Les organismes de gestion agréés ont fait l'objet d'une enquête de la Cour des comptes qui, dans un rapport rendu public le 11 septembre 2014, concluait à la nécessité d'une « réorientation profonde du dispositif vers davantage de valeur ajoutée pour la collectivité » et préconisait de « renforcer les missions fiscales » des organismes agréés. Un groupe de travail, mis en place par le Gouvernement, a réuni pendant deux ans les quinze fédérations d'organismes agréés et le conseil supérieur de l'ordre des experts-comptables. Ce groupe de travail a notamment abouti à la mise en place de l'examen périodique de sincérité qui a été institué par l'article 37 de la loi de finances rectificative pour 2015 et qui consiste dans l'examen, une fois tous les six ans pour les entreprises assistées d'un expert-comptable et une fois tous les trois ans pour les autres, d'un petit échantillon de pièces justificatives en dépenses. L'examen périodique de sincérité a fait l'objet d'une expérimentation qui en souligne l'utilité, notamment pour inciter certaines entreprises individuelles à réintégrer des charges personnelles déduites à tort du résultat professionnel. Les examens réalisés sont limités à une année, à quelques pièces, et ne suscitent donc pas une charge administrative déraisonnable pour les adhérents. C'est pourquoi, la crainte relative à l'impact sur les adhérents du coût de fonctionnement des organismes concernés, qui aurait pu être accru sous l'effet de leurs nouvelles missions, doit être largement tempérée. Les assouplissements envisagés à l'issue de l'expérimentation, la mise au point d'outils adaptés par les éditeurs de logiciel, les économies d'échelle qui résulteront des rapprochements et fusions d'organismes agréés rendus nécessaires par la hausse de leur taille minimale, la meilleure transparence, donc concurrence, tarifaire permise par la mise en ligne, sur les sites de l'administration fiscale, des cotisations pratiquées par les différents organismes agréés, sont de nature à assurer une saine modération tarifaire. Par ailleurs, ainsi que le prévoit le décret no 2016-1356 du 11 octobre 2016, les nouvelles missions des organismes agréés en matière de contrôle des pièces justificatives ne constituent pas un contrôle fiscal. Il s'agit seulement d'un approfondissement des missions de prévention fiscale attribuées depuis 40 ans aux organismes agréés, en contrepartie d'avantage fiscaux. L'organisme agréé conserve un rôle d'accompagnement de ses adhérents. S'il détecte une anomalie, l'organisme agréé la signale à l'adhérent pour lui permettre de la corriger, lui apportant ainsi plus de sécurité juridique. En cas de contrôle ultérieur par l'administration fiscale, les contribuables bénéficient de l'ensemble des garanties prévues en la matière. Le dispositif vise ainsi à préserver l'équilibre entre la volonté des pouvoirs publics de conforter les organismes agréés dans leur rôle de fiabilisation des déclarations fiscales et celle de rechercher des contraintes réduites au strict nécessaire pour les professionnels, dans le respect de garanties dues aux contribuables.