Les agents de l'État détachés auprès des collectivités territoriales restent affiliés au régime de retraite de l'État. La différence entre le taux de la contribution employeur à ce régime et le taux de contribution à la caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales (CNRACL) s'explique par la situation démographique propre à chacun de ces régimes de retraite. Il y a plus de retraités dans la fonction publique de l'État que dans la fonction publique territoriale et le rapport démographique entre les actifs et les retraités est plus favorable à la CNRACL. De plus, le régime des fonctionnaires de l'État étant confronté à des flux de départs en retraite importants, le taux de cotisation employeur qui vient en ajustement du compte d'affectation spéciale « pensions » chargé de financer les pensions des fonctionnaires de l'État doit progresser sensiblement d'année en année pour faire face à cette hausse et permettre l'équilibre du régime prévu par la loi organique du 1er août 2001 relative aux lois de finances. Enfin, depuis 2009, la contribution employeur au régime de retraite de l'État est acquittée selon un taux unique pour les personnels civils, quel que soit l'employeur, afin que la mutualisation des charges soit assurée à l'identique pour chacun des employeurs comme c'est la règle dans tous les autres régimes de retraite. S'agissant des fonctionnaires de l'État détachés dans le cadre de l'acte II de la décentralisation, une compensation financière est versée aux collectivités territoriales à raison des taux de contribution en vigueur à la date du transfert des agents, selon les principes actés par la commission consultative sur l'évaluation des charges mentionnée à l'article L. 1211-4-1 du code général des collectivités territoriales (CGCT). Cette commission a consacré de nombreuses séances à la question du transfert des personnels depuis 2005. Par ailleurs, statistiquement, une forte majorité des agents transférés ont choisi l'intégration dans la fonction publique territoriale et sont donc affiliés pour la retraite à la CNRACL. L'article 109 de la loi n° 2004-809 du 13 août 2004 relative aux libertés et responsabilités locales précise que les fonctionnaires détachés sans limitation de durée peuvent, à tout moment, demander à être intégrés dans la fonction publique territoriale. Cette intégration est de droit pour les agents ayant fait ce choix dans le délai du droit d'option. Passé ce délai, la demande d'intégration est laissée à l'appréciation de l'administration d'accueil. Le projet de loi de décentralisation en cours de préparation prévoit d'instaurer des dispositions similaires.