Le secrétaire général du Conseil national d'évaluation du système scolaire (CNESCO), comme le prévoit le décret n° 2013-945 du 22 octobre 2013, est chargé de l'organisation des travaux du Conseil. Il assure cette mission dans le cadre d'un secrétariat général doté, au démarrage, de cinq « équivalents temps plein » (ETP). Les emplois correspondants servent de supports pour un secrétaire général, un chargé de communication et de valorisation des travaux du Conseil et de trois chargés de mission destinés à préparer les travaux et le rapport annuel de l'instance. Le poste de secrétaire général sera pourvu par le transfert d'un emploi d'administrateur civil de la direction de l'évaluation, de la prospective et de la performance. Les autres emplois proviennent du redéploiement, entre le CNESCO et le Conseil supérieur des programmes (CSP), des moyens humains précédemment attribués au Haut Conseil de l'éducation. En outre, le CNESCO bénéficie de crédits budgétaires (titre 2 et hors titre 2), à hauteur de 162 000 € pour l'année 2014. Ces crédits, gérés par le secrétaire général, sont destinés à rembourser les indemnités et les déplacements des membres, employer occasionnellement des experts et lancer des projets d'études avec des laboratoires de recherche universitaires. Le coût de fonctionnement (hors titre 2 uniquement) du secrétariat général du CNESCO s'élèvera à 139 500 € pour 2014.