Le contrôle de la production des semences et plants a pour objectif de garantir que les semences et les plants répondent aux normes fixées par l'Union européenne visant à la loyauté des transactions. Les semences traitées avec un produit phytopharmaceutique font également l'objet de contrôles au titre de la réglementation sur la mise sur le marché et l'utilisation des produits phytopharmaceutiques. Toutefois la destruction des semences traitées ne fait l'objet d'aucune disposition spécifique par rapport à la réglementation générale en matière de déchets. La possibilité de semences traitées surnuméraires à l'issue de la campagne de semis est généralement prise en compte dans le cadre du contrat d'approvisionnement des agriculteurs, qui peut prévoir un rapatriement chez le semencier. Le semencier pourra soit faire certifier ces semences pour les semis suivants, soit décider de leur destruction, qui est généralement réalisée dans les cimenteries.