Les missions et le fonctionnement actuel de la commission nationale pour l'UNESCO s'appuient sur le décret n° 2008-1400 du 19 décembre 2008 qui lui est relatif. La Commission remplit un rôle consultatif auprès du Gouvernement pour les questions relevant de l'UNESCO. Elle joue également le rôle d'organe de liaison entre l'UNESCO et la société civile française, dans les domaines de compétence de cette organisation spécialisée des Nations unies. Elle est notamment chargée de faire connaître les objectifs, les programmes et les activités de l'UNESCO. Elle est associée aux travaux de la délégation française à la conférence générale des Etats membres et au conseil exécutif de l'UNESCO. La CNFU dispose de 7 emplois permanents en équivalent temps plein. Elle assure actuellement la rémunération de 3 agents à taux plein ; 3 agents administratifs sont mis à disposition par le ministère de l'éducation nationale. Les cinq ministères de tutelle (culture et communication ; éducation nationale ; enseignement supérieur et recherche ; écologie, développement durable et énergie ; affaires étrangères) versent des subventions de fonctionnement dont le total est de 311 000 euros pour 2012. Le financement des activités de la CNFU repose également sur des partenariats, ainsi que sur le concours de l'UNESCO pour les activités conjointes. La CNFU adresse chaque année au Gouvernement un rapport écrit sur ses activités.