エンジンは、X4に搭載されていた1,300ccの水冷4ストロークDOHC直列4気筒ユニットをベースにリファインされたものを搭載。水冷エンジンながら空冷式のような冷却フィンを備えた点が、「いかにもバイクのエンジンらしい」とされた。2003年にフルモデルチェンジされてSC54型となり(エンジンも変更され冷却フィンはなくなる)、2005年にハーフカウルを装備したCB1300スーパーボルドールがラインナップに加わったあとは、CB1300シリーズとして、マイナーチェンジや特別仕様車の設定などを受け続けている。直系モデルのCB1000スーパーフォア発売から25周年を迎えた2017年のマイナーチェンジでは、ヘッドライトがLED化され、それまで別仕様だったグリップヒーターとETC車載器が標準装備となった。2019年モデルでは、オーリンズのサスとブレンボのブレーキを採用した「SP仕様」がタイプ設定された。2020年12月3日、新型モデルになることが公表され、21日に正式発表された。この2021年モデルから、スロットルバイワイヤ(電子制御スロットル)を採用し、ライディングモード選択機能(3タイプ)とクルーズコントロールを搭載。トラクションコントロール(Hondaセレクタブルトルクコントロール)も備えた。