モジュールのdiconファイルから参照させる使い方は「あり」でしょうか?はい、ありです。モジュール固有のdiconファイルは、app/App/dicon/ディレクトリに用意して使用することを想定しています。得られるS2Containerは別のインスタンスになってしまいますか?こちらは別のインスタンスになります。S2ContainerFactory::createを実行する度に、新規S2Containerインスタンスが返ります。