関連のインフォマティクス情報についてまとめています。Nature公開データベースには惑星規模の核酸配列コレクションが含まれているが、このコーパスの効率的な検索方法がないため、体系的な探索が阻害されている。そこで、ペタベース規模の超高速配列アライメントを可能にするクラウドコンピューティング基盤Serratusを開発した。570万サンプル(10.2ペタベース)の生物学的多様性から、RNA依存性RNAポリメラーゼという特徴的な遺伝子を検索し、105種以上の新規RNAウイルスを同定し、既知の種数をおよそ1桁増加させることに成功した。コロナウイルス、デルタ肝炎ウイルス、巨大ファージにそれぞれ関連する新規ウイルスの特徴を明らかにし、その環境リザーバーを分析した。これらのデータおよびツールからなる無料の総合データベースを構築し、現在進行中のウイルス発見革命を促進する。ウイルスの配列の多様性を拡大することは、新興の病原体の進化的起源を明らかにし、将来のパンデミックを予測・緩和するための病原体監視を向上させることができる。Explorerについて簡単に見ていきます。webサービスhttps://serratus.io/にアクセスする。Exploreをクリック。10,101)から既知の完全ゲノムを高感度に検索する。着目した検索方法となっている。Searchに入った。Searchでは、ユーザーが選択したウイルス科に属する全ての「pangenome」エントリが返される。Matchesをクリックする。IDからの検索にも対応している。(%)を調整してマッチするエントリ数を調整できる。変えるにはゲージを左右に動かす。マップされたリードの数と参照配列のスパンカバー率を考慮したヒューリスティックなスコア。Searchのマニュアルより)。Coronaviridae科をデフォルト設定で検索すると3640エントリヒットした。SRR1192321をクリックした。Readsが右側に表示される。カーソルを合わせると数値が表示される。Searchの結果へのリンク、jbrowseを使った全リファレンスゲノムへのアラインメント、そのbamファイルのダウンロード、サマリーレポートのダウンロードのボタンとなっている。virusを探すためには、50〜100のスコアで同一性が50%未満〜90%の範囲に注目する。ヒートマップの気になったデータをクリックすると、そのデータのウィルス科の分布が下に展開される。Searchと同じになる。wikiには未知ウィルスを探す実践的なガイドがあります。この巨大なデータを構築・管理するための予算についての興味深い説明もあります。アクセスしてみて下さい。Labはてなブログをはじめよう!kazumaxneoさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告する引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。