La préservation et la restauration de la continuité écologique des cours d'eau est un axe important pour l'atteinte du bon état des eaux et la préservation de la biodiversité. Les ouvrages en barrage de cours d'eau entraînent une artificialisation des milieux en amont (remplacement de milieux d'eaux courantes par des milieux d'eaux stagnantes), avec des effets négatifs sur la qualité des eaux (concentration de polluants dans les sédiments, hausse de la température, diminution de la teneur en oxygène). L'impact de ces retenues sur la biodiversité s'avère négatif. Elles entraînent l'ennoiement de frayères (zones de reproduction du poisson) et la substitution d'espèces d'eaux vives par des espèces d'eaux stagnantes. Alors que les espèces piscicoles ont besoin de circuler entre leurs lieux de reproduction, de croissance, d'alimentation et de repos (c'est particulièrement le cas des espèces migratrices, telles le saumon atlantique et l'anguille européenne, qui vivent alternativement en eau douce et en eau salée), ces ouvrages ont pour conséquence de réduire voire de supprimer les possibilités de migration de ces espèces et d'accomplissement de leur cycle de vie. Par ailleurs, la qualité des habitats aquatiques en aval est liée au bon fonctionnement du transport sédimentaire qui peut être perturbé par l'existence de retenues. L'impact des retenues sur le débit des cours d'eau s'avère également négatif. En période estivale, la présence d'un plan d'eau entraine une augmentation des pertes d'eau par évaporation (du fait de l'augmentation de la surface en eau). La restitution au cours d'eau des eaux d'une retenue est rarement une solution satisfaisante pour limiter les conséquences des étiages sévères. Des contradictions peuvent exister entre l'usage du plan d'eau (irrigation, loisirs...) et le soutien d'étiage, pouvant entraîner une forte diminution du niveau du plan d'eau en fin d'été. La qualité des eaux restituées à partir du plan d'eau diffère de celle du cours d'eau (température, teneur en oxygène, concentration de matières en suspension...). Aussi la loi sur l'eau et les milieux aquatiques du 30 décembre 2006 a-t-elle renforcée les dispositions relatives au débit minimum biologique à maintenir dans le cours d'eau (article L. 214-18 du code de l'environnement). Elle a également rénové les mesures relatives au classement des cours d'eau (article L. 214-17 du code de l'environnement). Des arrêtés du préfet coordonateur de bassin fixent ainsi : - une liste des cours d'eau sur lesquels la construction de nouveaux obstacles à la continuité écologique ne peut pas être autorisée (cours d'eau en très bon état, réservoirs biologiques, cours d'eau à poissons migrateurs amphihalins) ; - une liste des cours d'eau sur lesquels les ouvrages doivent être gérés, entretenus et équipés de manière à garantir le transport suffisant des sédiments et la circulation des poissons migrateurs. L'importance de cet enjeu a été réaffirmée par un plan d'action pour la restauration de la continuité écologique des cours d'eau lancé en 2009 par la secrétaire d'État à l'écologie. Afin de limiter les étiages sévères sur les cours d'eau et de satisfaire au mieux les besoins estivaux en eau des différents usages (industrie, agriculture, loisirs...), la solution la plus efficace reste la maîtrise des prélèvements. Lorsque la recherche d'économies d'eau n'est pas suffisante, la création de ressources de substitution, telle la création de retenues déconnectées des cours d'eau alimentées par les eaux de ruissellement, du bassin versant ou par des prélèvements hivernaux peut être envisagée, en tenant compte des caractéristiques environnementales des sites retenus et des contraintes liées à l'alimentation des populations en eau potable. Inscrites dans une démarche environnementale (projet de territoire), les retenues de substitution présentent un double avantage : par la déconnexion du cours d'eau, elles diminuent les pressions sur le cours d'eau (rupture de continuité, température, etc.) et par un prélèvement hivernal utilisé en été, elles permettent d'assurer aux usagers un accès sécurisé à une ressource en eau. Néanmoins le prélèvement hivernal doit rester raisonnable et ne pas compromettre le fonctionnement de l'écosystème.