La France exerce sa souveraineté sur les îles Éparses du canal du Mozambique depuis la fin du XIXe siècle. Ces îles françaises constituent aujourd'hui le cinquième district des Terres australes et antarctiques françaises (TAAF). Elles représentent, pour la France, mais aussi pour l'ensemble des pays de la région, une réserve de biodiversité extrêmement riche, à préserver et à étudier. Comme convenu entre le président de la République de Madagascar et le Président de la République française en septembre 2014, des discussions au niveau des fonctionnaires se sont tenues le 17 juin 2016 à Paris. Le préfet, administrateur des Terres australes et antarctiques françaises, a présenté les coopérations possibles sur les îles Éparses, notamment en matière de préservation de la biodiversité, de coopération scientifique et de gestion durable des ressources halieutiques. Le président Hery Rajaonarimampianina a mentionné ces échanges en septembre 2016, lors de la dernière Assemblée générale des Nations unies. Le gouvernement français est disposé à poursuivre ces échanges avec la partie malgache, mais la délégation française n'a pas de mandat pour traiter des questions de souveraineté. Le gouvernement a publié les décrets sur la zone économique exclusive afin d'asseoir juridiquement les droits de la France. S'agissant d'éventuels gisements d'hydrocarbures, des explorations sont en cours et n'ont pas encore atteint le stade de l'exploitation. Un permis de recherche délivré en 2008 dans la ZEE de Juan de Nova a été prolongé en 2015 pour trois ans par la ministre de l'environnement, de l'énergie et de la mer. La France exerce sa souveraineté de façon effective (présence militaire et scientifique, missions des TAAF). Les armées, par l'intermédiaire des FAZSOI, assurent une présence permanente sur les Glorieuses, Juan de Nova et Europa avec 14 militaires accompagnés d'un gendarme. La Marine a renforcé la surveillance par satellite des îles Eparses (service Trimaran). Fin août 2016, une opération de lutte contre les activités de pêche illicite, impliquant plusieurs embarcations malgaches, a ainsi pu être menée en réorientant le patrouilleur "Le Malin" de la Marine nationale vers la zone concernée. En 2017, les FAZSOI recevront un B2M (bâtiment multi-missions), le Champlain. Ce navire mènera, entre autres, des missions de présence, surveillance et protection de nos ZEE.