L'article L 758-1 du code de l'éducation dispose que la fondation nationale des sciences politiques (FNSP), assure la gestion administrative et financière de l'institut d'études politiques de Paris (IEP). Comme il a été indiqué dans la réponse de la ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche aux observations de la Cour des Comptes, le gouvernement n'entend pas remettre en cause ce principe, directement issu du « compromis » de 1945 et adapté à la réalité de Sciences Po. L'IEP de Paris est un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel (EPSCP) constitué sous la forme d'un grand établissement soumis à ce titre, au droit commun des EPSCP auquel il ne déroge pas s'agissant du contrôle de légalité (assuré par le Recteur qui siège au conseil de direction et reçoit sans délai tout acte à caractère réglementaire, ce qui conditionne leur entrée en vigueur), ainsi que du contrôle budgétaire. Ceci n'est pas le cas pour la FNSP, qui est une fondation de droit privé. En réponse aux observations de la Cour, la ministre avait indiqué qu'elle veillerait à ce que les recommandations de la juridiction soient pleinement appliquées, notamment en ce qui concerne les défaillances dans la gestion matérielle et financière de Sciences Po. A ce titre, afin de renforcer le rôle de l'Etat et veiller au respect des procédures de consultation et de validation par les instances de la fondation et de l'IEP, elle propose la présence effective d'un représentant du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche au sein des organes de gouvernance de Sciences Po, ainsi que l'instauration d'un contrôle budgétaire et financier de la FNSP, dont la forme exacte reste encore à définir. Concernant l'allocation des moyens à cet opérateur, le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche, a engagé avec l'établissement un dialogue de gestion de « droit commun ». Ainsi, s'agissant de la subvention pour l'année 2013, la dotation de Sciences Po n'a pas fait l'objet d'un traitement dérogatoire. La dotation attribuée à la FNSP pour l'année 2013 a ainsi été globalement stabilisée par rapport à 2012 à hauteur de 68 M€, avec toutefois, comme pour les autres établissements d'enseignement supérieur, une légère réduction d'environ 400 000 € de la part de sa dotation allouée au titre du fonctionnement courant.