Fin 2012, les comités de bassin et les conseils d'administration des agences de l'eau ont adopté les dixièmes programmes d'intervention des agences de l'eau pour les années 2013 à 2018. Ces programmes, issus d'une large concertation entre les différentes catégories d'usagers représentés au sein des comités de bassin, répondent aux orientations nationales fixées par le ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie qui assure la tutelle des agences de l'eau. Ainsi, les dixièmes programmes s'inscrivent dans une logique de réponse aux directives européennes, et tout particulièrement de réponse aux objectifs de la directive cadre sur l'eau. Ils ont ainsi été orientés vers une logique de résultats pour la reconquête du bon état des rivières, des nappes, des lacs et des eaux littorales. La diminution des pollutions diffuses d'origine agricole (nitrates et produits phytosanitaires) constitue l'un des défis majeurs à relever pour atteindre des objectifs de bon état des eaux. Pour ce qui concerne les recettes de redevances, les facteurs principaux pris en compte pour définir leur évolution ont été le besoin de financement des programmes mais aussi, au regard du cadrage national, la nécessité de ne pas aggraver le déséquilibre entre catégories d'usagers. La redevance pour pollution de l'eau d'origine domestique reste encore l'élément principal des recettes de redevances. Il faut rappeler que certaines activités économiques ou non économiques dites assimilées domestiques sont également soumises à cette redevance (artisanat, hôtellerie, camping, enseignement...). Toutefois, de manière variable selon les bassins, la part provenant de la facture d'eau dans le volume global des redevances à percevoir se réduit légèrement entre 2012 et les dixièmes programmes. Au global, la part issue de la facture d'eau dans les recettes de redevances des agences de l'eau diminue, les agences ayant mis en place une stratégie de réduction du déséquilibre entre les contributeurs, notamment permise par le relèvement des taux plafond de plusieurs redevances en loi de finances pour 2012 (redevance pour pollution non domestique et modernisation des réseaux de collecte non domestiques). Il faut noter également qu'à l'issue de la deuxième conférence environnementale, la feuille de route pour la transition écologique a prévu le renforcement de la lutte contre les pollutions liées aux nitrates et aux produits phytosanitaires en mobilisant tous les leviers d'action : incitatif (meilleure mobilisation des fonds européens et mesures des dixièmes programmes des agences de l'eau), réglementaire (approbation des nouveaux programmes d'action « nitrates » d'ici mars 2014) et fiscal (élargissement de l'assiette de la redevance phytosanitaire dès 2014 et suppression du taux réduit de TVA pour les engrais). Ces dernières mesures devraient permettre d'améliorer la contribution des acteurs agricoles aux programmes des agences de l'eau. Enfin, en matière de gouvernance, il est prévu la mise en place d'un groupe de travail partenarial chargé de proposer des orientations visant à améliorer la gouvernance des instances de bassin (comités de bassins et commissions locales de l'eau).