Selon la circulaire Premier ministre du 2 juillet 2010 les dépenses de fonctionnement recouvrent : les frais de représentation, les frais de déplacement, les frais de restauration, les frais d'abonnements et de documentation et les autres dépenses logistiques concernant le mobilier, les fournitures de bureau, la consommation de papier et la correspondance. Conformément à l'engagement du Président de la République de diminuer le budget des cabinets ministériels ceci se traduit par l'exercice d'un contrôle de gestion approfondi de ces dépenses. Ainsi en 2012, le budget « dépenses de fonctionnement » du cabinet enseignement supérieur et recherche était de 513 297 € pour un montant effectif de dépenses de 470 784 €. En 2013, le budget ouvert était de 480 933 € - soit une dotation en baisse de 6 % environ par rapport à l'année précédente. En 2014, le budget ouvert est de 476 500 € - soit une dotation en baisse de 1 % par rapport à 2013. En outre conformément aux instructions du Premier ministre, le cabinet de la ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche est actuellement constitué de 14 conseillers.