「黒づくめの男たち」ですね。先ほどもありましたが、黒に包まれているイメージです。「メン・イン・ブラック」と言うと、違う作品が想起されるので、なんだか面白いですね。英語らしい表現ですね。「賢いことは...」と言っています。と過去形が使われていますね。彼女と彼女のお父さん、つまり、蘭と小五郎と一緒に彼らの家にいることとなります。関係代名詞の非制限用法です。agency(探偵事務所)をやっている、ということです。と過去形で一致しています。