...現実世界と錬金術世界、別々の世界に引き裂かれてしまったエルリック兄弟。兄・エドワード(エド)は、第二次世界大戦に突入する直前、西暦1923年のドイツ・ミュンヘンに飛ばされていた。得意の錬金術を封じられてしまったエドは、アルフォンス・ハイデリヒという、弟によく似た若者の力を借りて、科学技術の粋を結集したロケット工学の力で、故郷である元の世界へ帰ろうと試みていた。アメストリスに身を置くエルリック兄弟の弟・アルフォンス(アル)は、兄の行方を追って旅を続けていた...。