前年度、4回生に多くのキープレーヤーを残し、周りからの期待も大きかったが、1勝6敗と7位に終わり入れ替え戦出場の屈辱を味わった。多くのキープレーヤーを失った2004年度はさらに厳しいシーズンになるのではないかという不安とともに始まった。その不安の中で、個々が変わることによって「入れ替え戦出場のチーム」が「甲子園出場のチーム」に変わることを目指し、春・夏と厳しいトレーニング、練習に耐えた。迎えた初戦は昨年と同じ宿敵京都大学。用意してきたものの半分も出せずに敗れてしまった。続く立命館大学戦もDB#25矢野川の2インターセプトなどディフェンスが踏ん張り、前半リードしていたが結局逆転負けを喫した。第3戦関西学院大学戦にも完敗し、迎えた第4戦近畿大学戦は、絶対に負けられない試合になったが、攻守ともに近畿大学を圧勝し初勝利を飾った。続く関西大学戦は敗れるが、第6戦の同志社大学戦はオフェンス・ディフェンスがうまく噛み合い20対0と完封勝ちを収めた。最終戦の相手は1部に昇格してここまで2勝している龍谷大学。お互いに入れ替え戦出場の可能性がかかった試合であった。試合は予想以上に激しいものになり、両チームとも点を取られたら取り返すという攻防が続いた。第4Q残り3分、逆転に成功した直後、K#43三輪のキックオフしたボールが相手のリターンチームに当たり、神戸大学が抑えて攻撃権が再びまわってくるというラッキーがあり、モメンタムがぐっとこちらに傾く。そのまま18対17の1点差の勝利となり自力で1部残留を決めた。