Par arrêté du 24 septembre 2013, le ministre de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt a agréé l'association « Fonds national de mutualisation des risques sanitaires et environnementaux » (FMSE) en tant que fonds de mutualisation au titre de l'article L. 361-3 du code rural et de la pêche maritime. Depuis cette date le FMSE est opérationnel en tant que fonds de mutualisation pour l'ensemble du territoire métropolitain et les agriculteurs ont obligation de s'y affilier. Le FMSE peut désormais contribuer à l'indemnisation de tout producteur affilié au fonds ayant subi des pertes économiques en raison de l'apparition d'un évènement sanitaire ou environnemental. A ce jour le FMSE comporte trois sections spécialisées opérationnelles pour le maïs, les plants de pommes de terre et la filière porcs. La mise en place d'autres sections spécialisées est envisagée dans les prochains mois concernant les fruits, les tomates et légumes transformés et les ruminants. Par la suite le FMSE prévoit de mettre en place des sections sur d'autres productions (pommes de terre, légumes, pépiniéristes, viticulture, équidés, aviculture, apiculture, betterave). La gouvernance du FMSE est assurée par son conseil d'administration, composé de 18 membres désignés par les organisations syndicales représentatives de la production agricole au niveau national, d'un représentant de chaque section spécialisée, et de quatre membres représentant respectivement GDS France, FREDON France, COOP de France, et l'APCA. Le Conseil d'administration du FMSE se réunit au moins trois fois par an et décide notamment du montant et des modalités de prélèvement des cotisations des agriculteurs à la section commune, ainsi que de l'admission des sections spécialisées au sein de l'association. La section commune du FMSE est financée au moyen d'une contribution de 20 € par exploitant, prélevée par les caisses de la mutualité sociale agricole (MSA). Par ailleurs, chaque section spécialisée est financée au moyen d'une contribution spécifique. Le FMSE peut également bénéficier d'une participation publique, permettant de prendre en charge les dépenses engagées au titre des indemnisations versées aux agriculteurs et au titre des frais de mise en place du fonds. Pour bénéficier de la contribution publique, le FMSE devra, après la survenance de l'événement sanitaire ou environnemental considéré, présenter un programme d'indemnisation qui sera instruit par le ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, afin d'en déterminer l'éligibilité au regard des dispositions fixées par la réglementation. Après avis du comité national de gestion des risques en agriculture (CNGRA), un arrêté du ministre chargé de l'agriculture précisera, pour l'événement considéré, la zone géographique et le type de pertes concernées ainsi que le taux de participation publique aux indemnisations. Le versement par le FMSE de l'indemnisation aux agriculteurs sinistrés interviendra dans un délai de trois mois après la publication de cet arrêté. Par la suite, la participation publique sera allouée au fonds, dans la limite de 65 % des indemnisations versées par ce dernier aux agriculteurs. La préparation de programmes d'indemnisations pour les pertes économiques occasionnées par le nématode méloïdogyne, le virus de la Sharka, et le virus de la Tristeza des agrumes a été annoncée par le FMSE. A ce jour, au vu de la période de fonctionnement limitée du dispositif, il est encore trop tôt pour dresser un premier bilan de l'activité du FMSE.