Dans son rapport « Refonder le ministère public » remis en novembre 2013, la Commission de modernisation de l'action publique, mise en place à la demande du précédent garde des sceaux a formulé une série de propositions visant à renforcer l'autorité du ministère public sur la police judiciaire. Il est en effet régulièrement relevé que les outils de la direction de la police judiciaire dévolue au ministère public demeurent imparfaits. Parmi ces propositions, la Commission de modernisation de l'action publique a recommandé d'impliquer davantage le commandement des services de police et unités de gendarmerie non spécialisés dans le suivi des enquêtes. Cette proposition a retenu toute l'attention du ministre de la justice. Un groupe de travail interministériel Justice-Intérieur a donc été constitué courant 2015 afin de formuler toutes propositions utiles de nature à renforcer l'effectivité de la direction de la police judiciaire par le ministère public. Il était ainsi préconisé à l'issue de ces travaux de définir le rôle assigné à la hiérarchie des services de police et des unités de gendarmerie et d'apporter une attention spécifique à la notation des officiers de police judiciaire occupant des fonctions d'encadrement, dont il convient d'apprécier la capacité à prendre toutes mesures opérationnelles destinées à la meilleure exécution possible des réquisitions et des délégations qui leur sont confiées par l'autorité judiciaire, au regard de ses effectifs et des capacités de son service ou de son unité. A cet égard, la loi du 3 juin 2016 renforçant la lutte contre le crime organisé, le terrorisme et leur financement, et améliorant l'efficacité et les garanties de la procédure pénale, récemment adopté par le Parlement, introduit à l'article 39-3 du code de procédure pénale des dispositions précisant le rôle exact du procureur de la République, dans le cadre de son pouvoir de direction de la police judiciaire. Il est ainsi prévu que « le procureur de la République peut adresser des instructions générales ou particulières aux enquêteurs. Il contrôle la légalité des moyens mis en œuvre par ces derniers, la proportionnalité des actes d'investigation au regard de la nature et de la gravité de faits, l'orientation donnée à l'enquête ainsi que la qualité de celle-ci. Il veille à ce que les investigations tendant à la manifestation de la vérité et qu'elles soient accomplies à charge et à décharge, dans le respect des droits de la victime, du plaignant et de la personne suspectée ». Il peut néanmoins être relevé que la mise en œuvre de cette recommandation incombe également au ministre de l'intérieur, pour ce qui concerne la définition des missions et du rôle assignés aux chefs de service et d'unité.