Selon les dispositions de l'article 244 quater B du code général des impôts (CGI), les entreprises industrielles commerciales ou agricoles imposées d'après leur bénéfice réel ou exonérées en application des articles 44 sexies, 44 sexies A, 44 septies, 44 octies, 44 octies A, 44 decies, 44 undecies, 44 duodecies, 44 terdecies et 44 quindecies du même code peuvent bénéficier d'un crédit d'impôt au titre des dépenses de recherche (CIR) qu'elles exposent au cours de l'année. L'instruction fiscale 4 A-3-12 du 21 février 2012 intégrée au BOFIP BOI-BIC-RICI-10-10-10-20 portant sur la définition des opérations de recherche et développement (R&D) a renforcé la sécurité juridique des entreprises, en définissant les dépenses éligibles au CIR prévu à l'article 244 quater B du CGI. La doctrine s'appuie dorénavant sur les définitions du manuel de Frascati, « Méthode type proposée pour les enquêtes sur la recherche et le développement expérimental » publié par l'organisation de coopération et de développement économiques et constituant la référence internationale pour la définition du périmètre des activités de R&D. Par ailleurs, s'agissant des opérations d'innovation nouvellement éligibles au CIR en vertu du k du II de l'article 244 quater B du CGI, la récente publication du BOFIP BOI-BIC-RICI-10-10-45 relatif au champ d'application du CIR en matière d'innovation fait expressément référence au manuel dit d'Oslo qui est l'équivalent pour l'innovation du manuel de Frascati. La suppression du doublement d'assiette pour l'embauche de jeunes docteurs et pour la sous-traitance publique en vertu du 3° du c et du d du II de l'article 244 quater B du CGI compromettrait les équilibres actuels. La suppression du doublement d'assiette pour les « jeunes docteurs » pourrait conduire à un ralentissement de leur embauche par les entreprises qui sont sensiblement plus nombreuses à les engager. Une étude du ministère de la recherche portant sur les chiffres du CIR 2011 montre que, depuis 2007, leur nombre a été multiplié par 2,6 et approche 1 200 en 2011. De même, une telle mesure pourrait pénaliser les partenariats publics-privés. A ce titre, l'étude du ministère de la recherche précitée montre que la disposition critiquée constitue un outil majeur en faveur de la coopération entre la recherche publique et la recherche privée : ainsi, entre 2007 et 2011, le nombre d'entreprises ayant confié des opérations de recherche à des institutions publiques de recherche a augmenté de près de 102 %. Enfin, concernant les modalités de calcul du forfait des frais de fonctionnement prévues au c du II de l'article 244 quater B du CGI, elles ont été ajustées à la suite d'amendements déposés par les parlementaires et aboutissant à l'adoption de l'article 41 de la loi n° 2010-1657 du 29 décembre 2010 de finances pour 2011. L'objectif de cette réforme était de mieux maîtriser le coût budgétaire lié à l'application du forfait, et de le centrer, conformément au souhait des parlementaires, en faveur des entreprises du secteur industriel par la prise en compte dans la base de calcul non seulement des dépenses de personnel mais aussi de l'amortissement du matériel affecté à l'activité de recherche. Ainsi, le forfait de calcul des frais de fonctionnement relatif aux opérations de recherche correspond désormais à 75 % des dotations aux amortissements des immobilisations affectées directement aux activités des recherche et à 50 % des dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations de recherche et des rémunérations supplémentaires et justes prix alloués aux salariés auteurs d'une invention résultant d'opérations de recherche.