La clause territoriale a été définie par l’Union européenne dans les conclusions du Conseil Affaires étrangères du 10 décembre 2012. L’UE s’est déclarée "déterminée à faire en sorte que,  conformément au droit international, tous les accords entre l’État d’Israël et l’Union européenne indiquent clairement et expressément qu’ils ne s’appliquent pas aux territoires occupés par Israël en 1967". Le 19 juillet 2013, la Commission européenne a publié des lignes directrices sur l’éligibilité des entités israéliennes et de leurs activités dans les territoires occupés par Israël depuis juin 1967 aux subventions, bourses et instruments financés par l’Union européenne. Entrées en vigueur le 1er janvier 2014, ces lignes directrices fixent des règles transversales à l’application du règlement financier 2014-2020, afin de garantir que les différents programmes et aides de l’Union européenne ne bénéficient pas à des activités développées dans les colonies israéliennes, en cohérence avec les positions de l’UE sur ce sujet. La première négociation concernée par la mise en œuvre de ces lignes directrices, la participation d’Israël au programme de recherche Horizon 2020, a abouti avec succès : l’Union européenne et Israël sont parvenus, le 26 novembre 2013, à un accord garantissant que les dispositions ne s’appliqueraient pas aux entreprises et entités ayant des activités dans les territoires occupés par Israël depuis juin 1967. La France salue cet accord, qui témoigne d’une volonté commune d’approfondir une coopération déjà importante, dans le respect du droit international et des exigences légales et financières de l’UE.