Les contrôles fiscaux sont conduits dans le cadre d'une stratégie globale visant à couvrir tous les risques. La demande ou l'attribution d'un crédit d'impôt en faveur de la recherche (CIR) ne constitue en soi ni un motif, ni un axe de programmation. En revanche, dès lors que les enjeux et les risques le justifient, il appartient à l'administration fiscale de sécuriser les conditions d'attribution de cet avantage, conformément aux intentions du législateur. L'analyse des résultats du contrôle fiscal externe des six dernières années confirme qu'il n'y a pas de corrélation entre l'attribution d'un CIR et le déclenchement d'un contrôle. Si en valeur absolue le nombre de contrôles fiscaux sur place a augmenté, cette progression est directement liée à l'augmentation du nombre de déclarants CIR qui est passé d'environ 6 000 en 2004 à près de 20 000 en 2012. En 2012, seulement 6 % des entreprises ayant déclaré un CIR ont eu une reprise partielle ou totale de crédit dans le cadre d'un contrôle fiscal externe. Comme pour les autres dispositifs fiscaux, la direction générale des finances publiques (DGFiP) développe depuis de nombreuses années des outils d'analyse risque permettant d'améliorer la programmation des contrôles par le ciblage des entreprises laissant présumer un risque d'erreur ou de fraude. Dans cette logique, l'application SIRIUS PRO, outil d'analyse risque des contribuables professionnels, a été adaptée en 2013 afin d'offrir un requêtage sur le CIR, et par ailleurs une grille d'analyse risque des demandes de remboursement de CIR a été diffusée début 2013 aux services fiscaux également afin d'améliorer le ciblage des dossiers nécessitant un examen approfondi avant remboursement. Ces éléments démontrent que l'action de l'administration fiscale vise à garantir la bonne application de la législation en s'appuyant sur l'ensemble des moyens dont elle dispose et notamment l'analyse risque.