38躯との激戦の後、謎の少女と光の渦にのみ込まれたアカシ。目覚めたアカシの目の前にはササメと瓜二つの少女がいた。46無明領域に飲み込まれた地区で、10年前に調査機が残したレコーダーからの信号が受信された。それはかつて、アオシの機体が残したものだった。51“躯”が無明領域の外に出現したという事実は、学園を恐怖に陥れた。46アカシたちパイロット候補生は、未開領域における模擬調査訓練として無人島へ降下した。83“躯の歌を聞いた者は九日以内に謎の死を遂げる”。その噂が真実となったかのように、アカシ達の前で事件が起こった。歪で、どこまでも濃い黒。ような異形のものたち。