L'application Affelnet est l'outil d'aide à la décision des directeurs académiques des services départementaux de l'éducation nationale (DASEN), qui, sous l'autorité des recteurs, sont responsables de l'affectation dans les lycées publics. Il n'y a pas d'affectation en lycée privé sous contrat mais une demande d'inscription des familles auprès du directeur de l'établissement. La décision n'est pas du ressort du DASEN au même titre que pour les lycées privés agricoles et les centres de formation d'apprentis. Toutefois, l'application offre la souplesse permettant tout paramétrage souhaité par les autorités académiques dans le cadre de conventions qui peuvent être passées avec les recteurs. C'est ainsi que dans toutes les académies où sont proposées des filières agricoles, Affelnet permet d'affecter des élèves en lycée agricole sous couvert d'une convention passée avec le directeur régional de l'alimentation de l'agriculture et de la forêt (DRAAF). Déjà, plusieurs académies, dans le cadre d'accords avec les autorités diocésaines affectent les élèves issus de troisième dans les établissements privés sous contrat. Enfin, dans certaines académies, des dispositifs expérimentaux ont permis d'attribuer des places (sous réserve de la signature d'un contrat d'apprentissage) dans un certain nombre de CFA. Par conséquent, l'outil, dans sa forme actuelle, peut s'adapter à un grand nombre d'organisations qui peuvent exister sur notre territoire sous réserve que soient trouvés les accords adaptés entre les parties concernées. Les modules « Affelnet Post-troisième » et « Affelnet entrée en première » permettent déjà de gérer l'affectation dans l'enseignement privé et sont utilisés. Pour exemple, l'académie de Rennes a affecté 3 669 élèves en 2012 pour le « post-3e » et celle de Nantes 67 élèves en 2012 pour le « post-3e ».