居合わせた黒ずくめの男たちが気になった新一は、蘭を先に帰らせて男の片割れを尾行することにします。新一は尾行先で彼らの取引現場を目撃しますが、もう1人の仲間であるジンに後ろから頭を殴られます。口封じとして毒薬APTX4869(アポトキシン4869)を飲まされ、意識を失う新一。して目が覚めたときには、薬の副作用で身体が縮んでしまっていました。正体が発覚すれば周囲の人間に危害が及ぶと考えた新一は、蘭に対し咄嗟に「江戸川コナン」と名乗ります。以降は蘭の父親・小五郎が経営する毛利探偵事務所に居候し、コナンとして生活しながら元の姿に戻る手がかりを探すことになります。