リソースまとめ生命科学の論文から機械可読な動物実験プロトコルを抽出して、実験の効率化をめざしています。興味のある方はTwitterでご連絡ください。vectorなどリソース全般をまとめます。graphを作成するモデルSCIIEの開発に使われたデータセット。500本の論文abstructに対してentityとrelation、corefference(文をまたぐ)がアノテーションされている。データセットSCIERCおよび情報抽出モデルSCIIEは公式サイトから入手可能。Scholarアノテーションスキームentity:6種relation:7種ざっと眺めてみました。SCIERC:科学論文の情報抽出データセットをbratで眺めるEXACT2生命科学実験の再現性担保や自動化のためにプロトコルを機械可読な形式に落とし込むことが目的。オントロジーファイルのみ公開されている。corpusの派生元として紹介。不明アノテーションスキームactiondescriptorrelation実験プロトコルからまずactionを取得し、詳細な条件descriptorを取得。最後にaction-descriptor間をrelationで結ぶ。labの実験プロトコルをオントロジーに落とし込むためのアノテーションをしたデータセット。上記EXACT2を拡張。データセットは公式サイトでメールアドレスを登録することでダウンロード可能。(entity-entity):7種あらゆるactionをひとまとまりにactionとタグ付けしてしまっているのがEXACT2とちょっと違うなと思いました。EXACT2ではaction自体に様々な種類が存在し、それを表現するdescriptorが紐づいていました。Corpusではactionを単にactiontとしてタグ付けし、action-entity間のrelationでどのような種類か表現しています。論文は閲覧が有料だったため未チェック。代わりに資料が公開されている。technology.MENU自己紹介Swampdog(VR解剖)未定(論文構造解析)。