Les différentes populations d'abeilles (sous-espèces, races géographiques, colonies...) ne présentent pas la même sensibilité aux pesticides. Une sélection sur la résistance à un ou des pesticides est donc théoriquement possible. Ce type de sélection, qui viserait à maintenir une espèce dans un environnement dégradé, est cependant totalement opposé aux objectifs des organismes de recherche et des instituts techniques français. La recherche publique programmée en France sur la génétique apicole s'inscrit dans les objectifs du plan de développement durable de l'apiculture, lancé par le ministre de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt le 8 février 2013, et notamment de son axe 5 visant à l'émergence d'une filière française compétitive d'élevage de reines et d'essaims afin de favoriser le développement des cheptels. Les orientations du plan ont été discutées et validées avec les représentants de la filière. Son but est d'identifier et caractériser les populations d'abeilles existant en France, ceci aussi bien du point de vue de leur patrimoine génétique que du point de vue de leur production. Ces travaux permettront, d'une part, de mieux connaître et protéger les populations d'abeilles locales, et, d'autre part, de sélectionner des races et populations adaptées à leur contexte d'utilisation : besoins des différents acteurs de la filière apicole et variété des environnements (climats, agro-systèmes). La sélection envisagée dans ce cadre est « classique » et du même type que celle utilisée pour les autres animaux de rente (sélection et multiplication des individus les mieux adaptés à une production et à un milieu donné). Cette sélection génétique, qui peut éventuellement utiliser l'analyse moléculaire du génome, ne manipule pas le vivant mais délivre une information permettant de prédire une performance ou de sélectionner des reproducteurs. Elle ne peut en aucun cas être assimilée à du génie génétique (ou transgenèse). A cet égard, il est important de préciser que « manipulation génétique » et « génétique moléculaire » sont deux disciplines aux compétences et aux technologies différentes. Les organismes génétiquement modifiés sont issus d'une manipulation biotechnologique du vivant, en général le rajout de gènes dans un individu à un stade précoce de développement. L'analyse moléculaire du génome, quant à elle, est uniquement une description qui délivre une information permettant de mieux comprendre le fonctionnement d'un organisme, prédire un phénotype ou sélectionner des reproducteurs. Les chercheurs s'impliquant dans le développement de nouveaux outils pour la sélection apicole française ont donc pour objectif d'apporter des solutions innovantes aux apiculteurs français en termes de méthodes de gestion de la diversité génétique, de sélection. La mise en oeuvre de ces nouveaux outils dépendra toujours de la volonté des apiculteurs, seuls maîtres d'oeuvres de la sélection.