Actuellement, le préfet arrête le montant de l'indemnisation perçue par un éleveur dont le cheptel a été abattu pour cause de tuberculose bovine, en se basant sur un rapport d'expertise tel que prévu par l'arrêté interministériel du 30 mars 2001 fixant les modalités de l'estimation des animaux abattus et des denrées et produits détruits sur ordre de l'administration. En cas de dépassement des montants majorés définis en annexe de l'arrêté, le préfet doit solliciter l'avis de la direction générale de l'alimentation, afin de déterminer si les dépassements observés sont justifiés et s'ils sont bien prévus par l'arrêté du 30 mars 2001. Il est important de rappeler que si l'instruction des dossiers d'indemnisation peut parfois être longue, ceci a pour but de déterminer une indemnisation juste et équitable de l'ensemble des cheptels infectés. Toutefois, afin de ne pas pénaliser financièrement les éleveurs en raison d'un long délai d'instruction, des procédures d'avance sur indemnisation ont été mises en place.