La coopération entre l’administration pénitentiaire, notamment avec le bureau du renseignement pénitentiaire (EMS3), et la DGSI se matérialise par des échanges réguliers de données opérationnelles au niveau central. Au niveau territorial également, des contacts sont établis entre les services territoriaux de la DGSI et les officiers de renseignement désignés et/ou les cadre de direction des établissements pénitentiaires. Cette coopération a été formalisée par un protocole d’accord signé le 30 avril 2012 par le Directeur Central du Renseignement Intérieur et le Directeur de l’Administration Pénitentiaire. Afin de fluidifier les échanges d’informations, la DGSI dispose par ailleurs d’un accès unique au fichier national des détenus de l’administration pénitentiaire.