Il convient de rappeler en préambule que l'administration pénitentiaire n'a aucune légitimité pour intervenir dans la formation théologique des aumôniers, qui relève de la responsabilité exclusive des autorités cultuelles.  En revanche, les directions interrégionales des services pénitentiaires (DISP) organisent chaque année des formations non confessionnelles de 2 jours en direction des nouveaux aumôniers, selon le cahier des charges défini dans la note du 27 juin 2007 relative à l'accueil des aumôniers nouvellement recrutés. Cependant, les intervenants d'aumônerie agréés antérieurement à cette date n'ont pas tous bénéficié de ces formations.  De surcroît, l'émergence de nouveaux enjeux et la parution de nouveaux textes justifient pleinement le recours à des actions de formation continue en direction des aumôniers.  C'est la raison pour laquelle des actions de formation continue sont développées, sur le modèle de celles organisées conjointement par certaines DISP et préfectures (ex : DISP de Paris/préfecture de Paris et d'Ile-de-France et DISP de Lille/préfecture du Nord). Ces formations ont notamment porté sur le rôle et le positionnement de l'aumônier au sein de la détention, la liberté religieuse et la liberté de conscience, sous l'angle pratique (conditions d'exercice) et sur le plan des principes (laïcité, coexistence pacifique des différents cultes). Enfin, l'instance de dialogue avec l'Islam en France réunie le 21 mars 2016 a validé la nécessaire reconnaissance des aumoniers musulmans intervenant en prison par l'élaboration en 2016 d'une Charte Nationale.