Le cormoran est une espèce protégée au titre du régime général de protection de toutes les espèces d'oiseaux conformément aux textes nationaux et à la directive no 2009/147 du 30 novembre 2009 relative à la conservation des oiseaux sauvages. Dès lors, ces oiseaux ne peuvent pas être classés comme espèce chassable. Les textes nationaux et européens permettent toutefois de déroger à l'interdiction de destruction des spécimens, pour prévenir des dommages importants aux piscicultures et aux cours d'eau, ou les risques présentés par la prédation du grand cormoran pour les espèces de poissons protégées. Ainsi, les opérations de tirs des cormorans sont réalisées dans le cadre général fixé par l'arrêté du 26 novembre 2010 fixant les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans (Phalacrocorax carbo sinensis). Les dérogations individuelles sont accordées par les préfets des départements dans lesquels ont été constatés des dégâts sur les piscicultures ou les eaux libres. Il convient de noter que le régime de dérogation permet d'effectuer des opérations de prélèvement dans un espace de temps plus large que celui du régime de la chasse. Les préfets communiquent chaque année le bilan des interventions effectuées au cours de l'année précédente et les besoins de dérogation pour l'année à venir. Les quotas départementaux dans les limites desquelles celles-ci peuvent être octroyées tiennent compte de l'évolution constatée de la population de cormorans (cormorans nicheurs, cormorans migrateurs), suivie grâce à des recensements commandés régulièrement par le ministère de l'environnement, de l'énergie et de la mer, en charge des relations internationales sur le climat. Ainsi, l'arrêté ministériel du 8 septembre 2016 fixe les quotas pour 3 ans à partir de l'année 2016 dans un souci de simplification administrative et tient compte des études sur les populations de grands cormorans hivernants et nicheurs réalisées en octobre 2015. Afin de mieux évaluer l'efficacité de la politique d'intervention sur la population des grands cormorans, les bénéficiaires de dérogation sont invités à produire dans leur rapport annuel les éléments permettant d'estimer l'efficacité des tirs pour la protection des piscicultures. La circulaire du 11 octobre 2016 précise les conditions de mise en œuvre du dispositif d'intervention.