海を蹂躙する謎の敵「深海棲艦」。在りし日の艦艇の魂を胸に抱き、その脅威に唯一対抗できる「艦娘」たち。活躍もあり艦娘たちが勝利を収めたが、その激戦以降、彼女たちの戦いはますます熾烈なものとなっていた。MI作戦の成功を足がかりに、鎮守府の戦力は南方の海域に進出。敵泊地の攻略を続け、その戦域を少しずつ拡大していた。その中で新たな前線基地に集結し、次の作戦に備える艦娘たち。戦いを経て成長し、そして新たな戦力も加わり続けて作戦に成功を収め意気上がる彼女たちだったが、目標とする海域に重大な異変が発生していることが判明する。そこで艦娘たちを待っているものとは――。Zawa(アンダーノースザワ)を飛び出して音楽修行をすることになった『Mashumairesh!!(ましゅまいれっしゅ!!)』だが、早速事件に巻き込まれてしまう。海を蹂躙する脅威、それが「深海棲艦」。「艦娘」と呼ばれる在りし火の艦艇の魂を持つ娘たちだけーー。日々の演習などで切磋琢磨しながら、共同生活をする場所。その鎮守府になる日、一隻の艦娘が着任する。吹雪の、そして艦娘たちの物語が今始まります。