Créé par un arrêté ministériel en date du 26 mars 2004, le Conseil scientifique du patrimoine naturel et de la biodiversité (CSPNB) est chargé des fonctions de veille, de conseil, d'alerte et de réflexion prospective sur l'ensemble des questions scientifiques concernant le patrimoine naturel terrestre et aquatique (eaux douces ou marines), qu'il s'agisse de paysages, d'écosystèmes, d'espèces ou de génomes. Il émet, à la demande du ministre chargé de l'écologie ou par auto-saisine, des avis scientifiques destinés à éclairer la décision publique. En 2014, le CSPNB s'est réuni six fois. Les scientifiques de haut niveau qui le composent exercent leurs fonctions à titre bénévole. Seuls leurs frais de déplacement et les frais d'organisation des réunions sont pris en charge par le ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, ce qui représentait, en 2014, un coût de 17 455 euros. En 2014, le CSPNB a émis 10 avis. Il a ainsi souhaité se prononcer sur l'articulation entre biodiversité et paysage dans le cadre de la préparation du projet de loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages, puis sur l'exploitation des ressources halieutiques profondes. Il a formulé des recommandations pour prendre en compte les impacts environnementaux de l'exploitation des ressources marines profondes et a émis un avis pour une politique de protection et de gestion durable des sols. En février 2014, à la demande du service de la recherche du ministère, il s'est prononcé sur le projet de rapport de l'expertise collective (ESCo) sur les impacts environnementaux en appui à la décision publique de l'exploitation des ressources minérales profondes. En mai 2014, à la demande de la direction de l'eau et de la biodiversité, il a rendu un avis concernant la méthodologie du projet de prospective pour l'identification de questions émergentes pour les politiques publiques de biodiversité (BioPIQuE). À la demande de la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, lors d'une réunion commune du Conseil national de la protection de la nature (CNPN) et du CSPNB du 18 septembre 2014, ce dernier a émis 3 recommandations. Celles-ci portent respectivement sur la mise en place d'expériences innovantes sur certains territoires permettant de développer des lieux d'exemplarité qui prennent en charge les questions de transition énergétique, écologique et économique, sur la nécessité de suivre l'évolution de la biodiversité sur le long terme notamment dans un contexte de changement climatique et sur l'urgence à mettre en place une politique de protection et de gestion durable des sols, dans un contexte de menaces croissantes sur cette ressource essentielle aux activités humaines. Il s'est également prononcé sur la fusion envisagée entre le CSPNB et le nouveau CNPN. Ces recommandations ont été complétées par 4 nouveaux avis publiés en janvier 2015. À ce stade, le CSPNB a été renouvelé pour une durée d'un an à compter du 8 juin 2015 par le décret n° 2015-622 du 5 juin 2015 relatif à certaines commissions administratives à caractère consultatif relevant du ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie.