世の中の全ての化合物を取得するこんな感じのことやってます。友人と動物実験の条件のデータベース作成を目論んでいます。取得できるようになりました。画像ではC57BL/6という種類の卵巣がんマウスにガンシクロビルという薬を腹腔内投与したという内容が抜き出せました!テクノロジーで動物実験減らそう。2017化合物の辞書が必要です。Sigma-Aldrich(化学薬品メーカー)の商品ページから頑張ってクローリングして作成しましたが、商品名で取得されてしまうのであまりイケていませんでした。humanとかで辞書に追加されるので論文中のInsulinという単語を取りこぼす)色々調べてたらアメリカ国立衛生研究所(NIH)がデータベース公開しているそうな。その名もPubChem。参考PubChemとはNIHの中の国立生物工学情報センター(NCBI)が公開しているデータベースです。NCBIはPubMed運営しているとこですね。PubChemにはSubstance、Compound、BioAssayの3つのデータベースがあります。データの提供者が化学物質について情報をアップロードするとここに溜まっていく。投稿毎にID(SID)が振られるので、同一の物質、例えばアスピリンに関するレコードがダブっていたりする。Substanceのダブりを統合したものがCompound。一意なID(CID)が振られる。化学物質に関する生理活性試験の結果のデータベース。それぞれの試験結果はSIDと結びついている。PubChemで対象としているのは以下のような低分子が主とのこと。macromolecules利用についてSubstance、Compound、BioAssayに関してそれぞれ検索することができます。使い方はあまり情報がないのですが、以下の動画で簡潔にまとまっています。XMLファイルの読み方さてダウンロードしましたが、未知の物質に関してのファイルを開いても構造が理解しにくいです。既知の物質についてのCompoundファイルを引っ張って知っている情報と照らし合わせてみます。PubChemの検索ページを開きます。Project適当にセトロニンで検索してみましょう。心安らかでいるために必要なやつです。足りない人は日光浴びましょう。セントジョーンズワート飲みましょう。SSRI処方してもらいましょう。Compoundで検索Compoundから検索してみました。時間がない方は次のSubstanceの項へ。