La réforme de l'administration territoriale de l'Etat, engagée en 2007, a été mise en place sur le territoire métropolitain au 1er janvier 2010 hors la région Ile-de-France où la réforme est entrée en vigueur au 1er juillet 2010. Elle est ensuite intervenue en Outre-mer le 1er janvier 2011. Lors du comité interministériel pour la modernisation de l'action publique du 17 juillet 2013, le Gouvernement a fait le choix de la stabilité des organisations en décidant de ne pas engager de nouvelles réorganisations administratives dans le champ de l'administration territoriale de l'Etat. Il a réaffirmé la nécessité d'une présence durable des services de l'Etat dans les départements et décidé de concentrer son action sur l'amélioration des conditions de fonctionnement des services au profit des agents comme des usagers. La Cour des Comptes préconise, dans son rapport relatif à l'organisation territoriale de l'Etat, de renforcer l'échelon régional comme pivot de l'organisation territoriale de l'Etat en distinguant les fonctions d'animation, confiées au SGAR, et les fonctions de coordination des mutualisations, confiées au secrétaire général de la préfecture de région. L'affirmation, posée par la RéATE, du niveau régional comme le niveau de droit commun pour le pilotage des politiques publiques et leur adaptation aux territoires a justifié une évolution de l'organisation et des missions des secrétaires généraux pour les affaires régionales (SGAR). Ils constituent, auprès des préfets de région, un état-major pour leurs missions de coordination des services de l'Etat dans la région et pour la conduite de politiques publiques interministérielles. A l'époque des travaux préparatoire à la mise en place de la RéATE, il fut décidé de confier aux SGAR le pilotage des mutualisations à l'échelle de la région afin de renforcer leur organisation interministérielle. Le décret n° 2009-587 du 25 mai 2009 relatif aux missions des secrétaires généraux pour les affaires régionales confirme le rôle des SGAR et enrichit ainsi leurs missions. A côté des missions traditionnelles de programmation, de suivi de politiques publiques et de coordination des directions régionales, le SGAR « anime et coordonne l'organisation et la mise en oeuvre des fonctions mutualisées des services de l'Etat en région ». Il n'est pas prévu à ce jour de revenir sur la répartition des fonctions entre le SGAR et le secrétaire général de la préfecture de région.