En matière de lutte contre les filières jihadistes, la DGSI a inscrit la quasi-totalité de ses objectifs suivis au titre de la lutte contre le terrorisme islamiste dans le SIS II. Le ministre de l'intérieur a proposé à ses partenaires Schengen de développer, dans le système SIS II, une mention particulière destinée à signaler un combattant à destination de la zone syrienne, avec une évaluation de sa dangerosité. Depuis le 3 novembre 2014, les Etats membres de l'Union européenne connectés au SIS II ont adopté des mesures visant à accélérer la remontée de l'information portant sur des individus et/ou véhicules placés sous fiche S dans le cadre de la « lutte contre les combattants transnationaux ». La mise en œuvre de ces techniques est effective depuis le 1er février 2015. En cas de contrôle, les individus ainsi signalés peuvent être repérés par les autorités des pays ayant accès au SIS II. Elles ne peuvent procéder à une arrestation, mais ont la possibilité de mettre en place des mesures de surveillance, ce qui contribue d'une part à enrichir les informations détenues sur les individus en question, et permet d'autre part d'adresser ces compléments aux services émetteurs de la fiche S. Le ministère de l'intérieur est donc favorable à toute initiative européenne encourageant l'utilisation de ce système par ses partenaires européens. L'inscription systématique de leurs objectifs dans le SIS II contribuerait à accroître les possibilités de détection des jihadistes européens jouissant du droit à la libre circulation dans l'espace Schengen. Elle participerait donc à davantage « contenir la menace à distance ». L'efficacité du système SIS II reste néanmoins conditionnée par la mise en place de contrôles systématiques aux frontières extérieures de l'UE, y compris sur les ressortissants communautaires, dont l'absence rend inefficients les outils de détection. Enfin, la fiche "S" est un moyen discret de suivre des personnes dans le cadre de leurs déplacements afin de relever les éventuels renseignements qu'ils sont susceptibles de livrer. La confidentialité qui est attachée autant que l'utilité opérationnelle pour les services de renseignement ne permettent pas d'envisager une quelconque communication aux personnes ou autorités n'ayant pas à en connaître.