De manière générale, le ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche partage la position de la Cour sur le fait que le caractère de personne morale de droit public de type particulier de l'Institut et des académies ne peut pour autant les exonérer de la nécessité de se doter de règles stables et homogènes, protectrices par rapport aux risques de contentieux qu'ils encourent aujourd'hui, et d'outils adaptés à ces enjeux. En particulier, le ministère prend note de la recommandation du rapport portant sur la certification des comptes de l'Institut, des académies et des principales fondations. Il se rapprochera du ministère des finances et des comptes publics pour étudier les suites à donner à cette recommandation.