Les mesures agroenvironnementales territorialisées (MAET) sont mises en oeuvre à l'échelon local. Ces mesures sont intégrées au volet régionalisé du programme de développement rural hexagonal (PDRH). Le préfet de région en lien avec l'ensemble des acteurs et des financeurs de ce programme est chargé de définir à la fois les territoires et les mesures pouvant être mises en oeuvre pour répondre aux différentes pressions environnementales. Ces décisions sont prises après consultation de la commission régionale de l'agroenvironnement. L'objectif des MAET vise à compenser le manque à gagner et le surcoût des changements de pratiques définies par des cahiers des charges. Ces aides n'ont pas vocation à être pérennes : le système d'exploitation doit pouvoir évoluer et trouver un nouvel équilibre économique en intégrant ces pratiques plus vertueuses. Ainsi, afin de pouvoir prendre en compte de nouveaux territoires, le préfet de région a pris la décision de ne pas reconduire systématiquement les mesures proposées à la contractualisation et pour lesquelles les exploitants ont déjà pu bénéficier d'un accompagnement financier pendant cinq ans. L'ensemble des paiements accordé au titre des mesures agroenvironnementales (MAE) représente un budget total annuel versé de plus de 428 millions d'euros dont 124 millions d'euros apportés par le ministère de l'agriculture soit près de 78 % des financements nationaux mobilisés sur ce dispositif, traduisant ainsi l'engagement fort de l'État. Cet engagement sera poursuivi au sein de la nouvelle programmation 2014-2020 du Fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER) : les MAE constituent la seule mesure obligatoire à mettre en oeuvre par les États membres dans le cadre du second pilier de la politique agricole commune. Le ministère en charge de l'agriculture a la volonté de mobiliser encore davantage les MAE dans une dynamique double : certaines MAE répondront à des enjeux ciblés sur certaines zones et des MAE systèmes permettront d'accompagner des changements de pratiques dans une approche globale de l'exploitation. Cette orientation du ministère en charge de l'agriculture est en outre affirmée aujourd'hui à travers la démarche « Produisons Autrement » dans le cadre de laquelle le ministre en charge de l'agriculture a engagé un ambitieux projet agro-écologique pour la France et qui mobilisera l'ensemble des acteurs.