Mme Barbara Pompili attire l'attention de Mme la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie sur les préconisations du deuxième rapport de préfiguration de l'Agence Française pour la biodiversité. Alors que la future agence a vocation à « couvrir l'ensemble du champ de la biodiversité » et à regrouper les établissements financés par le ministère de l'écologie spécialisés sur ces questions, le deuxième rapport des préfigurateurs propose une « convention d'association » avec l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) plutôt que son intégration. Cet office, qui remplit des fonctions de police de la chasse et d'expertise de la faune sauvage, se compose de 1 200 fonctionnaires experts en questions environnementales. Pour l'agence en devenir, le manque à gagner est donc considérable. Selon l'Association pour la protection des animaux sauvages (Aspas), la décision portée par les préfigurateurs est à corréler avec l'importante représentation du monde de la chasse, qui ne souhaite pas cette intégration, au conseil d'administration de l'ONCFS. La Cour des comptes abonde également dans ce sens dans son rapport du 27 juillet 2012. Aussi, elle lui demande, d'une part, comment elle entend garantir que la création de l'Agence Française pour la biodiversité ne soit pas entravée par des intérêts particuliers et, d'autre part, comment elle entend assurer à cette agence des conditions correctes de financement et de compétences.
La création d'une Agence pour la biodiversité a été annoncée par le Président de la République dans son discours prononcé lors de la conférence environnementale des 14 et 15 septembre 2012. Une mission consistant à déterminer les missions de cette Agence et, en conséquence, les structures pouvant la constituer et les moyens associés a été confiée à deux préfigurateurs, M. Jean-Marc Michel et M. Bernard Chevassus-au-Louis. Deux rapports ont été établis et présentés devant un groupe préfigurant le Conseil national de la transition écologique ainsi que devant le Comité de suivi de la stratégie nationale pour la biodiversité. Les préfigurateurs plaident pour un scénario « ambitieux » consistant à créer une « Agence française pour la biodiversité » avec des moyens significatifs, aussi bien humains que financiers, dont la plupart existent aujourd'hui, mais sont dispersés. Au-delà d'un simple rapprochement de structures, l'ambition est de venir en appui des acteurs de terrain, des collectivités et des entreprises, comme l'a souhaité le Président de la République. A la suite des consultations menées par les préfigurateurs et de la définition des missions de l'Agence, il n'est pas proposé, dans le cadre du projet de loi pour la biodiversité, l'intégration de l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) dans cette Agence française pour la biodiversité, mais une relation étroite entre les deux entités est préconisée. Ainsi des rapprochements entre la nouvelle Agence, les fédérations de chasse et l'ONCFS, pourront se faire notamment par le biais de conventions de partenariat tant au niveau national que local, mais aussi par le contenu du contrat d'objectifs de chaque établissement. L'Agence sera forte de toutes les compétences actuellement éparpillées dans des structures de tailles différentes en formant un ensemble d'environ 1 200 personnes qui pourra développer ainsi plus de transversalité dans son action. Une attention particulière est portée à la question de la gouvernance de l'Agence, établissement public sous la tutelle de l'État. En particulier, il est proposé que le conseil d'administration soit majoritairement composé de personnes publiques, garantes de l'intérêt général. Le fonctionnement par collège dans les comités d'orientation de l'Agence renforcera d'autre part la représentativité effective des parties prenantes. Ses modalités de financement, en premier lieu les ressources déjà affectées aux établissements appelés à la composer, seront explicitées lors d'un débat au Parlement et se nourriront notamment des réflexions du comité pour la fiscalité écologique.