Sous l'autorité des recteurs, les directeurs académiques des services de l'éducation nationale (DASEN) sont responsables de l'affectation des collégiens dans les lycées publics. AFFELNET et la procédure d'affectation multicritères (PAM) sont des outils informatiques d'aide à cette décision. Les affectations en lycées privés ne sont pas concernés par cette procédure, les élèves n'étant pas affectés dans un lycée privé mais s'y inscrivant. Toutefois, AFFELNET peut être paramétré dans chaque rectorat pour qu'y soient référencés ces établissements. Ce paramétrage dépend de conventions que les établissements concernés ou leurs représentants passent avec chaque recteur. Dans le cadre d'accords avec les autorités diocésaines, dans certaines académies (Aix-Marseille, Bordeaux, Caen, Nantes, Rennes, ...) les élèves issus de troisième sont déjà inscrits par AFFELNET dans les établissements privés sous contrat : par exemple, au sein du rectorat de Rennes, 3669 élèves de 3e ont été inscrits à la rentrée de septembre 2012 dans des classes sous contrat d'un niveau plus élevé que le collège. Ainsi, les établissements privés peuvent conclure un accord avec les autorités académiques pour que leur offre de formation qui relève de leur propre initiative, bénéficie sur AFFELNET de la même visibilité que celle de l'enseignement du public. Dans des académies où sont proposées des filières agricoles, AFFELNET permet d'affecter des élèves en lycée agricole grâce à une convention passée par le recteur avec le directeur régional de l'alimentation de l'agriculture et de la forêt (DRAAF). Une telle convention est en cours de discussion pour le ressort de l'académie de Montpellier. Enfin, dans certaines académies, des dispositifs expérimentaux permettent d'attribuer des places (sous réserve de la signature d'un contrat d'apprentissage) dans un certain nombre de CFA.