Termを便利に使ってみよう。プログラミングmisawatの「適度にGASを使う」シリーズ最終章。システムAnacondaでYAMLファイルを使った簡単解析環境構築!YAMLファイルを解析環境の設計図のように用いて、複数のツールやパッケージを自動的にインストールできます。プログラミング誰にも求められていn・・・ゲフンゲフン。大好評を頂いている「適度にGASを使う」シリーズ第三段です。関数を分けて書こう!の回。プログラミングGASを書くときの自分ルールの紹介をします。GASの基本的な使い方の解説もしました。データベース)を更新しました。その機能をさらにupさせるコーディングがあります。Script(GAS)」中身はほぼJavaScript。便利なのですが、queryの大文字小文字がきっちり区別されてしまうことには少々不便さを感じていました。アノテーション情報付きVCFから特定データベース由...2018-06-15less画面をすっきり見やすくシステムバイオインフォマティクス業界に飛び込んでもうすぐ3カ月のmiyatakeyです。最近大いに思うことがあります。VCF等をlessで見る時、画面端で行が折り返されて見にくい。見やすくできないかと思い調べてみました。lessのオプションで解決です...2016-01-07稼働中のタスクをtopコマンドで!システムサーバで動いているタスクを「top」コマンドで確認してみましょう。コマンドはとてもシンプルです。システムのCPU使用率順に、稼働中のプロセスが表示されます。図ではpsiblastとvimが一番プロセスを使用していますね。プロセスを稼働しているユーザ...2015-11-20Google日本語入力なら矢印の入力が簡単システムこんにちは、久保(@kubor_)です。スマートフォンのバイブモーターが経年劣化のためか、軸ブレしており、ギュイーンギュイーン鳴ってしまうんですが、買い替えどきでしょうか。repositor...2015-10-19ヘビーな夏システム弊社が一部講義を担当した平成27年度NGSハンズオン講習会のアンケート結果を、事務局のかたから送っていただきました。私が担当したSh、Perl、Pythonに関しては、「易しいと思っていたらいきなり最終課題が難しくなった」というご意見が多かったです。実は...2015-09-30どの括弧が閉じているのかよく分かるVimの設定システム京都支店に居た頃、鴨川でサンドウィッチを食べているところをトンビに襲われ、出血したことがある久保(kubor)です。括弧が重なって困るなら、対応する括弧をハイライトしましょう。Python前回に引き続き改行コードの処理の話です。今回はPerl・Pythonのなかでどう扱うか、コード例を挙げて説明します。行末の「¥n」はchompで取り除くことができます。それ以外は正規表現を使うと簡単と思います。Python弊社のトレーニングやNGSハンズオン講習会などでPerlやPythonに触れた方は「『¥n』で行の末尾を示す」と聞いたことがあると思います。Xで使われる改行コードです。Pythongzip圧縮されたファイルをPythonで読み込むときには、少し注意が必要です。例として、手元に偶然あった魔法の言葉が書かれたタブ区切りテキストファイルを使用してみます。li...2015-09-09シェル芸システムhatです。USP友の会さんのシェル芸勉強会に参加してきました。シェル芸は、USP友の会会長上田さんのブログで次のように定義されています。dieよりもautodieがナウいシステムこんにちは、朝ごはんはパン派の久保(kubor)です。文字列処理が得意なPerlの使いドコロといえば、FASTQファイルを処理したり、TSVファイルを処理したり、とにかくファイル操作が多いです。Perlでは、ファイルハンドルの作...2015-05-12全部ぶちまける前にシステム五月になり、GWも終わって、世間の新歓ムードも落ち着いてきました。自分が学生や新社会人だった頃を思い返すと、この時期はお酒を飲んでいろいろなもの(暴言や未消化の食物)を口から出していた思い出ばかりです。そのような記憶を胆汁の味とともに苦々...2015-05-11書き込み権限の無いファイルをsudoで上書き保存するシステムこんにちは、根は真面目な、久保(kubor)です。20条」などを湯飲みやペナントに書いたものが売られているのを目にすることがあります。ブログを報告する引用をストックしましたストック一覧を見る閉じる引用するにはまずログインしてくださいログイン閉じる引用をストックできませんでした。再度お試しください閉じる限定公開記事のため引用できません。