Actuellement, si aucun texte ne règlemente la gestion du risque sanitaire lié à la présence de cyanobactéries dans une eau de baignade, il existe des recommandations sanitaires au niveau national, basées sur les seuils de dénombrement de cyanobactéries. En juillet 2006, l'agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail (AFSSET) et l'agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA) ont élaboré des recommandations en termes de surveillance sanitaire, dans un rapport intitulé « Evaluation des risques liés à la présence de cyanobactéries et leurs toxines dans les eaux destinées à l'alimentation, à la baignade et aux activités récréatives ». Sur la base de ces recommandations, plusieurs notes d'information, en particulier celle du 23 mai 2014 émanant de la direction générale de la santé (DGS), ont proposé des recommandations en matière de prévention et de gestion des risques sanitaires liés à la présence de cyanobactéries élaborées en lien avec des agences régionales de santé (ARS). Certaines pratiques de gestion peuvent quelquefois être différentes entre certaines régions. Ces pratiques ont fait l'objet d'un retour d'expérience, réalisé par la DGS en 2015, auprès de plusieurs ARS confrontées à cette problématique de prolifération des cyanobactéries dans les eaux de baignade. Les conclusions de ce retour d'expérience ont conduit à adapter et réviser les mesures de gestion des risques liés à la présence de cyanobactéries pour la saison balnéaire de 2015. Actuellement, les ARS s'appuient sur la note d'information du 2 juin 2015 afin de proposer au préfet des mesures d'interdiction, sur la base du seuil de comptage cellulaire de 100 000 cellules/mL, et ce pour une fréquence de prélèvements au moins mensuelle. En outre, les mesures de gestion relatives aux baignades et aux activités nautiques sont graduées par les ARS sur la base des seuils de toxines mesurées en présence de cyanobactéries, le caractère toxinogène des espèces de cyanobactéries identifiées et en fonction de la connaissance sur la contamination des sites. Par ailleurs, à la lumière des nouvelles connaissances scientifiques et des nombreuses données d'exposition recueillies par les ARS depuis une dizaine d'années, l'agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), a été saisie en juillet 2016, afin d'actualiser l'expertise de 2006. Les premiers éléments, notamment l'actualisation des valeurs limites sont attendus d'ici fin 2017. Au regard des conclusions de l'ANSES, il sera envisagé une actualisation des recommandations sanitaires au niveau national.