Le secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale (SGDSN) est chargé d'instruire le dossier relatif à la variole, dans la mesure où plusieurs ministères sont concernés (défense, intérieur, santé, recherche, affaires étrangères). Les travaux qu'il a initié en 2014 doivent aboutir d'une part à la révision du plan national de réponse à une menace de variole qui date d'août 2006, élaboré par le ministère chargé de la santé et d'autre part, à des propositions d'actions des ministères chargés de la santé et de la défense. Il est à noter qu'en Europe, la France a été le premier pays à annoncer qu'il révisait sa stratégie face au risque de réapparition de la variole. La première étape a consisté à réévaluer la menace de réapparition de la variole humaine, maladie éradiquée à la fin des années 70, les décisions à prendre devant obligatoirement s'appuyer sur des données rigoureuses. Cette première étape ayant été achevée à la fin de l'été 2014, la deuxième étape des travaux a consisté à déterminer la meilleure stratégie pour endiguer une épidémie de variole sur notre territoire et à élaborer des propositions concrètes et réalistes pour protéger la population. Ce travail a associé, d'une part, les ministères chargés de la santé, de la défense, de l'intérieur, des affaires étrangères et de la recherche et, d'autre part, Santé publique France, l'agence nationale de sécurité du médicament (ANSM) et l'institut de recherche biomédicale des armées (IRBA). Les travaux ont été enrichis par l'expérience de la lutte contre la maladie à virus Ebola en Afrique de l'Ouest qui a très fortement mobilisé l'équipe interministérielle travaillant sur la variole et lui a apporté des éléments précieux pour poursuivre sa mission. Ces travaux sont couverts par le secret de la défense nationale. Les propositions, issues de ces travaux, ont été présentées courant 2016 aux acteurs concernés.