Le plan Ecophyto II s'inscrit dans le projet agroécologique pour la France, qui vise à la triple performance de l'agriculture française, sur les plans économique, environnemental et social. Dans ce contexte, les actions menées au titre du plan Ecophyto II tiennent compte de ces trois enjeux. Par exemple, le dispositif DEPHY FERME référence des systèmes de culture économes en produits phytosanitaires et performants sur les plans économique et social en conditions de production, avec à l'appui un recueil de données économiques des exploitations pour suivre l'évolution de la marge nette à l'hectare. Plus largement, les axes 2 « recherche et innovation » et 3 « maîtriser les risques et les impacts » du plan Ecophyto II s'attachent à réduire de façon globale l'utilisation, la dépendance et les impacts des produits phytosanitaires, en prenant en compte les externalités et leurs coûts, mal connus, de leur utilisation, sur les milieux naturels, les écosystèmes, la qualité de l'eau et la santé humaine. Enfin, la réduction de la dépendance aux intrants, dont les produits phytosanitaires, est un enjeu majeur pour la performance économique de l'agriculture française à moyen et long termes.