Depuis l'engagement des États membres en 2009 à promouvoir fortement l'utilisation de biocarburants dans les transports, le phénomène de changement d'affectation des sols indirects (CASI), indirect land use changes (ILUC en anglais) a émergé. Le CASI induit un supplément d'émission de gaz à effet de serre pour les biocarburants issus de denrées alimentaires (huiles et sucres). L'objet de cette proposition de directive (novembre 2012) est d'introduire un plafonnement pour l'utilisation des biocarburants issus de matières premières en concurrence avec l'alimentation, un soutien plus important aux biocarburants avancés et le rapportage des émissions estimatives dues au phénomène CASI. Pour autant, en amont de ces débats, le Premier ministre a, dès septembre 2012, décidé d'une pause en plafonnant à 7 % l'incorporation de biocarburants conventionnels, ce qu'il a réitéré lors de la conférence environnementale. Ce projet de directive a suscité un important débat interne au sein de la CE et les négociations se poursuivent. Entre janvier et juin 2013 ont eu lieu deux réunions du Conseil énergie (22/02 et 7/06), deux réunions du Conseil environnement (21/03 et 18/06), ainsi que plusieurs propositions de compromis de la présidence qui ont permis de faire évoluer la proposition initiale. Les commissions de l'environnement et de l'industrie, de la recherche et de l'énergie (ENVI et ITRE) du parlement ayant finalement toutes deux pris position pour un plafond (respectivement 5,5 % et 6,5 %) et un sous-objectif pour les biocarburants avancés (2,5 %) pour 2020, les débats au Conseil se sont orientés dans la même direction. Les dernières propositions de compromis transmises par la présidence vont dans ce sens, puisque un plafond de 7 % (23/07), ainsi qu'un sous-objectif de 2,5 (17/09) incluant l'électricité renouvelable et les biocarburants avancés, puis un sous-objectif de 1 % (23/07) n'incluant que les biocarburants avancés ont été proposés. La position des autorités françaises est donc en faveur d'un plafond de biocarburants conventionnels de 7 %, hors huiles usagées et graisses animales afin de préserver les investissements réalisés. Elles sont en désaccord avec la fixation d'un sous-objectif pour les biocarburants avancés à horizon 2020 dans la mesure où il est trop tard pour procéder à des investissements dans ce délai. La proposition d'un double comptage pour ces biocarburants de nouvelle génération est par contre accueillie favorablement, permettant de créer un incitant pour la création de ces nouvelles filières sur le territoire. Compte tenu des incertitudes qui entourent encore le sujet, les autorités françaises se prononcent contre la prise en compte des effets CASI dans le calcul des émissions de gaz à effet de serre, mais favorablement dans le rapportage annuel, à condition d'opter pour une fourchette de valeurs au lieu de valeurs fixes. Les autorités françaises se sont déclarées favorables à la procédure de seconde lecture anticipée, et ont plaidé en faveur d'un mandat pour la rapporteure à la Commission environnement du Parlement européen.