La traçabilité des bovins telle qu'elle existe aujourd'hui résulte de la crise de l'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) de 1996. La nécessité d'une traçabilité totale de la fourche à la fourchette est apparue nécessaire. Le règlement (CE) n° 1760/2000 en vigueur établit un système d'identification et d'enregistrement des bovins qui repose sur quatre éléments : la pose de deux marques auriculaires (non électroniques), des registres d'exploitation, des passeports pour chaque bovin et la tenue d'une base de données nationale informatisée. Le système de traçabilité pour les bovins tel qu'il existe actuellement est bien accepté sur le terrain et fonctionne de manière satisfaisante. Des pistes de simplification sont actuellement étudiées comme la suppression des passeports par la circulation de données dématérialisées entre les détenteurs de bovin. Dans le système de traçabilité bovine, qui a fait les preuves de son efficacité, l'identification électronique n'a pas été considérée comme un préalable contrairement au système établi pour les petits ruminants (pour lesquels la gestion des flux d'animaux est plus complexe et les numéros d'identification et les codes barres des boucles auriculaires demeurent peu lisibles car se salissant très rapidement). Sur le plan économique, l'intérêt coûts/bénéfices pour la filière bovine de son introduction, apparaît encore limité, excepté pour les abattoirs qui ne supportent pas le coût de l'identification pris en charge essentiellement par les éleveurs. Certains éleveurs français de bovins ont cependant souhaité utiliser des marques auriculaires électroniques afin de disposer d'une norme en mesure de répondre à leurs besoins en matière d'équipement en systèmes élaborés de gestion de troupeau (robots de traite, distributeurs automatiques d'aliments...). Ceci a été rendu possible grâce à l'agrément, à l'automne 2010 par la direction générale de l'alimentation, de modèles de boucles auriculaires comportant un transpondeur électronique. Ainsi, les éleveurs français qui ont choisi d'électroniser leur cheptel apposent deux boucles auriculaires sur leurs animaux, une conventionnelle et une électronique. Cela concerne actuellement environ 30 000 bovins sur 19 millions. Pour la France, pionnière dans ce domaine avec quelques autres États membres, il est cependant apparu indispensable de faire évoluer le règlement européen afin de faire en sorte que les marques électroniques adoptent une même technologie faisant référence aux normes internationales. En effet, si les États membres choisissaient des technologies différentes, il serait par la suite très difficile d'harmoniser les pratiques. Ainsi, la France soutient la Commission européenne dans sa proposition d'évolution réglementaire qui permet d'harmoniser les pratiques en laissant aux États membres le choix d'instaurer un régime obligatoire (exemple du Danemark, seul État membre l'ayant instauré) ou un régime facultatif (exemple de la France) dans lequel les exploitants ont le choix de recourir ou non à l'identification électronique.