Dans le cadre de leurs Xe programmes, les agences de l'eau consacrent une partie de leur budget au financement des travaux d'installations d'assainissement non collectif. Elles conditionnent leurs aides aux particuliers au regroupement par la collectivité des opérations de réhabilitation afin de mutualiser les frais d'instruction des dossiers et d'optimiser leurs dépenses en ayant pour seul interlocuteur la collectivité et non pas les nombreux particuliers. « Opération groupée de réhabilitation » ne signifie pas obligatoirement que l'opération de réhabilitation soit réalisée sous maîtrise d'ouvrage de la collectivité. Deux cas sont possibles : soit l'opération est réalisée sous maîtrise d'ouvrage de la collectivité, soit sous maîtrise d'ouvrage privée. Dans ce dernier cas, les dossiers de demande de subvention sont simplement regroupés et la collectivité sert d'intermédiaire pour verser l'aide financière au particulier. La collectivité reçoit en général en contrepartie une prime de l'agence pour couvrir les frais d'instruction. Certaines agences de l'eau permettent également que les particuliers regroupent eux-mêmes leurs dossiers de demande d'aide dans le cas où la collectivité ne souhaiterait pas le faire.