La Commission européenne a assigné la France le 17 février 2012 devant la Cour de justice pour son incapacité à lutter contre la pollution des eaux par les nitrates. Les griefs retenus contre la France portent aussi bien sur la délimitation des zones vulnérables aux nitrates que sur le contenu des programmes d'action « nitrates » qui s'appliquent dans ces mêmes zones vulnérables. La France s'est donc engagée dans une réforme ambitieuse de la réglementation en matière de nitrates qui va nécessiter une modification des pratiques agricoles. C'est pourquoi les services du ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie (MEDDE), en parfaite collaboration avec les services du ministre de l'agriculture, associent étroitement les représentants de la profession agricole à l'élaboration de ce nouveau dispositif réglementaire. Le socle réglementaire national s'appliquant à l'ensemble des zones vulnérables est défini par le décret n° 2011-1257 du 10 octobre 2011 et par l'arrêté du 19 décembre 2011 relatifs au programme d'actions national à mettre en oeuvre dans les zones vulnérables, afin de réduire la pollution des eaux par les nitrates d'origine agricole. Ce socle national est complété par le décret n° 2012-676 du 7 mai 2012 qui permet de mettre en place des mesures renforcées, sur les territoires pour lesquels les enjeux de préservation ou de restauration de la qualité de l'eau le justifient, comme les baies touchées par les algues vertes. Le décret n° 2011-1257 du 10 octobre 2011 modifie effectivement la surface retenue pour le calcul du plafond d'azote organique par exploitation. Ce choix répond au souci d'harmoniser le mode de calcul avec celui des autres états membres qui utilisent la surface agricole utile (SAU) comme dénominateur. Elle ne remet bien évidement pas en cause les surfaces sur lesquelles l'épandage d'azote organique reste interdit, en particulier les bords de cours d'eau et à proximité des habitations. Il faut également noter que dans la majorité des exploitations, le facteur limitant restera l'équilibre de la fertilisation : la modification apportée restera le plus souvent uniquement théorique. Pour répondre aux griefs de la Commission européenne, le Gouvernement précédent a été amené à revoir les normes d'excrétion des vaches laitières, notamment celles dont l'alimentation est à base d'herbe. Un dispositif transitoire est mis en place pour les élevages les plus herbagers reconnus pour leur performance environnementale. Ce dispositif anticipe une dérogation au plafond de 170 kg d'azote par hectare, que la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie compte demander aux autorités européennes. Le dossier de demande est en cours d'élaboration par les services du MEDDE en concertation étroite avec les acteurs du monde de l'élevage. Cette dérogation permettra de préserver les élevages, modèles d'exploitation que la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie entend préserver.