動原体位置は約54cM。右腕の末端は約107cM。動原体位置は約47cM。右腕の末端は105cM。(注)染色体の末端部および動原体近傍では組換え価が低いため、地図上の位置は他の場所に比べてあいまいになる。細胞学的地図ショウジョウバエでは唾腺染色体という巨大な多糸染色体が存在し、5000を越える独特のしま模様(バンド)が観察できることを利用して、染色体上の遺伝子座の位置をマッピングすることができます。このようにして作られた地図を細胞学的地図と呼びます。唾腺染色体上の遺伝子座の位置を決めるためには、昔は欠失染色体を用いるのが主な手法であり、このために、劣性突然変異が存在しないような遺伝子座の位置を決めることは、何らかの染色体異常を伴う場合以外は困難でした。ハイブリダイゼーションを行うことが可能になり、突然変異が知られていない遺伝子座でも、遺伝子の塩基配列が判明していれば、その位置を決めることが容易にできるようになりました。このために、近年は、細胞学的地図の方が遺伝地図より多く用いられるようになっています。細胞学的地図では、遺伝子座の位置は唾腺染色体上の個々のバンドに対応させます。このために、すべてのバンドに固有の記号が付けられていますが、そのルールは以下の通りです。番号付き区画Y染色体以外の全染色体をほぼ等しい長さの102の区画に分ける。Xおよび第2、第3染色体の各染色体腕はそれぞれ20の区画にわける。各染色体腕の区画は以下のとおり。各番号付き区画をさらにA〜Fの6つの小区画に分ける。小区画は比較的わかりやすいバンドで区分するため大きさは不定。各文字付き区画内のバンドに、左から1,2,3...の番号を付ける。各文字付き区画内のバンドの数はまちまちで、少ない場合は2本、多い場合には20本を越えるケースもある。特定のバンドを示すには、番号付き区画+文字付き区画+バンド番号であらわす。97D3は、第3染色体右腕の末端部に近い97区画D小区画内の左から3番目のバンドを意味する。遺伝子座が複数のバンドにまたがる場合や、座位が1本のバンドまで正確に決定されていない場合には、その範囲を97D3-5のように表す。小区画までしかわからない場合は97Dとする。細胞学的地図で示す場合のルールついて、主なものを以下に示します。中には、きわめて複雑な場合もありますので、これらはもっとも単純はものと考えてください。染色体の場所によって乗換えの起こりやすさが異なるため、細胞学的地図と遺伝地図の間には直線関係は成立しません。これまでに判明している多数の遺伝子座の細胞学的地図上の位置と遺伝地図上の位置の関係から経験的な関数関係がわかっており、これを利用することによって、どちらか一方の地図上の位置がわかっていれば、もう一方の地図上の位置もかなり正確に知ることができす。