M. Nicolas Dupont-Aignan appelle l'attention de M. le ministre délégué auprès du ministre de l'économie et des finances, chargé du budget, sur la situation des PME-PMI bénéficiant du statut de jeunes entreprises innovantes (JEI). La loi de finances pour 2004 a institué un statut spécifique pour les jeunes entreprises innovantes réalisant des projets de recherche et de développement, leur permettant sous certaines conditions de bénéficier de dispositions sociales et fiscales avantageuses, sous réserve d'engager des dépenses de recherche représentant au moins 15 % de leurs charges totales. De plus, dès lors que ces dépenses étaient investies dans la recherche publique, la loi prévoyait qu'elles soient prises en compte pour le double de leur montant. Or les entreprises qui se sont inscrites dans ce statut incitatif et ont joué le jeu de l'innovation et de la compétitivité se trouvent aujourd'hui flouées par une instruction de l'administration fiscale du 16 septembre 2011 qui remet en cause leurs avantages fiscaux. Face à ce mauvais coup porté aux jeunes entreprises innovantes et, à travers elles, à l'effort national de recherche, il lui demande de reconsidérer la rédaction de cette instruction qui trahit la volonté du législateur et s'assimile à un reniement de la parole de l'État. Le dispositif d'aide aux projets des jeunes entreprises innovantes (JEI), qui a bénéficié à 2 940 entreprises en 2011, vise à soutenir, par des exonérations de cotisations sociales et des avantages fiscaux, la croissance de petites et moyennes entreprises (PME) de moins de 8 ans réalisant un effort marqué de recherche. Ce dispositif avait fait l'objet de modifications en loi de finances initiale pour 2011 conduisant, par des plafonnements et un taux d'aide dégressif dans le temps, à restreindre les exonérations de cotisations sociales dont bénéficient les JEI. La quatrième loi de finances rectificative pour 2011 a atténué partiellement ces modifications sans remettre en cause les orientations de cette réforme. Or ce dispositif est un élément important de la politique publique en faveur de l'innovation des entreprises, qui est le principal levier de compétitivité hors-prix. C'est pourquoi le Président de la République a annoncé le 20 septembre 2012 le retour au dispositif antérieur à 2011, plus avantageux pour les entreprises, puisqu'il ne prévoit pas de dégressivité des allègements de charges sociales. Cette décision a été réaffirmée dans le cadre du Pacte national pour la croissance, la compétitivité et l'emploi. L'un des critères pour être reconnu comme une JEI est de réaliser des dépenses de recherche représentant au moins 15 % de ses charges fiscalement déductibles. L'article 44 sexies-0 A du code général des impôts précise que les dépenses de recherche à prendre en compte sont celles définies aux a à g du II de l'article 244 quater B du même code. L'article 244 quater B est l'article décrivant le crédit impôt recherche (CIR). La nature des dépenses concernées est ainsi établie et respecte pleinement la volonté initiale du législateur, clairement exprimée dans le rapport de l'Assemblée nationale, du 14 octobre 2003, sur le projet de loi de finances pour 2004, Tome II, article 6 : les dépenses doivent s'apprécier pour leur montant réel. Cet élément a seulement été rappelé par l'instruction fiscale du 16 septembre 2011. S'agissant du calcul du CIR, certaines dépenses (les rémunérations des jeunes docteurs et les sommes versées à des laboratoires publics) sont retenues pour le double de leur montant, afin de les encourager particulièrement. Dans ces conditions, le Gouvernement considère que ses services ne développent pas une approche contradictoire concernant ce dispositif, qu'il n'y a pas lieu de modifier.