10歳年上の甥の病死により両親から甥に変わって立派な軍人になって欲しいと言われ軍人を目指す。1901年(明治34年)に海軍兵学校32期に200名中2番で入学。在学中に堀悌吉と親友になる。日露戦争中の1904年(明治37年)11月、海軍兵学校を192名中11番で卒業。少尉候補生として練習艦「韓崎丸」に乗船する。となり5月27日の日本海海戦に参加する。4ヶ月と、各艦に勤務する。みを経て三等巡洋艦(練習艦)「宗谷」に配属となる。1913年(大正2年)に両親が亡くなった後、海軍大学校に入学し旧長岡藩家老だった山本家を相続したことにより、山本五十六と称することになる。1916年(大正5年)12月海軍大学校を卒業。1917年(大正6年)1月、腸チフスにかかり、療養中に発症した虫垂炎のため生命の危険に陥るが九死に一生を得る。この頃、友人から紹介された三好礼子に一目惚れし、見合いを経て8月31日に結婚。ハーバード大学に留学した五十六は、日本に帰国すると、やがて海軍少将にまで昇進し、ロンドン軍縮会議に次席随員として出席します。ここで軍縮に反対を唱えるが、軍縮が通ってしまったものの、このことが後の出世へと発展する。1934年(昭和9年)第二次ロンドン海軍軍縮会議において、海軍側首席代表として参加した。ワシントン海軍軍縮条約は破棄されることになり、五十六が担っていた予備交渉も取りやめとなってしまいます。1936年(昭和11年)二・二六事件が起こり、五十六は賛成派の海軍青年士官を一掃し内閣総理大臣の岡田啓介や、侍従長の鈴木貫太郎の命を助けた。協定が締結され五十六は、海軍次官に就任。難題が降りかかってくるものの、これらに取り組み、日独伊三国同盟の締結に対し、アメリカやイギリスとの関係を重視する観点から反対する。ところが日独伊三国同盟が締結されたことにより、日本とアメリカやイギリスとの関係は悪化してしまうことに。連合艦隊司令長官として長きに渡り、戦争に関わっていくことになる。ところが日本軍は、1941年(昭和16年)のマレー沖海戦では勝利したものの、1942年のミッドウェイ海戦では敗北を期する。1943年(昭和18年)には、ガダルカナル島の戦いでも敗北し、ガダルカナル島から退却を余儀なくされてしまう。