Bien que les missions locales demeurent autonomes dans leur choix organisationnels, le développement de permanences juridiques et « sociales » en lien avec d'autres institutions peut cependant figurer parmi leurs priorités, dès lors que ce rôle n'est pas assumé et que le besoin identifié n'est pas du tout ou suffisamment couvert. En 2012, l'Etat a mis en place une nouvelle méthode de conduite de dialogue de gestion avec les missions locales, qui doit permettre, d'une part d'évaluer l'adéquation et la cohérence entre les ressources et les besoins constatés et, d'autre part, sur la base de cette évaluation, définir de nouvelles orientations et fixer de nouveaux engagements. L'intérêt de cette approche est qu'elle s'appuie sur un bilan partagé fondé sur la prise en compte du contexte propre à chaque mission locale.