La lutte contre les pollutions par les nitrates est un défi majeur pour atteindre les objectifs de la directive nitrate ainsi que de la directive cadre sur l'eau (DCE). La France a été condamnée par la Cour de justice de l'Union européenne le 13 juin 2013 pour avoir désigné de manière insuffisante les zones vulnérables aux pollutions par les nitrates d'origine agricole. Les révisions des zones vulnérables réalisées en 2015 par les préfets coordonnateurs de bassin permettent d'exécuter l'arrêt de la Cour. La France a été condamnée une nouvelle fois le 4 septembre 2014, la Cour estimant que les mesures du programme d'action nitrates n'étaient pas suffisantes pour atteindre les objectifs fixés par la directive nitrates. Le programme d'action nitrates national doit en conséquence être révisé pour renforcer les mesures jugées insuffisantes par la Cour. Le projet d'arrêté modificatif a fait l'objet des consultations obligatoires et sera publié prochainement. Une nouvelle révision des zones vulnérables est par ailleurs engagée en 2016 par les préfets coordonnateurs des bassins Artois-Picardie, Loire-Bretagne et Rhône-Méditerranée. Les mesures du programme d'actions nitrates s'appliqueront sur ces nouvelles zones vulnérables. Elles ont pour objectif une meilleure gestion de la fertilisation azotée d'un point de vue agronomique et environnemental. Les agriculteurs concernés bénéficient en outre de délais adaptés pour les mesures nécessitant des investissements ainsi que d'aides financières du programme de développement rural et des agences de l'eau.