Les agents contractuels des établissements relevant de la loi du 9 janvier 1986 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique hospitalière sont régis par le décret du 6 février 1991 dont l'article 4 prévoit que : « outre sa date d'effet et la définition des fonctions occupées, le contrat détermine les conditions d'emploi de l'agent et notamment les modalités de sa rémunération. [...] » Les agents contractuels ne peuvent percevoir les primes ou indemnités des fonctionnaires et stagiaires de la fonction publique hospitalière, à moins que leur versement ne soit explicitement prévu par les textes réglementaires les instaurant, comme par exemple l'indemnité de sujétion spéciale pour les agents contractuels exerçant des fonctions similaires à celles des personnels titulaires ou la prime spéciale de sujétion et la prime forfaitaire des aides-soignants. La création des primes et indemnités relève exclusivement, pour les fonctionnaires titulaires et stagiaires, de la compétence du pouvoir réglementaire. Ainsi, s'ils ne peuvent verser aux agents contractuels les primes ou indemnités réservées aux fonctionnaires, les établissements peuvent en revanche fixer, par la voie du contrat, un montant global de rémunération correspondant à la rémunération principale et aux primes et indemnités que perçoivent des agents titulaires exerçant les mêmes fonctions et ayant la même expérience. Ils peuvent également instaurer des dispositifs indemnitaires spécifiques, à condition toutefois que ces dispositifs s'appliquent à tous les agents contractuels placés dans une situation comparable. Les observations formulées par plusieurs chambres régionales des comptes ont conduit le ministère chargé de la santé à rappeler, dans une instruction en cours de diffusion, les règles relatives au régime indemnitaire applicable aux agents contractuels de la fonction publique hospitalière.