保貴2022.04.30この記事は公開されてから1年以上経過しています。情報が古い可能性がありますので、ご注意ください。コンテナで実行環境を作成しました。コンテナでの実行環境の提供はなかったので作り方を紹介します。コンテナで作成します。ゲノムブラウザ(ゲノムデータの可視化ツール)の一種です。商用のものもあります。以下のリンクに各種ゲノムブラウザの情報がまとめられています。メンテナンスは続いているようです。なくなり、完全な上位互換ではありませんでした。提供していた機能をすべてカバーできているようです。wgetはリファレンスゲノムをダウンロード用に追加しました。@jbrowse/cliビルドします。アクセスできるように3000番ポートをマッピングして起動しました。ツールのバージョンは1.7.6の環境で以降の作業を進めていきます。copy/var/www/html/jbrowse2配下は以下の構成になりました。version.txtconfig.jsonは新規作成されダウンロードしたリファレンスゲノムのファイル名、インデックス付きのファイル名が書き込まれていました。実行環境の準備は完了しました。ブラウザからアクセスして確認してみます。.実行時に以下のエラーが表示されました。ブラウザからローカルサーバーへアクセスはできました。.を実行すると今度は以下のエラーが表示されました。--no-clipboardを追加し回避しました。参考までに今回の実行環境のバージョンは以下になります。事前に設定済みのショウジョウバエのリファレンスゲノムを開いてみます。虫メガネアイコンから最大限拡大すると塩基配列を確認できます。動作環境が作成できました。ディレクトリをマウントして使うと便利そうです。マウントして起動する以下の様になります。コマンドを実行するとローカルディレクトリにファイルが保存されていますね。サーバーで動作するゲノムブラウザを触ってみたくてコンテナでサクッと準備した記録でした。サーバーで提供できるゲノムブラウザがあることは知らなかったので勉強になりました。