L'organisation du covoiturage avec un véhicule de service utilisé dans le cadre de l'exercice des fonctions relève de la responsabilité des services qui assurent la gestion d'un parc automobile, en matière d'utilisation, d'entretien et d'assurance de la flotte automobile. Cette gestion est le plus souvent encadrée par des instructions ministérielles et par des notes internes de service. Plusieurs circulaires interministérielles ont encadré l'utilisation des véhicules de l'administration, notamment celles des 29 novembre 1974, 14 octobre 1991 et 2 juillet 2010. Chacune de ces circulaires rappelle la nécessité pour un véhicule de l'administration d'être conduit par un agent « en service », ce qui interdit de fait les trajets domicile-travail avec un véhicule de l'administration, sauf ordre de mission spécifique. La circulaire de 1974 précise que le transport de personnes étrangères au service est strictement interdit, seuls des agents dans le cadre de leur mission de service public ou des tiers en relation directe avec l'objet du déplacement pouvant l'être. En conséquence, le covoiturage n'est possible que dans le cadre d'une mission, et non pour d'éventuels trajets domicile/travail non couverts par l'ordre de mission. En cas d'accident, la responsabilité de l'État ne pourra être engagée que si l'accident s'est déroulé pendant le service, le Conseil d'État ayant rappelé dans plusieurs décisions le caractère restrictif de la notion d'agent « en service ». Dans sa circulaire du 13 décembre 2010, le Premier ministre soulignait la nécessité de « développer les mutualisations interministérielles locales dès lors qu'elles génèrent des économies de moyens ou une meilleure qualité de service ». Par cette même circulaire, il demandait aux préfets de région d'élaborer un schéma régional de mutualisation ainsi que des schémas départementaux correspondants. Ces schémas comprennent généralement des dispositions relatives aux parcs automobiles afin d'en mutualiser l'usage, particulièrement en matière de véhicules de service. Les règles relatives à l'usage partagé des véhicules sont ensuite fixées par les différents chefs des services relevant du schéma de mutualisation. Au-delà, la pratique du covoiturage est régulièrement encouragée, dans le cadre des règles l'organisant.