Le processus de transfert des missions d'extractions judiciaires du ministère de l'intérieur vers le ministère de la justice a débuté en septembre 2011. Actuellement, 14 régions administratives (périmètres antérieurs à la loi NOTRe) relèvent de l'administration pénitentiaire (Lorraine, Auvergne, Basse-Normandie, Champagne-Ardenne, Picardie, Midi-Pyrénées, Franche-Comté, Alsace, Aquitaine, Nord-Pas-de-Calais et très récemment Bretagne, Pays-de-la-Loire, Centre et Haute-Normandie), ainsi que les trois départements franciliens de la cour d'appel de Versailles. Le transfert s'achèvera en 2019. L'outre-mer restera toutefois de la compétence exclusive des forces de sécurité intérieure (FSI).  Le séquençage et le calendrier 2016-2019 des régions reprises ont été décidés après concertation entre le ministère de la justice et le ministère de l'intérieur :Novembre 2016 : Bourgogne, Limousin, Poitou-Charentes ;Mai 2017 : Languedoc-Roussillon, Rhône-Alpes ; Novembre 2017 : départements de la Seine-et-Marne et de la Seine-Saint-Denis ;Mai 2018 : départements des Alpes-Maritimes, du Var, des Alpes-de-Haute-Provence et des Hautes-Alpes ;Novembre 2018 : Paris, départements du Val-de-Marne et de l'Essonne ;Mai 2019 : Corse, départements du Vaucluse et des Bouches-du-Rhône.  En 2015, l'administration pénitentiaire a réalisé 28 824 extractions judiciaires. Le taux d'extractions judiciaires non réalisées s'élève à 11%, contre 2% en 2013 et 4% en 2014. Cette évolution s'explique par une modification de la compétence géographique à compter du 1er mars 2015, à savoir que l'administration pénitentiaire n'est plus compétente au sein des seules régions reprises mais également à partir de celles-ci, ce qui a nécessairement conduit à une augmentation du nombre de missions et en particulier du temps de réalisation des missions, les agents pouvant se déplacer sur l'ensemble du territoire. Début 2016, il a été décidé de créer 450 emplois pour la réalisation des missions d'extractions judiciaires, qui viendront à terme s'ajouter au 1 200 équivalents temps pleins (ETP) transférés par le ministère de l'intérieur au ministère de la justice. Ces créations portent à 1 650 ETP le nombre d'agents qui seront dédiés à terme à cette nouvelle mission. Une mission d'inspection interministérielle a été diligentée le 31 mai 2016. Elle devra tirer un premier bilan de l'utilisation des effectifs transférés à l'administration pénitentiaire et identifier les améliorations organisationnelles.