データベースDATABASEデータベースデータベースDATABASE蛋白質研究所は、国際的な基準で整備された6つのデータベースを整備・運用し、広く一般に公開しています。マトリックスまで網羅し、データの種類としては、化学スペクトルや原子座標・顕微鏡イメージまで幅広く対応しています。最新のデータフォーマットも導入し、ゲノムデータや化学薬品などの外部データベースともリンクしており、最先端サイエンスを支える基盤データベースとなっています。PDBe、EMDBと協力して、生体高分子の立体構造データベースを国際的に統一化されたPDBアーカイブとして運営するとともに、様々な解析ツールを提供しております。Bank:PDB)は実験的に決定した生体高分子の3次元構造を保存する世界で唯一のデータベースです。Bank(wwPDB)という組織を構成し、共同で登録・維持・管理を行っています。PDBj)はwwPDBの設立メンバーであり、アジア・中東地区からのデータ処理・登録を分担して、全てのPDBデータを大阪大学から世界に発信しています。BMRB)は生体高分子の核磁気共鳴法による実験データを保存するデータベースです。BMRBの本部は米国コネチカット大学にありますが、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)では、コネチカット大学との間に覚書を結んで、日本分室(BMRBj)を設置しています。BMRBjは、アジア・中東地区からの生体系NMR実験データの登録・処理を行い、全てのBMRBデータを大阪大学から世界に発信しています。より決定されたマップを集めたデータベースで、アジア・中東地区からのデータは蛋白質研究所のPDBjがアノテーションを付し、日米欧の協力体制の下で一つのデータベースとして公開している(https://pdbj.org/emnavi/)。PDB)に関連する座標データが保存される。用いる2次元撮影画像と関連する実験データを保存するデータベースです。(EMBL)が英国に設立した欧州情報学研究所(EBI)にあります。日本蛋白質構造データバンク(PDBj)では、EMBL-EBIとの間に覚書を結んで、日本国内でのデータ配布活動を開始しました。日本国内からの実験データ登録を分担し、単粒子クライオ電子顕微鏡画像データを大阪大学から世界に発信しています。Database:CSD)は1965年からデータを蓄積している有機分子や有機金属分子の結晶構造データベースです。Centre)として、1970年代の第1回リリースからデータ購入を担当し国内の利用に供していました。2000年代にライセンス料が利用者負担に変更された後も、代表加盟機関としてアカデミックユーザー向けのライセンス管理とユーザーサポートを行っています。データベース動物の細胞(特に幹細胞)の多くは基底膜と呼ばれるシート状の細胞外マトリックスを足場としている。本データベースは、基底膜に局在するラミニン(12種)、IV型コラーゲン(6種)、ヘパラン硫酸プロテオグリカン(3種)を含む42の蛋白質のマウス胎仔での局在を可視化した画像データベースである。バーチャルスライドの上を自在に移動・ズームインしながら、各蛋白質の発現部位を1細胞レベルで観察することができる。拠点プロジェクト班Email:tanpakuken-kyoten[at]office.osaka-u.ac.jp([at]を@に変えてください。