée est soumise à aléa en fonction du rythme et de la qualité variable des échanges avec les entités bénéficiaires.