自分でもなぜここが気になっているのかわかりませんが、考えれば考えるほどわかりません。モヤモヤが晴れる様な回答を待っています。その定積分だけを考える場合はどちらの関係でも構いません。定積分では、積分する区間の境のどちらを積分の上限にし、下限にするかに注意しないといけません。定積分が、積分の結果の正負が問題になる面積や体積に関係付けられている場合には、面積や体積が正となるよう、定積分の上限と下限を決めないといけません。定積分自体は正にも負にもなるので、面積や体積が正となるように、積分の[下限,上限]を決めないといけません。通常は積分変数の値の小さい方を積分の下端、大きい方を積分の上端にします。面積や体積を求める場合は、被積分関数が正になるよう符号を調整します。面積や体積とは関係なく、定積分そのものだけを計算する場合(積分結果の正負は問題にならない場合)は、積分の上端と下端の大小関係は気にする必要はないですね。置換積分している限り、積分の下限の上限の大小関係が入れ替わっても問題ありません。これもそのとおり、正しいです。