黒柿硯箱など「徳川家康が愛した木」としても知られる黒柿。タンニンの影響などではないかと推測されていました。微生物学的特徴と黒柿における生体鉱物の結晶形成」についての論文が発表されました。その論文によると、黒柿の黒い部分には有機物や微生物が多く存在し、生育していた土壌にも有機物や微生物の存在が認められました。黒柿の根の白色部分で、球菌などの微生物がCa,P,S,Cl,などを取り込み、生体アパタイトを形成。成長するにしたがって、更に元素を取り込みながら黒色化。年月を経るにしたがって、幹の辺材部に黒色の縞模様(孔雀杢)を作りながら珪化木(植物の化石)を形成することが証明されました。1万本に1本という確率でしか見つからないともいわれることも「神秘の銘木」です。