Dans le domaine de l'amélioration de la connaissance des aléas et des systèmes de surveillance, de prévision, de vigilance et d'alerte, la mission d'évaluation à mi-parcours du plan submersions rapides (PSR) relève dans son rapport de mars 2014 que le MEDDE doit définir une organisation-type pour que les services locaux soient en capacité d'interpréter l'impact d'une alerte « submersion marine » sur les territoires touchés. Un travail de mise en forme des messages d'alerte « submersion marine » doit être conjointement fait par le service central d'hydrométéorologie et d'appui à la prévision des inondations (SCHAPI), les services de prévision des crues (SPC) et Météo France pour permettre aux services d'intervention et aux maires des territoires concernés de se mobiliser de façon proportionnée. Dès le lancement du plan submersions rapides, Météo France et le service hydrographique et océanographique de la marine (SHOM) ont collaboré pour mettre en place un premier dispositif de vigilance vagues submersion (VVS) basé sur l'observation météorologique en mer et à la cote et l'observation d'état de la mer, qui permet de définir les niveaux de vigilance pour chaque département côtier concerné. À compter du 3 octobre 2011, l'aléa vagues submersion a été ajouté au dispositif de la vigilance météorologique. Le niveau orange a été activé 10 fois en 2013 et 10 fois en 2014, sans aucun cas de vigilance rouge. Cependant, une de ces situations a nécessité l'évacuation de populations situées dans des zones basses en mettant en oeuvre les dispositions du plan communal de sauvegarde (PCS). Les travaux d'amélioration de la connaissance de l'aléa se poursuivent de manière soutenue en 2014-2015 et permettent de prendre en compte des données historiques (projets Nivext et Nivstat) et de mener des simulations numériques de situations extrêmes (projets Incréo et Vimers). Le projet HOMONIM développé conjointement par Météo France et le SHOM avec le soutien de la direction générale de la prévention des risques (DGPR), va permettre d'améliorer les modélisations employées dans le dispositif VVS, en prenant en compte des surcotes et des états de mer à la cote plus précis et en s'appuyant sur un réseau de marégraphes complété pour la façade atlantique et sur des modélisations très haute résolution à réaliser au niveau de zones à enjeux, avec des surcotes 3D. Outre une meilleure connaissance des aléas et des systèmes de protection contre les submersions, qui prennent en compte les éléments naturels tels que les cordons dunaires, l'amélioration de la prévision des inondations nécessite de mieux anticiper, en gestion de crise, les conséquences négatives des crues et tempêtes. Dans ce but, les services de l'État sont mobilisés pour mettre en place dans chaque département, la mission de référent départemental inondation prévue par circulaire du 28 avril 2011, signée par les ministères de l'intérieur et de l'écologie. Cette mission, assurée par les DDT(M) auprès des préfets, consiste notamment à apporter un appui technique en gestion de crise et un éclairage sur les conséquences locales à attendre en fonction des prévisions de crues et de submersions marines mises à disposition par Météo France et par le SHOM.