M. Marc Le Fur attire l'attention de M. le secrétaire d'État, auprès de la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, chargé des transports, de la mer et de la pêche sur les inquiétudes exprimées par la Commission européenne concernant le financement des TER. Dans un courrier daté du 9 juillet 2014, révélé dans la presse le mercredi 15 octobre 2014, la direction générale de la concurrence de la Commission européenne a demandé au Gouvernement un certain nombre de données afin de s'assurer que « les compensations de service public octroyées à la SNCF pour ses missions de service public sont compatibles avec les règles en matière d'aides d'État ». Dans le détail, Bruxelles veut connaître non seulement les montants octroyés par les régions pour l'exploitation et l'achat de trains, mais aussi « la description des flux de financement reçus des régions dans la comptabilité de la SNCF. De même, les fonctionnaires de Bruxelles demandent d'« indiquer si les actifs financés par les subventions reçues des régions sont exclusivement affectées aux services de transport définis dans les conventions signées par la SNCF avec les régions. Donc, la Commission européenne veut savoir si les régions financent exclusivement dans le cadre des conventions les services régionaux de la compagnie ferroviaire nationale, et non pas également ses autres activités, notamment sur les marchés concurrentiels. Parallèlement, l'Association des Régions de France (ARF) exprime aussi cette inquiétude depuis plusieurs années. Elle constate en effet que les coûts d'exploitation des trains express régionaux (TER) ont progressé de 90 % en 10 ans, alors qu'« une faible part de cette hausse s'expliquerait par l'évolution de l'offre TER (+ 24 % d'offre sur la même période) ». Au regard notamment des sanctions potentielles, il souhaiterait connaître les éléments de réponse qui seront apportés à la Commission européenne afin de lui garantir que les sommes versées par les régions à la SNCF pour l'exploitation des TER ne sont pas des aides d'État dissimulées.
Au second semestre 2014, la Commission européenne a interrogé les autorités françaises sur les financements reçus entre 2009 et 2014 par la Société nationale des chemins de fer français, devenue SNCF Mobilités depuis le 1er janvier 2015, au titre de l'exploitation des services ferroviaires d'intérêt régional. Les autorités françaises, au-delà de la présentation des sommes versées par les régions à SNCF Mobilités au titre de l'exploitation des services ferroviaires régionaux de voyageurs ainsi que des investissements en matériel roulant, ont rappelé les mesures prises par la France depuis 1997 pour transposer les directives européennes, que ce soit en matière de compensation d'obligations de service public ou en matière de respect des obligations de séparation comptable. Les autorités françaises ont en particulier souligné le rôle central de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires, chargée notamment de vérifier le respect par l'entreprise des exigences de séparation comptable. Il convient de souligner que les pouvoirs de ce régulateur sectoriel, notamment en matière de contrôle, ont été récemment renforcés par la loi n° 2014-872 portant réforme ferroviaire en août 2014 et par la loi n° 2015-990 pour la croissance, l'activité et l'égalité des chances économiques en août 2015. Enfin, les autorités françaises ont mis en avant les évolutions apportées par la loi portant réforme ferroviaire en matière de transparence comptable vis-à-vis des régions avec, en particulier, l'obligation pour SNCF Mobilités d'établir ses comptes de manière séparée pour chaque convention donnant lieu à des concours publics pour les exercices ouverts à compter du 1er janvier 2015. La réponse des autorités françaises a été transmise le 24 novembre 2014 à la Commission européenne qui n'a, à ce stade, pas transmis de questionnaire complémentaire.