La relation politique entre l'Union européenne et Djibouti passe en premier lieu par le dialogue politique à haut niveau instauré au titre de l'article 8 de l'accord de Cotonou. Ce dialogue politique entre les autorités djiboutiennes et les représentants de l'UE sur place, dont le délégué de l'Union européenne et l'ambassadeur de France, permet de faire passer des messages relatifs à la situation politique dans le pays, mais aussi à la démocratie, à l'Etat de droit et au respect des droits de l'Homme. Il permet de rappeler clairement les attentes de l'Union européenne en la matière, et constitue une occasion pour interroger les autorités djiboutiennes sur leurs politiques publiques. La dernière session de dialogue politique s'est tenue le 15 février, et a permis des échanges approfondis sur les questions liées à la situation politique dans le pays, notamment les négociations entre les autorités et l'opposition ou encore la liberté des médias. Outre ce canal direct de dialogue entre l'UE et les autorités djiboutiennes, la déclaration de la Haute représentante Catherine Ashton en date du 12 mars 2013, qui avait fait suite aux élections législatives du 22 février, démontre l'importance qu'accorde l'UE aux questions politiques, en particulier à la démocratie et aux droits de l'Homme, à Djibouti. La mission régionale de politique de sécurité et de défense commune de l'Union européenne de renforcement des capacités maritimes dans les Etats de la Corne de l'Afrique, EUCAP Nestor, ne s'inscrit pas dans ce cadre de suivi du processus politique en cours à Djibouti. Cette mission a pour but de permettre aux Etats de la région (Djibouti, Seychelles, Tanzanie, Kenya et Somalie à ce stade) de lutter efficacement et avec leurs propres moyens contre l'insécurité maritime qui sévit dans le golfe d'Aden. Le bien-fondé du rôle de cette mission et son utilité régionale font l'unanimité parmi les partenaires européens, ainsi qu'auprès des autorités djiboutiennes et des pays voisins. Cette coopération participe pleinement à l'objectif de l'UE d'aider les Africains à assurer durablement leur propre sécurité, et de leur permettre de répondre de manière opérationnelle aux crises. La France partage bien évidemment cet objectif.