Depuis sa réapparition dans le Mercantour en 1992, la population de loups a progressivement occupé le massif alpin avant de s'avancer jusque dans les Vosges, le Massif central et le Languedoc-Roussillon. Le suivi de la population et de l'aire de répartition a été confié à l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) qui gère 13 réseaux spécialisés dans le suivi de plus de 50 espèces sauvages. Le « réseau loup-lynx » qui constitue un outil standardisé de récolte de données unique à l'échelle internationale compte plus de 1 200 correspondants (70 % de professionnels de la faune sauvage et 30 % de particuliers) formés à l'identification et à la reconnaissance des indices de présence (proies sauvages ou domestiques, empreintes, analyses génétiques, observations visuelles, excréments). Répartis de façon homogène, les correspondants couvrent une moitié est de la France d'une ligne allant des Vosges aux Pyrénées-Atlantiques (plus de 30 départements) et appliquent une procédure commune de collecte d'indices par le biais de fiches techniques. Ces dernières sont centralisées et analysées ensuite de façon standardisée par l'Unité prédateurs et animaux déprédateurs (unité PAD) de l'ONCFS. Ces observations sont renforcées par les constats de prédation sur les troupeaux domestiques qui permettent d'évaluer la progression des loups dans les fronts de colonisation. Des analyses génétiques sont effectuées pour affiner les connaissances sur les individus. Les indicateurs recueillis permettent de déterminer les zones de présence permanente (ZPP). Un suivi intensif est effectué sur les ZPP en hiver par pistage dans la neige afin de déterminer les tailles de groupe et en été pour détecter les épisodes de reproduction. Des séances de « hurlement » permettent aussi de savoir s'il y a eu reproduction au sein d'une meute. Le décompte des loups est arrêté tous les ans après la campagne d'hiver. À partir des indicateurs recueillis, l'équipe scientifique de l'ONCFS spécialisée sur le loup détermine un « effectif minimum retenu » qui sert de base de calcul pour connaître l' « effectif total estimé ». Ainsi, à la sortie de l'hiver 2016, un total de 49 zones de présence permanente dont 35 occupées par une meute a été détecté et l'effectif total est estimé à 292 individus. La population lupine française est en croissance continue depuis 1992 avec un rythme variable selon les années. On comptait une cinquantaine d'individus en 2002, une centaine en 2006 et 200 en 2013. L'un des objectifs de l'expertise collective lancée par le Gouvernement en juillet 2016 est de connaître le seuil de viabilité de la population lupine en France, ce qui permettra de répondre à long terme à l'exigence de bon état de conservation de l'espèce requise par la directive 92/43/CEE dite habitat faune flore.