La Commission du Fonds national pour l'archéologie préventive, prévue à l'article L. 524-14 du code du patrimoine, a été créée par la loi du 1er août 2003 modifiant la loi no 2001-44 du 17 janvier 2001 relative à l'archéologie préventive. Elle avait pour mission de définir les « critères d'éligibilité à l'attribution d'une subvention » sur les crédits du Fonds national pour l'archéologie préventive de certaines opérations de fouilles archéologiques préventives. Depuis sa création, la commission s'est réunie 6 fois. La dernière réunion a eu lieu en novembre 2012. La commission du Fonds national pour l'archéologie préventive a finalement été supprimée par décret no 2015-1469 du 13 novembre 2015 portant suppression de commissions administratives à caractère consultatif.