Les 23 SAFER de métropole ont bénéficié au titre de l'exercice budgétaire 2012 de subventions d'un montant de 3,994 millions d'euros (et non pas de 3,99 milliards). Pour 2013, et compte tenu de la décélération progressive des crédits disponibles sur l'action « appui aux SAFER » du programme 154, ces mêmes SAFER métropolitaines se sont vu répartir 3, 57 millions d'euros (soit 10, 5 % de moins). Les subventions destinées aux SAFER de métropole sont, aux termes d'un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de l'économie et des finances du 10 mai 2001, actuellement accordées à titre d'un soutien à la réalisation de certaines opérations prioritaires, identifiées comme générant des surcoûts pour les SAFER, et partant pour leurs attributaires eux-mêmes. Ces subventions sont donc réparties et modulées selon la nature des interventions en privilégiant l'installation d'agriculteurs, les agrandissements d'exploitations familiales, petites ou moyennes, puis les aménagements à caractère environnemental. Cet arrêté a par ailleurs abrogé les régimes antérieurs, non compatibles avec les règlements communautaires relatifs aux conditions d'octroi d'aides de l'État aux entreprises, les SAFER étant des sociétés de droit privé. Les dispositifs doivent en effet être notifiés à la Commission européenne, ou a minima lui être transmis pour information. Des réflexions auront à être engagées, en liaison avec le ministère de l'économie et des finances, en perspective d'une modification à partir de 2015 des critères mis en place par le régime en vigueur, dans le respect des règlements communautaires.