清朝期の乾隆34年(1769)に創建され、これまで三度の再建を経ています。一度目は大地震によって廟が倒壊し、道光13年(1833)に再建されました。二度目の再建は、日清戦争の敗北により清朝が下関条約を結んで台湾を日本に割譲した際、三峡の郷民は異民族による支配を嫌って本廟を抵抗の本営としましたが、これに敗れて廟堂は日本軍によって燃やされ、その後光緒25年(1899)になって再び建造されたものです。現在の祖師廟は三度目の再建で、民国36年(1947)旧暦7月より、台湾画壇の長老である著名な芸術家・李梅樹(1902-1983)自らが手がけました。李梅樹の46歳から82歳の時のことで、その半生をかけて伝統芸術文化の振興と繁栄、また清水祖師公の功績を追慕して再建が計画されたものです。その建造には台湾伝統の古式の方法が用いられ、建築彫刻の美しさで広く知られており、「東方芸術の殿堂」の名で讃えられています。廟の建築全体が精巧な彫刻によって彩られ、49年を経てもまだ未完成のままです。どれも独特な工夫が凝らされた超絶技巧の傑作です。洽議籌建祖師廟,於八月間興工,並以姓氏分為七股,繼續籌募基金。借廟內開設書房,從事教育工作。久失修,破舊不堪,研擬第三次重修。農曆七月二日早晨,重建工程興工。