Dans son rapport annuel pour 2015, la Cour des comptes soulignait la « dispersion » de la gestion des crédits du Fonds social européen durant la période de programmation des fonds structurels européens 2007-2013. Elle relevait en particulier que le nombre des organismes intermédiaires du Fonds social européen avait varié entre plus de 300 en début de période et 200 en fin de période, et recommandait en conséquence de diminuer encore leur nombre. Afin de tenir compte de cette recommandation, les conditions d'octroi du statut d'organisme intermédiaire pour la période de programmation 2014-2020 seront articulées autour de deux priorités : constituer des organismes possédant une « taille critique » au regard du montant des crédits gérés, et renforcer le rôle des collectivités territoriales. A cet effet, les régions gèreront 35% des crédits du Fonds social européen et la gestion des crédits relevant des interventions ayant pour objet de promouvoir l'inclusion sociale et de lutter contre la pauvreté sera déléguée aux départements et aux collectivités et organismes chargés du pilotage de plans locaux pour l'insertion par l'emploi qui en feront la demande, ainsi que le prévoit l'article 78 de la loi no 2014-58 du 27 janvier 2014 de modernisation de l'action publique territoriale et d'affirmation des métropoles. Le nombre des organismes intermédiaires devrait ainsi s'établir autour de 120 pour la période de programmation 2014-2020.