La France travaille activement au développement du partenariat franco-mozambicain dans le domaine maritime. La visite en France du président Nyusi en juillet 2015, ainsi que la visite au Mozambique des trois préfets de l'océan Indien (La Réunion, Mayotte, Terres australes et antarctiques françaises) en octobre 2015, ont été l'occasion de consolider les perspectives de partenariats concrets dans le canal du Mozambique, dans les domaines de la protection de l'environnement, de la surveillance des pêches, de la lutte contre les pollutions, du développement de l'économie bleue et de la lutte contre les trafics. En matière de coopération universitaire et scientifique, la France favorise les relations entre chercheurs et acteurs français et mozambicains sur les questions de protection du littoral et d'économie bleue, notamment par l'attribution de bourses. L'ambassade de France au Mozambique organise chaque année des rencontres centrées sur notre coopération maritime ("Notre mer – Mar nosso"). La dernière édition s'est tenue des 14 au 19 mars 2016, à la faveur de l'escale à Maputo du navire amiral de la flotte océanographique française, le "Pourquoi Pas ? ", dans le cadre des campagnes scientifiques menées par l'IFREMER dans le canal du Mozambique. La France s'engage aux côtés du Mozambique au sein des instances régionales, pour encourager une exploitation durable des ressources halieutiques et aquacoles à travers le projet "Smartfish", tout en luttant contre la pêche illicite dans le cadre du plan régional de surveillance de pêche. Les pavillons français faisant escale au Mozambique contribuent à notre action pour la sécurité maritime et la lutte contre les trafics en favorisant l'échange d'informations et en assurant des actions de formation. Ces actions s'appuient sur nos Forces armées dans la zone sud de l'Océan indien (FAZSOI) qui, en plus de garantir la protection du territoire national, animent la coopération militaire régionale depuis La Réunion et Mayotte. En outre, la France prend part aux missions européennes Atalante et Eucap Nestor de lutte contre la piraterie dans l'Océan indien.