ハイエボリューションエウレカが作り上げたスカブコーラル(珊瑚状の情報生命体)の中の仮想世界。その崩壊とともに、仮想世界の人々がこの地球に姿を現して10年が経過した。この“大融合”の結果、仮想世界の人類は「グリーンアース」を、旧来の地球人類は「ブルーアース」を名乗り、水面下でさまざまな衝突を繰り返すことになった。グリーンアース軍の高官デューイ・ノヴァクは、自分たちの尊厳を守るため、仲間とともに決起し、大規模なテロ計画をついに実行へと移す。混乱の元凶として世界中から憎まれるエウレカは、国連の立師団無任所部隊A.C.I.D.(アシッド)の上級戦闘員となっていた。この世界を平和に保つために生きる。それがエウレカの選んだ贖罪の道だった。そんなエウレカに、スカブコーラルを操る能力を持つ新たな“EUREKA”、少女アイリスを保護する命令が下る。最初は対立するばかりだった2人は、孤独な逃避行を通じて、次第に互いのことを理解していく。世界が危機に直面した時、エウレカは極限まで自らの力を振り絞って戦う。「アイリスとこの世界を守りたい」。ハイエボリューションまだ幼かったあの日。は幼いアネモネを残して戦いに赴き、そして帰ってこなかった。お別れを言うことができなかったアネモネの小さな胸に深く残る後悔。アネモネは父が散った戦場――東京にいた。人類の敵、7番目のエウレカ=エウレカセブンと戦うための組織・アシッドの一員として、アネモネには人類の希望が託されていた。アネモネはエウレカセブンの中へとその精神を送り込む。アネモネがエウレカセブンの中で出会ったのは、ドミニクという青年と、エウレカという青緑の髪をした少女。この出会いは何を意味するのか。見え隠れするレントンという名の少年の姿。アシッドに囚われていた謎の男・デューイは予言する。「お前たちが見ているエウレカセブンはエウレカセブンではない。偽りの神が創っては破棄した無数の不要な世界。アネモネとエウレカが出会った時、全ての真実が明らかとなり、新たな世界の扉が開く――。