Le règlement (UE) n° 56/2013 de la Commission du 16 janvier 2013 permet l'emploi de protéines animales transformées (PAT) de non-ruminants dans l'alimentation des animaux aquatiques. Les PAT dont il est question sont des protéines provenant de carcasses de non-ruminants (porcs ou volailles) issues d'animaux ayant fait l'objet, a minima, d'une inspection ante mortem favorable à l'abattoir. Par ailleurs, ces mêmes PAT ont subi une méthode de transformation normalisée d'hygiénisation, combinant des paramètres de température, pression, durée, et granulométrie, garantissant l'absence d'agents pathogènes. La France est aujourd'hui un important producteur de poissons d'eau douce et marins qui sont destinés à la fois à la consommation mais également au repeuplement des rivières et à la pêche de loisir. Toutefois, la production nationale ne représente que 6 % de la consommation apparente de produits aquatiques d'élevage en France. La France a voté contre ce projet de texte uniquement pour des raisons de difficulté d'acceptabilité sociétale et afin de soutenir les efforts de sa propre filière de production, et non pour des raisons techniques ou sanitaires. Pour autant, ce texte étant applicable dans tous ses éléments à tous les États membres de l'Union européenne, la France ne prendra pas de mesures qui seraient contraires aux dispositions européennes. Les professionnels ne sont pas contraints à l'utilisation de ces protéines animales et les filières françaises se sont d'ores et déjà engagées à ne pas utiliser ces protéines d'origine terrestre, notamment au titre du label « aquaculture de nos régions » qui représente 75 % de la production aquacole française sur des produits destinés à la consommation. De nombreux prélèvements sont réalisés par la direction générale de l'alimentation (DGAL) et la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes en alimentation animale pour contrôler la conformité des produits. Environ 42 % d'entre eux concernent la recherche de protéines animales transformées dans les aliments composés pour la DGAL en 2013. Les prélèvements ont vocation à vérifier que les aliments pour animaux ne contiennent pas de matières premières qui leur sont interdits, soit du fait de contaminations croisées, soit du fait de fraudes.