バイオインフォマティクスこんにちは、iijm_lです🐰Pythonでバイオインフォマティクス、といえば、Biopythonですね。Biopythonには便利な機能が多く存在します。他のモジュールについては、まだまだ知らないものが多いです。🐰「ブログを通して、Biopythonとお友達になろうっ!!!!」と、やや大きめの個人目標を掲げておきます。目標にしました✨やりたいこと以前「ヒトとサルは遺伝子的にそんなに近くない」という話を思い出し、ヒトに最も近い霊長目選手権を開催することにしました。具体的なフローは、以下の通りです。FASTAファイルを用いて、アライメントを行う。アライメント結果を用いて、分子系統樹を作成する。ここで、バイオ用語のおさらいをしておきましょう。アライメントDNAやRNA、タンパク質などの配列同士を比較し、類似性を算出します。配列情報の類似性を表した図です。枝分かれした先に、その生物種やタンパク質名が記載されます。枝の長さが形質の差分を表しており、類似性が高いほど近くに、低いほど離れて描かれます。塩基配列を取得しました。NCBIカレントディレクトリにprimates_COX1.fnaとして配置しました。primates_COX1.fna>Homo_sapiensATGTTCGCCGACCGTTGA...>Macaca_fuscataATGCTCATCAATCGCTGA......参加選手(生物種)12名の紹介です。昨今は多様性の時代のため、ヒトに近くなさそうな生物種も参加しています。3.3.4アライメント配列アライメントデータを操作できるBio.Alignを使います。Bio.Align.Applicationsモジュールを使用すると、ローカル環境にある配列アライメントツールを呼び出し、pythonから簡単に実行できます。今回は、一般的なアライメントツールであるClustalWを使います。他にも、MafftやMuscleなどが使えます。事前に以下のURLより、ClustalW2をダウンロードし、パスを通してください。cmd()これで、ClustalWの実行が完了です。アライメント結果として、2つのファイルが作成されました。分子系統樹の描画ができるBio.phyloを使います。Phylo.draw(tree)分子系統樹が表示されました。troglodytes)であることが分かりました。mulatta)は、ヒトからかなり離れていますね。系統樹の描画に話を戻します。図ではなく、ASCIIを使ってコンソール上に表示することも可能です。5はてなブログをはじめよう!amelieffさんは、はてなブログを使っています。ブログを報告する引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。