秘密結社はNFP第二弾「エチオピアパック」で追加されるゲームモード。秘密結社は幾つかの種類があり、それぞれがプレイヤーに固有の恩恵をもたらすが、一度秘密結社に入ると抜けることはできない。秘密結社に入ると固有の総督を獲得する。この総督は世界規模の繋がりを持ち、特定の都市に配属しなくても帝国全体に恩恵をもたらす。秘密結社はミネルヴァの梟(フクロウ)、ヘルメス教団、虚無の歌い手、緋(ヒ)の同盟の4種類ある。↑ミネルヴァの梟ミネルヴァの梟は、身分の高い人々や大富豪で構成されている秘密の団体だ。代表団を派遣すると、接触できるかもしれない。ミネルヴァの梟に入ると黄金の宝物庫を建設できるようになる。銀行に取ってかわる「黄金の宝物庫」を建設可能になる。ゴールドが得られる(上限1000ゴールド)。信仰力の半分も自身が得る。↑ヘルメス教団ヘルメス教団は、異端の科学者と錬金術師で構成されている秘密結社だ。自然遺産を発見すると、接触できるかもしれない。科学、偉人、資源に関心がある。ヘルメス教団に入ると固有の資源であるレイラインが見えるようになる。レイラインはすべての専門区域に隣接ボーナスを与える。(2020年12月のアプデ以降、+2の隣接ボーナスとなった)。偉人を獲得するとさらに大きな効果をもたらす。ヘルメス教団は大学の互換として錬金術協会を建設できる。大商人ポイントも産む。専用の資源「レイライン」が可視化される。偉人の区域タイプに対応する産出+1をレイラインが得る。「オカルト研究」のプロジェクトが解禁される。虚無の歌い手は、古き邪神を崇拝しているカルト教団だ。原住民の集落を調査すると、接触できるかもしれない。信仰力と傑作スロットを持つ。これは別文明から信者を集め、忠誠心の低下をもたらす。モニュメントに取ってかわる「旧神のオベリスク」が建設可能になる。文化力を各自都市が得る。「闇の召還」のプロジェクトが解禁される。緋の同盟に属する人々は、血への欲望によって結ばれている。その関心は、強力な軍事力に向けられている。蛮族の前哨地を攻略すると、接触できるかもしれない。緋の同盟に入ると固有のユニットである吸血鬼を獲得できる。戦闘力が上がり、倒されてもHP1で退却する。自分の所有するタイルか中立タイルに吸血鬼の城を建てられる。首都に吸血鬼ユニット1体獲得する。首都に吸血鬼ユニット1体獲得する。吸血鬼は自文明全体で最大2つまで吸血鬼の城を建設できる。首都に吸血鬼ユニット1体獲得する。吸血鬼は自文明全体で最大3つまで吸血鬼の城を建設できる。吸血鬼が隣接する敵ユニットを「威圧」するようになる。移動力の消費が1になる。首都に吸血鬼ユニット1体獲得する。吸血鬼は自文明全体で最大4つまで吸血鬼の城を建設できる。吸血鬼の城から1タイル以内にいるユニットを、他のいずれかの吸血鬼の城の近くのタイルへ空輸できるようになる。