S'agissant de la clarification des procédures impliquant les différents acteurs de la recherche en sciences de la vie et de la santé, il a été créé en juin 2009 l'Alliance Aviesan avec trois missions prioritaires : accroître la coordination inter-organismes, proposer une programmation pluriannuelle au Gouvernement et aux agences de financement dans son champ d'action, produire une vision stratégique fondée sur un état des lieux des forces et faiblesses du dispositif national. La création de l'Alliance Aviesan a permis d'améliorer le pilotage global du secteur par le ministère notamment par la mise en place de 10 instituts thématiques multi-organismes (ITMO) dont le rôle principal est d'animer la réflexion stratégique au sein de leur propre communauté scientifique.