Fits-Roy(1805—65)の著作の一部として出版され、45年にダーウィンの部分のみが単行本として刊行された。ビーグル号はイギリス海軍の測量艦で、10門の砲を備えた木造帆船である。1831年暮れにプリマスを出港、5年後の36年10月に帰港。ダーウィンはこの航海の間に各地の動植物や地質を観察、調査し、標本を収集した。航海記はそれらのことを日記の形式で克明に記述しており、全体が21章からなり、第17章にはガラパゴス諸島があてられている。ジョン・マレー社より1859年に出版。ダーウィンが種の起原について関心をもったのはビーグル号航海のときであるから、着想から著書の出版まで二十数年かかった。彼は1842年に33歳のとき自説の概要をノート35枚に覚え書きにした。56年に『種の起原』の著作にとりかかったが、2年後にA・R・ウォーレスから受け取った論文の内容が自説とほとんど同じであったので、同年7月のロンドンの学会で共通の表題で連名で発表した。その後ダーウィンは新たに稿をおこし、59年に刊行したのがその初版本である。人為選択(人為淘汰)から始まる。古くから栽培植物や家畜が改良されてきたが、育種家は生物のわずかな変異をみいだし、それをもとに選択を行い改良を行った。ダーウィンは本書初版では変異の原因は外的条件であると述べているが、6版ではこの点が改変され、外的条件は生物の本性に比べると副次的なものであるといっている。次に、自然界でも生物のいろいろな部分に微少な変異がおこり、それが何代にもわたって蓄積してゆき進化がおこると考えた。その原因として自然選択(自然淘汰)という概念を導入した。生物の多産性によって生存競争(闘争)がおこるが、進化にとって重要なのは同じ要求をもつ同種個体間のそれであって、ごくわずかな差異でも個体の存亡を決定する。環境に対して有利な変異をもつ個体が生存し(適者生存)、長い世代の間にその変異が蓄積して進化に結果する、と彼は主張した。