Au niveau européen, la directive 2003/87/CE relative au système européen d'échange de quotas d'émissions de gaz à effet de serre prévoit la vente d'une partie des quotas de la réserve pour les nouveaux entrants de phase III (2013-2020) afin de financer des projets de capture et stockage du carbone (CSC) et de technologies innovantes d'exploitation des énergies renouvelables. 300 millions de quotas ont ainsi été prélevés pour être vendus par la Banque européenne d'investissement (BEI) dans le cadre du programme dit « NER 300 » (New Entrants' Reserve 300). Les revenus viennent financer jusqu'à 50 % des coûts d'investissement des projets. La vente de la première tranche de la NER 300 (200 millions de quotas) a permis de récolter 1,5 Md€ (contre 4,5 Mds€ estimés initialement). La liste des projets sélectionnés dans le premier appel à projets correspondant à la vente de la première tranche a été publiée dans une décision d'exécution par la Commission Européenne le 18 décembre 2012. En énergies renouvelables innovantes, deux projets français parmi 23 projets lauréats au total ont été sélectionnés dans les domaines des biocarburants de deuxième génération (UPM Stracel BtL, 170 M€ d'aide) et des éoliennes flottantes (VertiMED, 34 M€ d'aide). Aucun projet de capture et stockage de carbone n'a été retenu. Le second appel à projets a été lancé le 3 avril 2013. Au niveau national, la directive 2003/87/CE prévoit la mise aux enchères par les États membres, à partir de 2013, de l'intégralité des quotas qui ne sont pas délivrés à titre gratuit. Elle dispose en son article 10.3 que les États membres déterminent l'usage qui est fait du produit de la mise aux enchères des quotas, et qu'un pourcentage minimal de 50 % des recettes tirées de la mise aux enchères des quotas ou l'équivalent en valeur financière de ces recettes, sera utilisé pour des mesures d'atténuation et/ou d'adaptation au changement climatique dans l'Union européenne et dans les pays tiers. L'article 43 de la loi de finances pour 2013 prévoit d'affecter les produits de cession des quotas carbone à l'Agence nationale de l'habitat (Anah). Cette ressource a vocation à financer, en les renforçant, les actions conduites par l'Anah dans le domaine de la rénovation énergétique, mais également dans les autres domaines d'intervention de l'agence (lutte contre l'habitat indigne, traitement des copropriétés dégradées, adaptation des logements à la perte d'autonomie et au handicap). Le budget de l'Agence a été établi de telle sorte que 50 % des financements accordés par l'Agence permettent une amélioration de la performance thermique des logements aidés. Les discussions au niveau communautaire sur les réformes structurelles du système européen d'échange de quotas et sur le cadre des politiques énergie-climat post 2020 seront l'occasion d'identifier les opportunités de renforcement du financement de la recherche pour le développement de technologies bas carbone notamment dans le domaine de l'énergie.