モニタリング瀬戸内海においてマダイを漁獲する漁業による生態系への影響の把握に必要となる情報、モニタリングの有無については、海洋環境、プランクトン等の低次生産生物から漁業対象であるマダイ等の生態等についての研究が長年に亘りなされて知見が蓄積されてきた。びに関係府県の調査船によって定期的に実施されている。魚種別の漁獲量等は行政機関等により調査され公表されているが、混獲や漁獲物組成に関する情報は十分得られていない。漁獲する漁業による他魚種への影響のうち、混獲利用種について、吾智網では目立った混獲種は存在しないと考えた。小型底びき網では、えび類、いか類、かれい類を混獲利用種としたが、いずれも漁獲量が減少傾向であった。刺網では混獲利用種はかれい類であるが、かれい類については漁獲量が減少傾向を示している。混獲非利用種については、吾智網では目合いが大きいため小型の生物は混獲されないと考えた。小底ではヒメガザミ、ヘイケガニ、イヨスダレガイ、オカメブンブクを混獲非利用種としPSA評価を行い総合的なリスクは中程度となった。刺網ではシロギス、トカゲエソ、シログチを混獲非利用種としてPSA評価を行い、総合的なリスクは中程度とされた。希少種への影響については、アカウミガメに中程度の懸念が認められたが、全体としては低かった。通じたマダイ漁獲の間接影響について、マダイの捕食者としてはヒラメ、あなご類、えそ類、アイナメが考えられた。豊度に関するデータは得られていないが、捕食者のマダイの資源状態が安定しているため、餌生物への捕食圧が定向的に大きく変化しているとは考えにくく、餌生物への影響も大きくないと考えられる。瀬戸内海においてマダイの競争者と考えられるかれい類は漁獲量がほぼ一貫して減少傾向であるが、マダイとかれい類の漁獲量には有意な正の相関がみられ、少なくともかれい類の減少は、マダイの増加にともなう餌を巡る競争によるものではないということが示唆される。低下が認められ、評価対象漁法のみが要因とは考えがたいが、幅広い魚種の漁獲量の低下が漁獲物の平均栄養段階の低下を招いていることから生態系全体に及ぼす影響が懸念された。種苗放流が生態系に与える影響は見られなかった。海底環境への影響については漁獲物の平均栄養段階の変化幅は小さく、懸念は認められなかった。水質環境への負荷は軽微であると判断される。大気環境への影響については、中程度であると判断した。