Le collège d'experts scientifiques constitué le 21 décembre 2012 pour répondre à l'une des réserves formulées par la Commission d'enquête à l'issue de l'enquête publique sur les dossiers loi sur l'eau relatifs au projet d'aéroport de Notre-Dame-des-Landes, a émis douze réserves, dont quatre d'ordre méthodologique et huit spécifiques à l'application de la méthode sur le site. Il a estimé que « ces réserves devaient être levées pour que le projet puisse être poursuivi ». Ces douze réserves du collège d'experts ont toutes été prises en compte. Les compléments apportés aux arrêtés « Loi sur l'eau » permettent d'assurer la traçabilité des mesures compensatoires proposées en matière de biogéochimie, d'hydrologie et de biodiversité. Les maîtres d'ouvrages devront respecter des surfaces minima de mesures compensatoires, fonction des surfaces impactées par le projet. Les mesures compensatoires seront mises en oeuvre sur des parcelles situées à proximité du projet, à l'intérieur de zones présentant des similitudes de milieux avec les zones humides impactées. La méthode de définition des enjeux et des impacts résiduels a conduit à surestimer le besoin de compensation, ce qui répond à la demande des experts de restaurer les fonctionnalités de la zone détruite « à un niveau optimal ». Le projet d'arrêté renforce par ailleurs de manière importante les prescriptions sur le suivi des mesures : - en majorant de 10 % la réponse au besoin de compensation ; - en subordonnant l'avancement des travaux à l'engagement effectif des mesures compensatoires qui doivent être intégralement engagées avant la mise en service de l'aéroport ; - en mettant en place des sites témoins pour vérifier la pertinence des travaux de génie écologique mis en oeuvre ; - en mettant en place des contrôles semestriels de l'avancement des mesures ; - en imposant une évaluation annuelle de l'efficacité des mesures ; - en déployant un dispositif de surveillance et de contrôle sous l'égide d'un comité de pilotage assisté d'un comité scientifique indépendant. À ce stade, aucune des informations complémentaires recueillies ne remet en cause le contenu de l'état initial des dossiers. Concernant la faisabilité des techniques de génie écologique, le projet d'arrêté prévoit un dispositif de suivi, de validation et d'ajustement des mesures propre à assurer une mise en oeuvre effective de l'intégralité de la compensation. Concernant la garantie de la réalisation des mesures compensatoires, les maîtres d'ouvrage sont tenus de transmettre au service de police de l'eau, à l'observatoire et au comité scientifique, des bilans annuels permettant d'apprécier le degré d'avancement des mesures compensatoires. L'observatoire pourra proposer, si nécessaire après avis du comité scientifique, des mesures correctrices. En outre, le dispositif de suivi a été clarifié et renforcé, conformément aux observations des experts, notamment sur les sites témoins et les méthodes d'évaluation. Enfin l'avancement du projet est actuellement suspendu à la purge complète des recours administratifs contre ce projet.