Dans son rapport sur le financement public de la recherche, la Cour des comptes s'inquiète des conséquences pour les établissements d'une gestion mal adaptée des ressources, et recommande de mettre en place un suivi coordonné des investissements scientifiques et charger l'agence nationale de la recherche (ANR) de procéder régulièrement à des appels à projets. Cette demande a déjà été prise en compte dans le cadre des investissements d'avenir, programme lancé en 2010 et géré par l'ANR. Il a permis de mobiliser les acteurs de la recherche dans le cadre de plusieurs appels à projets où les propositions sont évaluées par un jury international. Il a notamment été doté d'un milliard d'euros pour financer les investissements scientifiques au travers du soutien aux équipements d'excellence (Equipex). 93 équipements ont été sélectionnés et financés par ce programme. Le nouveau programme investissements d'avenir (PIA 2) réitère ce soutien et présente un caractère innovant par la liaison souhaitée avec les partenaires économiques. L'action Equipex des PIA 2 développe cette logique partenariale en favorisant un cofinancement dans l'acquisition et la gestion des Equipex et cible 33 % de cofinancement à l'horizon 2017. Ainsi, un objectif de 50 partenaires privés associés aux projets lauréats a été fixé. Compte tenu du nombre de projets lauréats estimé, cette cible permet de garantir qu'en moyenne, entre 1 et 2 partenaires privés par projet seront associés. Par ailleurs, un suivi coordonné des investissements a été mis en place pour les très grandes infrastructures de recherche (TGIR) et les organisations internationales (OI). Eléments indispensables au développement de la connaissance scientifique et technologique, elles sont par essence à la pointe du développement scientifique et technologique, et participent naturellement au processus d'innovation. Elles sont inscrites dans la nouvelle feuille de route nationale des infrastructures de recherche, fruit d'une concertation entre le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche (MESR) et les organismes de recherche, et rendue publique en février 2013. Les TGIR et les OI sont caractérisées, entre autres, par un suivi individualisé au niveau de l'Etat, tant du point de vue budgétaire, avec une programmation financière pluriannuelle, que de celui de la participation, directe ou par délégation, du MESR dans les instances de pilotage. Le dispositif repose sur un comité directeur, assisté d'un haut conseil des TGIR. Présidé par le directeur général pour la recherche et l'innovation, le comité directeur comprend l'administrateur général du CEA (commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives), le président du CNRS (centre national de la recherche scientifique), les présidents des alliances thématiques de recherche et un représentant du ministère des affaires étrangères. Sa mission consiste à proposer au ministre en charge de la recherche la stratégie nationale pour les infrastructures de recherche, la feuille de route nationale en matière de programmation pluriannuelle des TGIR et des OI et les décisions structurantes pour ces installations.