Depuis une circulaire du 13 décembre 2011, l'enregistrement informatique des scellés dans l'application CASSIOPEE constitue la règle pour le dépôt et l'enregistrement des scellés. A titre transitoire, et jusqu'à épuisement complet des stocks existants antérieurement au déploiement de CASSIOPEE, certaines juridictions doivent continuer à assurer le suivi des scellés à partir des anciens supports jusqu'à la sortie définitive des objets qui y sont enregistrés. C'est la raison pour laquelle peuvent actuellement coexister au sein de ces juridictions un enregistrement informatique et un enregistrement sur support papier. Toutefois, à terme ne subsistera plus qu'un enregistrement informatique, seule modalité de nature à garantir une gestion moderne, rationnelle et sûre. Concernant les conditions de conservation des scellés judiciaires, il doit être indiqué que les surfaces dédiées à la conservation des scellés sont prises en compte dans le cadre de la programmation de nouveaux palais de justice ou de restructuration lourde : l'aménagement de surfaces permettant une bonne conservation des scellés relèvent en effet de la sécurité et de la sûreté qui constituent une priorité pour le ministère de la justice. La question de la durée de la conservation des scellés revêt une double dimension : d'une part, elle doit permettre une gestion rationalisée et sécurisée des scellés ainsi qu'une meilleure maîtrise des frais de justice ; d'autre part, elle ne doit pas mettre en péril la réouverture ou le réexamen des procédures pénales clôturées, au regard en particulier des nouvelles possibilités que peuvent offrir les avancées de la science et de la technique. Dans cette perspective, la circulaire CRIM 99-16-F1 du 31 décembre 1999 prévoit que les dispositions de l'article 41-4 du code de procédure pénale « n'excluent pas que certains scellés soient conservés au-delà du délai de six mois, soit parce qu'un texte le précise, soit parce que le procureur de la République en décide ainsi, notamment en cas de non-lieu, s'il n'exclut pas la réouverture d'une nouvelle information avant l'expiration du délai de prescription ». En outre, l'article R. 53-20 du code de procédure pénale dispose que les scellés sur lesquels ont été mis en valeur des profils génétiques, enregistrés au fichier national automatisé des empreintes génétiques et correspondant à des individus non identifiés, sont conservés au service central de préservation des prélèvements biologiques jusqu'à l'effacement du fichier des profils concernés (en raison, sauf exception, de l'identification de l'individu) ou, au maximum, pendant un délai de quarante ans. Enfin, une dépêche relative aux délais de conservation des scellés a été diffusée par la directrice des affaires criminelles et des grâces aux parquets et parquets généraux le 16 mars 2011, afin de préciser les termes de la circulaire CRIM 99-16-F1 du 31 décembre 1999 et d'harmoniser les pratiques judiciaires en la matière. Dans cette dépêche, les magistrats sont invités à veiller à une conservation plus longue que celle prévue par les dispositions de l'article 41-4 du code de procédure pénale, dans les affaires les plus délicates et notamment pour : les scellés rattachés à une procédure dans laquelle une décision de non-lieu a été rendue, mais pour laquelle la réouverture d'une nouvelle information judiciaire avant l'expiration du délai de prescription est envisageable ; les scellés rattachés à des procédures dans lesquelles une décision de classement sans suite, de relaxe ou d'acquittement a été rendue, mais pour lesquelles la réouverture d'une enquête ou une information judiciaire avant l'expiration du délai de prescription ne peut être exclue ; les scellés rattachés à une procédure ayant fait l'objet d'une condamnation définitive mais pour laquelle la perspective d'une demande de révision ou de réexamen ne peut être exclue. Parmi ces scellés, il est recommandé qu'une attention toute particulière soit portée à ceux qui sont rattachés à des procédures relatives à une atteinte grave aux personnes, et consistent en des restes humains et, sous réserve des circonstances de l'espèce, des armes, ou des documents, ou encore des objets et prélèvements, conservés dans les greffes ou les laboratoires, susceptibles de supporter du matériel biologique, déjà révélé ou non.