Later何でもアリの江戸の町に舞い降りた、笑うラストサムライ、坂田銀時!天人(宇宙人)が来襲して、価値観が変わってしまった町、江戸。宇宙人や高層ビル、バイクなど何でもありの世界で変わらない”魂”を持った最後のサムライがいた。戦のあとには烏が哭く/死地を抜けた新八たちを待っていたのは、天導衆であった。彼らが連れていたのは、正気を失った喜々。天導衆は将軍の命令として、茂茂の身柄を明け渡すよう要求。将軍の命令は絶対であり、拒めば逆賊として追われることになる...。さらばダチ公/真選組の艦隊が現れ、これ以上の戦いは無益だと見切った天導衆は、撤退を決めた。その去り際、茂茂は未来の侍のあり方について語る。人はそれぞれが美しいと思う生き方を見つけ、それを新たな主君として生きるようになるだろう、と。戦は終わり、茂茂は京に身を寄せることになった。仕えるべき主君が江戸から消え、一同が不安を感じる中...。鬼が哭いた日/将軍・茂茂を失った真選組は、失意の底にあった。隊士たちが葬儀の警備にかり出される中、近藤は銀時と飲みに出かける。近藤はふたりで杯を傾け、その思いを託した後、見廻組に出頭。真選組局長として、近藤は茂茂暗殺を防げなかった責任を取り、斬首されることを選んだ。それはひとえに、この国、そして真選組を護るための苦渋の決断だった。ヒーローは遅れてやってくる/真選組の解散、近藤の死罪が決まり、土方の心は塞いでいた。小銭形は部下である土方の憂さを晴らすため、銀時を伴ってお妙のいるキャバクラへと繰り出す。そこに将軍・喜々が現れ、その会は滅茶苦茶にされてしまう。お妙は民を傷つける暴虐無人な振る舞いに、思わずその行いを責めてしまうが、将軍へ楯突く者を喜々が...。忘れもの/収監された独房で、近藤は桂と出会った。桂は真選組と攘夷志士で手を組み、この国を変えるつもりであるという、自らの計画を話す。今の国を守るため、斬首される覚悟であった近藤は煮え切らない。同じ頃、近藤の思いを知る土方は、決断を下せないでいた。局長不在の場合、全権は副長に託される。それは真選組が魂に誓った鉄の掟、局中法度に...。脱獄/土方率いる真選組と攘夷志士たちは、近藤たちが捕らえられている絶海の孤島、黒縄島へと向かった。土方たちは囚人に化けて、島への上陸を目指すが、その動きはすでに読まれており、逆に奈落の奇襲を受けてしまう。一瞬の虚を突かれ、背後を取られる土方。その危機を救ったのは、小銭形。銀時たち万事屋一行であった。野良犬/土方たちは、断崖絶壁が行軍を阻む、島の裏手に上陸した。そこから奇襲をかけて虚を突けば、敵地は簡単に落とせるというわけだ。烏を使ってその動きを察知した朧は、島の裏手に守りを配していた。脱獄した近藤たちを追っていた。届かなかったメール/ならず者の寄せ集めでしかなかった浪士組が正式な警察組織・真選組になった頃--真選組は一橋公の護衛という大任を仰せつかり、やる気に満ちていた。その任務は幕府のめぐらした陰謀であり、真選組は知らぬまま、その片棒を担がされようとしていた。事情に通じていた佐々木は、生まれてくる娘のため、胸を張れる正しい侍であろうと...。業/神楽を庇った信女の身体を凶刃が貫く。それを放ったのは、謎の男であった。男は信女、神楽、沖田を、次々と打ち破る。男の名は虚(うつろ)--天照院奈落の先代首領にして、天導衆までのぼりつめた男であった。倒幕を目指し、天を覆そうとした佐々木は、自分の計画が失敗に終わったことを認め、最後の力を振り絞り、信女の元へと向かっていた。信女/森の中で再び相まみえることになった近藤と佐々木。近藤は傷ついた真選組と見廻組の隊士たちを助けながら、退却を続けていた。たちは近藤の救出に向かっていた。時すでに遅く、土方たちが見たものは、奈落に追われ深い傷を負った佐々木、そして額を割られ...。