M. Jean-Christophe Lagarde attire l'attention de M. le ministre délégué auprès du ministre de l'économie et des finances, chargé du budget, sur le statut de jeune entreprise innovante (JEI). Depuis 2004, la France a mis en place le statut de jeune entreprise innovante. Ce statut prévoit, notamment, que les entreprises nouvelles se lançant dans des travaux de recherche jugés innovants bénéficient de conditions fiscales et sociales avantageuses. En échange d'un engagement de dépense de 15 % de leurs charges, dans leurs travaux, les JEI sont, par exemple, non imposables sur leurs trois premières années de vie. Face à la situation économique difficile et pour inciter les JEI à investir dans la recherche publique, la loi prévoit également que les dépenses de recherche confiées à une université ou à un laboratoire public de recherche soient retenues pour le double de leur montant. Les administrations en charge de la mise en oeuvre de la politique de l'innovation (la direction générale pour la recherche et l'innovation, la direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services ou encore OSEO innovation) ont, durant des années, fait la promotion de ce dispositif incitant les JEI à collaborer avec la recherche publique. Or le ministère du budget, via notamment la direction de la législation fiscale, a remis en cause en septembre 2011 (soit plus de sept ans après l'application de la loi) ce dispositif entraînant ainsi le redressement des JEI ayant bénéficié du « doublement des montants » investis dans la recherche publique. De nombreuses JEI sont prises dans les filets de ce changement de doctrine administrative. L'instruction du 16 septembre 2011, BO 4 A-3-11, constitue un détournement de l'esprit du législateur. C'est pourquoi il lui demande ce que le Gouvernement entend faire sur ce sujet et s'il entend revenir sur l'instruction du 16 septembre 2011 qui aboutit à des conséquences désastreuses pour l'innovation en France.