La certification des échanges intracommunautaires des animaux vivants n'est pas un acte purement formel. Elle engage la responsabilité du vétérinaire officiel délivrant le certificat sanitaire et au-delà la crédibilité de la France auprès de ses partenaires économiques européens et des Pays Tiers. Pour alléger les contraintes pesant sur les exportateurs dans le cadre fixé par la législation européenne en vigueur, il est prévu de déléguer la certification aux échanges intracommunautaires à des vétérinaires praticiens mandatés par l'État et, pour garantir leur indépendance, d'assurer leur rémunération par la mise en place d'une redevance pour contrôle vétérinaire telle que mentionnée à l'article L.236-2 du code rural et de la pêche maritime. Cette redevance, acquittée par les opérateurs économiques responsables de l'échange des animaux vivants au sein de l'Union européenne, doit servir à la rétribution des vétérinaires qui procèdent aux actes de certification de ces animaux. L'acte de certification jusqu'à présent effectué dans les directions départementales en charge de la protection des populations devrait être confié aux vétérinaires mandatés à cet effet. Au regard du circuit de financement tel qu'il est envisagé, des surcoûts ont été identifiés notamment sur la taxe sur la valeur ajoutée. En effet les vétérinaires qui réalisent une activité libérale de certification à titre indépendant ont la qualité d'assujetti, leurs prestations devant alors être soumises à la taxe sur la valeur ajoutée. Aussi le dispositif permettant de répondre aux attentes légitimes des agriculteurs pourrait être rendu opérationnel dans un court délai à la condition que toutes les parties trouvent un accord sur le niveau tarifaire de la redevance. Des solutions alternatives sont à l'étude avec le ministère en charge du budget pour réduire le supplément de dépense qui pourrait peser sur les professionnels sans accroître la dépense publique.