La truite « fario », espèce native des cours d'eau français, fait l'objet de nombreux repeuplements. Il est ainsi possible de rencontrer des truites « fario » nées en pisciculture et donc non sauvages. Aujourd'hui, nous ne disposons pas, à l'échelle nationale, de suivis des populations sauvages sensu stricto puisque l'identification des individus issus de pisciculture est potentiellement source d'erreur (surtout lorsqu'ils ont été relâchés au stade « juvénile »). On peut donc fournir des tendances à l'échelle nationale concernant les populations de truite fario ou commune Salmo trutta via les réseaux de pêche électrique de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (Onema) et de l'étude publiée par Nicolas Poulet et al. (2011). Durant ces 20 dernières années, l'aire de répartition de la truite en France a diminué, de même que ses effectifs. Ainsi, sur 77 populations montrant des tendances significatives, 62 % indiquent une diminution des effectifs. Cette diminution s'observe dans la majorité des bassins, notamment ceux de la Loire, de l'Adour, de la Saône et de la Garonne. Les causes sont pour l'instant inconnues. Parmi les pistes envisagées, on peut citer la dégradation des habitats (colmatage des frayères, fragmentation, eutrophisation, etc.) et le réchauffement climatique, une conjonction des deux facteurs étant très probable.