Concernant la recommandation visant à clarifier les rôles respectifs des gestionnaires, les autorités en charge de la gestion, de la certification et de l'audit des fonds européens et les administrations centrales ont, depuis 2012, oeuvré à l'élaboration de nouvelles règles qui précisent les relations entre les différents acteurs pour la période 2014-2020. Celles-ci ont été intégrées dans l'accord de partenariat entre la France et la Commission européenne, adopté le 8 août 2014, et dans les programmes opérationnels, adoptés ou en cours d'adoption dans les textes nationaux ainsi que dans le vade-mecum sur la gouvernance, validé au sein du comité État-Régions dans sa formation « interfonds », le 1er octobre 2014.