A la suite de l'adoption de la loi du 18 janvier 1994 relative à la santé publique et à la protection sociale, le comité interministériel de coordination de la santé a été créé par le décret n° 98-1099 du 8 décembre 1998 modifié par le décret du 8 novembre 2011. Défini par les articles D.348-1 et suivants du code de procédure pénale, il assure le suivi de la politique de santé en faveur des personnes placées sous main de justice ou confiées par l'autorité judiciaire au titre de l'ordonnance du 2 février 1945 relative à l'enfance délinquante, et est chargé d'examiner toutes les questions d'ordre général se rapportant à la prévention, à l'organisation des soins, à l'amélioration de la prise en charge sanitaire et sociale ainsi qu'à la protection sociale de ces personnes majeures et mineures, de même qu'aux conditions d'hygiène et de sécurité sanitaire dans les établissements pénitentiaires. Il veille également à la mise en oeuvre des orientations fixées dans ces domaines, au sein des établissements pénitentiaires et des services et établissements de la protection judiciaire de la jeunesse. Enfin, il assure la concertation, à l'échelon national, entre les services des ministères compétents et concourt à l'évaluation du dispositif de soins et de prévention. Le comité réunit les directeurs d'administration centrale concernés du ministère de la justice et des affaires sociales et de la santé au minimum deux fois par an. Son fonctionnement, limité aux réunions annuelles, n'emporte pas de coût pour le ministère de la justice, à l'exception de celui lié à la présence en séance d'agents du ministère en son sein. Alors qu'il était jusqu'ici présidé alternativement par le directeur de l'administration pénitentiaire et le directeur général de l'offre de soins, la Garde des Sceaux, ministre de la justice, et la Ministre des affaires sociales et de la santé ont annoncé, lors d'une intervention commune à la maison d'arrêt de Fresnes le 1er décembre 2012, leur intention de présider le comité à l'avenir.