Omnibus)は、NCBIが運営する公共のデータベースで、遺伝子発現データを収集、保存、共有するためのプラットフォームです。得られたデータを扱っています。マイクロアレイなどの遺伝子発現解析を含む論文を投稿する際に、GEOへのデータ登録を求められる場合があります。当ページにGEO登録に関する情報をまとめました。↓クリックするとGEOに関する用語の説明が開きます。用語解説Metadata(メタデータ)メタデータは、実験の背景情報をまとめたファイルです。タイトル、サマリー、実験条件、サンプルの詳細、使用したプラットフォームなど、データを理解するために必要な付随情報を含みます。Table(マトリックステーブル)マトリックステーブルは、サンプルごとの遺伝子発現値を表形式に表したデータです。行には遺伝子、列にはサンプルが配置され、それぞれの交差点に発現値が記載されています。Platform(プラットフォーム)プラットフォームは、遺伝子発現データを取得するために使用された技術や機器のことを指します。始まるIDが付けられています。Data(ローデータ/生データ)生データは、実験から直接得られた未処理のデータです。アジレントアレイは数値化ソフトから得られたtxtファイル、次世代シーケンスではfastqファイルを指します。アジレントアレイのRawデータについて詳しくはこちらもご参考ください。Data(プロセスドデータ/解析データ)解析データは、生データに対してデータQC、ノーマライズや補正などの処理を施した後のデータです。最終的な発現値テーブルや解析結果が含まれます。始まるIDが付与されます。Series(シリーズ)GEOではひとつの実験をシリーズと呼び、実験概要や目的がまとめられています。始まるIDが付与されます。論文に記載するaccessionは、基本的にこのGSEのIDになります。同じサンプルの遺伝子発現データとmiRNA発現データのように、複数のシリーズを関連付けてスーパーシリーズ(SuperSeries)として登録する場合もあります。アップロード)するプロセスを指します。提出データはメタデータ、Rawデータ、Processedデータで構成されます。Date(リリースデイト/公開日)GEOでは、データ公開日を設定することができます。公開日はデータ提出後も任意に変更することができます。最大4年先まで指定可能ですが、論文もしくはプレプリントが公開されたらGEOデータも公開する必要があります。Profileの登録が必要です。NCBIアカウント作成ページからアカウントを作成してください。2データの準備GEOからテンプレートファイルをダウンロードし、サンプル情報、実験条件、プラットフォーム情報など、背景情報を記載したメタデータを作成します。提出にはメタデータ、Rawデータ、Processedデータが揃っている必要があります。使用してデータを送信します。提出時にデータ公開日を設定します。4登録完了NCBIのスタッフがデータを検証し、不備がないかを確認します。記載例の英文を基に、2024年現在の北海道システム・サイエンスで最もよく使用される実験条件で改変した例文を載せています。内容は登録データやご注文内容、ご依頼時期によって変わりますので、実際に使用された条件については納品データをご確認ください。この文章を使用しなければならないというものではなく、書き方はご自身で適宜変更ください。↓クリックすると例文が表示されます。ピンクのマーカー部分は実験に応じて内容が変わる可能性があります。intensity納品データ内の資料について現在の納品データの仕様では、各情報は下記のファイルに記載されています。Rawデータtxtファイルをエクセルで開き、B3セルとJ3セルPlatformの探し方アジレントアレイの場合、スライドの種類ごとにデザインIDという5桁(もしくは頭に0を付けた6桁)の番号がアジレント社より設定されています。このデザインIDを使って、該当するGEOプラットフォームを探すのが最も分かりやすいです。弊社納品データのRawデータは下記のようなファイル名になっています。Rawデータファイル名の例:SG12345678_257236300001_S001_GE1_1200_Jun14_1_1.txt左から1番目と2番目の”_”に挟まれた12桁の番号がスライド番号を示しており、特に赤線部分(頭の25を除く次の5桁)の「72363」がデザインIDを示しています。ケースがほとんどです。どちらのバージョンかは、登録データが「ProbeNameをIDとする発現テーブル」になっているか、「FeatureNumをIDとする発現テーブル」になっているかで判断します。お問い合わせ昔のデータで実験条件が分からない等のお悩みがございましたら、可能な限りお調べしますので下記よりお問い合わせください。「受注番号」や「当時のご依頼者名」がもしお分かりでしたら、ご教示いただけますとスムーズに調査ができます。手順に不安がある方や手間を省きたい方には、有料で登録代行作業も承ります。