La création de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA) répond à la volonté de l'État de disposer d'une compétence technique forte au niveau national pour permettre l'application des directives européennes dans le domaine de l'eau. Les besoins sont en effet importants en matière de système d'information sur l'eau, de surveillance des milieux aquatiques, d'expertise, d'observatoire des services publics d'eau et d'assainissement, d'études et de recherche en appui aux politiques publiques dans le domaine de l'eau, notamment dans le cadre de l'application de la directive cadre européenne sur l'eau (DCE). L'ONEMA a été bâti à partir des structures et du personnel du conseil supérieur de la pêche (CSP), bien que ses missions diffèrent largement de celles de l'établissement auquel il a succédé. Ce contexte, ainsi que la rapide montée en puissance de ses missions, d'une part, et la faiblesse des moyens de gestion des ressources humaines, d'autre part, ont entraîné les difficultés relevées par la Cour des comptes. Le caractère inadapté du statut des personnels, les contraintes de recrutement ont handicapé l'établissement. L'ONEMA, dans la limite de ses attributions, s'est efforcé de réduire progressivement les anomalies relevées et d'assurer la conformité de ses pratiques de gestion avec les textes. A cet égard, l'établissement veille à ce que cette action soit poursuivie en tenant le plus grand compte des recommandations de la Cour. Il faut, toutefois, préciser que l'action de l'ONEMA a contribué à ce que la France soit l'un des rares pays de l'Union européenne envers lequel aucune procédure contentieuse ou pré-contentieuse au titre de la DCE n'a été engagée. Le ministère de tutelle de l'établissement partage la plupart des constats de la Cour des comptes et fera en sorte de permettre la mise en oeuvre de ses recommandations. Celles-ci font ainsi partie des objectifs assignés à l'établissement dans le cadre de son contrat d'objectif 2013-2018. Aussi, l'évolution statutaire des personnels contractuels de l'établissement est une priorité du ministère de l'écologie, du développement durable, et de l'énergie. La poursuite des travaux concernant la création d'un quasi-statut permettant à l'ONEMA de recruter le personnel dont il a besoin pour accomplir ses missions, tout comme l'évolution du statut des techniciens de l'environnement et des agents techniques de l'environnement, sont inscrites à l'agenda social du ministre de l'écologie. Cette évolution statutaire étant indispensable pour permettre à l'établissement d'assurer pleinement ses missions, ces projets de textes devront être traités rapidement. En outre, la présidence du conseil d'administration ne sera plus assurée à l'avenir par la direction de tutelle. Cet état de fait, qui se justifiait dans le cadre de la création de l'ONEMA, doit à présent évoluer vers une présidence « classique » de conseil d'administration, afin de redonner tout son rôle au commissaire du Gouvernement. Un décret en Conseil d'État modifiant en ce sens les dispositions actuelles a été signé par le ministre chargé de l'écologie. Sur le plan de l'organisation territoriale, le renforcement des synergies entre l'État, l'ONEMA et les agences de l'eau est un enjeu fondamental pour l'atteinte des objectifs de la directive cadre sur l'eau (DCE). L'optimisation de la coopération territoriale entre ces acteurs est ainsi indispensable, tant pour favoriser l'émergence des maîtrises d'ouvrages des projets, pour articuler l'ensemble des moyens incitatifs et coercitifs que pour s'organiser dans un contexte de diminution des moyens humains. Elle fait notamment l'objet de réflexions menées dans le cadre de la démarche d'évaluation de la politique de l'eau initiée par le comité interministériel pour la modernisation de l'action publique (CIMAP) afin d'en renforcer l'efficience. En termes de suivi du temps de travail et d'évaluation de la semaine de quatre jours, la direction de l'eau et de la biodiversité, direction de tutelle de l'établissement, mène actuellement une réflexion avec l'appui de la direction des ressources humaines du ministère pour un meilleur cadrage en matière de cycles de travail au sein de l'établissement. En termes de contrôle interne, le contrat d'objectif de l'établissement a prévu la mise en place d'un dispositif de contrôle interne comptable et financier conformément aux dispositions du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. A propos de l'attribution de l'indemnité de mobilité, l'établissement doit procéder à une analyse approfondie des contraintes de déplacement de ses agents au regard notamment de son organisation territoriale. Enfin, l'établissement a élaboré un plan d'action reprenant les recommandations de la Cour des comptes, validé par son conseil d'administration le 28 mars 2013. Ce plan d'action figure dans le contrat d'objectifs de l'ONEMA pour la période 2013-2018, signé par le ministre de l'écologie, le président du Conseil d'administration et la directrice générale de l'ONEMA le 22 juillet 2013.