Inc.ぼくたちの海底王国を守るんだ!サンゴ礁に囲まれた、美しい海底王国。おそうじが得意なパロットフィッシュのアレックスは毎日海をパトロールするのが役目。ある日、パトロール中に魚たちが黒いものにつかまっているのを見つけ、助けてあげた。この黒いものは日々増えていくようだ。ミノカサゴのチャールズ国王にこの事態を報告するも、国王は気にしないでおけと言うばかり。美しい海底王国がどんどん黒いもので汚れていくのを見かねて、アレックスはパトロール隊を結成する・・・。