+存在下で、ほぼ完全にDNA連結反応を阻害する。Ligaseが一価カチオンにより阻害を受けるため、反応効率は悪い。Ligaseで連結反応を行う必要がある。平滑末端連結を促進させることが報告されているポリエチレングリコール(PEG)存在下では、高濃度一価カチオンにより分子間連結反応が著しく促進されることが示された。6000反応液中で認められた1)。図3および4の(A)に16°Cで30分間反応させた結果を示す。Ligaseを働かせた。6、7)で分子間連結反応が促進されている。Na+存在下では平滑末端連結は全く起こらない。図3、4の(B)に37°Cで30分間反応させた結果を示す。mM以上のNa+存在下での反応効率は高くなっている。