L'organisation budgétaire résultant des dispositions de la loi organique relative aux lois de finances a concentré toutes les compétences de gestion des moyens d'enseignement au niveau du recteur. Responsable du budget opérationnel du programme 140 « enseignement scolaire public du 1er degré », c'est lui qui arrête la répartition des emplois d'enseignants entre les services départementaux de l'éducation nationale. Les principes de la nouvelle gouvernance lui laissent le choix des leviers à utiliser pour atteindre les objectifs académiques dans le respect des orientations nationales. Toutefois la ministre doit veiller à l'équité des moyens d'enseignement conformément à l'objectif du projet annuel de performances « promouvoir un aménagement équilibré du territoire éducatif en optimisant les moyens » conformément à l'article L111-1 du code de l'éducation. Cet équilibre s'appuie sur une répartition qui tient compte du poids de l'académie, de la démographie des élèves et des disparités géographiques et sociales. Cet objectif ne peut être atteint sans tenir compte également de la situation relative des académies entre elles du point de vue de leur dotation. Les autorités académiques doivent quant à elles prendre les dispositions nécessaires pour respecter cet objectif dans leurs propres répartitions de moyens. S'agissant des protocoles ruraux mis en place dans certains départements, l'association des élus du département du Cantal et la rectrice de Clermont-Ferrand ont passé une convention qui prévoit d'une part un travail des élus et de l'éducation nationale sur l'offre scolaire par la création de regroupements pédagogiques intercommunaux dans l'intérêt des élèves et de leurs apprentissages, d'autre part l'augmentation de la scolarisation précoce et la mise en place de dispositifs « plus de maîtres que de classes » dans les secteurs les plus fragiles socialement. En contrepartie, un engagement a pu être pris sur une neutralisation des retraits de moyens pendant trois ans. Le dispositif tel que mis en place dans le Cantal ne peut être généralisé sans tenir compte de la spécificité de chaque territoire. Le ministère est cependant favorable à la mise en place de protocoles dans d'autres départements, eux-mêmes prêts à engager un travail de structuration du réseau de leurs écoles, en veillant toutefois au respect de l'objectif d'équité territoriale qui s'impose au niveau central comme au niveau académique. L'examen de la faisabilité du dispositif, de ses conditions de mise en oeuvre, la définition des engagements réciproques et les outils d'évaluation de la démarche nécessitent que la négociation sur les engagements réciproques soit menée au niveau académique.