夫婦には同居義務があり、あなたの都合で別居すると、離婚においては少なからず不利になります。妻に責任がある理由であなたが別居したとしても、それは離婚で不利には扱われません。同居義務と同時に、夫婦には相互扶助義務もあるため、あなたが別居後に生活費用を渡さず、妻が困窮する状態なら、それは離婚時において考慮されるでしょう。1つ気を付けなくてはならないのが、未成年の子供がいる場合の親権についてです。親権を争う場合、家庭裁判所は子供への影響を配慮して、子供の生活環境をできるだけ変更しないようにします。あなたが妻と子供を残して、長い間別居している状態なら、子供は妻の元で生活することに馴染んでいます。その後、離婚をしたときに、あなたが親権者になると、子供の生活環境が変わることになるため、子供の負担を考えると親権を得られないかもしれません。