Le Comité consultatif du musée national Fernand Léger a été institué par l'article 2bis du décret no 45-2075 du 31 août 1945 modifié portant application de l'ordonnance relative à l'organisation provisoire des musées des beaux-arts, qui prévoit que : "Le musée Fernand Léger est géré par les donateurs ou le survivant d'entre eux avec l'assistance d'un comité consultatif, et après le décès des donateurs, par l'Etat, assisté du comité susmentionné". Cette instance, composée de 20 membres, à la fois des experts et des ayants droit, s'est avérée très utile pour le fonctionnement et l'orientation scientifique du Musée national Fernand Léger. S'agissant d'une instance de consultation, le Comité consultatif du musée national Fernand Léger n'est pas doté d'un budget de fonctionnement propre. À toutes fins utiles, il est précisé que dans la mesure où ce comité est lié à un legs accepté par l'État et où il est institué au sein d'un service à compétence nationale, il est exclu du champ d'application du décret no 2006-672 du 8 juin 2006 relatif à la création, à la composition et au fonctionnement de commissions administratives à caractère consultatif. Il s'agit d'un organisme consultatif pérenne, qui n'a pas à être prorogé pour pouvoir exercer ses missions. Au demeurant, la nouvelle direction du Musée national souhaite s'appuyer davantage sur le comité.