La comparaison du niveau d'absentéisme dans la fonction publique et dans le secteur privé est un exercice très difficile et biaisé. Il y a en effet une double source de complexité. Tout d'abord la comparaison entre les trois versants de la fonction publique est difficile car ils n'utilisent pas les mêmes méthodologies : le calcul de l'absentéisme de la fonction publique de l'Etat (FPE) rapporte le nombre de personnes absentes à l'ensemble de ses effectifs, quand dans la fonction publique hospitalière (FPH), c'est le nombre total de jours d'absence qui est comparé au nombre « d'équivalents temps plein », qui ne correspond non pas strictement au nombre d'employés mais à la capacité de travail de ceux-ci. Enfin dans la fonction publique territoriale (FPT), les modes de comptabilisation peuvent varier d'une collectivité à une autre rendant la collecte au niveau central difficile. Par ailleurs, un biais statistique existe concernant l'unité de mesure des absences. Certains calculs sont réalisés sur 365 jours, d'autres seulement sur les jours ouvrés (220 jours). Indépendamment de ces réserves, en 2012, le nombre moyen annuel de jours d'absence par agent pour raisons de santé a été de 13,5 dans la FPE, 16,5 dans la FPH et 21,5 dans la FPT, contre 13 dans le secteur privé (données direction générale de l'administration et de la fonction publique, « absentéisme pour raisons de santé en 2012 »). Ces données s'expliquent pour les contrats suivants. L'absentéisme est plus marqué chez les femmes, il est très fortement corrélé aux conditions physiques et matérielles de travail, et il est d'autant plus important que les agents sont âgés. Or, 61 % des fonctionnaires sont des femmes (contre 46 % dans le privé), 50 % des agents de la FPH (77 % dans la FPT) sont de catégorie C (pénibilité du travail), 1 agent sur 3 de la FPT a plus de 50 ans.