Dans son rapport relatif à l'organisation territoriale de l'Etat, la Cour des comptes préconise de « créer des comités de pilotage lorsque des directions régionales concourant à une même politique publique dépendent de plusieurs structures centrales ». Cette préconisation s'inscrit dans la volonté du Gouvernement d'améliorer l'efficacité du travail gouvernemental et la coordination interministérielle de l'Etat. Pour la conduite des politiques publiques, il est en effet indispensable de faire évoluer et de renforcer les outils de coordination interministérielle, placés sous l'autorité du Premier ministre. A l'issue du comité interministériel pour la modernisation de l'action publique du 17 juillet 2013, le Gouvernement a donc engagé un travail interministériel destiné, en s'appuyant notamment sur les secrétaires généraux des ministères, à restaurer une articulation efficace entre le niveau national et le niveau déconcentré et à assurer une plus grande fluidité des échanges entre le niveau régional et départemental. Le secrétaire général du Gouvernement pilote ces travaux et formulera des propositions avant la fin novembre 2013.