Les zones humides sont très importantes pour le rôle qu'elles jouent notamment pour la biodiversité, la pollution et la régulation des inondations. La loi relative au développement des territoires ruraux du 23 février 2005 édicte que la préservation des zones humides est d'intérêt général (article L. 211-1-1 du code de l'environnement). Un décret en conseil d'État du 30 janvier 2007 a précisé la définition des zones humides (article R.211-108 du code de l'environnement) en fixant des critères objectifs : morphologie des sols liée à la présence prolongée d'eau d'origine naturelle et présence éventuelle de plantes hygrophiles définies à partir de listes établies par région bio-géographique. Un arrêté modifié du 24 juin 2008 a complété le dispositif en définissant notamment les classes pédologiques des sols qui peuvent être considérés comme hydromorphes. Ainsi, des sols peuvent être qualifiés d'humides sans considération de leur usage. Ces milieux ouverts doivent être entretenus pour rester opérationnels. Le pâturage et la fauche sont les meilleurs garants de leur maintien quand ils sont réalisés selon des modalités spécifiques et adaptées à la zone humide. L'indemnité compensatoire de handicap naturel ne permet pas d'inciter suffisamment les agriculteurs à des pratiques favorables aux zones humides. En effet, l'ICHN est une aide économique destinée à compenser le différentiel de revenu observé dans les zones défavorisées (montagne, piémont, certaines zones spécifiques) par rapport aux zones de plaine classiques. Elle continuera d'être ciblée sur les surfaces en herbe et les surfaces fourragères, c'est à dire sur les zones d'élevage. Son attribution est assortie d'un critère sur le nombre d'animaux par hectare qui doit être compris entre un minimum (pour vérifier la réalité de l'activité agricole et de la gestion de l'espace qui en découle) et un maximum (pour éviter un sur-chargement). Il s'agit d'une aide annuelle de masse, qui ne peut être assortie de critères environnementaux, encore moins spécifiques à certaines sous-zones. L'outil véritablement efficace permettant de garantir une agriculture performante et respectueuse des zones humides mis en place par le ministère chargé de l'agriculture est le système de mesures agro-environnementales (MAE) co-financées par l'Union européenne dont peuvent bénéficier les éleveurs. Ces mesures engagent les exploitants pour cinq ans. Le ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt veille à ce que ce type de mesures soit reconduit lors de la prochaine programmation du deuxième pilier de la politique agricole commune. Des travaux sont en cours afin de construire une MAE spécifique et adaptée à la zone humide, en apportant les améliorations qui seront utiles sur la base de l'expérience actuelle.