En matière de lutte contre les filières jihadistes,  l'ensemble des services luttant contre le terrorisme inscrit la totalité de ses objectifs, y compris ceux suivis au titre de leur engagement jihadiste, dans le SIS II. Le ministère français de l'intérieur a proposé à ses partenaires Schengen de développer une mention particulière dans le système SIS II, destinée à aviser de ce que l'objectif fiché est un combattant à destination de la zone syrienne, avec une évaluation de sa dangerosité. Ainsi, le 3 novembre 2014, les Etats membres de l'Union européenne connectés au SIS II ont adopté des mesures visant à accélérer la remontée de l'information portant sur des individus et véhicules placés sous fiche S dans le cadre de la « lutte contre les combattants transnationaux ». La mise en œuvre de ces techniques est effective depuis le 1er février 2015. En cas de contrôle, les individus ainsi signalés peuvent être repérés par les autorités des pays ayant accès au SIS II. Elles ne peuvent procéder à une arrestation, mais ont la possibilité de mettre en place des mesures de surveillance, contribuant à enrichir les informations détenues sur les individus en question. Le ministère de l'intérieur est donc en faveur de toute initiative européenne encourageant l'utilisation de ce système par ses partenaires européens. L'inscription systématique de leurs objectifs dans le SIS II contribuerait à accroître les possibilités de détection des jihadistes européens jouissant du droit à la libre circulation dans l'espace Schengen. L'efficacité du système SIS II reste néanmoins conditionnée par la mise en place de contrôles.