La France a été confrontée en avril 2012 à un foyer de brucellose dans un élevage bovin laitier à proximité du massif du Bargy en Haute-Savoie. Un lien épidémiologique a été établi entre ce foyer bovin et deux cas de brucellose humaine. Les investigations conduites depuis cet événement ont permis de mettre en évidence des animaux sauvages infectés de brucellose, notamment des bouquetins des Alpes Capra ibex, et d'émettre l'hypothèse que ces animaux ont pu jouer le rôle de réservoir et d'assurer ainsi un rôle de relais « silencieux » entre le dernier foyer domestique de 1999 et celui de 2012. Dans ce contexte, se pose la question de la maîtrise à long terme du risque de transmission de la brucellose des bouquetins du massif du Bargy en Haute-Savoie aux ruminants domestiques et à l'homme. Le bouquetin des Alpes est protégé au titre du code de l'environnement. Il est toutefois possible de déroger à l'interdiction de destruction des spécimens, notamment dans l'intérêt de la protection de la faune, pour prévenir des dommages importants à l'élevage ou dans l'intérêt de la santé publique. Pour protéger les enjeux de biodiversité, de santé publique et d'économie des filières d'élevage, au regard des connaissances scientifiques et techniques du moment, en particulier de l'avis de l'agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES) du 4 septembre 2013, l'État a décidé en 2013 un ensemble de mesures s'appliquant aux ruminants domestiques et aux bouquetins du massif du Bargy. S'agissant des bouquetins, les travaux d'étude menés en 2012 et 2013 par l'office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) montraient notamment que les individus âgés de 5 ans et plus étaient les plus infectés par la bactérie. Comme il est possible, dans les conditions de terrain, de sélectionner visuellement ces individus quel que soit leur sexe, il a été décidé de les abattre par balle sans plomb pour rendre nul le risque de saturnisme chez les animaux nécrophages, en particulier le gypaète barbu dont la grande sensibilité est connue. Il a toutefois été constaté cette année que ces mesures appliquées au bouquetin n'avaient pas permis d'améliorer la situation de l'infection dans la population du massif du Bargy. En effet, malgré les mesures prises l'infection a perduré à des niveaux importants : les analyses effectuées en 2015 sur plus de 100 animaux ont ainsi révélé que 37 % étaient séropositifs. L'infection a été également constatée cette année chez 10 % animaux pourtant sains les années précédentes. L'infection n'est toujours pas jugulée. Il n'y a pas de cas comparable connu. Le rapport remis par l'agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES) en juillet 2015 a décrit la complexité de l'infection et a fait état des avantages et inconvénients de plusieurs scénarios. Après avoir soumis sa proposition au conseil national de la protection de la nature, le scénario retenu par le préfet en septembre dernier vise à assainir la population de bouquetins en réduisant fortement la taille de la population de bouquetins en sauvegardant un noyau d'animaux sains à partir duquel pourra s'effectuer la restauration de l'espèce sur le massif.