人々に癒しを与える音としても注目を浴びている水琴窟。「つくばい」の下深く底を穿った瓶を伏せ込み、手水に使われた蹲(つくばい)の水が瓶に反響して妙なる琴の音のように聞こえます。水琴の残響に耳を傾けた古人のわびさびの風情が味わえます。当院の水琴窟は、もともとは江戸中期から書院中庭にあったものですが、その場所は通常非公開のため、20年ほど前にどなたでも楽しんで頂けるよう、現在の位置(庭園「余香苑」内)に移しました。その折、中に埋めるかめは新しく焼かせたもので、現在直径60cm高さ90cmくらいの素焼きの信楽焼のかめが埋まっています。