1196m2、延べ床面積2743m2で地上1階、地下1階の鉄骨鉄筋コンクリート造の建造物。施設内で遺跡を発掘された状態で展示するために地下階に床を設置しない一方で、遺跡に地下水が浸入することを防ぐために厚さ80cmの外壁を地下20mの深さまで築くなど特殊な建築土木工法が用いられている。遺跡の保存のために無色・無臭でカビなどの発生を防止する保存処理剤として樹木用と土壌用で分子構造式が異なる2種類の「ポリシロキサン」が使用されている。発見された森林跡をもとに2万年前の氷期の植生が分析され、地底の森ミュージアムの敷地内に再現されている。長町南駅より徒歩で約5分。