L'article L 3111-9 du code de la santé publique dispose que « sans préjudice des actions qui pourraient être exercées conformément au droit commun, la réparation intégrale des préjudices directement imputables à une vaccination obligatoire pratiquée dans les conditions mentionnées au présent chapitre, est assurée par l'office national d'indemnisation des accidents médicaux ». La loi établit en effet un lien entre l'obligation vaccinale, qui vise un effet de prévention individuelle, mais aussi collectif, et la réparation des éventuels dommages qu'elle pourrait avoir causés. Le caractère exceptionnel de l'obligation d'une part et le caractère d'intérêt général de la sujétion qu'implique la vaccination d'autre part, entraîne la prise en charge du risque d'effet dommageable par la collectivité, alors même que le bénéfice de la vaccination est avant tout individuel. Ce lien a été établi par la loi du 1er juillet 1964 relative à la vaccination antipoliomyélitique obligatoire, qui a prévu cette indemnisation fondée sur le risque. La loi du 4 mars 2002 relative aux droits des malades a fondé cette responsabilité sur la solidarité nationale. L'office national d'indemnisation des accidents médicaux (ONIAM) peut indemniser des victimes au titre d'un préjudice directement imputable à une vaccination obligatoire, mais également, dans les conditions du droit commun de l'indemnisation des victimes d'actes de prévention, en ce qui concerne les vaccinations recommandées (dommage directement imputable à un acte de prévention et présentant un certain caractère de gravité). La cour des comptes propose d'aligner les régimes d'indemnisation des vaccinations obligatoires et recommandées à condition que les dommages puissent être strictement imputés à la vaccination, ce qui soulève plus largement, la question de la distinction des vaccinations recommandées et obligatoires. Dans l'esprit de la population une vaccination « recommandée » est souvent perçue comme facultative alors que c'est l'ensemble des préconisations reprises dans le calendrier vaccinal et rendues publiques par la ministre des affaires sociales et de la santé qui définit la stratégie de prévention vaccinale nationale. En tout état de cause, la recommandation de la cour des comptes s'inscrit dans une réflexion plus large sur l'engagement de l'Etat, en termes de prise en charge et de responsabilité, vis-à-vis de l'ensemble des vaccins.