Le ministère précise que la Fondation nationale des sciences politiques qui est de statut privé a mené une stratégie financière non contrôlée jusqu'à présent par l'Etat. Cette situation a été encouragée de 2009 à 2012 par un dialogue contractuel faussé du fait d'une intervention directe des plus hautes autorités de l'Etat en vue de soutenir les projets de l'ancienne direction. Les observations de la Cour des comptes appellent désormais un renforcement nécessaire du rôle de l'Etat et le respect des procédures de consultation et de validation par les instances de gouvernance de la fondation et de l'IEP.