モニタリング瀬戸内海は古くより漁業が盛んでヒラメ等の養殖業発祥の地でもある。モニタリングについては、水産機構の調査船、関係府県の調査船が、海洋観測、プランクトン、漁業資源等に関する調査を定期的に実施している。調査され公表されているが、混獲や漁獲物組成に関する情報は十分得られていない。漁獲する漁業による他魚種への影響について、混獲利用種は小型底びき網漁業ではえび類、いか類、かれい類、マダイ、たこ類、スズキ、シャコとしたが、えび類、いか類、かれい類、たこ類、スズキは漁獲量が減少傾向、シャコは瀬戸内海西部では資源状態が低位とされ多くの魚種で資源が懸念される状態であった。刺網も小底と比してえび類が抜けるだけで残りの混獲利用種の組成は同一である。混獲非利用種としては、小底はヒメガザミ、ヘイケガニ、イヨスダレガイ、オカメブンブクとした。PSA評価の結果、いずれの種も生産性に関するスコアは高くない(リスクは低い)が、漁業に対する感受性のスコアは高い値(リスクは高い)となり、総合的なリスクは中程度となった。刺網ではシロギス、トカゲエソ、シログチとし、PSA評価を行ったところ、いずれの種も漁業に対する感受性は高いが、生産性に関するリスクが低く、リスクは中程度とされた。希少種については、アカウミガメに中程度の懸念が認められたが、全体としてリスクは小さかった。通じたヒラメ漁獲の間接影響のうち、捕食者については、瀬戸内海ではヒラメは最高次捕食者に近い存在と考えられ存在しないと考えた。主な餌生物としていわし類(カタクチイワシ、マイワシ)、イカナゴ、はぜ類が挙げられるが、イカナゴの資源状態は懸念される状態であり、はぜ類のデータは利用できず評価できなかった。競争者は魚食性の強い底魚でえそ類、スズキ、タチウオとした。タチウオの資源が懸念される状態であり、スズキ、豊後水道のえそ類の漁獲量も減少傾向であった。(MTLc)が低下していた。種苗放流が生態系に与える影響は見られなかった。海底環境への影響については漁獲物の平均栄養段階の変化幅は小さく、懸念は認められなかった。水質環境への負荷は軽微であると判断される。大気環境への影響については、中程度であると判断された。