La directive n° 2009/28/CE (directive EnR) relative aux énergies renouvelables prévoit que la part énergétique renouvelable, exprimée en énergie (MJ), des biocarburants issus de déchets, de résidus, de matières cellulosiques d'origine non alimentaire et de matières ligno-cellulosiques peut être comptabilisée pour le double de sa valeur réelle pour le calcul de la part d'énergie renouvelable dans les transports. Ce double comptage est un dispositif qui devrait être amené à se développer dans les années à venir. En effet, la Commission européenne a publié le 17 octobre 2012 un projet de directive, relatif au changement d'affectation des sols, dans lequel elle réaffirme le concept de double comptage et introduit un concept de quadruple comptage. L'objectif de ce double comptage est d'encourager l'utilisation de biocarburants apportant des effets bénéfiques supplémentaires, notamment la diversification des matières premières résultant de la fabrication de biocarburants à partir de déchets, de résidus, de matières cellulosiques non alimentaires, de matières ligno-cellulosiques et d'algues. Ces matières présentent un fort potentiel d'économies en matière de réduction des émissions de gaz à effet de serre et des avantages environnementaux notables pour la production de biocarburants. De plus, ce dispositif permet d'encourager le développement de biocarburants dits « avancés », qui présentent des enjeux industriels importants à plus long terme. Cette disposition européenne est transposée en droit français par le décret n° 2011-1468 du 9 novembre 2011 pris pour l'application de l'ordonnance portant transposition des directives n° 2009/28/CE et n° 2009/30/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 avril 2009 dans le domaine des énergies renouvelables et des biocarburants. L'article 1er d) du décret du 9 novembre 2011 susmentionné précise que « les biocarburants et bioliquides produits à partir de déchets et de résidus, de matières cellulosiques d'origine non alimentaire et de matières ligno-cellulosiques sont comptabilisés pour le double de leur valeur réelle en pouvoir calorifique. La liste de ces biocarburants et bioliquides est fixée par un arrêté conjoint des ministres chargés de l'écologie, de l'énergie, des douanes et de l'agriculture. L'arrêté précise les modalités du double comptage pour exclure toute utilisation frauduleuse ». L'arrêté du 17 janvier 2012 pris en application du décret susmentionné établit, d'une part, les produits éligibles au dispositif du double comptage et d'autre part, une procédure de reconnaissance sur dossier des unités de production pour lesquelles les volumes de biocarburants identifiés par l'autorité compétente peuvent bénéficier de cette disposition. Cet arrêté est co-signé par les ministres chargés de l'écologie, du budget, de l'agriculture et de l'énergie. A ce jour, les produits éligibles au dispositif du double comptage sont : les huiles végétales usagées, les graisses animales, les matières cellulosiques d'origine non-alimentaire, et les matières ligno-cellulosiques. Afin de mettre en oeuvre un amendement parlementaire qui plafonne ce dispositif et suite à une décision du précédent gouvernement en date du 19 juillet 2011, le bénéfice du double comptage peut être limité à un certain pourcentage. Pour l'année 2012, ce pourcentage était fixé à 0,35 % en énergie. L'objectif de ce plafond est, avant tout, de limiter les effets de distorsion de marché, les fraudes ainsi que les importations massives de déchets qui ont pu être observées suite à la mise en oeuvre du double comptage et qui sont venus concurrencer les productions nationales de biocarburants conventionnels. Pour l'année 2013, il a été décidé de reconduire le plafond de 0,35 %, en attendant les recommandations d'une mission conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux (CGAAER) / conseil général de l'économie, de l'industrie, de l'énergie et des technologies (CGEIET), qui remettra prochainement son rapport. Cette mission devra déterminer la valeur optimale du plafond permettant de minimiser les risques de fraude et de valoriser le maximum de déchets et résidus produits en France sans faire courir de risque aux industries productrices de biocarburants existantes. Le relèvement de ce plafond pourrait permettre de réduire le montant de la taxe générale sur les activités polluantes (TGAP) payé par les distributeurs pétroliers pour non atteinte de l'objectif dans la filière essence, ce qui devrait contribuer à diminuer le prix des essences à la pompe.