昔、人類を殺戮する謎の集団「グロンギ」と戦士「クウガ」の戦いがあった。時は流れ、西暦2000年。復活したグロンギから人々を守るため、古代のベルトをその身に宿した冒険家・五代雄介は仮面ライダークウガとして戦い始める。激化する戦いの中で、より強力な形態を獲得していくクウガ。「みんなの笑顔を守るため」。五代は刑事・一条薫をはじめとする多くの人々に支えられながら、グロンギとの死闘を繰り広げていく。長野県で発見された九郎ヶ岳遺跡より謎の怪人が蘇り、発掘チームが襲われて全員が亡くなるという痛ましい事件が起こる。日本に帰国していた冒険家、五代雄介は、城南大学で考古学を研究する沢渡桜子と懇意にしていたことで、遺跡から発掘されたベルトのような遺物に触れてしまう。五代の脳裏にフラッシュバックしたのは、ベルトを装着した古代の戦士が雄々しく戦う姿であった。その後、五代と桜子は現場を担当する刑事、一条薫に長野県警に招かれるが、そこにクモを模した怪人、ズ・グムン・バが出現する。人々を襲い始める怪人の姿を見た五代は、決意に満ちた様子で発掘物を装着。グローイングフォーム」へと姿を変える。脳裏に現れた戦士の姿は赤いボディをしていた。思うように力を発揮できず苦戦を強いられてしまうものの、なんとかズ・グムン・バを撃退するのだった。この戦いを見てクウガが五代と気付いた一条は、事件を追うのは警察の仕事と、五代に手を引かせようとする。五代は発掘チームのリーダーだった夏目教授の葬儀で、教授の娘、夏目実加の涙を目の当たりにしたことで、自分には戦う覚悟が足りなかったのだと実感。マイティフォーム」となるのだった。クウガが激戦を制すると、一条も覚悟を固める。警察では謎の怪人たちが「未確認生命体」と呼称され、クウガも同種であると認識され危険視されるなか、人々の平穏な生活を守るため、五代への協力を決意したのだった。一方で遺跡より蘇ったほかの怪人たちも動き出す。彼らの種族の名は「グロンギ」。人類を標的するゲーム「ゲゲル」により、己の優劣を競う戦闘民族である。彼らは標的が数多く集まる場所「東京」を目指し、移動を開始する。脚力に長けた青のボディの「ドラゴンフォーム」、超感知力を得る緑のボディの「ペガサスフォーム」、比類なき硬度となる紫のボディの「タイタンフォーム」。馬の鎧として、高性能マシン「トライチェイサー2000」と合体する「ゴウラム」。古代の力、そして一条薫との好連携でグロンギたちを封印していく、五代雄介こと「仮面ライダークウガ」。キノコの怪人、メ・ギノガ・デの毒の胞子を吸ったことで五代は危篤状態に陥り、ついには心停止してしまう。五代の肉体変化を診ていた関東医大病院の医師、椿秀一は電気ショック療法により五代を蘇らそうとするも失敗に終わった。沢渡桜子が解読した古代文字に書かれていた通り、やがて五代の肉体は回復し復活。想定外だった電気ショックの効果により、クウガの中に眠っていた新たな力まで覚醒するのだった。一方のグロンギたちも時代の変革期を迎えていた。階級の低いのズ集団、メ集団に代わり、上級種のゴ集団が「ゲゲル」を開始。その強力な力を持つグロンギたちを新たに得た「ライジングフォーム」で撃破するクウガ。ライジングマイティ」の力は想像を絶しており、カメを模したグロンギ、ゴ・ガメゴ・レをライジングマイティキックで封じた際に発生する爆発は広範囲に及んでしまう。その被害は民家にまで届き、世間の風向きがクウガに悪い方へと向いていくと思われたが、五代と一条が築いた絆は一条の仲間たちにまで波及していた。本格的にクウガこと五代との協力体制を敷くことを決める。グロンギを人気のない場所へと誘導するのを警察側が担当し、クウガが戦う。これにより、クウガが何度も苦戦を知られたバイクを駆るグロンギ、ゴ・バダー・バの撃退に成功するのだった。太陽は闇に葬られん」。新たに解読された古代文字に書かれた凄まじき戦士とは、残酷なグロンギ、ゴ・ジャラジ・ダとの戦いで憎しみに囚われ五代雄介の脳裏によぎった、禍々しい黒い姿の「仮面ライダークウガ」なのだろうか。皆が不安に苛まれるなか、グロンギとの戦いは続く。そんなとき、グロンギの首領たるン・ダグバ・ゼバが行動を開始。ゲゲル管理者とゴ集団以外のグロンギを次々と粛清していく。すると、ラ・バルバ・デに下僕として扱われていたズ・ゴオマ・グが反乱。遺跡で見つけたグロンギの首領、ン・ダグバ・ゼバの復活の鍵となる装飾品の欠片を自身の体に埋め込むと、ズ・ゴオマ・グ(究極体)へと進化を遂げる。長野県にある遺跡側の山中でクウガを圧倒したズ・ゴオマ・グ(究極体)は、このままむざむざとやられはしないと、ン・ダグバ・ゼバに勝負を挑む。ズ・ゴオマ・グ(究極体)は難なくン・ダグバ・ゼバに一蹴され、苦悶の形相で絶命したその亡骸を発見した五代と一条は、やがて待ち受けるであろう恐るべき存在の影に戦慄を覚えるのだった。最後に残ったゴ集団のグロンギ、ゴ・ガドル・バがゲゲルを開始。事もあろうに標的をリント(人間)の戦士と認めた「警察官」に定め、次々と警察官たちを襲う。恐るべき強さのゴ・ガドル・バに、クウガも一度は敗北。アメイジングマイティ」となり、ゴ・ガドル・バを倒すのだった。ン・ダグバ・ゼバによるゲゲルが始まる。手も足も出せずに敗北を喫した五代は、ついに「凄まじき戦士」になる覚悟を固めた。始まりの場所である長野県九郎ヶ岳で待つン・ダグバ・ゼバ。アルティメットフォーム」へと姿を変えるのだった。