Les contrôles fiscaux sont conduits dans le cadre d'une stratégie globale visant à assurer une présence sur tous les impôts ainsi que sur tous les types de contribuables, et de fraudes potentielles, en fonction des enjeux et des risques. En conséquence, la demande ou l'attribution d'un crédit d'impôt en faveur de la recherche (CIR) ne constitue en soi ni un motif, ni un axe de programmation. En revanche, dès lors que les enjeux et les risques le justifient, il appartient à l'administration fiscale de s'assurer que les conditions d'attribution d'un avantage sont conformes à la loi. C'est en effet l'un des moyens de garantir une concurrence loyale entre les entreprises. L'analyse des résultats du contrôle fiscal externe confirme qu'il n'existe pas de corrélation entre l'attribution d'un CIR et le déclenchement d'un contrôle. En effet, entre 3 % et 6 % des entreprises déclarant un CIR, selon l'année, subissent une rectification de ce crédit. L'administration propose aux entreprises de sécuriser a priori leur CIR dans le cadre du rescrit introduit par la loi de modernisation de l'économie du 4 août 2008. Ce dispositif a connu une montée en puissance et le rescrit peut, depuis 2013 être demandé y compris en cours de programme de R & D, et non plus nécessairement a priori. De plus, pour améliorer le dialogue avec l'entreprise, le Gouvernement a publié le 5 février 2013 le décret n° 2013-116 qui formalise davantage les conditions d'intervention des experts du ministère de la recherche en vue de favoriser un débat contradictoire avec l'entreprise. En outre, afin d'améliorer également la pertinence des contrôles et d'alléger la charge administrative sur la majorité des entreprises, une grille d'analyse risque a été diffusée aux services pour cibler les demandes de justification sur les entreprises à risque. Dans le même objectif, un guide méthodologique va être fourni aux agents en charge du contrôle, garantissant l'homogénéité et la pertinence au niveau national, des investigations à mener. Enfin, un dossier d'expertise unique à servir par les entreprises en cas de contrôle permettra également de sécuriser l'entreprise qui connaîtra ainsi à l'avance les éléments dont elle aurait besoin en cas de contrôle. Ces éléments démontrent que l'action de l'administration fiscale vise à garantir la bonne application de la législation en s'appuyant sur l'ensemble des moyens dont elle dispose.