本州以南では最大のほ乳動物。採食や冬眠は森林に大きく依存している。6地域の個体群が、絶滅のおそれのある地域個体群とされている。九州地方では絶滅している可能性が高いとされている。関連して起きていると考えられる。多くの広葉樹林を単調な針葉樹林に転換したことで、食物となる堅果(ドングリなど)が減少した。山地に道路やダム、リゾート施設を作り生息地を改変、分断し、都会に人が流れたことで里山が衰退したことなどが背景にある。ツキノワグマが人里に頻繁に出る問題は最近ではほぼ数年ごとに発生している。これはドングリ類の豊年と凶作年が数年ごとに繰り返されるため。人里に出没したクマは農業・畜産被害(農作物や家畜の食害)や人身事故を起す。捕獲数は年度ごとにばらつきがあるが、2004年度以降を見ると1,175頭から5,185頭の間を推移している。下表で、2008年度に捕獲頭数が少ないのは、2006年度の過剰捕獲が原因とみられている。*2010年度は9月末暫定値)捕殺か非捕殺の判断は県および市町村ごとの判断に委ねられており、かなりの差が見られる。下の表は2006年度に捕獲が多かった10県の実績に今年度の暫定値を加えている。捕獲個体数に対する非捕殺率のばらつきが見られる。この差は県や市町村の方針によるが、県や市町村の経済基盤や放獣できる森の深さ、判断をする人の考え方に大きく影響していると思われる。した権限は、県から市町村に委譲される場合が増えており、市町村の負担となっている。