Certains documents d'urbanisme listés à l'article R. 121-14 du code de l'urbanisme sont soumis de manière systématique à évaluation environnementale tels que, par exemple, les schémas de cohérence territoriale, les plans locaux d'urbanisme ou cartes communales dont le territoire comprend en tout ou partie un site Natura 2000, les plans locaux d'urbanisme couvrant le territoire d'au moins une commune littorale au sens de l'article L. 321-2 du code de l'environnement. D'autres documents d'urbanisme y sont soumis à l'issue d'un examen au cas par cas, tels que, par exemple, les cartes communales de communes limitrophes d'une commune dont le territoire comprend en tout ou partie un site Natura 2000, s'il est établi qu'elles sont susceptibles d'affecter de manière significative un site Natura 2000, individuellement ou en raison de leurs effets cumulés. Par ailleurs, tout document d'urbanisme soumis à évaluation environnementale est également redevable d'une évaluation d'incidences sur les sites Natura 2000, par application de l'article R. 414-19 du code de l'environnement. Ces deux types d'évaluations, s'ils présentent certaines similarités, se distinguent notamment par le fait, que l'évaluation d'incidences Natura 2000, à l'inverse de l'évaluation environnementale, ne traite que des incidences de la mise en oeuvre du document d'urbanisme sur les objectifs de conservation des sites Natura 2000 et non sur l'environnement pris dans un sens général. L'évaluation des incidences Natura 2000, dont le contenu est précisé à l'article R. 414-23 du code de l'environnement, constitue donc un volet de l'évaluation environnementale, ciblé sur les impacts négatifs sur les seuls habitats et espèces d'intérêt communautaire justifiant la désignation des sites Natura 2000 potentiellement impactés. Ainsi, évaluation environnementale et évaluation d'incidences Natura 2000 sont réalisées conjointement et participent de la même démarche itérative, favorisant les choix d'aménagements les moins néfastes pour l'environnement. Cette démarche d'évitement des impacts, au stade de la planification spatiale est essentielle pour faciliter la mise en oeuvre ultérieure des projets, qui nécessiteront des investigations et une analyse plus approfondies, dans le cadre des études d'impact. Le dispositif tend à une articulation et une complémentarité entre niveaux stratégique et opérationnel. Concernant enfin la question des effets « susceptibles d'affecter de manière significative un site Natura 2000 » et l'interrogation sur l'échelle de territoire à prendre en compte pour apprécier les incidences du document d'urbanisme, si ces questionnements sont cruciaux pour la réalisation de l'évaluation d'incidences Natura 2000, aucune réponse ne peut être apportée à priori. En effet, la définition du périmètre d'étude de l'évaluation, le degré de précision de l'analyse à conduire, l'appréciation du caractère significatif dépendent d'une multiplicité de critères tels que la nature du document d'urbanisme concerné, la distance aux sites Natura 2000, les fonctionnalités des écosystèmes présents dans le site, l'état de conservation des habitats et des espèces, etc. Il apparaît ainsi nécessaire que les services techniques des collectivités et les bureaux d'études soient en capacité d'identifier les enjeux liés à la conservation des sites Natura 2000 ainsi que les risques d'impacts sur les sites Natura 2000 découlant de la mise en oeuvre d'un document d'urbanisme. À cet égard, les documents d'objectifs des sites Natura 2000 sont une source d'information incontournable pour la réalisation de l'évaluation d'incidences Natura 2000, et les animateurs des sites Natura 2000 représentent des personnes ressources qu'il est recommandé de consulter pour prendre connaissance des enjeux des sites Natura 2000.