Les seuls effectifs relevant de la gestion directe du ministère des outre-mer, inscrits sur le programme 138 de la mission outre-mer, sont les personnels encadrants et les volontaires stagiaires du service militaire adapté (SMA). Entre 2013 et 2014, les autorisations d'emploi progresseront de 5086 à 5307 équivalent temps plein travaillé (ETPT). Cette évolution s'inscrit dans le cadre de la montée en puissance du SMA, dont le doublement des capacités d'accueil, de 3000 à 6000 stagiaires, sera effectif en 2016. Les effectifs en fonction dans les services centraux du ministère des outre-mer sont un sous-plafond du plafond d'emplois géré par la direction des ressources humaines du ministère de l'intérieur. En 2013, le plafond d'emploi est de 134 ETPT (115 pour les catégories A, B, C et 19 pour la catégorie A+), soit une diminution du plafond d'emplois de - 2 ETPT par rapport à 2012 alors même que les effectifs (7 agents) de la délégation interministérielle pour l'égalité des chances des Français d'outre-mer (DIECFOM) sont impactés sur son plafond d'emplois. Pour l'année 2014, le ministère de l'intérieur assurera la gestion des effectifs de la délégation générale à l'outre-mer, aussi la diminution des effectifs devrait s'établir entre 1.8 % et 2.5% des effectifs (hors culte), soit 2 à 3 ETPT.