Les élèves du service de santé des armées (SSA) s'engagent à servir en position d'activité et sont tenus, au regard de la réglementation en vigueur, de rembourser les frais liés à leur scolarité dans l'hypothèse d'une interruption du lien au service qu'ils ont contracté. Jusqu'au mois d'octobre 2010, des mesures de bienveillance ont pu être accordées à des anciens élèves qui, bien qu'ayant interrompu prématurément ce lien au service, exerçaient par la suite une activité au sein des armées ou de l'une des trois fonctions publiques. Toutefois, dans son rapport public intitulé « Médecins et hôpitaux des armées » publié à cette date, la Cour des Comptes a recommandé, évoquant les sursis ou exonérations dont pouvaient bénéficier certains anciens élèves du SSA, de ne retenir, pour l'appréciation du respect de l'engagement initialement souscrit, que les fonctions exercées pour le compte du ministère de la défense et de s'assurer, dans les autres cas, du remboursement effectif des frais de scolarité dus par ces personnes. Au terme d'une concertation entre les services du ministère de la défense et la direction générale des créances spéciales du Trésor, une interprétation stricte de la notion d'engagement à servir en position d'activité a alors été retenue, correspondant à la nécessité pour l'État de compenser la perte d'investissement subie en raison du départ précoce d'un élève ayant reçu une formation, de surcroît rémunérée, et à l'obligation faite au comptable public de recouvrer l'ensemble des créances régulièrement constituées. En conséquence, depuis une directive d'octobre 2010, les élèves du SSA qui interrompent leur lien au service sont désormais tenus de rembourser leurs frais de scolarité, même dans l'hypothèse où ils poursuivent une carrière dans la fonction publique. Les seules mesures de bienveillance susceptibles d'être aujourd'hui accordées concernent les anciens élèves qui réintègrent les armées. Ces nouvelles orientations ont été appliquées à compter du 1er janvier 2010 sans que soit reconsidérée la situation des anciens élèves qui, antérieurement à cette date, avaient obtenu un sursis à recouvrement ou une exonération de leur dette compte tenu de l'exercice à temps plein d'une activité dans l'une des trois fonctions publiques.