Pour assurer sa mission de vérification de l'éligibilité des dépenses déclarées, le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche (MESR) dispose d'une capacité d'expertise interne (4 experts référents dans les domaines des STIC [sciences de la technologie, de l'information et de la communication], des sciences de l'ingénieur et de la santé) et d'un réseau externe sur l'ensemble du territoire national de l'ordre de 500 experts. Le MESR ne dispose pas des moyens nécessaires pour assurer une rencontre systématique avec l'entreprise pour tous les dossiers. Dans ces conditions, priorité est donnée aux dossiers jugés défavorables par l'expert mais pour lesquels subsiste un doute qui ne peut être levé que par un échange avec la société. Pour les dossiers entièrement favorables ou très défavorables, la rencontre ne s'impose pas dans la mesure où il n'y a pas d'incertitude sur la conclusion à donner à l'expertise. Les rencontres ont lieu dans environ 20 % des cas. La grande majorité des rencontres sont assurées par les experts externes. Les experts externes sont choisis parmi des personnes exerçant leur activité professionnelle dans des organismes de recherche publics (centre national de la recherche scientifique [CNRS], institut national de la santé et de la recherche médicale [INSERM], INRIA [institut national de la recherche en informatique et en automatique], CEA [commissariat à l'énergie atomique]...), des centre hospitaliers universitaires [CHU], des établissements d'enseignement supérieur, des universités ou des établissements de recherche privés adossés à des établissements de recherche publics. Ils sont sélectionnés dans la sphère publique pour leur connaissance de l'état de l'art dans un domaine scientifique, pour leur indépendance et leur neutralité vis-à-vis des entreprises, ce qui permet d'éviter les situations de conflit d'intérêt, et pour certains d'entre eux, pour leur expérience en transfert de technologies et création d'entreprises. Recrutés sur la base du volontariat, ils exercent leur activité de contrôle de dossiers CIR (crédit d'impôt recherche) comme une activité secondaire, ce qui nécessite qu'ils puissent dégager du temps sur leur activité principale. Ils bénéficient de formations de la part de l'équipe CIR du MESR, à Paris ou en région en fonction des besoins, et perçoivent une rémunération pour chaque dossier expertisé. Les experts internes sont des référents qui assurent les entretiens concernant les dossiers les plus complexes ou litigieux. Ils ont également une fonction de conseil auprès des experts externes. Un groupe de travail a été mis en place entre la direction générale des finances publiques et la direction générale pour la recherche et l'innovation visant à mieux définir le rôle de chaque service dans la procédure de contrôle du CIR. L'objectif est de limiter la charge de travail de l'expert en recentrant sa mission sur l'expertise R&D (recherche et développement) proprement dite, les services fiscaux s'assurant, en amont de la demande d'expertise adressée au MESR, de la constitution d'un dossier complet avec tous les éléments nécessaires à l'expertise. Le temps ainsi libéré devrait augmenter la disponibilité des experts pour les rencontres avec les entreprises. Par ailleurs, le MESR continue son effort de recrutement et de formation de nouveaux experts externes. Les travaux de ce groupe débouchent sur des ajustements de procédure qui renforceront ainsi le caractère contradictoire des échanges avec les entreprises.