La commission nationale de présélection des pôles d'excellence rurale a été créée par le décret n° 2006429 du 12 avril 2006 relatif aux pôles d'excellence rurale. Son unique objet est de donner son avis pour la sélection des pôles d'excellence rurale (PER). Elle est donc appelée à se réunir uniquement lors de chaque sélection des PER. Ainsi, pour la deuxième génération de PER, qui comportait deux vagues, elle s'est réunie 1 fois en 2010 et 1 fois en 2011. Elle ne dispose pas de budget spécifique et n'a aucun coût. Considérant qu'il n'est pas envisagé de lancer une troisième génération de PER, il n'y a aucun obstacle à sa suppression. La commission nationale de présélection des pôles d'excellence rurale est au nombre des instances consultatives dont la suppression est prévue en application des conclusions du comité interministériel pour la modernisation de l'action publique.