絶大な人気を誇り"トレッキー"と呼ばれるマニアを産んだTVシリーズ「宇宙大作戦」の映画版第1作。障害物を破壊しつつ地球を目指す巨大な雲状エイリアンを迎え撃つべく発進する新型エンタープライズ。天体規模ほどもある巨大な雲状の「何か」が銀河系を進んでいく。その進路上で迎撃しようとしたクリンゴン艦や調査を試みたステーション・イプシロン9は攻撃を受け、消滅してしまう。進路の先には地球があり、迎撃可能な宇宙船は、5年間の調査飛行の後、軌道上のドックでの大改装を終えようとしていたエンタープライズだけであった......。