Lorsqu'un troupeau est déclaré infecté de tuberculose bovine, l'arrêté ministériel du 15 septembre 2003 prévoit un assainissement du foyer par l'abattage total du troupeau. Des dérogations sont prévues dans le cadre de la préservation des races d'intérêt local ou dans le cadre d'un protocole expérimental mis en place en Côte d'Or et en Dordogne. L'arrêté ministériel du 15 septembre 2003 est en cours de révision afin de pouvoir étendre cette procédure de dérogation à l'abattage total à l'ensemble du territoire, dans les cas où le taux d'infection des bovins au sein des troupeaux infectés est faible. La révision de cet arrêté ministériel permettra en fonction d'une évaluation initiale de faisabilité et d'opportunité, menée par la direction départementale en charge de la protection des populations (DDecPP) de procéder à l'abattage sélectif des troupeaux infectés de tuberculose bovine sur tout le territoire français. Cette dérogation sera validée au cas par cas par la direction générale de l'alimentation. En effet, il convient d'assurer que l'extension de cette pratique d'assainissement portant sur un nombre plus restreint d'animaux ne conduise pas à mettre en péril l'efficacité de l'assainissement et de la lutte contre la maladie. Dans l'expectative, certaines dérogations sont accordées à titre expérimental.