Le règlement (UE) n° 56/2013 de la Commission du 16 janvier 2013 ré-autorise l'utilisation de protéines animales transformées (PAT) de non-ruminants dans l'alimentation des animaux d'aquaculture. Les dispositions de ce règlement sont applicables depuis le 1er juin 2013. Les PAT dont il est question sont des protéines provenant de carcasses de non-ruminants (porcs ou volailles) issues d'animaux ayant fait l'objet, a minima, d'une inspection ante mortem favorable à l'abattoir. Par ailleurs, ces mêmes PAT ont subi une méthode de transformation normalisée d'hygiénisation, combinant des paramètres de température, pression, durée, et granulométrie, garantissant l'absence d'agents pathogènes. Le Parlement européen et le Conseil s'étaient prononcés en faveur d'une réintroduction des PAT de non- ruminants afin de répondre au déficit protéique en Europe (importation de tourteaux de soja) dans un contexte de diminution du nombre de cas d'encéphalopathies spongiformes bovines. Dans son avis rendu le 25 octobre 2011, l'agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES) estimait que, pour pouvoir utiliser les PAT de manière sécurisée, une spécialisation des filières par espèce, depuis la collecte des sous-produits servant à la fabrication des PAT jusqu'à la livraison des aliments composés dans les exploitations, devait être mise en place. La filière aquacole est une filière déjà dédiée et qui a démontré sa capacité à sécuriser les circuits notamment lors de l'utilisation de PAT de poisson. La France est aujourd'hui un important producteur de poissons d'eau douce et marins, destinés à la consommation mais également au repeuplement des rivières et à la pêche de loisir. Toutefois, la production nationale ne représente que 6 % de la consommation apparente de produits aquatiques d'élevage en France. La France a voté contre ce projet de texte uniquement pour des raisons de difficulté d'acceptabilité sociétale et afin de soutenir les efforts de la filière de production française, et non pour des raisons techniques ou sanitaires. Ce texte étant désormais applicable dans tous ses éléments à l'ensemble des États membres de l'Union européenne, la France ne prendra pas de mesures qui seraient contraires aux dispositions européennes. Les professionnels ne sont pas contraints à l'utilisation de ces protéines animales et les filières françaises se sont d'ores et déjà engagées à ne pas utiliser ces protéines d'origine terrestre, notamment au titre du label « aquaculture de nos régions » qui représente 75 % de la production aquacole française sur des produits destinés à la consommation. De nombreux prélèvements d'aliments pour animaux sont réalisés par les services de contrôle du ministère chargé de l'agriculture afin de s'assurer de la conformité des produits. En 2012, 1810 prélèvements d'aliments ont été réalisés et plus de 40 % d'entre eux concernaient la recherche de PAT. Aucune PAT interdite d'usage dans l'alimentation animale n'a été détectée en 2012 et le plan de prélèvements a été renouvelé en 2013. Ce plan a vocation à vérifier que les aliments pour animaux ne contiennent pas de matières premières interdites, soit du fait de contaminations croisées, soit du fait de fraudes.