Le crédit d'impôt en faveur de la recherche (CIR) est un élément déterminant dans la politique du Gouvernement en matière de soutien de recherche et développement des entreprises. C'est notamment pour cette raison que le Président de la République a souhaité, à travers l'action 26 du pacte national pour la croissance, la compétitivité et l'emploi, que le CIR soit stabilisé sur la durée du quinquennat. Il convient de souligner que le CIR, dans sa configuration actuelle, donne la possibilité aux entreprises de faire valoir leurs droits sur leurs créances pour une période de 3 ans dans le cas où l'impôt dû est inférieur au crédit d'impôt. Ainsi, chaque année, le coût total de la dépense fiscale est en réalité le résultat de liquidations par l'État de créances d'entreprises s'étalant sur plusieurs années. Compte tenu de ce dispositif de liquidation de la créance fiscale sur plusieurs années, l'effet d'une modification du périmètre du CIR met donc en réalité 4 années à se faire ressentir pleinement sur le coût de la dépense fiscale (retour à une « période de croisière »). Ce phénomène induit un fort aléa dans l'exercice de chiffrage du CIR. Comme l'a rappelé la Cour des comptes l'augmentation de la dépense fiscale depuis 2011 est directement liée au contrecoup de la mesure de remboursement anticipé des créances antérieures à 2009 qui avait été accordé dans le cadre du plan de relance de 2009. Cette mesure avait ainsi créé un pic de dépenses (6,2 Mds€ en 2009 et 4,9 Mds€ en 2010) suivi d'une baisse mécanique (3 Mds€ environ en 2011/2012). L'année 2014 devrait constituer la première d'un retour à la normale, avec une dépense fiscale relativement proche du niveau de la créance. Dans ces conditions, le Gouvernement prévoit une dépense fiscale en augmentation, à 5,8 Mds€ contre 4 Mds€ en 2013. Cette dynamique va se stabiliser puisque la dépense a désormais quasiment rattrapé le montant des créances observées. Par ailleurs, l'objectif de stabilisation en volume des dépenses fiscales prévu à l'article 14 de la loi de programmation des finances publiques pour les années 2012 à 2017 intègre l'évolution spontanée du coût du CIR.