なでしこアカデミーカップ20162016プレナスなでしこリーグ1部とは昨年までの2ステージ制が改められ、ホーム&アウェイによる全18節で年間順位を争う。上位勢は混戦が予想されるものの、昨季4年ぶりに頂点にたった日テレは今季もリーグを牽引するだろう。今季はどのチームもベテラン・中堅・若手の意図がいかに噛みあうのかが、注目だ。しくも優勝を逃した湯郷ベルはリベンジなるか!?また、短期決戦だけに、序盤に勢いに乗れるかどうか注目したい。日本サッカー協会に登録している選手で平成16年(2004年)3月31日以前の生まれの選手(小学生は登録できない)「下部組織チーム」として登録しているチームから5名まで登録することができる外国籍選手は5名登録、3名までが出場できる各試合にエントリーできる選手は18名以内とする選手の交代は3名以内とする試合時間90分(前後半各45分)90分以内で勝敗が決しない場合は引き分けとする順位の決定リーグの全試合が終了した時点で、勝点(勝ち3点、引分け1点、負け0点)の多いチームを上位として順位を決定する。勝点の合計が同一の場合は次の順序により順位を決定する。1位チームが複数あり、前項4号の反則ポイントにおいても同一の場合は、優勝チームを複数チームとする。チーム決定」等、順位の確定が必要な場合のみ実施する。入れ替え戦<2016なでしこリーグ1部・2部入替戦>プレナスなでしこリーグ1部の10位チームとプレナスなでしこリーグ2部の1位チームは自動入れ替え、プレナスなでしこリーグ1部の9位チームとプレナスなでしこリーグ2部2位のチームはホーム&アウェイ方式による入替戦を実施し、勝者が1部へ昇格または残留する。10チームを2つのグループに分け、5チームの2回戦総当たり「予選リーグ」を行う。予選リーグのグループ分けは、2015プレナスなでしこリーグ1部の順位により、奇数順位のチームをAグループ、偶数順位のチームをBグループとする予選リーグの各グループ上位の2チームで決勝トーナメント(準決勝及び決勝)を行う。予選リーグが終了した時点で、勝点(勝ち3点、引分け1点、負け0点)の合計が多いチームを上位とし、順位を決定する。勝点の合計が同一の場合は、次の順序により順位を決定するリーグの全試合が終了した時点で、勝点(勝ち3点、引分け1点、負け0点)の多いチームを上位として順位を決定する。