Les instituts techniques agricoles jouent un rôle majeur à la fois dans la recherche agronomique appliquée et dans le transfert de savoir-faire, rôle qui est très apprécié par les professionnels et le ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt. Une part du financement de leurs programmes de recherche-développement (en moyenne 25%, soit environ 40 millions d'euros par an) provient du compte d'affectation spéciale pour le développement agricole et rural (CASDAR). Le CASDAR est alimenté par une fraction égale à 85 % de la taxe sur le chiffre d'affaires des exploitants agricoles prévue à l'article 302bis MB du code général des impôts. L'augmentation moyenne, ces dernières années, du chiffre d'affaire des exploitations agricoles a conduit à une augmentation de la recette de la taxe. À cet égard, les programmes annuels de développement agricole et rural financés par le CASDAR, dont ceux des instituts techniques agricoles, ont été augmentés de 1 % en 2012. L'avenir des instituts techniques agricoles n'est donc pas menacé ; ils continueront à assurer une recherche appliquée dans les meilleures conditions possibles, en liaison avec la recherche finalisée, notamment l'institut national de la recherche agronomique (INRA), l'institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), des laboratoires universitaires, l'enseignement technique et supérieur agricole. En 2012, les instituts techniques agricoles ont été évalués sur leurs projets pour le renouvellement de leur qualification pour la période 2014-2020. Des recommandations ont été faites à certains d'entre-eux pour qu'ils s'associent avec un autre institut ayant une activité proche ou complémentaire afin d'atteindre une taille critique pour renforcer leur capacité d'accès aux appels à projets et aux techniques de pointe (génomique, par exemple). Il a été rappelé également à tous les instituts techniques agricoles de veiller à diversifier leurs sources de financement.