力を借りて矢口蘭堂が設立した、巨大不明生物(ゴジラ)に対応する組織である。尾頭は、大学時代の先輩に当たる。政務面で矢口を補佐する一方、牧に関する情報を収集するため、早船と情報交換を行う。ゴジラ1回目の出現の際、想定外の事態と、既存の法律に縛られてゴジラへの対策がもたついて遅延した際は、「こんな事、してる場合かよ。」と閣僚達の対応に不満を漏らしている。巨災対では、年長者として便宜上の仕切り役を務める。ゴジラの生態解析や、血液凝固剤の化合・作製を担当する。巨災対設立時に挨拶する際には、「はぐれ者」というカットでクローズアップされる。志村は、大学時代の後輩に当たる。ゴジラ1回目の出現時には、野生生物の専門家として総理官邸に招集され、閣僚たちにゴジラの生態に関する私見を述べる。その際、ゴジラ上陸の可能性についても言及したが、上陸は万が一にもあり得ないとする有識者見解によって黙殺される。立川が発したゴジラのエネルギー源に関する疑問を聞いて、核分裂反応によるエネルギー源供給の可能性について最初に言及しており、立川と共に『矢口プラン』後の『ヤシオリ作戦』立案の切っ掛けを作った人物である。後に設置された巨災対にも参加し、ゴジラの生態解析を担当する。巨災対設立時に森が挨拶する際には、「一匹狼」というカットでクローズアップされる。常に無表情かつ、クールだが、ゴジラから発生していた放射性原子が数年で無害化して無くなると分かった際には笑顔を見せ、安堵した表情を見せた。専門家として、ゴジラの生態解析を担当する。立川のゴジラに対する数々の疑問を足掛かりに次々とゴジラの生態や性質を解明、「ヤシオリ作戦」の目処を立てるのに立川と共に大きく貢献した。ゴジラの生態解析や、関係研究機関との折衝・調整などを担当する。当初、ゴジラの動力源となるエネルギーが核分裂による、反応で得られるエネルギーであると言う尾頭の予測を嘲笑しながら、有り得ないと否定していたが、後にゴジラの進行方向に沿って放射能の反応があったことから、事実であると判明した際は尾頭に謝罪している。ゴジラ1回目の上陸後、採集した検体がほとんど処分され残りもアメリカに持ち去られた事情について「アメリカの圧力があったらしい」と暴露する。ゴジラを止める要となる『ヤシオリ作戦』の立案の切っ掛けを作った人物であり、彼が述べるゴジラのエネルギー源や、行動に対する疑問が、その後の生態解明に重要な役割を果たしていき、やがて、『ヤシオリ作戦』へと繋がっていく。