あ、わかった!カギは画面左下。今の状態は「1-ChemSketch」です。3D」で2Dに構造式をコピーするということでした。すると、次のように表示されました。マウスで回転とかできるのですが、OpenGLが軽く動くPCでないといけないようです。私のラップトップでは苦しい。Optimization」をするとどうなるか。なんか、重いのでここまで。アップデートされた何日か、WLJSのWebサイトにアクセスできない期間があったのですが、つながるようになってみると、なんと大きくバージョンが上がっていることがわかりました。Mathematicaで使えるWolfram言語を、Mathematicaを使わずに実行できる環境です。EngineというMathematicaと同じものを使い、独自のユーザーインターフェイスを実装したものです。ドイツにいる研究者が一人で作っています。0.7.0だったわけですが、ついに最初の数字が「0」ではなくなったんです。最新版はなんと「2.2.2」。インストーラーのアイコンの色が変わりましたね。WLJSのインストーラーアイコンメインの画面はこんな感じになった。洗練された印象があります。洗練されたメイン画面サンプルを見てみますか。「MathInput.wln」はこんな感じで表示されました。サンプルコードを表示したところ今回「すごいなー」と思ったのは、グラフ機能の向上。サンプルの「Plot3D」を見てみると。グラフの表示この3Dプロットはきっちりと、マウスで回転できたり、マウスホイールで拡大縮小できる。v2というだけあって、使い勝手がすごくよくなっています。化学PubChemからChemSketchに構造式を取り込むおそらく、PubChemに登録されているものであれば、一から化学構造式を描画する手間を省こうとすると思います。前回のように「インドメタシンを書きたい」と思ったら、どっかから構造式データをダウンロードしてきて、読み込ませるでしょう。PubChemで検索して、構造式データをダウンロードし、ChemSketchに取り込むまでの手順を確認します。PubChemのIndomethacinのページを開きます。下にスクロールしていくと「Structures」というセクションがあります。Coordinates」を選択します。今回はSDF形式を使います。「Save」をクリックすると、ダウンロードされます。ChemSketchで「File」>「Open...」で、ダウンロードしたファイルを開きます。確認画面が出るので「Yes」。なんかすごいことになってしまった。COORDINATES」の「Display」をクリックすると確かに画面にあるような情報が入っています。余計な分は手で消すしかなさそうです。いうことで今度は「InChI」をダウンロードして、ChemSketch側で描かせることにしました。InChI」を選びます。PubChemからコピーしたテキストを貼り付けます。「OK」とすると、見事に取り込まれました。こっちのやり方のほうが早いかな。ChemSketchChemSketchで簡単「構造>名前」変換とPubChem情報フリーのACD/ChemSketchで、化学構造式からIUPAC名やSMILESを生成できるので、それを書いておきます。あとついでに、PubChemの検索機能も。ChemSketchは、個人の趣味範囲であれば無料で使えるようなので、ありがたいです。わたしは化学者ではないので、これで研究をすることはありません。単純に、Pythonなどの環境で化学構造式を扱えるかを確認したいだけなので。Colaboratoryで化学構造式を書いてみました。(Freeware)がインストールされているところから始めます。今回、名前を生成しようと思うのは、次のものです。ツールバーの一番左、「Select/Move」ボタンをクリックして、構造式を囲んで選択します。Structure」を選択します。あっというまに、IUPAC名が生成されました。今度はこの構造式のSMILES形式を生成してみます。Notation」です。こちらもあっという間。蛇足で、ここからPubChemも検索できるようなのでテスト。ChemSketch)を選んで「OK」とします。待つと...結果は次の通り。「Indomethacin」(インドメタシン)という一般名がわかります。企業で業務に使っちゃあいけないのだろうけれども、趣味で使う、学生が使う分にはChemSketchは十分すぎ。08:00コメントを書くもっと読む2024-03-13大学で学生に使わせるソフトウェアについて思うこと(続)前回は大学側の観点から書いたんですが、今回はソフトの開発側から「鶏と卵」の話をしたいと思います。そもそも、なぜ教育用のソフトウェアのライセンスは企業で買う時よりも安いのか?それも格安で。以下、わたしの考察です。開発側としては、「ソフトウェアを安く提供することで教育に貢献したい」という論理はほとんどないと思います。考えているんであれば、多分間違い。今、大学で使われているソフトを考えると、ほとんどが欧米製です。彼らにとって日本の教育や科学技術の発展に貢献する理由があるでしょうか。国際競争の観点で考えると、優秀な人材を自国に取り込みたい、というのが最近の流れだと思うので、例えば、「優秀な留学生はうちに来てほしい」と思うはずです。大学が鶏では、なぜ、教育用ライセンスは安いのか。それは、「大学で使っていれば、企業に入ったときに、そのソフトを使い続けたいために企業ライセンスを購入してくれる」という期待があるからです。大学が「鶏」で、企業が「卵」の関係です。確かに、これは成り立つ部分はありますが、前回書いたようにこれはすべての場合に割り当てられるわけではないのです。企業が大学の先生と共同研究をするときに、大学の先生に合わせて企業用のライセンスを買うこともあるでしょうが、これはどちらともいえないです。逆のケースもありうるでしょうし。大学側が「即戦力を育成したいために企業で使われているソフトを導入する」といういう観点からは、大学が「鶏」ではなく、企業が「鶏」で大学が「卵」です。何か全く新しいソフトが世の中に現れ、それが先に大学に導入され、そこから市場に広まるというのは、まれにしかないのではないかと私は考えてます。大学発のソフトもありますけど、、、ただ、ビジネスにできるかは微妙かな。大学の先生は大学から給料をもらいながら開発できるけど、企業としては売上をそのソフトからもらわないと、どこからもお金は出てきません。「どうせ企業で再教育を受けるのだから」という視点では、ソフトは何でもいいので大学側は独自に決められます。なると、開発元としては教育用のライセンスを安くする理由はなくなります。大学と企業の関係は「親子ではなく他人」ということになります。これは、開発元にとっては一番いやなケース。関連がないのに、「大学はお金はないから」と安くしていることになります。なると、本当はもっと高く売りたい、企業にも売りたいと思っているのに、大学で完結してしまうことになります。Win-Winとはいきにくいです。Win-Winは、大学でも企業でも、どちらでもそのソフトが主流となったものだけですね。他にもいろいろ考えつくことがありますが、この辺りでやめておきます。Pythonこれは、以前から思っていたことなんですが、改めて文章としてまとめてみたいと思います。大学で学生にあるソフトウェアを使わせようとした時、4つの選択肢があるんじゃないかと。教官が自身の研究用に使い慣れたソフトを使わせる学生が将来就職するときに即戦力となるように企業が良く使うソフトを使わせる大学が大学全体や学部全体で契約しているソフトを使わせるできるだけコストを抑えられるように無料のソフトを使わせるこれは、それぞれの大学の事情により、違ってくるんでしょう。選択肢が筆頭になるでしょう。今後、共同で論文を書いたり、共同研究をすることも視野に入れるということになります。マニアックなソフトに走ると、それに使い慣れた学生は、企業に入ったときに、改めてその企業が使っているソフトを勉強することになります。一般の企業で製品開発などを行う進路をとる学生が多い大学では、やはり、即戦力を養成できているという点が就職率に直結するので、そういうソフトになります。企業向けのソフトは高いものが多いですが、大学用の安いもの、場合によっては「大学は無料!」のものがあるので有力な選択肢です。企業ではIT統制の観点から、出所がわからないソフトウェアはインストールできないことが多いため、きちっとした企業が開発したソフトでないと導入しません。あとは、購入後に使ったときにわからないことがあれば聞くことができる、というのもフリーソフトにはないメリットです。最近減ってきているようですが、大学や学部全体で組織が契約している場合です。自分がそのソフトに「なじんでいれば」いいですが、そうでない場合は自分がそれを勉強しなければなりません(あるいは自分で追加で買うか)。最近この形が減ってきていて、その理由は「受益者負担」というキーワードがあるためと聞いてます。「自分の研究室や授業で使っていないのに、なぜ、そのソフトの購入費を負担しなきゃならんのだ。おれは他のソフトが使いたいんじゃ~」という意見が強くなり、「実際に使う人に必要なソフトを買ってもらうほうが公平だ」ということになっているためなんでしょう。乱暴に見えますが、正しい面もあります。「大学で学んだことをそのまま企業で使えるケースは少ないし、企業に入ったら、いずれにせよその企業の環境を学ぶ必要があるのだから」という論理です。分野によってはまさしくこの選択肢が正しいケースがあります。使って統計処理をするのであれば、費用はかからない上に企業でも即戦力になるケースもあります。使えば、インストールすることすら不要だしね。これは、分野ごとに見ていくと、なかなか面白いです。GIS(地理情報システムソフト)もっと、バイオや化学の分野ではあるんでしょうね。政府系の研究所などが研究成果としてやっているものが多いですから。あれば、この分野の研究者になるのであれば、フリーのほうがむしろ良い?)なんにせよ、趣味のためであれば、無料の環境はありがたいですよね~。問題が起きても解決を急ぐ必要もないし。言語について書きましたが、企業での利用というのはどれくらいなんでしょう。研究所レベルであれば大学と似たようなものなんでしょうけど。2引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。