シアンが去った後、平和な日々が続いていたMIDICITY。音楽を殲滅しすべてを支配しようとする「闇の女王」の出現により、かつてない最大の危機が迫っていた。現実世界に戻ったシアンこと聖川詩杏は、学校の音楽活動でグダグダと悩んでいた。した瞬間、MIDICITYでの楽しかった日々を思い出す詩杏。そんな彼女の元に、得体の知れない何者かが迫る。この学園を卒業できれば、人生において成功したも同然とまで言われている。そんな希望ヶ峰学園には、超高校級の才能が集まる「本科」と、普通の高校となんら変わらない「予備学科」が存在していた。本科に入学するためにはふたつの方法があった。一つは才能を認められ、学園にスカウトされる方法。このスカウトによって、機械に強くさまざまなものを作り上げる「超高校級のメカニック」や、超人気ガールズバンドでギターを担当していた「超高校級の軽音楽部」などが入学している。ひとつは、全国の平凡な学生のうちから抽選で選ばれ入学する方法。この抽選で選ばれた学生は「超高校級の幸運」と呼ばれ、ある種特別枠として入学するのだ。才能あふれる超高校級の生徒たちには普通のテストが存在せず、授業に出席しなくとも学園から咎められることはない。普通の高校生活とはかけ離れたものではあったが、それでも一度きりの高校生活を満喫し、輝かしい希望となるべく才能を伸ばしていた。は高い入学金を払えば誰でも入学できる場所だった。入学してしまえば成功が約束されるという安心感からか、入学後は普通の高校のように年相応の青春を謳歌する生徒が集まっていた。ひとり、平凡な未来に絶望し、才能を希望した「日向創」を除いて。これは、絶望で終わる、希望の物語である。ゲームの世界へ引きずり込まれてしまう。ゲームの世界に送り込まれた本当の理由とは・・・。