有力候補の一人とされる食蜂操祈は、彼女自身の思惑とはうらはらに、周囲の人々と、最大派閥の長である宿命によって選挙戦の渦中へと――。カリキュラムに組み込まれた特殊な地域。彼女はその能力と性格のため、学園都市で起こる数々の事件に巻き込まれていく――。超能力開発に勤しむ学園都市で生まれた新たな計画。科学技術の粋を集め、超能力開発が進められる学園都市。一見すると平和で華やかなこの街の裏側には、「暗部」と呼ばれる者たちが存在した。「アイテム」のコードネームで知られる少女たちもその一部で、超能力者(レベル5)である麦野沈利を筆頭に各分野のスペシャリストで構成される精鋭部隊だ。その「アイテム」にひとりの新メンバーが加入したことを機に、彼女たちはこの街の地下で蠢く陰謀に巻き込まれていくのだが......。科学技術の粋を集め、超能力開発を進める学園都市。その中でも突出した力を持つ7人の超能力者(レベル5)の中で第二位とされる垣根帝督は、杠林檎という名の幼い少女と接触する。演算パターンのデータを入手することだった。超巨大兵器・オブジェクトが戦場を闊歩する近未来――戦闘機や戦車は旧世代兵器となり、オブジェクトの性能の差がそのまま戦争の勝敗を決める世界。「インデックス」は、歌手を夢見る少女「鳴護アリサ」と出会い、オーディション合格の一報を共に喜んでいた。して現れた魔術サイドがアリサを襲撃する。世界の命運を握る「いんでっくすさん」だって、普段はただの女の子。上条当麻もインデックスにうながされ、この競技を始める。女王と崇める彼女は、『天衣装着(ランペイジドレス)』という大能力(レベル4)の持ち主でーー。カリキュラムに組み込まれた特殊な地域。彼女はその能力と性格のため、学園都市で起こる数々の事件に巻き込まれていく――。