La réduction des pollutions diffuses agricoles (nitrates et produits phytosanitaires) constitue l'un des défis majeurs à relever tant pour l'enjeu sanitaire pour les populations, en particulier sur les aires d'alimentation des captages, que pour l'atteinte des objectifs de bon état des eaux au titre de la directive cadre sur l'eau (DCE). Lors de la conférence environnementale de septembre 2013, plusieurs principes ont été réaffirmés notamment, les principes « pollueur-payeur » et récupération des coûts, en toute transparence pour le consommateur, ainsi que celui de la gouvernance de bassin. Plusieurs orientations ont été prises en ce sens. Après les consultations menées dans le cadre du comité national de l'eau en décembre 2013, le Gouvernement a réformé mi 2014, par voie réglementaire, la gouvernance de la politique de l'eau, dans le sens d'un renforcement de la place des usagers non économiques (1/3 des sièges du collège des usagers dans les comités de bassin, un vice-président). Le titre III bis du projet de loi relatif à la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages, prévoit de conforter cette réforme en l'améliorant, et en programmant un renforcement de la place des usagers non professionnels dans ces instances d'ici 2020. La politique de protection des captages d'eau potable contre les pollutions diffuses a été renforcée. Ainsi la mise à jour des schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux et des programmes de mesures associés en fin d'année 2015 a permis de doubler le nombre de captages prioritaires. Sur ces captages prioritaires, menacés par les pollutions diffuses liées aux nitrates et aux pesticides, l'État a engagé une politique basée sur la définition et la mise en œuvre de plans d'actions, spécifiques à chaque captage dans le cadre d'une concertation locale regroupant l'ensemble des acteurs concernés : collectivités, associations de consommateurs, représentants des agriculteurs en association avec les services de l'État et les agences de l'eau. L'assiette de la redevance pour pollution diffuse, perçue par les agences de l'eau, a été élargie le 1er janvier 2015 aux substances classées cancérigènes, mutagènes et reprotoxiques de catégorie 2. La recette supplémentaire, évaluée à 30 millions d'euros par an, est investie dans des actions territoriales de réduction de l'utilisation des produits phytosanitaires, et des risques et impacts qui en découlent, conformément aux orientations du plan Ecophyto II. Par ailleurs, le ministère chargé de l'environnement porte un intérêt particulier à la contractualisation qui sera offerte par les futures obligations réelles environnementales, prévues par le projet de loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages. Ces nouveaux outils doivent permettre d'intervenir de façon plus efficace sur les captages d'eau potable.