万由里ジャッジメント戦争(デート)、再開。飽くなき戦闘の日々から精霊たちを救い出し、平穏な日々を送る五河士道。霊波を発する未知なる球体の出現により、日常は破られた――時を同じくして姿を見せる謎の少女。Underworldキリト、ユージオ、アリス。二人の修剣士と一人の整合騎士が最高司祭・アドミニストレータを打ち破ってから半年が経った。戦いを終え、故郷ルーリッド村で暮らすアリス。その隣には、親友を失い、自らも腕と心を失ったキリトの姿があった。彼を献身的に支えるアリスに、以前のような騎士としての心は残っていない。アンダーワールド全土を悲劇へと誘う《最終負荷実験》へのカウントダウンは、容赦なく進む。それと呼応するように、《ダークテリトリー》の深奥で、暗黒神ベクタが復活した。闇の軍勢を率い、《光の巫女》を手に入れるべく、《人界》へと侵攻を開始する。《人界》軍を指揮する整合騎士ベルクーリらは、《ダークテリトリー》軍とのかつてない大戦争になることを決意する。その傍らに、いまだアリスは見当たらない。《人界》を救った英雄二人の姿も――。