La politique et les objectifs de contrôle des navires en escale dans les ports de l'Union européenne et donc, des ports français sont encadrés par la directive communautaire 2009/16 du 23 avril 2009 adoptée dans le dit « paquet ERIKA III » en réaction au naufrage du pétrolier ERIKA. L'organisation du contrôle dont les règles communes sont appliquées au sein du memorandum d'entente de Paris repose sur une base de données et un système d'information commun aux États partis au memorandum, à savoir le système THETIS. Ce système qui dispose des informations avancées sur les navires de commerce en navigation internationale effectue un ciblage des navires à inspecter lors de leurs escales dans les ports européens. Ainsi chaque État membre reçoit pour ses ports quotidiennement la liste des navires qu'il doit et qu'il peut inspecter. Les navires ciblés en priorité 1 (notamment les navires anciens, transportant des marchandises dangereuses ou polluantes, ou faisant escale pour la première fois dans un port européen) doivent impérativement être inspectés lors de l'escale au port. Ainsi la France est tenue, comme les autres États membres, à un double objectif annuel, à savoir pour 2013 contrôler 95 % des navires classés en priorité 1 ayant fait escale dans un port français et réaliser un total annuel de 1 343 visites. Pour atteindre ces objectifs le ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie met en action 365/365 jours, 80 inspecteurs de la sécurité des navires qualifiés pour le contrôle de l'État du port conformément aux exigences européennes. Globalement les effectifs sont actuellement calibrés pour répondre aux objectifs nationaux de la mission. Toutefois depuis deux ans, on a pu noter que le nombre de navires prioritaires à visiter diminuait régulièrement sur les ports de la façade Atlantique et de la Manche, tandis qu'il augmentait sur les ports méditerranéens. En conséquence, chaque année en fonction des demandes de mutation et des départs des inspecteurs de la sécurité des navires, le ministère opère des transferts d'effectifs des centres de sécurité de la façade Atlantique vers ceux de la façade méditerranéenne.