伝説の地『サンクチュアリ』を目指す。シェルターに入れなかった人々は、地上の集落『ソロン』で生きていた。二つの星をひとつにするという希望に向かって動き始める...。新たな出会いと別れを経て、この世界の全貌が明らかになっていく。ドラクター内で起きた革命による、新たな波乱の幕開け。シェルターイクシアを待ち受ける現実...。巨大にて強大な敵を前に、ローグもまた進化を遂げる。ふつうの町で、穏やかに満たされた生活をおくる人々がいた。彼らは、それが、偽りの平和であることを知らなかった。知られざる真実...。地球はすでに、滅んでいるということを...。宇宙からの謎の異星人勢力の攻撃を受け、人類は99.9%が死滅。その敵は『ドラクター』と名付けられた。異星人の居住に適した環境にテラフォーミングされた。人類は彼らの目を逃れ、シェルターに身を潜めるしかなかった。いつ訪れるかわからない、復活の日を待ちながら...。何も知らず普通の生活を送っていた。『ローグ』と呼ばれる巨大ロボットを駆り、異星人と戦っていた。今日もまた、新たなパイロットが選出される...。