La Cour des comptes relève dans son référé que le dispositif des loyers budgétaires soulève de nombreuses questions de valorisation, d'incitation, d'équité, qu'il génère parfois des « effets d'aubaine » et qu'il ne peut tenir lieu de comptabilité analytique. Le référé conclut en indiquant que l'efficacité du mécanisme des loyers budgétaires n'est pas démontrée et que le coût de sa gestion est mal connu. La mission, demandée par le Premier ministre et confiée par le ministre chargé du Domaine à l'Inspection générale des finances, sur la politique immobilière de l'Etat a vocation à se pencher sur la question des loyers budgétaires. Elle s'appuiera sur les travaux de l'administration d'ores et déjà engagés qui permettront de répondre aux interrogations de la Cour des comptes et de dessiner, le cas échéant, différents scénarios d'évolution.