SKY主人公・宮代拓留の逮捕という衝撃の結末を迎えた『CHAOS;CHILD』。ひとり現実という「舞台」に残された尾上世莉架は、いかなる運命を辿るのか。「彼」と「彼女」の「その後」を紡ぐ最終章が、ここに幕を開く。社会のインフラに浸透したMRシステムは、新しいスポーツを生み出した。学園だけでなく地域を巻き込むエンターテイメントに急成長。強豪、今は弱小の聖ユニオン学園に一人の転校生が現れた。和歌山の山奥からやってきた彼女の名前は、佐々木優佳。ツヴァイ!とある夜、バスルームに飛び込んできたマジカルルビーの、軽妙かつ巧妙なトークに騙されて、魔法少女になってしまったイリヤ。ルビーの元の持ち主である凛に言われるがままに”クラスカード”を回収することに。ライバル(?)であるもう一人の魔法少女、美遊とともに、傷つき、すれ違いながらも、ハードなバトルを戦い抜いてどうにか7枚のクラスカードを回収。イリヤたちは平穏な日常に戻ることができた。回収任務が終わってから数週間後、凛たちから新たな任務を命じられるイリヤと美遊。それが新たな物語の始まりだった―――。