現行の長期評価は、マグニチュード(M)7.0規模の地震を起こす可能性がある長さが20キロ以上の断層を対象にしている。これら98の断層帯については、2005年に一通り評価が終了している。04年に起きた新潟県中越地震(M6.8)のように、地表に長い断層が見つかっていなかった場所でも大きな地震が相次いで発生している。新しい長期評価予測では、まず個々の断層ごとに行ってきた評価を改め、全国を10数個の評価地域に分割し、地域内に分布する活断層と活断層の可能性が高い断層について、長さや活動度に関係なく評価対象に含める。これまで検討から除外してきた地下の断層については、地質構造や重力異常分布などの情報も活用して地下深部の構造を総合的に検討し、長さなどを評価する。