L結合次数の変更は、「AddBond」コマンドで実行され、結合を新規に生成する場合も同様の操作となります。簡単に、例としてエタンのC-C結合を二重結合に変更し、エテンにする方法を示します。コマンドラインから実行スペースキーを押して表示されるコンソール画面に、以下のコマンドを入力して実行します。「原子1,原子2」の部分には、原子のNumberまたはNameを入力します。(NumberまたはNameの情報は、原子をクリックすると画面左上に表示されます。)結合次数は、1、1.25、1.33、1.5、1.66、1.75、2、2.5、3、4、のいずれかを選択できます。Update=yesとすると、結合次数に合わせて自動で水素が付加または削除されます。Name:C1となっていたので、この場合、C-C結合を二重結合に変更する場合の入力例は以下になります。次に、GUIから実行する方法を紹介していきます。実行方法がいくつかあるので下に例示しますが、いずれも実行されるコマンドは同じ「AddBond」です。以下のダイアログが表示されるので、結合を形成する一方の原子を選択し、OKをクリック(又はダブルクリック)。次のダイアログについても、もう一方の原子を選択し同様の操作を繰り返します。すると、結合次数の選択画面が表示されるので、目的の結合次数を選択し、OKをクリックすれば変更が完了します。右下のチェックボックスは、「コマンドラインから実行」で記載したUpdateオプションに対応しています。チェックを入れると、変更後の結合次数に合わせて水素の付加状態が自動で調整されます。*<F2>キーを押してball&stickスタイルで表示すると、各結合が結合次数に対応した色付きで表示されます。上記と同様の操作で実行できます。方法3変更する結合の両端の原子をctrlキーを押しながらクリックし、複数選択します。選択後、ダイアログが表示されるので、先ほどと同様に結合次数を選択してOKをクリックし実行します。方法4メニューバーのベンゼン環のアイコンをクリックし、分子ビルディングモードにします。方法3と同様に2つの原子を選択状態にし、<2>キーを押すと二重結合に変更できます。アセンブリや配列編集・解析が可能なソフトです。制限酵素切断地図を作成してみます。線形のマップも作成できますが、今回は円形のマップを作成したいの...OpenBabel:ユーザー定義の原子電荷情報を付与AmberToolのantechamberを用いるとGaussianの出力ファイルから、RESP電荷情報をもつmol2ファイルを生成することができます。力場パラメータのない金属等を含む場合、うまく変換できないと思います(新バージョン等で状況変わっていたらすみません)。PDB」とは、生体高分子の立体構造の巨大データベースです。」の実行例を紹介します。Blog/.orgQooQ。