労働力の大幅な自動化プロジェクトの失敗後、その中核となる人工知能アルテミスが人類との戦いを選んだ末、荒廃した二十年後の地球。とある基地の地下研究施設で、ひとりの少女、エンプレスが目覚める。彼女は人類の守護者3人の生き残りのうちのひとりであった。彼女には以前の記憶がない。そんなエンプレスに平和構築軍の大佐は告げる。エンプレスには、現在、アルテミスが建設中の月と地球を結ぶ軌道エレベーターを完成前に破壊する使命があることを。完成すれば月で大量生産中の巨大機械軍が大挙して地球へやってくるからだ。その行く手を仲間であったはずのデッドマスターやストレングス、アルテミスの手先である無人軍隊やカルト集団<教育機関>のスマイリーらが阻もうとする。さまざまな思惑が交差する中、大佐らと軌道エレベーターを目指して進んでいくエンプレス。その先で待ち受けるものとは......。甲賀、伊賀の忍法殺戮合戦へと飛び火、それは凄惨を極めた。儚くも美しく散った――が、しかし。二枚の花弁は生を与えられ、忘れ形見をまた2つ、残したという。それぞれに父、母に良く似た眼を持って生まれた宿命の子供たち。忍びはもはや無用の長物、行く末は陰り行くのみ。甲賀、伊賀の者達は八郎、響にあることを望んだ。――実の兄妹にして、二人は契りを結ぶ宿命を背負わされていた。己の深き真情に従い、愛に生きる響。真道幸路朗(しんどう・こうじろう)は、外務省に勤務する凄腕の交渉官。羽田空港で真道が乗った旅客機が離陸準備に入った時、空から謎の巨大立方体が現れる。“それ”は急速に巨大化し、252人の乗った旅客機を飲み込んでしまう。巨大立方体の名は「カド」。カドより姿を現した、謎の存在・ヤハクィザシュニナは人類との接触を試みようとする。カドに取り込まれた真道は、ヤハクィザシュニナと人類の間の仲介役を引き受けることになる。日本政府も国際交渉官の徭沙羅花(つかい・さらか)を代表として現場へ送り込む。ヤハクィザシュニナとは何者か。記憶を失った少女、フーカ。何者かに追われること。